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'principal investigator/group leader' 0000-0001-7338-3389 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Song, J.S.' 1 0000-0003-1376-1389 'Kasinath, V.K.' 2 0000-0003-2686-0546 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Biorxiv _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2692-8205 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Diverse RNA Structures Induce PRC2 Dimerization and Inhibit Histone Methyltransferase Activity.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1101/2024.08.29.610323 _citation.pdbx_database_id_PubMed 39257770 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Song, J.' 1 0000-0003-1376-1389 primary 'Yao, L.' 2 ? primary 'Gooding, A.R.' 3 ? primary 'Thron, V.' 4 ? primary 'Kasinath, V.' 5 0000-0003-2686-0546 primary 'Cech, T.R.' 6 0000-0001-7338-3389 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer syn 'TERRAmut RNA' 3257.980 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Isoform 2 of Histone-lysine N-methyltransferase EZH2' 86017.859 2 2.1.1.356 ? ? ? 3 polymer man 'Polycomb protein SUZ12' 82353.133 2 ? ? ? ? 4 polymer man RBAP48 47709.527 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Zinc finger protein AEBP2' 32881.473 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Protein Jumonji' 36021.391 2 ? ? ? ? 7 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_entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 polyribonucleotide no no UGAGUGUGAG UGAGUGUGAG G ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GQTGKKSEKGPVCWRKRVKSEYMRLRQLKRFRRADEVKSMFSSNRQKILERTEILNQEWKQRRIQPVHILTSVSSLRGTR ECSVTSDLDFPTQVIPLKTLNAVASVPIMYSWSPLQQNFMVEDETVLHNIPYMGDEVLDQDGTFIEELIKNYDGKVHGDR ECGFINDEIFVELVNALGQYNDDDDDDDGDDPEEREEKQKDLEDHRDDKESRPPRKFPSDKIFEAISSMFPDKGTAEELK EKYKELTEQQLPGALPPECTPNIDGPNAKSVQREQSLHSFHTLFCRRCFKYDCFLHRKCNYSFHATPNTYKRKNTETALD NKPCGPQCYQHLEGAKEFAAALTAERIKTPPKRPGGRRRGRLPNNSSRPSTPTINVLESKDTDSDREAGTETGGENNDKE EEEKKDETSSSSEANSRCQTPIKMKPNIEPPENVEWSGAEASMFRVLIGTYYDNFCAIARLIGTKTCRQVYEFRVKESSI IAPAPAEDVDTPPRKKKRKHRLWAAHCRKIQLKKDGSSNHVYNYQPCDHPRQPCDSSCPCVIAQNFCEKFCQCSSECQNR FPGCRCKAQCNTKQCPCYLAVRECDPDLCLTCGAADHWDSKNVSCKNCSIQRGSKKHLLLAPSDVAGWGIFIKDPVQKNE FISEYCGEIISQDEADRRGKVYDKYMCSFLFNLNNDFVVDATRKGNKIRFANHSVNPNCYAKVMMVNGDHRIGIFAKRAI QTGEELFFDYRYSQADALKYVGIEREMEIP ; ;GQTGKKSEKGPVCWRKRVKSEYMRLRQLKRFRRADEVKSMFSSNRQKILERTEILNQEWKQRRIQPVHILTSVSSLRGTR 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ECYDGSYAGNPQDIHRQPGFAFSRNGPVKRTPITHILVCRPKRTKASMSEFLESEDGEVEQQRTYSSGHNRLYFHSDTCL PLRPQEMEVDSEDEKDPEWLREKTITQIEEFSDVNEGEKEVMKLWNLHVMKHGFIADNQMNHACMLFVENYGQKIIKKNL CRNFMLHLVSMHDFNLISIMSIDKAVTKLREMQQKLEKGESASPANEEITEEQNGTANGFSEINSKEKALETDSVSGVSK QSKKQKL ; B,I ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MADKEAAFDDAVEERVINEEYKIWKKNTPFLYDLVMTHALEWPSLTAQWLPDVTRPEGKDFSIHRLVLGTHTSDEQNHLV IASVQLPNDDAQFDASHYDSEKGEFGGFGSVSGKIEIEIKINHEGEVNRARYMPQNPCIIATKTPSSDVLVFDYTKHPSK PDPSGECNPDLRLRGHQKEGYGLSWNPNLSGHLLSASDDHTICLWDISAVPKEGKVVDAKTIFTGHTAVVEDVSWHLLHE SLFGSVADDQKLMIWDTRSNNTSKPSHSVDAHTAEVNCLSFNPYSEFILATGSADKTVALWDLRNLKLKLHSFESHKDEI FQVQWSPHNETILASSGTDRRLNVWDLSKIGEEQSPEDAEDGPPELLFIHGGHTAKISDFSWNPNEPWVICSVSEDNIMQ VWQMAENIYNDEDPEGSVDPEGQGS ; ;MADKEAAFDDAVEERVINEEYKIWKKNTPFLYDLVMTHALEWPSLTAQWLPDVTRPEGKDFSIHRLVLGTHTSDEQNHLV IASVQLPNDDAQFDASHYDSEKGEFGGFGSVSGKIEIEIKINHEGEVNRARYMPQNPCIIATKTPSSDVLVFDYTKHPSK PDPSGECNPDLRLRGHQKEGYGLSWNPNLSGHLLSASDDHTICLWDISAVPKEGKVVDAKTIFTGHTAVVEDVSWHLLHE 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TNNASSSCQSTPRKGKTHKHVHNGHVFNGSSRSTREKEPVQKHKSKEATPAKEKHSDHRADSRREQASANHPAAAPSTGS SAKGLAATHHHPPLHRSAQDLRKQVSKVNGVTRMSSLGAGVTSAKKMREVRPSPSKTVKYTATVTKGAVTYTKAKRELVK DTKPNHHKPSSAVNHTISGKTESSNAKTRKQVLSLGGASKSTGPAVNGLKVSGRLNPKSCTKEVGGRQLREGLQLREGLR NSKRRLEEAHQA ; ;QSQPNSPSTTPVKIVEPLLPPPATQISDLSKRKPKTEDFLTFLCLRGSPALPNSMVYFGSSQDEEEVEEEDDETEDVKTA TNNASSSCQSTPRKGKTHKHVHNGHVFNGSSRSTREKEPVQKHKSKEATPAKEKHSDHRADSRREQASANHPAAAPSTGS SAKGLAATHHHPPLHRSAQDLRKQVSKVNGVTRMSSLGAGVTSAKKMREVRPSPSKTVKYTATVTKGAVTYTKAKRELVK DTKPNHHKPSSAVNHTISGKTESSNAKTRKQVLSLGGASKSTGPAVNGLKVSGRLNPKSCTKEVGGRQLREGLQLREGLR NSKRRLEEAHQA ; E,L ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MSEREVSTAPAGTDMPAAKKQKLSSDENSNPDLSGDENDDAVSIESGTNTERPDTPTNTPNAPGRKSWGKGKWKSKKCKY SFKCVNSLKEDHNQPLFGVQFNWHSKEGDPLVFATVGSNRVTLYECHSQGEIRLLQSYVDADADENFYTCAWTYDSNTSH PLLAVAGSRGIIRIINPITMQCIKHYVGHGNAINELKFHPRDPNLLLSVSKDHALRLWNIQTDTLVAIFGGVEGHRDEVL SADYDLLGEKIMSCGMDHSLKLWRINSKRMMNAIKESYDYNPNKTNRPFISQKIHFPDFSTRDIHRNYVDCVRWLGDLIL 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CYS n 2 14 TRP n 2 15 ARG n 2 16 LYS n 2 17 ARG n 2 18 VAL n 2 19 LYS n 2 20 SER n 2 21 GLU n 2 22 TYR n 2 23 MET n 2 24 ARG n 2 25 LEU n 2 26 ARG n 2 27 GLN n 2 28 LEU n 2 29 LYS n 2 30 ARG n 2 31 PHE n 2 32 ARG n 2 33 ARG n 2 34 ALA n 2 35 ASP n 2 36 GLU n 2 37 VAL n 2 38 LYS n 2 39 SER n 2 40 MET n 2 41 PHE n 2 42 SER n 2 43 SER n 2 44 ASN n 2 45 ARG n 2 46 GLN n 2 47 LYS n 2 48 ILE n 2 49 LEU n 2 50 GLU n 2 51 ARG n 2 52 THR n 2 53 GLU n 2 54 ILE n 2 55 LEU n 2 56 ASN n 2 57 GLN n 2 58 GLU n 2 59 TRP n 2 60 LYS n 2 61 GLN n 2 62 ARG n 2 63 ARG n 2 64 ILE n 2 65 GLN n 2 66 PRO n 2 67 VAL n 2 68 HIS n 2 69 ILE n 2 70 LEU n 2 71 THR n 2 72 SER n 2 73 VAL n 2 74 SER n 2 75 SER n 2 76 LEU n 2 77 ARG n 2 78 GLY n 2 79 THR n 2 80 ARG n 2 81 GLU n 2 82 CYS n 2 83 SER n 2 84 VAL n 2 85 THR n 2 86 SER n 2 87 ASP n 2 88 LEU n 2 89 ASP n 2 90 PHE n 2 91 PRO n 2 92 THR n 2 93 GLN n 2 94 VAL n 2 95 ILE n 2 96 PRO n 2 97 LEU n 2 98 LYS n 2 99 THR n 2 100 LEU n 2 101 ASN n 2 102 ALA n 2 103 VAL n 2 104 ALA n 2 105 SER n 2 106 VAL n 2 107 PRO n 2 108 ILE n 2 109 MET n 2 110 TYR n 2 111 SER n 2 112 TRP n 2 113 SER n 2 114 PRO n 2 115 LEU n 2 116 GLN n 2 117 GLN n 2 118 ASN n 2 119 PHE n 2 120 MET n 2 121 VAL n 2 122 GLU n 2 123 ASP n 2 124 GLU n 2 125 THR n 2 126 VAL n 2 127 LEU n 2 128 HIS n 2 129 ASN n 2 130 ILE n 2 131 PRO n 2 132 TYR n 2 133 MET n 2 134 GLY n 2 135 ASP n 2 136 GLU n 2 137 VAL n 2 138 LEU n 2 139 ASP n 2 140 GLN n 2 141 ASP n 2 142 GLY n 2 143 THR n 2 144 PHE n 2 145 ILE n 2 146 GLU n 2 147 GLU n 2 148 LEU n 2 149 ILE n 2 150 LYS n 2 151 ASN n 2 152 TYR n 2 153 ASP n 2 154 GLY n 2 155 LYS n 2 156 VAL n 2 157 HIS n 2 158 GLY n 2 159 ASP n 2 160 ARG n 2 161 GLU n 2 162 CYS n 2 163 GLY n 2 164 PHE n 2 165 ILE n 2 166 ASN n 2 167 ASP n 2 168 GLU n 2 169 ILE n 2 170 PHE n 2 171 VAL n 2 172 GLU n 2 173 LEU n 2 174 VAL n 2 175 ASN n 2 176 ALA n 2 177 LEU n 2 178 GLY n 2 179 GLN n 2 180 TYR n 2 181 ASN n 2 182 ASP n 2 183 ASP n 2 184 ASP n 2 185 ASP n 2 186 ASP n 2 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O PHE K 368 AE5 1 2 N VAL K 219 ? N VAL M 220 O VAL K 266 ? O VAL M 267 AE6 1 2 N THR K 224 ? N THR M 225 O HIS K 241 ? O HIS M 242 AE7 1 2 N LYS M 83 ? N LYS J 83 O ASP M 438 ? O ASP J 438 AE7 2 3 O TRP M 437 ? O TRP J 437 N LEU M 425 ? N LEU J 425 AE7 3 4 O ILE M 426 ? O ILE J 426 N SER M 417 ? N SER J 417 AE8 1 2 N GLN M 100 ? N GLN J 100 O ALA M 114 ? O ALA J 114 AE8 2 3 N THR M 115 ? N THR J 115 O THR M 122 ? O THR J 122 AE8 3 4 N VAL M 121 ? N VAL J 121 O TYR M 138 ? O TYR J 138 AE9 1 2 N THR M 153 ? N THR J 153 O LEU M 162 ? O LEU J 162 AE9 2 3 N VAL M 165 ? N VAL J 165 O ARG M 173 ? O ARG J 173 AE9 3 4 O ASN M 176 ? O ASN J 176 N GLN M 181 ? N GLN J 181 AF1 1 2 N LYS M 197 ? N LYS J 197 O LEU M 207 ? O LEU J 207 AF1 2 3 N SER M 208 ? N SER J 208 O ARG M 216 ? O ARG J 216 AF1 3 4 N ASN M 219 ? N ASN J 219 O THR M 224 ? O THR J 224 AF1 4 5 N ILE M 228 ? N ILE J 228 O GLN M 292 ? O GLN J 292 AF2 1 2 N SER M 241 ? N SER J 241 O CYS M 254 ? O CYS J 254 AF3 1 2 N CYS M 311 ? 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O LEU J 404 # _pdbx_entry_details.entry_id 9DCH _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CB A GLN 575 ? ? 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The coordinates of G-quadruplex RNA-bound PRC2 six-subunit complex (PDB: 8FYH) provided a starting model from which all the coordinates were adjusted and rebuilt in the new map using COOT. The model of each PRC2 promoter was subjected to global refinement and minimization in real space using PHENIX. These were then subjected to manual inspection and adjustment in COOT, followed by refinement again in PHENIX. TERRAmut RNA model was generated using a 10-nucleotide single-stranded fragment (UGAGUGUGAG) using AlphaFold3 and then docked into our map for the position we designated as the RNA density. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 8FYH _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 8FYH _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9DCH _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.4 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 120658 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ;RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1 mM TCEP) EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1 mM TCEP) EM preparation buffer II (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, 0.01%NP-40, and 1 mM TCEP). ; _em_buffer.pH 7.9 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'Single-stranded RNA-mediated dimer of Polycomb Repressive Complex 2' ? ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7' 2 1 RECOMBINANT COMPLEX 'dimer of Polycomb Repressive Complex 2' ? ? ? 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N N 224 HIS CE1 NE2 sing Y N 225 HIS CE1 HE1 sing N N 226 HIS NE2 HE2 sing N N 227 HIS OXT HXT sing N N 228 ILE N CA sing N N 229 ILE N H sing N N 230 ILE N H2 sing N N 231 ILE CA C sing N N 232 ILE CA CB sing N N 233 ILE CA HA sing N N 234 ILE C O doub N N 235 ILE C OXT sing N N 236 ILE CB CG1 sing N N 237 ILE CB CG2 sing N N 238 ILE CB HB sing N N 239 ILE CG1 CD1 sing N N 240 ILE CG1 HG12 sing N N 241 ILE CG1 HG13 sing N N 242 ILE CG2 HG21 sing N N 243 ILE CG2 HG22 sing N N 244 ILE CG2 HG23 sing N N 245 ILE CD1 HD11 sing N N 246 ILE CD1 HD12 sing N N 247 ILE CD1 HD13 sing N N 248 ILE OXT HXT sing N N 249 LEU N CA sing N N 250 LEU N H sing N N 251 LEU N H2 sing N N 252 LEU CA C sing N N 253 LEU CA CB sing N N 254 LEU CA HA sing N N 255 LEU C O doub N N 256 LEU C OXT sing N N 257 LEU CB CG sing N N 258 LEU CB HB2 sing N N 259 LEU CB HB3 sing N N 260 LEU CG CD1 sing N N 261 LEU CG CD2 sing N N 262 LEU CG HG sing N N 263 LEU CD1 HD11 sing N N 264 LEU CD1 HD12 sing N N 265 LEU CD1 HD13 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436 U P OP1 doub N N 437 U P OP2 sing N N 438 U P "O5'" sing N N 439 U OP2 HOP2 sing N N 440 U "O5'" "C5'" sing N N 441 U "C5'" "C4'" sing N N 442 U "C5'" "H5'" sing N N 443 U "C5'" "H5''" sing N N 444 U "C4'" "O4'" sing N N 445 U "C4'" "C3'" sing N N 446 U "C4'" "H4'" sing N N 447 U "O4'" "C1'" sing N N 448 U "C3'" "O3'" sing N N 449 U "C3'" "C2'" sing N N 450 U "C3'" "H3'" sing N N 451 U "O3'" "HO3'" sing N N 452 U "C2'" "O2'" sing N N 453 U "C2'" "C1'" sing N N 454 U "C2'" "H2'" sing N N 455 U "O2'" "HO2'" sing N N 456 U "C1'" N1 sing N N 457 U "C1'" "H1'" sing N N 458 U N1 C2 sing N N 459 U N1 C6 sing N N 460 U C2 O2 doub N N 461 U C2 N3 sing N N 462 U N3 C4 sing N N 463 U N3 H3 sing N N 464 U C4 O4 doub N N 465 U C4 C5 sing N N 466 U C5 C6 doub N N 467 U C5 H5 sing N N 468 U C6 H6 sing N N 469 VAL N CA sing N N 470 VAL N H sing N N 471 VAL N H2 sing N N 472 VAL CA C sing N N 473 VAL CA CB sing N N 474 VAL CA HA sing N N 475 VAL C O doub N N 476 VAL C OXT sing N N 477 VAL CB CG1 sing N N 478 VAL CB CG2 sing N N 479 VAL CB HB sing N N 480 VAL CG1 HG11 sing N N 481 VAL CG1 HG12 sing N N 482 VAL CG1 HG13 sing N N 483 VAL CG2 HG21 sing N N 484 VAL CG2 HG22 sing N N 485 VAL CG2 HG23 sing N N 486 VAL OXT HXT sing N N 487 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2024-08-26 _em_admin.deposition_site RCSB _em_admin.entry_id 9DCH _em_admin.last_update 2025-03-12 _em_admin.map_release_date 2025-03-12 _em_admin.title 'Single-stranded RNA-mediated PRC2 dimer' # _em_ctf_correction.details CTFind _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue _em_entity_assembly_naturalsource.details ? ? 2 2 9606 'Homo sapiens' ? ? ? ? ? ? ? 3 3 9606 'Homo sapiens' ? ? ? ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 2 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 7111 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Trichoplusia ni' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain BTI-Tn-5B1-4 # _em_image_processing.details 'Gain correction was applied during motion correction using Relion own implementation of the UCSF motioncor2 program' _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.details ;Cryo-EM data was collected using a Titan Krios G3i equipped with a Thermo Fisher Falcon 4 direct-electron detector (DED) camera and a Selectris energy filter set with a 10-eV slit width. Data acquisition was performed using Thermo Fisher EPU at 130,000x magnification (0.97 A/pixel) with a defocus range of minus 1.9 to minus 0.5 micrometer. Movies were collected in EER format with a total dose of 50 electrons per square angstrom and an exposure time of 5.49 s corresponding to 1323 frames. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON IV (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 2 _em_image_recording.num_real_images 14230 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 10 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'TFS Selectris X' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details 'TOPAZ auto picking' _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 3385491 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? 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PRC2 was applied in excess at 600 nM. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Howard Hughes Medical Institute (HHMI)' 'United States' ? 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' R00GM132544 2 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 8FYH # _atom_sites.entry_id 9DCH _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O P S ZN # loop_