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EMDB EMD-45666 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-07-24 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _database_PDB_caveat.id _database_PDB_caveat.text 1 ;Residues A CA 972 and A CA 973 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 14.67. ; 2 ;Residues G CA 1125 and A CA 1126 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 2.06. ; 3 ;Residues C CA 2830 and G CA 2831 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 11.87. ; # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9CL9 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-07-10 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB . EMD-44798 'other EM volume' EMDB 'WT 12C IM fraction, B-b3 with RluB bound' EMD-45666 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email jrwill@scripps.edu _pdbx_contact_author.name_first James _pdbx_contact_author.name_last Williamson _pdbx_contact_author.name_mi R. _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-8772-468X # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Lee, J.' 1 0009-0002-3573-2167 'Sheng, K.' 2 0000-0001-9394-2256 'Williamson, J.R.' 3 0000-0002-8772-468X # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title '50S ribosome assembly intermediates at low temperature reveal bound RluB' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lee, J.' 1 ? primary 'Sheng, K.' 2 ? primary 'Williamson, J.R.' 3 ? primary 'Gebert, L.' 4 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Large ribosomal subunit protein bL20' 13396.828 1 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Large ribosomal subunit protein bL21' 11586.374 1 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Large ribosomal subunit protein uL23' 10144.924 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Large ribosomal subunit protein bL34' 4290.116 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Ribosomal large subunit pseudouridine synthase B' 32010.760 1 5.4.99.22 ? ? ? 6 polymer nat '23S rRNA' 941625.438 1 ? ? ? 'Base U at position 2605 on 23S rRNA (Chain CA:1281) could also be PSU.' 7 polymer nat 'Large ribosomal subunit protein uL3' 22277.535 1 ? ? ? ? 8 polymer nat 'Large ribosomal subunit protein uL4' 22121.566 1 ? ? ? ? 9 polymer nat 'Large ribosomal subunit protein uL13' 16050.606 1 ? ? ? ? 10 polymer nat 'Large ribosomal subunit protein uL22' 12253.359 1 ? ? ? ? 11 polymer nat 'Large ribosomal subunit protein uL24' 11078.874 1 ? ? ? ? 12 polymer nat 'Large ribosomal subunit protein uL29' 7087.256 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 '50S ribosomal protein L20' 2 '50S ribosomal protein L21' 3 '50S ribosomal protein L23' 4 '50S ribosomal protein L34' 5 '23S rRNA pseudouridine(2605) synthase,rRNA pseudouridylate synthase B,rRNA-uridine isomerase B' 7 '50S ribosomal protein L3' 8 '50S ribosomal protein L4' 9 '50S ribosomal protein L13' 10 '50S ribosomal protein L22' 11 '50S ribosomal protein L24' 12 '50S ribosomal protein L29' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;ARVKRGVIARARHKKILKQAKGYYGARSRVYRVAFQAVIKAGQYAYRDRRQRKRQFRQLWIARINAAARQNGISYSKFIN GLKKASVEIDRKILADIAVFDKVAFTALVEKAKAALA ; ;ARVKRGVIARARHKKILKQAKGYYGARSRVYRVAFQAVIKAGQYAYRDRRQRKRQFRQLWIARINAAARQNGISYSKFIN GLKKASVEIDRKILADIAVFDKVAFTALVEKAKAALA ; Q ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MYAVFQSGGKQHRVSEGQTVRLEKLDIATGETVEFAEVLMIANGEEVKIGVPFVDGGVIKAEVVAHGRGEKVKIVKFRRR KHYRKQQGHRQWFTDVKITGISA ; ;MYAVFQSGGKQHRVSEGQTVRLEKLDIATGETVEFAEVLMIANGEEVKIGVPFVDGGVIKAEVVAHGRGEKVKIVKFRRR KHYRKQQGHRQWFTDVKITGISA ; R ? 3 'polypeptide(L)' no no ;EERLLKVLRAPHVSEKASTAMEKSNTIVLKVAKDATKAEIKAAVQKLFEVEVEVVNTLVVKGKVKRHGQRIGRRSDWKKA YVTLKEGQNL ; ;EERLLKVLRAPHVSEKASTAMEKSNTIVLKVAKDATKAEIKAAVQKLFEVEVEVVNTLVVKGKVKRHGQRIGRRSDWKKA YVTLKEGQNL ; T ? 4 'polypeptide(L)' no no VLKRNRSHGFRARMATKNGRQVLARRRAKGRARLTVS VLKRNRSHGFRARMATKNGRQVLARRRAKGRARLTVS 2 ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSEKLQKVLARAGHGSRREIESIIEAGRVSVDGKIAKLGDRVEVTPGLKIRIDGHLISVRESAEQICRVLAYYKPEGELC TRNDPEGRPTVFDRLPKLRGARWIAVGRLDVNTCGLLLFTTDGELANRLMHPSREVEREYAVRVFGQVDDAKLRDLSRGV QLEDGPAAFKTIKFSGGEGINQWYNVTLTEGRNREVRRLWEAVGVQVSRLIRVRYGDIPLPKGLPRGGWTELDLAQTNYL RELVELPPETSSKVAVEKDRRRMKANQIRRAVKRHSQVSGGRR ; ;MSEKLQKVLARAGHGSRREIESIIEAGRVSVDGKIAKLGDRVEVTPGLKIRIDGHLISVRESAEQICRVLAYYKPEGELC TRNDPEGRPTVFDRLPKLRGARWIAVGRLDVNTCGLLLFTTDGELANRLMHPSREVEREYAVRVFGQVDDAKLRDLSRGV QLEDGPAAFKTIKFSGGEGINQWYNVTLTEGRNREVRRLWEAVGVQVSRLIRVRYGDIPLPKGLPRGGWTELDLAQTNYL RELVELPPETSSKVAVEKDRRRMKANQIRRAVKRHSQVSGGRR ; A ? 6 polyribonucleotide no yes ;GGUUAAGCGACUAAGCGUACACGGUGGAUGCCCUGGCAGUCAGAGGCGAUGAAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCG GUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGUGUGUUUCGACACACUAUCAUUAACUGA AUCCAUAGGUUAAUGAGGCGAACCGGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCCGAGGAAAAGAAAUCAACCGAGAUUCCCCC 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;MKTFTAKPETVKRDWYVVDATGKTLGRLATELARRLRGKHKAEYTPHVDTGDYIIVLNADKVAVTGNKRTDKVYYHHTGH IGGIKQATFEEMIARRPERVIEIAVKGMLPKGPLGRAMFRKLKVYAGNEHNHAAQQPQVLDI ; J ? 10 'polypeptide(L)' no no ;METIAKHRHARSSAQKVRLVADLIRGKKVSQALDILTYTNKKAAVLVKKVLESAIANAEHNDGADIDDLKVTKIFVDEGP SMKRIMPRAKGRADRILKRTSHITVVVSDR ; ;METIAKHRHARSSAQKVRLVADLIRGKKVSQALDILTYTNKKAAVLVKKVLESAIANAEHNDGADIDDLKVTKIFVDEGP SMKRIMPRAKGRADRILKRTSHITVVVSDR ; S ? 11 'polypeptide(L)' no no ;AAKIRRDDEVIVLTGKDKGKRGKVKNVLSSGKVIVEGINLVKKHQKPVPALNQPGGIVEKEAAIQVSNVAIFNAATGKAD RVGFRFEDGKKVRFFKSNSETI ; ;AAKIRRDDEVIVLTGKDKGKRGKVKNVLSSGKVIVEGINLVKKHQKPVPALNQPGGIVEKEAAIQVSNVAIFNAATGKAD RVGFRFEDGKKVRFFKSNSETI ; U ? 12 'polypeptide(L)' no no MKAKELREKSVEELNTELLNLLREQFNLRMQAASGQLQQSHLLKQVRRDVARVKTLLNEK MKAKELREKSVEELNTELLNLLREQFNLRMQAASGQLQQSHLLKQVRRDVARVKTLLNEK Y ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 VAL n 1 4 LYS n 1 5 ARG n 1 6 GLY n 1 7 VAL n 1 8 ILE n 1 9 ALA n 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L N N 12 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP RL20_ECOLI P0A7L3 ? 1 ;ARVKRGVIARARHKKILKQAKGYYGARSRVYRVAFQAVIKAGQYAYRDRRQRKRQFRQLWIARINAAARQNGISYSKFIN GLKKASVEIDRKILADIAVFDKVAFTALVEKAKAALA ; 2 2 UNP RL21_ECOLI P0AG48 ? 2 ;MYAVFQSGGKQHRVSEGQTVRLEKLDIATGETVEFAEVLMIANGEEVKIGVPFVDGGVIKAEVVAHGRGEKVKIVKFRRR KHYRKQQGHRQWFTDVKITGISA ; 1 3 UNP RL23_ECOLI P0ADZ0 ? 3 ;EERLLKVLRAPHVSEKASTAMEKSNTIVLKVAKDATKAEIKAAVQKLFEVEVEVVNTLVVKGKVKRHGQRIGRRSDWKKA YVTLKEGQNL ; 4 4 UNP RL34_ECOLI P0A7P5 ? 4 VLKRNRSHGFRARMATKNGRQVLARRRAKGRARLTVS 9 5 UNP RLUB_ECOLI P37765 ? 5 ;MSEKLQKVLARAGHGSRREIESIIEAGRVSVDGKIAKLGDRVEVTPGLKIRIDGHLISVRESAEQICRVLAYYKPEGELC TRNDPEGRPTVFDRLPKLRGARWIAVGRLDVNTCGLLLFTTDGELANRLMHPSREVEREYAVRVFGQVDDAKLRDLSRGV QLEDGPAAFKTIKFSGGEGINQWYNVTLTEGRNREVRRLWEAVGVQVSRLIRVRYGDIPLPKGLPRGGWTELDLAQTNYL RELVELPPETSSKVAVEKDRRRMKANQIRRAVKRHSQVSGGRR ; 1 6 GB LN832404.1 802133627 ? 6 ;GGUUAAGCGACUAAGCGUACACGGUGGAUGCCCUGGCAGUCAGAGGCGAUGAAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCG GUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGUGUGUUUCGACACACUAUCAUUAACUGA AUCCAUAGGUUAAUGAGGCGAACCGGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCCGAGGAAAAGAAAUCAACCGAGAUUCCCCC AGUAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCUGAAUCAGUGUGUGUGUUAGUGGAAGCGUCUGGAAAGGCGCGCGA UACAGGGUGACAGCCCCGUACACAAAAAUGCACAUGCUGUGAGCUCGAUGAGUAGGGCGGGACACGUGGUAUCCUGUCUG AAUAUGGGGGGACCAUCCUCCAAGGCUAAAUACUCCUGACUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGCGAAAA GAACCCCGGCGAGGGGAGUGAAAAAGAACCUGAAACCGUGUACGUACAAGCAGUGGGAGCACGCUUAGGCGUGUGACUGC GUACCUUUUGUAUAAUGGGUCAGCGACUUAUAUUCUGUAGCAAGGUUAACCGAAUAGGGGAGCCGAAGGGAAACCGAGUC UUAACUGGGCGUUAAGUUGCAGGGUAUAGACCCGAAACCCGGUGAUCUAGCCAUGGGCAGGUUGAAGGUUGGGUAACACU AACUGGAGGACCGAACCGACUAAUGUUGAAAAAUUAGCGGAUGACUUGUGGCUGGGGGUGAAAGGCCAAUCAAACCGGGA GAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAGCUAUUUAGGUAGCGCCUCGUGAAUUCAUCUCCGGGGGUAGAGCACUGUUUCGGCAAGG GGGUCAUCCCGACUUACCAACCCGAUGCAAACUGCGAAUACCGGAGAAUGUUAUCACGGGAGACACACGGCGGGUGCUAA CGUCCGUCGUGAAGAGGGAAACAACCCAGACCGCCAGCUAAGGUCCCAAAGUCAUGGUUAAGUGGGAAACGAUGUGGGAA GGCCCAGACAGCCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUCGGCCUG CGCGGAAGAUGUAACGGGGCUAAACCAUGCACCGAAGCUGCGGCAGCGACGCUUAUGCGUUGUUGGGUAGGGGAGCGUUC UGUAAGCCUGCGAAGGUGUGCUGUGAGGCAUGCUGGAGGUAUCAGAAGUGCGAAUGCUGACAUAAGUAACGAUAAAGCGG GUGAAAAGCCCGCUCGCCGGAAGACCAAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGAGUCGACCCCUAAGGCGAG GCCGAAAGGCGUAGUCGAUGGGAAACAGGUUAAUAUUCCUGUACUUGGUGUUACUGCGAAGGGGGGACGGAGAAGGCUAU GUUGGCCGGGCGACGGUUGUCCCGGUUUAAGCGUGUAGGCUGGUUUUCCAGGCAAAUCCGGAAAAUCAAGGCUGAGGCGU GAUGACGAGGCACUACGGUGCUGAAGCAACAAAUGCCCUGCUUCCAGGAAAAGCCUCUAAGCAUCAGGUAACAUCAAAUC GUACCCCAAACCGACACAGGUGGUCAGGUAGAGAAUACCAAGGCGCUUGAGAGAACUCGGGUGAAGGAACUAGGCAAAAU GGUGCCGUAACUUCGGGAGAAGGCACGCUGAUAUGUAGGUGAGGUCCCUCGCGGAUGGAGCUGAAAUCAGUCGAAGAUAC CAGCUGGCUGCAACUGUUUAUUAAAAACACAGCACUGUGCAAACACGAAAGUGGACGUAUACGGUGUGACGCCUGCCCGG UGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAAC GGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGCGUAAUGAUGGCCAGGCUGUCUCCACC CGAGACUCAGUGAAAUUGAACUCGCUGUGAAGAUGCAGUGUACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGUGAACCUUUACUA UAGCUUGACACUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGC CGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAACGUUGACCCGUAAUCCGGGUUGCGGACAGUGUCUGGUGGGU AGUUUGACUGGGGCGGUCUCCUCCUAAAGAGUAACGGAGGAGCACGAAGGUUGGCUAAUCCUGGUCGGACAUCAGGAGGU UAGUGCAAUGGCAUAAGCCAGCUUGACUGCGAGCGUGACGGCGCGAGCAGGUGCGAAAGCAGGUCAUAGUGAUCCGGUGG UUCUGAAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGGUACUCCGGGGAUAACAGGCUGAUACCGCCCAAGAGUUCAUAUC GACGGCGGUGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCACAUCCUGGGGCUGAAGUAGGUCCCAAGGGUAUGGCUGUUCGCCA UUUAAAGUGGUACGCGAGCUGGGUUUAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCUGCCGUGGGCGCUGGAGAACUGAG GGGGGCUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGGACGCAUCACUGGUGUUCGGGUUGUCAUGCCAAUGGCACUGCCCGGU AGCUAAAUGCGGAAGAGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCACGAAACUUGCCCCGAGAUGAGUUCUCCCUGACCCUUUAA GGGUCCUGAAGGAACGUUGAAGACGACGACGUUGAUAGGCCGGGUGUGUAAGCGCAGCGAUGCGUUGAGCUAACCGGUAC UAAUGAACCGUGAGGCUUAACCUU ; 2725488 7 UNP RL3_ECOLI P60438 ? 7 ;MIGLVGKKVGMTRIFTEDGVSIPVTVIEVEANRVTQVKDLANDGYRAIQVTTGAKKANRVTKPEAGHFAKAGVEAGRGLW EFRLAEGEEFTVGQSISVELFADVKKVDVTGTSKGKGFAGTVKRWNFRTQDATHGNSLSHRVPGSIGQNQTPGKVFKGKK MAGQMGNERVTVQSLDVVRVDAERNLLLVKGAVPGATGSDLIVKPAVKA ; 1 8 UNP RL4_ECOLI P60723 ? 8 ;MELVLKDAQSALTVSETTFGRDFNEALVHQVVVAYAAGARQGTRAQKTRAEVTGSGKKPWRQKGTGRARSGSIKSPIWRS GGVTFAARPQDHSQKVNKKMYRGALKSILSELVRQDRLIVVEKFSVEAPKTKLLAQKLKDMALEDVLIITGELDENLFLA ARNLHKVDVRDATGIDPVSLIAFDKVVMTADAVKQVEEMLA ; 1 9 UNP RL13_ECOLI P0AA10 ? 9 ;MKTFTAKPETVKRDWYVVDATGKTLGRLATELARRLRGKHKAEYTPHVDTGDYIIVLNADKVAVTGNKRTDKVYYHHTGH IGGIKQATFEEMIARRPERVIEIAVKGMLPKGPLGRAMFRKLKVYAGNEHNHAAQQPQVLDI ; 1 10 UNP RL22_ECOLI P61175 ? 10 ;METIAKHRHARSSAQKVRLVADLIRGKKVSQALDILTYTNKKAAVLVKKVLESAIANAEHNDGADIDDLKVTKIFVDEGP SMKRIMPRAKGRADRILKRTSHITVVVSDR ; 1 11 UNP RL24_ECOLI P60624 ? 11 ;AAKIRRDDEVIVLTGKDKGKRGKVKNVLSSGKVIVEGINLVKKHQKPVPALNQPGGIVEKEAAIQVSNVAIFNAATGKAD RVGFRFEDGKKVRFFKSNSETI ; 2 12 UNP RL29_ECOLI P0A7M6 ? 12 MKAKELREKSVEELNTELLNLLREQFNLRMQAASGQLQQSHLLKQVRRDVARVKTLLNEK 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9CL9 Q 1 ? 117 ? 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P0A7M6 1 ? 60 ? 1 60 # _struct_ref_seq_dif.align_id 6 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code 9CL9 _struct_ref_seq_dif.mon_id C _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id CA _struct_ref_seq_dif.seq_num 747 _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code ? _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name GB _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code 802133627 _struct_ref_seq_dif.db_mon_id U _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num 2724742 _struct_ref_seq_dif.details conflict _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num 747 _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 11 ? ALA A 20 ? ALA Q 11 ALA Q 20 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 TYR A 24 ? SER A 28 ? TYR Q 24 SER Q 28 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 VAL A 30 ? TYR A 44 ? VAL Q 30 TYR Q 44 1 ? 15 HELX_P HELX_P4 AA4 TYR A 44 ? GLY A 72 ? TYR Q 44 GLY Q 72 1 ? 29 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 74 ? ALA A 85 ? SER Q 74 ALA Q 85 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 90 ? ALA A 98 ? ASP Q 90 ALA Q 98 1 ? 9 HELX_P HELX_P7 AA7 LYS A 102 ? ALA A 107 ? LYS Q 102 ALA Q 107 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 LEU A 108 ? ALA A 117 ? LEU Q 108 ALA Q 117 1 ? 10 HELX_P HELX_P9 AA9 GLU C 1 ? LYS C 6 ? GLU T 4 LYS T 9 5 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 SER C 14 ? LYS C 23 ? SER T 17 LYS T 26 1 ? 10 HELX_P HELX_P11 AB2 THR C 36 ? PHE C 48 ? THR T 39 PHE T 51 1 ? 13 HELX_P HELX_P12 AB3 LEU D 2 ? ARG D 6 ? LEU 2 10 ARG 2 14 1 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 PHE D 10 ? ALA D 15 ? PHE 2 18 ALA 2 23 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 AB5 THR D 16 ? LYS D 29 ? THR 2 24 LYS 2 37 1 ? 14 HELX_P HELX_P15 AB6 LEU E 5 ? LEU E 9 ? LEU A 5 LEU A 9 1 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 ARG E 17 ? GLU E 25 ? 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SER Y 40 LYS Y 60 1 ? 21 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? F G 2 N2 ? ? ? 1_555 F C 2902 O2 ? ? CA G 2 CA C 2902 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? F G 2 O6 ? ? ? 1_555 F C 2902 N4 ? ? CA G 2 CA C 2902 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? F U 3 O4 ? ? ? 1_555 F A 2900 N6 ? ? CA U 3 CA A 2900 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? F U 3 O4 ? ? ? 1_555 F C 2901 N4 ? ? CA U 3 CA C 2901 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-C MISPAIR' ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? F U 4 N3 ? ? ? 1_555 F A 2899 N1 ? ? CA U 4 CA A 2899 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? F U 4 O4 ? ? ? 1_555 F A 2899 N6 ? ? CA U 4 CA A 2899 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? F A 5 N1 ? ? ? 1_555 F U 2898 N3 ? ? CA A 5 CA U 2898 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? F A 5 N6 ? ? ? 1_555 F U 2898 O4 ? ? CA A 5 CA U 2898 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? F A 6 N6 ? ? ? 1_555 F U 2897 O4 ? ? CA A 6 CA U 2897 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? F G 7 O6 ? ? ? 1_555 F C 2896 N4 ? ? CA G 7 CA C 2896 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? F G 9 N2 ? ? ? 1_555 F A 2800 N1 ? ? CA G 9 CA A 2800 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_10_PAIR ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? F G 9 N3 ? ? ? 1_555 F A 2800 N6 ? ? CA G 9 CA A 2800 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_10_PAIR ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? F C 11 N4 ? ? ? 1_555 F U 2629 O2 ? ? CA C 11 CA U 2629 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-U MISPAIR' ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? F G 15 N1 ? ? ? 1_555 F U 525 O2 ? ? CA G 15 CA U 525 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? F G 15 O6 ? ? ? 1_555 F U 525 N3 ? ? CA G 15 CA U 525 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? F C 16 N3 ? ? ? 1_555 F G 524 N1 ? ? CA C 16 CA G 524 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? F C 16 N4 ? ? ? 1_555 F G 524 O6 ? ? CA C 16 CA G 524 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? F C 16 O2 ? ? ? 1_555 F G 524 N2 ? ? CA C 16 CA G 524 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? F G 17 N2 ? ? ? 1_555 F C 523 O2 ? ? CA G 17 CA C 523 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? F U 18 N3 ? ? ? 1_555 F A 522 N1 ? ? CA U 18 CA A 522 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? F U 18 O4 ? ? ? 1_555 F A 522 N6 ? ? CA U 18 CA A 522 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? F A 19 N1 ? ? ? 1_555 F U 521 N3 ? ? CA A 19 CA U 521 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? F A 19 N6 ? ? ? 1_555 F U 521 O4 ? ? CA A 19 CA U 521 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? F C 20 N4 ? ? ? 1_555 F G 520 O6 ? ? CA C 20 CA G 520 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? F A 21 N1 ? ? ? 1_555 F U 519 N3 ? ? CA A 21 CA U 519 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? F A 21 N6 ? ? ? 1_555 F U 519 O4 ? ? CA A 21 CA U 519 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog34 hydrog ? ? F C 22 N4 ? ? ? 1_555 F G 518 O6 ? ? CA C 22 CA G 518 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? ? hydrog35 hydrog ? ? F G 23 N1 ? ? ? 1_555 F C 517 N3 ? ? CA G 23 CA C 517 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog36 hydrog ? ? F G 23 N2 ? ? ? 1_555 F C 517 O2 ? ? CA G 23 CA C 517 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog37 hydrog ? ? F G 23 O6 ? ? ? 1_555 F C 517 N4 ? ? CA G 23 CA C 517 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog38 hydrog ? ? F G 24 N1 ? ? ? 1_555 F C 516 N3 ? ? CA G 24 CA C 516 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog39 hydrog ? ? F G 24 N2 ? ? ? 1_555 F C 516 O2 ? ? CA G 24 CA C 516 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog40 hydrog ? ? F G 24 O6 ? ? ? 1_555 F C 516 N4 ? ? CA G 24 CA C 516 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? F U 25 O4 ? ? ? 1_555 F A 515 N6 ? ? CA U 25 CA A 515 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? F G 26 N2 ? ? ? 1_555 F A 514 N7 ? ? CA G 26 CA A 514 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? F G 26 N3 ? ? ? 1_555 F A 514 N6 ? ? CA G 26 CA A 514 1_555 ? ? ? ? ? ? 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'A-A MISPAIR' ? ? ? hydrog115 hydrog ? ? F A 161 N6 ? ? ? 1_555 F U 166 O2 ? ? CA A 161 CA U 166 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-U PAIR' ? ? ? hydrog116 hydrog ? ? F U 162 O2 ? ? ? 1_555 F A 165 N6 ? ? CA U 162 CA A 165 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog117 hydrog ? ? F A 182 N1 ? ? ? 1_555 F G 215 N2 ? ? CA A 182 CA G 215 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog118 hydrog ? ? F G 186 O6 ? ? ? 1_555 F C 210 N4 ? ? CA G 186 CA C 210 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog119 hydrog ? ? F G 188 O6 ? ? ? 1_555 F C 208 N4 ? ? CA G 188 CA C 208 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog120 hydrog ? ? F G 188 N2 ? ? ? 1_555 F C 209 O2 ? ? CA G 188 CA C 209 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog121 hydrog ? ? F G 189 N2 ? ? ? 1_555 F A 207 N7 ? ? CA G 189 CA A 207 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog122 hydrog ? ? F A 190 N6 ? ? ? 1_555 F U 206 O2 ? ? CA A 190 CA U 206 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog123 hydrog ? ? F A 190 N7 ? ? ? 1_555 F U 206 N3 ? ? 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'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog141 hydrog ? ? F A 244 N7 ? ? ? 1_555 F G 254 N2 ? ? CA A 244 CA G 254 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog142 hydrog ? ? F G 245 O6 ? ? ? 1_555 F C 253 N4 ? ? CA G 245 CA C 253 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog143 hydrog ? ? F A 256 N3 ? ? ? 1_555 F G 411 N1 ? ? CA A 256 CA G 411 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-G MISPAIR' ? ? ? hydrog144 hydrog ? ? F G 259 N2 ? ? ? 1_555 F A 621 N3 ? ? CA G 259 CA A 621 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog145 hydrog ? ? F G 260 N2 ? ? ? 1_555 F A 608 N1 ? ? CA G 260 CA A 608 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog146 hydrog ? ? F G 261 N2 ? ? ? 1_555 F G 263 O6 ? ? CA G 261 CA G 263 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-G MISPAIR' ? ? ? hydrog147 hydrog ? ? F C 267 O2 ? ? ? 1_555 F G 425 N2 ? ? CA C 267 CA G 425 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? ? hydrog148 hydrog ? ? F C 268 N3 ? ? ? 1_555 F G 424 N1 ? ? CA C 268 CA G 424 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog149 hydrog ? ? F C 268 N4 ? ? ? 1_555 F G 424 O6 ? ? 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F A 457 N7 ? ? ? 1_555 F A 472 N6 ? ? CA A 457 CA A 472 1_555 ? ? ? ? ? ? 'A-A MISPAIR' ? ? ? hydrog211 hydrog ? ? F U 459 N3 ? ? ? 1_555 F A 470 N7 ? ? CA U 459 CA A 470 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog212 hydrog ? ? F U 459 O2 ? ? ? 1_555 F A 470 N6 ? ? CA U 459 CA A 470 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED HOOGSTEEN' ? ? ? hydrog213 hydrog ? ? F C 461 N3 ? ? ? 1_555 F G 469 N2 ? ? CA C 461 CA G 469 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-G PAIR' ? ? ? hydrog214 hydrog ? ? F G 463 N2 ? ? ? 1_555 F A 466 N7 ? ? CA G 463 CA A 466 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog215 hydrog ? ? F G 465 N2 ? ? ? 1_555 F U 683 O2 ? ? CA G 465 CA U 683 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-U MISPAIR' ? ? ? hydrog216 hydrog ? ? F C 475 O2 ? ? ? 1_555 F A 479 N6 ? ? CA C 475 CA A 479 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-A MISPAIR' ? ? ? hydrog217 hydrog ? ? F G 476 N2 ? ? ? 1_555 F A 478 N7 ? ? CA G 476 CA A 478 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog218 hydrog ? ? F A 477 N6 ? ? ? 1_555 F A 501 N7 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog236 hydrog ? ? F U 580 N3 ? ? ? 1_555 F A 1260 N1 ? ? CA U 580 CA A 1260 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog237 hydrog ? ? F U 580 O4 ? ? ? 1_555 F A 1260 N6 ? ? CA U 580 CA A 1260 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog238 hydrog ? ? F C 581 N3 ? ? ? 1_555 F G 1259 N1 ? ? CA C 581 CA G 1259 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog239 hydrog ? ? F C 581 N4 ? ? ? 1_555 F G 1259 O6 ? ? CA C 581 CA G 1259 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog240 hydrog ? ? F C 581 O2 ? ? ? 1_555 F G 1259 N2 ? ? CA C 581 CA G 1259 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog241 hydrog ? ? F A 582 N1 ? ? ? 1_555 F U 1258 N3 ? ? CA A 582 CA U 1258 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog242 hydrog ? ? F A 582 N6 ? ? ? 1_555 F U 1258 O4 ? ? CA A 582 CA U 1258 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog243 hydrog ? ? F G 583 N1 ? ? ? 1_555 F C 1257 N3 ? ? CA G 583 CA C 1257 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog244 hydrog ? ? 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'G-C PAIR' ? ? ? hydrog270 hydrog ? ? F G 682 O6 ? ? ? 1_555 F C 795 N4 ? ? CA G 682 CA C 795 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog271 hydrog ? ? F G 682 O6 ? ? ? 1_555 F C 796 N4 ? ? CA G 682 CA C 796 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog272 hydrog ? ? F G 690 N1 ? ? ? 1_555 F C 772 N3 ? ? CA G 690 CA C 772 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog273 hydrog ? ? F G 690 N2 ? ? ? 1_555 F C 772 O2 ? ? CA G 690 CA C 772 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog274 hydrog ? ? F G 690 O6 ? ? ? 1_555 F C 772 N4 ? ? CA G 690 CA C 772 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog275 hydrog ? ? F C 691 N3 ? ? ? 1_555 F G 771 N1 ? ? CA C 691 CA G 771 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog276 hydrog ? ? F C 691 N4 ? ? ? 1_555 F G 771 O6 ? ? CA C 691 CA G 771 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog277 hydrog ? ? F C 691 O2 ? ? ? 1_555 F G 771 N2 ? ? CA C 691 CA G 771 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog278 hydrog ? ? F C 692 N3 ? ? ? 1_555 F G 770 N2 ? ? 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OP1 CA U 2605 ? ? 80.24 105.20 -24.96 2.20 Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ALA Q 20 ? ? -99.87 33.58 2 1 TYR Q 23 ? ? -110.90 -141.56 3 1 ARG Q 29 ? ? -122.01 -53.33 4 1 PHE Q 100 ? ? -101.32 -77.14 5 1 SER R 7 ? ? -114.79 -104.66 6 1 LEU R 22 ? ? -116.28 -158.51 7 1 ASP R 26 ? ? -94.97 55.12 8 1 PHE R 35 ? ? -119.87 79.55 9 1 GLU R 37 ? ? -114.12 54.21 10 1 ASN R 43 ? ? -117.58 -109.73 11 1 VAL R 54 ? ? 34.94 -146.45 12 1 ASP R 55 ? ? -143.32 -36.72 13 1 HIS R 82 ? ? 56.02 77.74 14 1 ARG T 12 ? ? -123.38 -70.10 15 1 LYS T 26 ? ? -108.17 -68.08 16 1 ASP T 37 ? ? -81.18 -122.85 17 1 ALA T 38 ? ? 57.89 88.21 18 1 THR T 39 ? ? -77.37 -168.77 19 1 GLU T 52 ? ? 38.20 47.52 20 1 GLU T 56 ? ? -135.38 -45.99 21 1 ARG T 77 ? ? -83.69 -155.67 22 1 LYS T 88 ? ? -85.31 -126.35 23 1 LYS 2 37 ? ? -117.70 79.46 24 1 HIS A 14 ? ? -126.02 -84.42 25 1 SER A 16 ? ? -119.35 -103.48 26 1 ARG A 17 ? ? -122.91 -54.62 27 1 ARG A 28 ? ? -95.41 -86.23 28 1 PRO A 46 ? ? -64.87 80.33 29 1 PRO A 75 ? ? -75.33 -161.41 30 1 THR A 81 ? ? -102.54 -165.36 31 1 ARG A 82 ? ? -113.68 -75.61 32 1 THR A 90 ? ? -117.70 -157.25 33 1 ASP A 110 ? ? -100.29 -165.83 34 1 ASN A 112 ? ? -90.56 36.20 35 1 PRO A 132 ? ? -68.70 3.71 36 1 GLU A 135 ? ? 56.95 82.25 37 1 ARG A 158 ? ? -100.12 -163.05 38 1 LEU A 162 ? ? -98.29 -86.70 39 1 GLU A 163 ? ? -156.60 -21.90 40 1 ASP A 164 ? ? -132.24 -41.31 41 1 PRO A 166 ? ? -68.56 79.31 42 1 LYS A 170 ? ? -115.43 -77.28 43 1 THR A 189 ? ? -151.18 -2.48 44 1 ARG A 192 ? ? 59.67 -148.70 45 1 ARG A 194 ? ? 55.52 79.78 46 1 VAL A 203 ? ? -118.03 -157.24 47 1 VAL A 207 ? ? 58.87 84.59 48 1 VAL A 213 ? ? -103.39 -76.83 49 1 LYS A 222 ? ? -69.50 96.46 50 1 VAL A 244 ? ? -102.64 -66.62 51 1 GLU A 245 ? ? -165.57 -30.30 52 1 SER A 252 ? ? -149.70 -146.74 53 1 LYS A 253 ? ? -146.53 -30.47 54 1 ALA A 255 ? ? -104.40 -103.75 55 1 VAL A 256 ? ? -110.93 -79.15 56 1 GLU A 257 ? ? 33.40 49.31 57 1 GLU D 86 ? ? 58.54 10.26 58 1 SER D 174 ? ? 62.38 61.45 59 1 ASP E 116 ? ? 39.32 33.08 60 1 GLU E 122 ? ? -79.00 -165.97 61 1 HIS J 80 ? ? -127.66 -165.78 62 1 ALA S 5 ? ? -160.42 116.28 63 1 ALA S 64 ? ? -78.34 -158.65 64 1 ILE U 38 ? ? -125.41 -50.99 65 1 ALA U 74 ? ? 70.59 -2.85 66 1 SER U 97 ? ? 57.28 71.84 67 1 ASN U 98 ? ? 72.47 40.81 68 1 SER U 99 ? ? -35.87 129.02 69 1 GLU Y 24 ? ? 69.55 -5.01 # loop_ _pdbx_validate_polymer_linkage.id _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_model_num _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.dist 1 1 "O3'" CA A 972 ? ? P CA A 973 ? ? 14.67 2 1 "O3'" CA G 1125 ? ? P CA A 1126 ? ? 2.06 3 1 "O3'" CA C 2830 ? ? P CA G 2831 ? ? 11.87 # _pdbx_struct_mod_residue.id 1 _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id F _pdbx_struct_mod_residue.label_comp_id OMU _pdbx_struct_mod_residue.label_seq_id 2552 _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id CA _pdbx_struct_mod_residue.auth_comp_id OMU _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id 2552 _pdbx_struct_mod_residue.PDB_ins_code ? _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id U _pdbx_struct_mod_residue.details 'modified residue' # _pdbx_entry_details.entry_id 9CL9 _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9CL9 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Comprehensive validation (cryo-EM)' _em_3d_fitting.details ;The atomic model was fitted into a low resolution (5 angstrom) EM map; therefore the coordinates should only serve as a general visual representation and should not be looked into detail. Initial docking of the atomic model was done in ChimeraX. Coot and Phenix were used for real-space refinements. Geometry minimization in Phenix was used to improve the RNA atomic model. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 118.80 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 4YBB CA ? ? CA ? PDB 'experimental model' 4YBB 1 2 1 8RPY 2 ? ? 2 ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 3 1 8RPY D ? ? D ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 4 1 8RPY E ? ? E ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 5 1 8RPY J ? ? J ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 6 1 8RPY Q ? ? Q ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 7 1 8RPY R ? ? R ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 8 1 8RPY S ? ? S ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 9 1 8RPY T ? ? T ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 10 1 8RPY U ? ? U ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 11 1 8RPY Y ? ? Y ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 12 1 . . . ? A ? AlphaFold 'in silico model' AF-A0A828LEY7-F1 3 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9CL9 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 5.04 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 22502 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details 'Most of the sucrose was removed by spin concentration.' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type RIBOSOME _em_entity_assembly.name 'WT 12C 50S ribosomal subunit assembly intermediate' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12' # _em_imaging.entry_id 9CL9 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TALOS ARCTICA' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details 'In order to account for highly preferred orientation of the specimen, data were acquired using tilts at -20 degrees.' _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 36000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9CL9 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 90 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 298 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details '3 microliter of the sample was added.' # _em_experiment.entry_id 9CL9 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A GLU 61 ? E GLU 61 2 1 Y 1 A SER 62 ? E SER 62 3 1 Y 1 A ALA 63 ? E ALA 63 4 1 Y 1 A GLU 64 ? E GLU 64 5 1 Y 1 A GLN 65 ? E GLN 65 6 1 Y 1 CA A 219 ? F A 219 7 1 Y 1 CA G 220 ? F G 220 8 1 Y 1 CA A 221 ? F A 221 9 1 Y 1 CA A 222 ? F A 222 10 1 Y 1 CA A 223 ? F A 223 11 1 Y 1 CA U 224 ? F U 224 12 1 Y 1 CA C 225 ? F C 225 13 1 Y 1 CA A 226 ? F A 226 14 1 Y 1 CA A 227 ? F A 227 15 1 Y 1 CA C 634 ? F C 634 16 1 Y 1 CA C 635 ? F C 635 17 1 Y 1 CA G 636 ? F G 636 18 1 Y 1 CA A 637 ? F A 637 19 1 Y 1 CA G 638 ? F G 638 20 1 Y 1 CA U 639 ? F U 639 21 1 Y 1 CA C 640 ? F C 640 22 1 Y 1 CA U 641 ? F U 641 23 1 Y 1 CA U 642 ? F U 642 24 1 Y 1 CA A 643 ? F A 643 25 1 Y 1 CA A 644 ? F A 644 26 1 Y 1 CA C 645 ? F C 645 27 1 Y 1 CA U 646 ? F U 646 28 1 Y 1 CA G 647 ? F G 647 29 1 Y 1 CA G 648 ? F G 648 30 1 Y 1 CA G 649 ? F G 649 31 1 Y 1 CA C 650 ? F C 650 32 1 Y 1 CA G 651 ? F G 651 33 1 Y 1 CA U 652 ? F U 652 34 1 Y 1 CA U 653 ? F U 653 35 1 Y 1 CA A 654 ? F A 654 36 1 Y 1 CA A 699 ? 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