data_9CQ6 # _entry.id 9CQ6 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.404 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9CQ6 pdb_00009cq6 10.2210/pdb9cq6/pdb WWPDB D_1000286082 ? ? EMDB EMD-45809 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-04-23 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-04-23 ? 3 'Additional map' 1 0 2025-04-23 1 4 'Additional map' 1 0 2025-04-23 2 5 FSC 1 0 2025-04-23 ? 6 'Half map' 1 0 2025-04-23 1 7 'Half map' 1 0 2025-04-23 2 8 Image 1 0 2025-04-23 ? 9 Mask 1 0 2025-04-23 1 10 'Primary map' 1 0 2025-04-23 ? 11 'Structure model' 1 1 2025-06-11 ? 12 'Structure model' 1 2 2025-06-25 ? 13 'Structure model' 1 3 2025-07-30 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 FSC repository 'Initial release' ? ? 6 6 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 8 8 Image repository 'Initial release' ? ? 9 9 Mask repository 'Initial release' ? ? 10 10 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 11 'Structure model' 'Data collection' 2 11 'Structure model' 'Database references' 3 12 'Structure model' 'Data collection' 4 12 'Structure model' 'Database references' 5 13 'Structure model' 'Data collection' 6 13 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 11 'Structure model' citation 2 11 'Structure model' citation_author 3 11 'Structure model' em_admin 4 12 'Structure model' citation 5 12 'Structure model' citation_author 6 12 'Structure model' em_admin 7 13 'Structure model' citation 8 13 'Structure model' em_admin # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 11 'Structure model' '_citation.country' 2 11 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 11 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 11 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 11 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 6 11 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 7 11 'Structure model' '_citation.title' 8 11 'Structure model' '_citation.year' 9 11 'Structure model' '_em_admin.last_update' 10 12 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 11 12 'Structure model' '_citation.title' 12 12 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 13 12 'Structure model' '_em_admin.last_update' 14 13 'Structure model' '_citation.journal_volume' 15 13 'Structure model' '_citation.page_first' 16 13 'Structure model' '_citation.page_last' 17 13 'Structure model' '_em_admin.last_update' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9CQ6 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-07-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'The ligation complex in the NHEJ pathway' EMD-45809 'associated EM volume' EMDB . EMD-45847 'consensus EM volume' EMDB 'ligase IV catalytic domain' EMD-45848 'focused EM volume' EMDB 'Ku70/80 on the active side' EMD-45849 'focused EM volume' EMDB 'XRCC4/Ligase IV on the active side' EMD-45850 'focused EM volume' EMDB 'Ku70/80 on the supportive side' EMD-45851 'focused EM volume' EMDB 'XRCC4/Ligase IV on the supportive side' EMD-45852 'focused EM volume' EMDB XLF EMD-45853 'focused EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 4 weiy@niddk.nih.gov Wei Yang ? 'principal investigator/group leader' 0000-0002-3591-2195 5 martinge@niddk.nih.gov Martin Gellert ? 'principal investigator/group leader' 0000-0002-0832-4929 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Li, J.' 1 0000-0003-2932-794X 'Liu, L.' 2 0000-0002-1433-404X 'Gellert, M.' 3 0000-0002-0832-4929 'Yang, W.' 4 0000-0002-3591-2195 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 643 _citation.language ? _citation.page_first 847 _citation.page_last 854 _citation.title 'Dynamic assemblies and coordinated reactions of non-homologous end joining.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-025-09078-9 _citation.pdbx_database_id_PubMed 40500445 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Liu, L.' 1 ? primary 'Li, J.' 2 ? primary 'Cisneros-Aguirre, M.' 3 ? primary 'Merkell, A.' 4 ? primary 'Stark, J.M.' 5 ? primary 'Gellert, M.' 6 ? primary 'Yang, W.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'X-ray repair cross-complementing protein 6' 70198.336 2 3.6.4.-,4.2.99.- ? ? ? 2 polymer man 'X-ray repair cross-complementing protein 5' 82812.438 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Non-homologous end-joining factor 1' 33625.535 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'DNA repair protein XRCC4' 38337.703 4 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA 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_entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GPVMSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIIS SDRDLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDV QFKMSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESS KLEDLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTK RSQIYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAAL CRYTPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDS FENPVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKV EYSEEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELLEALTKHFQD ; ;GPVMSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIIS SDRDLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDV QFKMSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESS KLEDLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTK RSQIYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAAL CRYTPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDS FENPVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKV EYSEEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELLEALTKHFQD ; A,a ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MVRSGNKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVH RHLMLPDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDIS LQFFLPFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKI ERHSIHWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDI VPFSKVDEEQMKYKSEGKCFSVLGFCKSSQVQRRFFMGNQVLKVFAARDDEAAAVALSSLIHALDDLDMVAIVRYAYDKR ANPQVGVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTT KIPNPRFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIEAKKKDQVTAQEIFQDNHED GPTAKKLKTEQGGAHFSVSSLAEGSVTSVGSVNPAENFRVLVKQKKASFEEASNQLINHIEQFLDTNETPYFMKSIDCIR AFREEAIKFSEEQRFNNFLKALQEKVEIKQLNHFWEIVVQDGITLITKEEASGSSVTAEEAKKFLAPKDKPSGDTAAVFE EGGDVDDLLDMI ; ;MVRSGNKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVH RHLMLPDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDIS LQFFLPFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKI ERHSIHWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDI VPFSKVDEEQMKYKSEGKCFSVLGFCKSSQVQRRFFMGNQVLKVFAARDDEAAAVALSSLIHALDDLDMVAIVRYAYDKR ANPQVGVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTT KIPNPRFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIEAKKKDQVTAQEIFQDNHED GPTAKKLKTEQGGAHFSVSSLAEGSVTSVGSVNPAENFRVLVKQKKASFEEASNQLINHIEQFLDTNETPYFMKSIDCIR AFREEAIKFSEEQRFNNFLKALQEKVEIKQLNHFWEIVVQDGITLITKEEASGSSVTAEEAKKFLAPKDKPSGDTAAVFE EGGDVDDLLDMI ; B,b ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GPVMEELEQGLLMQPWAWLQLAENSLLAKVFITKQGYALLVSDLQQVWHEQVDTSVVSQRAKELNKRLTAPPAAFLCHLD NLLRPLLKDAAHPSEATFSCDCVADALILRVRSELSGLPFYWNFHCMLASPSLVSQHLIRPLMGMSLALQCQVRELATLL HMKDLEIQDYQESGATLIRDRLKTEPFEENSFLEQFMIEKLPEACSIGDGKPFVMNLQDLYMAVTTQEVQVGQKHQGAGD PHTSNSASLQGIDSQCVNQPEQLVSSAPTLSAPEKESTGTSGPLQRPQLSKVKRKKPRGLFS ; ;GPVMEELEQGLLMQPWAWLQLAENSLLAKVFITKQGYALLVSDLQQVWHEQVDTSVVSQRAKELNKRLTAPPAAFLCHLD NLLRPLLKDAAHPSEATFSCDCVADALILRVRSELSGLPFYWNFHCMLASPSLVSQHLIRPLMGMSLALQCQVRELATLL HMKDLEIQDYQESGATLIRDRLKTEPFEENSFLEQFMIEKLPEACSIGDGKPFVMNLQDLYMAVTTQEVQVGQKHQGAGD PHTSNSASLQGIDSQCVNQPEQLVSSAPTLSAPEKESTGTSGPLQRPQLSKVKRKKPRGLFS ; C,c ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MERKISRIHLVSEPSITHFLQVSWEKTLESGFVITLTDGHSAWTGTVSESEISQEADDMAMEKGKYVGELRKALLSGAGP ADVYTFNFSKESCYFFFEKNLKDVSFRLGSFNLEKVENPAEVIRELICYCLDTIAENQAKNEHLQKENERLLRDWNDVQG RFEKCVSAKEALETDLYKRFILVLNEKKTKIRSLHNKLLNAAQEREKDIKQEGETAICSEMTADRDPVYDESTDEESENQ TDLSGLASAAVSKDDSIISSLDVTDIAPSRKRRQRMQRNLGTEPKMAPQENQLQEKENSRPDSSLPETSKKEHISAENMS LETLRNSSPEDLFDEI ; ;MERKISRIHLVSEPSITHFLQVSWEKTLESGFVITLTDGHSAWTGTVSESEISQEADDMAMEKGKYVGELRKALLSGAGP ADVYTFNFSKESCYFFFEKNLKDVSFRLGSFNLEKVENPAEVIRELICYCLDTIAENQAKNEHLQKENERLLRDWNDVQG RFEKCVSAKEALETDLYKRFILVLNEKKTKIRSLHNKLLNAAQEREKDIKQEGETAICSEMTADRDPVYDESTDEESENQ TDLSGLASAAVSKDDSIISSLDVTDIAPSRKRRQRMQRNLGTEPKMAPQENQLQEKENSRPDSSLPETSKKEHISAENMS LETLRNSSPEDLFDEI ; D,E,d,e ? 5 'polypeptide(L)' no no ;GPVMAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDSWRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLER ERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIAS NNSAKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLEKVCRQLHDPSVGLSD ISITLFSAFKPMLAAIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHN AFKADIQICILDGEMMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIP GRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGGYWGKGSRG GMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIV QIKAAEIVPSDMYKTGCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKV IGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCVIAGSENIRVKNIILSNK HDVVKPAWLLECFKTKSFVPWQPRFMIHMCPSTKEHFAREYDCYGDSYFIDTDLNQLKEVFSGIKNSNEQTPEEMASLIA DLEYRYSWDCSPLSMFRRHTVYLDSYAVINDLSTKNEGTRLAIKALELRFHGAKVVSCLAEGVSHVIIGEDHSRVADFKA FRRTFKRKFKILKESWVTDSIDKCELQEENQYLI ; ;GPVMAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDSWRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLER ERMAYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIAS NNSAKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLEKVCRQLHDPSVGLSD ISITLFSAFKPMLAAIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHN AFKADIQICILDGEMMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIP GRIEIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGGYWGKGSRG GMMSHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIV QIKAAEIVPSDMYKTGCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKV IGIIEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCVIAGSENIRVKNIILSNK HDVVKPAWLLECFKTKSFVPWQPRFMIHMCPSTKEHFAREYDCYGDSYFIDTDLNQLKEVFSGIKNSNEQTPEEMASLIA DLEYRYSWDCSPLSMFRRHTVYLDSYAVINDLSTKNEGTRLAIKALELRFHGAKVVSCLAEGVSHVIIGEDHSRVADFKA FRRTFKRKFKILKESWVTDSIDKCELQEENQYLI ; F,f ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHSQDPMDPLSPPLCTLPPGPEPPRFVCYCEGEESGEGDRGGFNLYVTDAAELWSTCFTPDSLAALKARFGL SAAEDITPRFRAACEQQAVALTLQEDRASLTLSGGPSALAFDLSKVPGPEAAPRLRALTLGLAKRVWSLERRLAAAEETA VSPRKSPRPAGPQLFLPDPDPQRGGPGPGVRRRCPGESLINPGFKSKKPAGGVDFDET ; ;MGSSHHHHHHSQDPMDPLSPPLCTLPPGPEPPRFVCYCEGEESGEGDRGGFNLYVTDAAELWSTCFTPDSLAALKARFGL SAAEDITPRFRAACEQQAVALTLQEDRASLTLSGGPSALAFDLSKVPGPEAAPRLRALTLGLAKRVWSLERRLAAAEETA VSPRKSPRPAGPQLFLPDPDPQRGGPGPGVRRRCPGESLINPGFKSKKPAGGVDFDET ; G,H ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) ; CGCGCCCAGCTTTCCCAGCTAATAAACTAAAAACTATGCATGCTCTACTGCTTCTGATCTAGTCGACC I ? 8 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC) ; CGCGCCCAGCTTTCCCAGCTAATAAACTAAAAACATTCGTTCACGTGAGTTCCAGTACAAGTCTGGTC J ? 9 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) ; GACTAGATCAGAAGCAGTAGAGCATGCATAGTTTTTAGTTTATTGGGCGCG K ? 10 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG) ; AGACTTGTACTGGAACTCACGTGAACGAATGTTTTTAGTTTATTGGGCGCG L ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 11 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ADENOSINE MONOPHOSPHATE' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id AMP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 PRO n 1 3 VAL n 1 4 MET n 1 5 SER n 1 6 GLY n 1 7 TRP n 1 8 GLU n 1 9 SER n 1 10 TYR n 1 11 TYR n 1 12 LYS n 1 13 THR n 1 14 GLU n 1 15 GLY n 1 16 ASP n 1 17 GLU n 1 18 GLU n 1 19 ALA n 1 20 GLU n 1 21 GLU n 1 22 GLU n 1 23 GLN n 1 24 GLU n 1 25 GLU n 1 26 ASN n 1 27 LEU n 1 28 GLU n 1 29 ALA n 1 30 SER n 1 31 GLY n 1 32 ASP n 1 33 TYR n 1 34 LYS n 1 35 TYR 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S N N 11 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP XRCC6_HUMAN P12956 ? 1 ;MSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIISSDR DLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDVQFK MSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESSKLE DLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTKRSQ IYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAALCRY TPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDSFEN PVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKVEYS EEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELLEALTKHFQD ; 1 2 UNP XRCC5_HUMAN P13010 ? 2 ;MVRSGNKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVH RHLMLPDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDIS LQFFLPFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKI ERHSIHWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDI VPFSKVDEEQMKYKSEGKCFSVLGFCKSSQVQRRFFMGNQVLKVFAARDDEAAAVALSSLIHALDDLDMVAIVRYAYDKR ANPQVGVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTT KIPNPRFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIEAKKKDQVTAQEIFQDNHED GPTAKKLKTEQGGAHFSVSSLAEGSVTSVGSVNPAENFRVLVKQKKASFEEASNQLINHIEQFLDTNETPYFMKSIDCIR AFREEAIKFSEEQRFNNFLKALQEKVEIKQLNHFWEIVVQDGITLITKEEASGSSVTAEEAKKFLAPKDKPSGDTAAVFE EGGDVDDLLDMI ; 1 3 UNP NHEJ1_HUMAN Q9H9Q4 ? 3 ;MEELEQGLLMQPWAWLQLAENSLLAKVFITKQGYALLVSDLQQVWHEQVDTSVVSQRAKELNKRLTAPPAAFLCHLDNLL RPLLKDAAHPSEATFSCDCVADALILRVRSELSGLPFYWNFHCMLASPSLVSQHLIRPLMGMSLALQCQVRELATLLHMK DLEIQDYQESGATLIRDRLKTEPFEENSFLEQFMIEKLPEACSIGDGKPFVMNLQDLYMAVTTQEVQVGQKHQGAGDPHT SNSASLQGIDSQCVNQPEQLVSSAPTLSAPEKESTGTSGPLQRPQLSKVKRKKPRGLFS ; 1 4 UNP XRCC4_HUMAN Q13426 ? 4 ;MERKISRIHLVSEPSITHFLQVSWEKTLESGFVITLTDGHSAWTGTVSESEISQEADDMAMEKGKYVGELRKALLSGAGP ADVYTFNFSKESCYFFFEKNLKDVSFRLGSFNLEKVENPAEVIRELICYCLDTIAENQAKNEHLQKENERLLRDWNDVQG RFEKCVSAKEALETDLYKRFILVLNEKKTKIRSLHNKLLNAAQEREKDIKQEGETAICSEMTADRDPVYDESTDEESENQ TDLSGLASAAVSKDDSIISSLDVTDIAPSRKRRQRMQRNLGTEPKMAPQENQLQEKENSRPDSSLPETSKKEHISAENMS LETLRNSSPEDLFDEI ; 1 5 UNP DNLI4_HUMAN P49917 ? 5 ;MAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDSWRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLERERM AYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIASNNS AKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLEKVCRQLHDPSVGLSDISI TLFSAFKPMLAAIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHNAFK ADIQICILDGEMMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIPGRI EIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGGYWGKGSRGGMM SHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIVQIK AAEIVPSDMYKTGCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKVIGI IEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCVIAGSENIRVKNIILSNKHDV VKPAWLLECFKTKSFVPWQPRFMIHMCPSTKEHFAREYDCYGDSYFIDTDLNQLKEVFSGIKNSNEQTPEEMASLIADLE YRYSWDCSPLSMFRRHTVYLDSYAVINDLSTKNEGTRLAIKALELRFHGAKVVSCLAEGVSHVIIGEDHSRVADFKAFRR TFKRKFKILKESWVTDSIDKCELQEENQYLI ; 1 6 UNP PAXX_HUMAN Q9BUH6 ? 6 ;MDPLSPPLCTLPPGPEPPRFVCYCEGEESGEGDRGGFNLYVTDAAELWSTCFTPDSLAALKARFGLSAAEDITPRFRAAC EQQAVALTLQEDRASLTLSGGPSALAFDLSKVPGPEAAPRLRALTLGLAKRVWSLERRLAAAEETAVSPRKSPRPAGPQL FLPDPDPQRGGPGPGVRRRCPGESLINPGFKSKKPAGGVDFDET ; 1 7 PDB 9CQ6 9CQ6 ? 7 ? 1 8 PDB 9CQ6 9CQ6 ? 8 ? 1 9 PDB 9CQ6 9CQ6 ? 9 ? 1 10 PDB 9CQ6 9CQ6 ? 10 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9CQ6 A 4 ? 612 ? P12956 1 ? 609 ? 1 609 2 2 9CQ6 B 1 ? 732 ? P13010 1 ? 732 ? 1 732 3 3 9CQ6 C 4 ? 302 ? Q9H9Q4 1 ? 299 ? 1 299 4 4 9CQ6 D 1 ? 336 ? Q13426 1 ? 336 ? 1 336 5 4 9CQ6 E 1 ? 336 ? Q13426 1 ? 336 ? 1 336 6 5 9CQ6 F 4 ? 914 ? P49917 1 ? 911 ? 1 911 7 6 9CQ6 G 15 ? 218 ? Q9BUH6 1 ? 204 ? 1 204 8 6 9CQ6 H 15 ? 218 ? Q9BUH6 1 ? 204 ? 1 204 9 7 9CQ6 I 1 ? 68 ? 9CQ6 1 ? 68 ? 1 68 10 8 9CQ6 J 1 ? 68 ? 9CQ6 1 ? 68 ? 1 68 11 9 9CQ6 K 1 ? 51 ? 9CQ6 1 ? 51 ? 1 51 12 10 9CQ6 L 1 ? 51 ? 9CQ6 1 ? 51 ? 1 51 13 1 9CQ6 a 4 ? 612 ? P12956 1 ? 609 ? 1 609 14 2 9CQ6 b 1 ? 732 ? P13010 1 ? 732 ? 1 732 15 3 9CQ6 c 4 ? 302 ? Q9H9Q4 1 ? 299 ? 1 299 16 4 9CQ6 d 1 ? 336 ? Q13426 1 ? 336 ? 1 336 17 4 9CQ6 e 1 ? 336 ? Q13426 1 ? 336 ? 1 336 18 5 9CQ6 f 4 ? 914 ? P49917 1 ? 911 ? 1 911 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9CQ6 GLY A 1 ? UNP P12956 ? ? 'expression tag' -2 1 1 9CQ6 PRO A 2 ? UNP P12956 ? ? 'expression tag' -1 2 1 9CQ6 VAL A 3 ? UNP P12956 ? ? 'expression tag' 0 3 3 9CQ6 GLY C 1 ? UNP Q9H9Q4 ? ? 'expression tag' -2 4 3 9CQ6 PRO C 2 ? UNP Q9H9Q4 ? ? 'expression tag' -1 5 3 9CQ6 VAL C 3 ? UNP Q9H9Q4 ? ? 'expression tag' 0 6 6 9CQ6 GLY F 1 ? UNP P49917 ? ? 'expression tag' -2 7 6 9CQ6 PRO F 2 ? UNP P49917 ? ? 'expression tag' -1 8 6 9CQ6 VAL F 3 ? UNP P49917 ? ? 'expression tag' 0 9 7 9CQ6 MET G 1 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'initiating methionine' -13 10 7 9CQ6 GLY G 2 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -12 11 7 9CQ6 SER G 3 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -11 12 7 9CQ6 SER G 4 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -10 13 7 9CQ6 HIS G 5 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -9 14 7 9CQ6 HIS G 6 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -8 15 7 9CQ6 HIS G 7 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -7 16 7 9CQ6 HIS G 8 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -6 17 7 9CQ6 HIS G 9 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -5 18 7 9CQ6 HIS G 10 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -4 19 7 9CQ6 SER G 11 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -3 20 7 9CQ6 GLN G 12 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -2 21 7 9CQ6 ASP G 13 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -1 22 7 9CQ6 PRO G 14 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' 0 23 8 9CQ6 MET H 1 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'initiating methionine' -13 24 8 9CQ6 GLY H 2 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -12 25 8 9CQ6 SER H 3 ? UNP Q9BUH6 ? ? 'expression tag' -11 26 8 9CQ6 SER H 4 ? UNP Q9BUH6 ? ? 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UNP P49917 ? ? 'expression tag' -1 45 18 9CQ6 VAL f 3 ? UNP P49917 ? ? 'expression tag' 0 46 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 5 ? 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