data_9CQ3 # _entry.id 9CQ3 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.404 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9CQ3 pdb_00009cq3 10.2210/pdb9cq3/pdb WWPDB D_1000286074 ? ? EMDB EMD-45807 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-04-23 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-04-23 ? 3 'Additional map' 1 0 2025-04-23 1 4 'Additional map' 1 0 2025-04-23 2 5 FSC 1 0 2025-04-23 ? 6 'Half map' 1 0 2025-04-23 1 7 'Half map' 1 0 2025-04-23 2 8 Image 1 0 2025-04-23 ? 9 Mask 1 0 2025-04-23 1 10 'Primary map' 1 0 2025-04-23 ? 11 'Structure model' 1 1 2025-06-11 ? 12 'Structure model' 1 2 2025-06-25 ? 13 'Structure model' 1 3 2025-07-30 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 FSC repository 'Initial release' ? ? 6 6 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 8 8 Image repository 'Initial release' ? ? 9 9 Mask repository 'Initial release' ? ? 10 10 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 11 'Structure model' 'Data collection' 2 11 'Structure model' 'Database references' 3 12 'Structure model' 'Data collection' 4 12 'Structure model' 'Database references' 5 13 'Structure model' 'Data collection' 6 13 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 11 'Structure model' citation 2 11 'Structure model' citation_author 3 11 'Structure model' em_admin 4 12 'Structure model' citation 5 12 'Structure model' citation_author 6 12 'Structure model' em_admin 7 13 'Structure model' citation 8 13 'Structure model' em_admin # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 11 'Structure model' '_citation.country' 2 11 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 11 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 11 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 11 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 6 11 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 7 11 'Structure model' '_citation.title' 8 11 'Structure model' '_citation.year' 9 11 'Structure model' '_em_admin.last_update' 10 12 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 11 12 'Structure model' '_citation.title' 12 12 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 13 12 'Structure model' '_em_admin.last_update' 14 13 'Structure model' '_citation.journal_volume' 15 13 'Structure model' '_citation.page_first' 16 13 'Structure model' '_citation.page_last' 17 13 'Structure model' '_em_admin.last_update' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9CQ3 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-07-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'The gap-filling complex with Pol mu engaged in the NHEJ pathway' EMD-45807 'associated EM volume' EMDB . EMD-45838 'consensus EM volume' EMDB 'polymerase mu and ligase IV DBD' EMD-45839 'focused EM volume' EMDB 'Ku70/80 complex on the active side' EMD-45840 'focused EM volume' EMDB 'XRCC4/Ligase IV on the active side' EMD-45841 'focused EM volume' EMDB 'Ku70/80 complex on the supportive side' EMD-45842 'focused EM volume' EMDB 'XRCC4/Ligase IV complex on the supportive side' EMD-45843 'focused EM volume' EMDB XLF EMD-45844 'focused EM volume' EMDB 'Ligase IV NTD and DBD' EMD-45845 'focused EM volume' EMDB PAXX/XLF EMD-45846 'focused EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 4 weiy@niddk.nih.gov Wei Yang ? 'principal investigator/group leader' 0000-0002-3591-2195 5 martinge@niddk.nih.gov Martin Gellert ? 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_citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-025-09078-9 _citation.pdbx_database_id_PubMed 40500445 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Liu, L.' 1 ? primary 'Li, J.' 2 ? primary 'Cisneros-Aguirre, M.' 3 ? primary 'Merkell, A.' 4 ? primary 'Stark, J.M.' 5 ? primary 'Gellert, M.' 6 ? primary 'Yang, W.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'X-ray repair cross-complementing protein 6' 70198.336 2 3.6.4.-,4.2.99.- ? ? ? 2 polymer man 'X-ray repair cross-complementing protein 5' 82812.438 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Non-homologous end-joining factor 1' 33625.535 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'DNA repair protein XRCC4' 38337.703 4 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA 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cernunnos,XRCC4-like factor' 4 'X-ray repair cross-complementing protein 4' 5 'DNA ligase IV,Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 4' 6 'Paralog of XRCC4 and XLF,XRCC4-like small protein' 11 'Pol Mu,Terminal transferase' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GPVMSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIIS SDRDLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDV QFKMSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESS KLEDLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTK RSQIYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAAL CRYTPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDS FENPVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKV EYSEEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELLEALTKHFQD ; ;GPVMSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIIS SDRDLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDV QFKMSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESS KLEDLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTK RSQIYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAAL CRYTPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDS FENPVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKV EYSEEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELLEALTKHFQD ; A,a ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MVRSGNKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVH RHLMLPDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDIS 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ANPQVGVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTT KIPNPRFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIEAKKKDQVTAQEIFQDNHED GPTAKKLKTEQGGAHFSVSSLAEGSVTSVGSVNPAENFRVLVKQKKASFEEASNQLINHIEQFLDTNETPYFMKSIDCIR AFREEAIKFSEEQRFNNFLKALQEKVEIKQLNHFWEIVVQDGITLITKEEASGSSVTAEEAKKFLAPKDKPSGDTAAVFE EGGDVDDLLDMI ; B,b ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GPVMEELEQGLLMQPWAWLQLAENSLLAKVFITKQGYALLVSDLQQVWHEQVDTSVVSQRAKELNKRLTAPPAAFLCHLD NLLRPLLKDAAHPSEATFSCDCVADALILRVRSELSGLPFYWNFHCMLASPSLVSQHLIRPLMGMSLALQCQVRELATLL HMKDLEIQDYQESGATLIRDRLKTEPFEENSFLEQFMIEKLPEACSIGDGKPFVMNLQDLYMAVTTQEVQVGQKHQGAGD PHTSNSASLQGIDSQCVNQPEQLVSSAPTLSAPEKESTGTSGPLQRPQLSKVKRKKPRGLFS ; ;GPVMEELEQGLLMQPWAWLQLAENSLLAKVFITKQGYALLVSDLQQVWHEQVDTSVVSQRAKELNKRLTAPPAAFLCHLD NLLRPLLKDAAHPSEATFSCDCVADALILRVRSELSGLPFYWNFHCMLASPSLVSQHLIRPLMGMSLALQCQVRELATLL HMKDLEIQDYQESGATLIRDRLKTEPFEENSFLEQFMIEKLPEACSIGDGKPFVMNLQDLYMAVTTQEVQVGQKHQGAGD PHTSNSASLQGIDSQCVNQPEQLVSSAPTLSAPEKESTGTSGPLQRPQLSKVKRKKPRGLFS ; C,c ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MERKISRIHLVSEPSITHFLQVSWEKTLESGFVITLTDGHSAWTGTVSESEISQEADDMAMEKGKYVGELRKALLSGAGP ADVYTFNFSKESCYFFFEKNLKDVSFRLGSFNLEKVENPAEVIRELICYCLDTIAENQAKNEHLQKENERLLRDWNDVQG RFEKCVSAKEALETDLYKRFILVLNEKKTKIRSLHNKLLNAAQEREKDIKQEGETAICSEMTADRDPVYDESTDEESENQ TDLSGLASAAVSKDDSIISSLDVTDIAPSRKRRQRMQRNLGTEPKMAPQENQLQEKENSRPDSSLPETSKKEHISAENMS LETLRNSSPEDLFDEI ; ;MERKISRIHLVSEPSITHFLQVSWEKTLESGFVITLTDGHSAWTGTVSESEISQEADDMAMEKGKYVGELRKALLSGAGP ADVYTFNFSKESCYFFFEKNLKDVSFRLGSFNLEKVENPAEVIRELICYCLDTIAENQAKNEHLQKENERLLRDWNDVQG RFEKCVSAKEALETDLYKRFILVLNEKKTKIRSLHNKLLNAAQEREKDIKQEGETAICSEMTADRDPVYDESTDEESENQ TDLSGLASAAVSKDDSIISSLDVTDIAPSRKRRQRMQRNLGTEPKMAPQENQLQEKENSRPDSSLPETSKKEHISAENMS LETLRNSSPEDLFDEI ; D,E,d,e ? 5 'polypeptide(L)' no no ;GPVMAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDSWRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLER ERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIAS NNSAKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLEKVCRQLHDPSVGLSD ISITLFSAFKPMLAAIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHN AFKADIQICILDGEMMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIP GRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGGYWGKGSRG GMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIV QIKAAEIVPSDMYKTGCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKV IGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCVIAGSENIRVKNIILSNK HDVVKPAWLLECFKTKSFVPWQPRFMIHMCPSTKEHFAREYDCYGDSYFIDTDLNQLKEVFSGIKNSNEQTPEEMASLIA DLEYRYSWDCSPLSMFRRHTVYLDSYAVINDLSTKNEGTRLAIKALELRFHGAKVVSCLAEGVSHVIIGEDHSRVADFKA FRRTFKRKFKILKESWVTDSIDKCELQEENQYLI ; ;GPVMAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDSWRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLER ERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIAS NNSAKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLEKVCRQLHDPSVGLSD ISITLFSAFKPMLAAIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHN AFKADIQICILDGEMMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIP GRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGGYWGKGSRG GMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIV QIKAAEIVPSDMYKTGCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKV IGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCVIAGSENIRVKNIILSNK HDVVKPAWLLECFKTKSFVPWQPRFMIHMCPSTKEHFAREYDCYGDSYFIDTDLNQLKEVFSGIKNSNEQTPEEMASLIA DLEYRYSWDCSPLSMFRRHTVYLDSYAVINDLSTKNEGTRLAIKALELRFHGAKVVSCLAEGVSHVIIGEDHSRVADFKA FRRTFKRKFKILKESWVTDSIDKCELQEENQYLI ; F,f ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHSQDPMDPLSPPLCTLPPGPEPPRFVCYCEGEESGEGDRGGFNLYVTDAAELWSTCFTPDSLAALKARFGL SAAEDITPRFRAACEQQAVALTLQEDRASLTLSGGPSALAFDLSKVPGPEAAPRLRALTLGLAKRVWSLERRLAAAEETA VSPRKSPRPAGPQLFLPDPDPQRGGPGPGVRRRCPGESLINPGFKSKKPAGGVDFDET ; ;MGSSHHHHHHSQDPMDPLSPPLCTLPPGPEPPRFVCYCEGEESGEGDRGGFNLYVTDAAELWSTCFTPDSLAALKARFGL SAAEDITPRFRAACEQQAVALTLQEDRASLTLSGGPSALAFDLSKVPGPEAAPRLRALTLGLAKRVWSLERRLAAAEETA VSPRKSPRPAGPQLFLPDPDPQRGGPGPGVRRRCPGESLINPGFKSKKPAGGVDFDET ; G,H ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT) ; CGCGCCCAGCTTTCCCAGCTAATAAACTAAAAACTATGCATGCTCTACTGCTTCTGATCTAGTCGACT I ? 8 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) ; CGCGCCCAGCTTTCCCAGCTAATAAACTAAAAACATTCGTTCACGTGAGTTCCAGTACAAGTCTAGTC J ? 9 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) ; GACTAGATCAGAAGCAGTAGAGCATGCATAGTTTTTAGTTTATTGGGCGCG K ? 10 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) ; GACTTGTACTGGAACTCACGTGAACGAATGTTTTTAGTTTATTGGGCGCG L ? 11 'polypeptide(L)' no no ;HHHHHHSSGLEVLFQGPHMLPKRRRARVGSPSGDAASSTPPSTRFPGVAIYLVEPRMGRSRRAFLTGLARSKGFRVLDAC SSEATHVVMEETSAEEAVSWQERRMAAAPPGCTPPALLDISWLTESLGAGQPVPVECRHRLEVAGPRKGPLSPAWMPAYA CQRPTPLTHHNTGLSEALEILAEAAGFEGSEGRLLTFCRAASVLKALPSPVTTLSQLQGLPHFGEHSSRVVQELLEHGVC EEVERVRRSERYQTMKLFTQIFGVGVKTADRWYREGLRTLDDLREQPQKLTQQQKAGLQHHQDLSTPVLRSDVDALQQVV EEAVGQALPGATVTLTGGFRRGKLQGHDVDFLITHPKEGQEAGLLPRVMCRLQDQGLILYHQHQHSCCESPTRLAQQSHM DAFERSFCIFRLPQPPGAAVGGSTRPCPSWKAVRVDLVVAPVSQFPFALLGWTGSKLFQRELRRFSRKEKGLWLNSHGLF DPEQKTFFQAASEEDIFRHLGLEYLPPEQRNA ; ;HHHHHHSSGLEVLFQGPHMLPKRRRARVGSPSGDAASSTPPSTRFPGVAIYLVEPRMGRSRRAFLTGLARSKGFRVLDAC SSEATHVVMEETSAEEAVSWQERRMAAAPPGCTPPALLDISWLTESLGAGQPVPVECRHRLEVAGPRKGPLSPAWMPAYA CQRPTPLTHHNTGLSEALEILAEAAGFEGSEGRLLTFCRAASVLKALPSPVTTLSQLQGLPHFGEHSSRVVQELLEHGVC EEVERVRRSERYQTMKLFTQIFGVGVKTADRWYREGLRTLDDLREQPQKLTQQQKAGLQHHQDLSTPVLRSDVDALQQVV EEAVGQALPGATVTLTGGFRRGKLQGHDVDFLITHPKEGQEAGLLPRVMCRLQDQGLILYHQHQHSCCESPTRLAQQSHM DAFERSFCIFRLPQPPGAAVGGSTRPCPSWKAVRVDLVVAPVSQFPFALLGWTGSKLFQRELRRFSRKEKGLWLNSHGLF DPEQKTFFQAASEEDIFRHLGLEYLPPEQRNA ; M,m ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 12 'MAGNESIUM ION' MG 13 "2'-deoxy-5'-O-[(R)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]adenosine" DZ4 # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 PRO n 1 3 VAL n 1 4 MET n 1 5 SER n 1 6 GLY n 1 7 TRP n 1 8 GLU n 1 9 SER n 1 10 TYR n 1 11 TYR n 1 12 LYS n 1 13 THR n 1 14 GLU n 1 15 GLY n 1 16 ASP n 1 17 GLU n 1 18 GLU n 1 19 ALA n 1 20 GLU n 1 21 GLU n 1 22 GLU n 1 23 GLN n 1 24 GLU n 1 25 GLU n 1 26 ASN n 1 27 LEU n 1 28 GLU n 1 29 ALA n 1 30 SER n 1 31 GLY n 1 32 ASP n 1 33 TYR n 1 34 LYS n 1 35 TYR n 1 36 SER n 1 37 GLY n 1 38 ARG n 1 39 ASP n 1 40 SER n 1 41 LEU n 1 42 ILE n 1 43 PHE n 1 44 LEU n 1 45 VAL n 1 46 ASP n 1 47 ALA n 1 48 SER n 1 49 LYS n 1 50 ALA n 1 51 MET n 1 52 PHE n 1 53 GLU n 1 54 SER n 1 55 GLN n 1 56 SER n 1 57 GLU n 1 58 ASP n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 THR n 1 62 PRO n 1 63 PHE n 1 64 ASP n 1 65 MET n 1 66 SER n 1 67 ILE n 1 68 GLN n 1 69 CYS n 1 70 ILE n 1 71 GLN n 1 72 SER n 1 73 VAL n 1 74 TYR n 1 75 ILE n 1 76 SER n 1 77 LYS n 1 78 ILE n 1 79 ILE n 1 80 SER n 1 81 SER n 1 82 ASP n 1 83 ARG n 1 84 ASP n 1 85 LEU n 1 86 LEU n 1 87 ALA n 1 88 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GLU n 1 340 LEU n 1 341 LYS n 1 342 ARG n 1 343 PHE n 1 344 ASP n 1 345 ASP n 1 346 PRO n 1 347 GLY n 1 348 LEU n 1 349 MET n 1 350 LEU n 1 351 MET n 1 352 GLY n 1 353 PHE n 1 354 LYS n 1 355 PRO n 1 356 LEU n 1 357 VAL n 1 358 LEU n 1 359 LEU n 1 360 LYS n 1 361 LYS n 1 362 HIS n 1 363 HIS n 1 364 TYR n 1 365 LEU n 1 366 ARG n 1 367 PRO n 1 368 SER n 1 369 LEU n 1 370 PHE n 1 371 VAL n 1 372 TYR n 1 373 PRO n 1 374 GLU n 1 375 GLU n 1 376 SER n 1 377 LEU n 1 378 VAL n 1 379 ILE n 1 380 GLY n 1 381 SER n 1 382 SER n 1 383 THR n 1 384 LEU n 1 385 PHE n 1 386 SER n 1 387 ALA n 1 388 LEU n 1 389 LEU n 1 390 ILE n 1 391 LYS n 1 392 CYS n 1 393 LEU n 1 394 GLU n 1 395 LYS n 1 396 GLU n 1 397 VAL n 1 398 ALA n 1 399 ALA n 1 400 LEU n 1 401 CYS n 1 402 ARG n 1 403 TYR n 1 404 THR n 1 405 PRO n 1 406 ARG n 1 407 ARG n 1 408 ASN n 1 409 ILE n 1 410 PRO n 1 411 PRO n 1 412 TYR n 1 413 PHE n 1 414 VAL n 1 415 ALA n 1 416 LEU n 1 417 VAL n 1 418 PRO n 1 419 GLN n 1 420 GLU n 1 421 GLU n 1 422 GLU 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O CYS b 296 AD4 1 2 O ILE N 330 ? O ILE a 327 N GLN N 323 ? N GLN a 320 AD4 2 3 N SER N 322 ? N SER a 319 O THR O 277 ? O THR b 277 AD5 1 2 N ILE N 379 ? N ILE a 376 O ILE O 540 ? O ILE b 540 AD6 1 2 N GLU N 422 ? N GLU a 419 O VAL N 430 ? O VAL a 427 AD7 1 2 O THR O 78 ? O THR b 78 N LEU O 58 ? N LEU b 58 AD7 2 3 O VAL O 57 ? O VAL b 57 N LEU O 12 ? N LEU b 12 AD7 3 4 N CYS O 13 ? N CYS b 13 O GLU O 133 ? O GLU b 133 AD7 4 5 N ARG O 130 ? N ARG b 130 O SER O 160 ? O SER b 160 AD7 5 6 N PHE O 163 ? N PHE b 163 O TYR O 225 ? O TYR b 225 AD8 1 2 N CYS O 249 ? N CYS b 249 O ILE O 261 ? O ILE b 261 AD8 2 3 N ALA O 262 ? N ALA b 262 O PHE O 365 ? O PHE b 365 AD8 3 4 N LEU O 362 ? N LEU b 362 O TYR O 421 ? O TYR b 421 AD8 4 5 O VAL O 422 ? O VAL b 422 N VAL O 407 ? N VAL b 407 AD8 5 6 O ALA O 408 ? O ALA b 408 N ALA O 391 ? N ALA b 391 AD8 6 7 O ARG O 394 ? O ARG b 394 N SER O 341 ? N SER b 341 AD8 7 8 O VAL O 342 ? O VAL b 342 N THR O 252 ? N THR b 252 AD9 1 2 N LYS O 465 ? N LYS b 465 O GLU O 474 ? O GLU b 474 AE1 1 2 N ALA P 17 ? N ALA c 14 O ALA P 28 ? O ALA c 25 AE1 2 3 N THR P 33 ? N THR c 30 O GLY P 36 ? O GLY c 33 AE1 3 4 N VAL P 41 ? N VAL c 38 O TRP P 48 ? O TRP c 45 AE1 4 5 N HIS P 49 ? N HIS c 46 O MET P 127 ? O MET c 124 AE1 5 6 O TRP P 122 ? O TRP c 119 N VAL P 111 ? N VAL c 108 AE1 6 7 O ARG P 110 ? O ARG c 107 N SER P 99 ? N SER c 96 AE2 1 2 N THR P 69 ? N THR c 66 O SER R 105 ? O SER e 105 AE2 2 3 O VAL R 104 ? O VAL e 104 N LEU R 101 ? N LEU e 101 AE2 3 4 O PHE R 96 ? O PHE e 96 N ASN R 87 ? N ASN e 87 AE3 1 2 N GLU Q 2 ? N GLU d 2 O TRP Q 24 ? O TRP d 24 AE3 2 3 N PHE Q 19 ? N PHE d 19 O THR Q 37 ? O THR d 37 AE3 3 4 N ILE Q 34 ? N ILE d 34 O GLY Q 45 ? O GLY d 45 AE3 4 5 N THR Q 44 ? N THR d 44 O GLU Q 114 ? O GLU d 114 AE4 1 2 N THR Q 85 ? N THR d 85 O GLU Q 98 ? O GLU d 98 AE4 2 3 N PHE Q 95 ? N PHE d 95 O PHE Q 111 ? O PHE d 111 AE5 1 2 N LYS R 4 ? N LYS e 4 O VAL R 22 ? O VAL e 22 AE5 2 3 N PHE R 19 ? N PHE e 19 O THR R 37 ? 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The composite maps were generated by Phenix.combine_focused_maps ; _em_3d_reconstruction.resolution 2.8 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 891208 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.9 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source 'MULTIPLE SOURCES' _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'A gap-filling complex with Pol mu engaged' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5,7,8,9,10,11 # _em_imaging.entry_id 9CQ3 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_defocus_max 1500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_vitrification.entry_id 9CQ3 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9CQ3 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9CQ3 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A GLY -2 ? 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