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'methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate' dolichol-pp 'C26 H48 O7 P2' 534.603 # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 MET 1 1 ? ? ? e . n A 1 2 ALA 2 2 ? ? ? e . 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MA N N 10 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP VA0E1_HUMAN O15342 ? 1 ;MAYHGLTVPLIVMSVFWGFVGFLVPWFIPKGPNRGVIITMLVTCSVCCYLFWLIAILAQLNPLFGPQLKNETIWYLKYHW P ; 1 2 UNP RNK_HUMAN Q6P5S7 ? 2 ;MGWLRPGPRPLCPPARASWAFSHRFPSPLAPRRSPTPFFMASLLCCGPKLAACGIVLSAWGVIMLIMLGIFFNVHSAVLI EDVPFTEKDFENGPQNIYNLYEQVSYNCFIAAGLYLLLGGFSFCQVRLNKRKEYMVR ; 1 3 UNP VAS1_HUMAN Q15904 ? 3 ;MMAAMATARVRMGPRCAQALWRMPWLPVFLSLAAAAAAAAAEQQVPLVLWSSDRDLWAPAADTHEGHITSDLQLSTYLDP ALELGPRNVLLFLQDKLSIEDFTAYGGVFGNKQDSAFSNLENALDLAPSSLVLPAVDWYAVSTLTTYLQEKLGASPLHVD LATLRELKLNASLPALLLIRLPYTASSGLMAPREVLTGNDEVIGQVLSTLKSEDVPYTAALTAVRPSRVARDVAVVAGGL GRQLLQKQPVSPVIHPPVSYNDTAPRILFWAQNFSVAYKDQWEDLTPLTFGVQELNLTGSFWNDSFARLSLTYERLFGTT VTFKFILANRLYPVSARHWFTMERLEVHSNGSVAYFNASQVTGPSIYSFHCEYVSSLSKKGSLLVARTQPSPWQMMLQDF QIQAFNVMGEQFSYASDCASFFSPGIWMGLLTSLFMLFIFTYGLHMILSLKTMDRFDDHKGPTISLTQIV ; 1 4 UNP RENR_HUMAN O75787 ? 4 ;MAVFVVLLALVAGVLGNEFSILKSPGSVVFRNGNWPIPGERIPDVAALSMGFSVKEDLSWPGLAVGNLFHRPRATVMVMV KGVNKLALPPGSVISYPLENAVPFSLDSVANSIHSLFSEETPVVLQLAPSEERVYMVGKANSVFEDLSVTLRQLRNRLFQ ENSVLSSLPLNSLSRNNEVDLLFLSELQVLHDISSLLSRHKHLAKDHSPDLYSLELAGLDEIGKRYGEDSEQFRDASKIL VDALQKFADDMYSLYGGNAVVELVTVKSFDTSLIRKTRTILEAKQAKNPASPYNLAYKYNFEYSVVFNMVLWIMIALALA VIITSYNIWNMDPGYDSIIYRMTNQKIRMD ; 1 5 UNP VATO_HUMAN Q99437 ? 5 ;MTGLALLYSGVFVAFWACALAVGVCYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGG VKAPRIKTKNLVSIIFCEAVAIYGIIMAIVISNMAEPFSATDPKAIGHRNYHAGYSMFGAGLTVGLSNLFCGVCVGIVGS GAALADAQNPSLFVKILIVEIFGSAIGLFGVIVAILQTSRVKMGD ; 1 6 UNP VATL_HUMAN P27449 ? 6 ;MSESKSGPEYASFFAVMGASAAMVFSALGAAYGTAKSGTGIAAMSVMRPEQIMKSIIPVVMAGIIAIYGLVVAVLIANSL NDDISLYKSFLQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGTAQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALILSTK ; 1 7 UNP VA0D1_HUMAN P61421 ? 7 ;MSFFPELYFNVDNGYLEGLVRGLKAGVLSQADYLNLVQCETLEDLKLHLQSTDYGNFLANEASPLTVSVIDDRLKEKMVV EFRHMRNHAYEPLASFLDFITYSYMIDNVILLITGTLHQRSIAELVPKCHPLGSFEQMEAVNIAQTPAELYNAILVDTPL AAFFQDCISEQDLDEMNIEIIRNTLYKAYLESFYKFCTLLGGTTADAMCPILEFEADRRAFIITINSFGTELSKEDRAKL FPHCGRLYPEGLAQLARADDYEQVKNVADYYPEYKLLFEGAGSNPGDKTLEDRFFEHEVKLNKLAFLNQFHFGVFYAFVK LKEQECRNIVWIAECIAQRHRAKIDNYIPIF ; 1 8 UNP VPP4_HUMAN Q9HBG4 ? 8 ;MVSVFRSEEMCLSQLFLQVEAAYCCVAELGELGLVQFKDLNMNVNSFQRKFVNEVRRCESLERILRFLEDEMQNEIVVQL LEKSPLTPLPREMITLETVLEKLEGELQEANQNQQALKQSFLELTELKYLLKKTQDFFETETNLADDFFTEDTSGLLELK AVPAYMTGKLGFIAGVINRERMASFERLLWRICRGNVYLKFSEMDAPLEDPVTKEEIQKNIFIIFYQGEQLRQKIKKICD GFRATVYPCPEPAVERREMLESVNVRLEDLITVITQTESHRQRLLQEAAANWHSWLIKVQKMKAVYHILNMCNIDVTQQC VIAEIWFPVADATRIKRALEQGMELSGSSMAPIMTTVQSKTAPPTFNRTNKFTAGFQNIVDAYGVGSYREINPAPYTIIT FPFLFAVMFGDCGHGTVMLLAALWMILNERRLLSQKTDNEIWNTFFHGRYLILLMGIFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSS WSVQPMFRNGTWNTHVMEESLYLQLDPAIPGVYFGNPYPFGIDPIWNLASNKLTFLNSYKMKMSVILGIVQMVFGVILSL FNHIYFRRTLNIILQFIPEMIFILCLFGYLVFMIIFKWCCFDVHVSQHAPSILIHFINMFLFNYSDSSNAPLYKHQQEVQ SFFVVMALISVPWMLLIKPFILRASHRKSQLQASRIQEDATENIEGDSSSPSSRSGQRTSADTHGALDDHGEEFNFGDVF VHQAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVMNSGLQTRGWGGIVGVFIIFAVFAVLTVAILLIMEGLS AFLHALRLHWVEFQNKFYVGDGYKFSPFSFKHILDGTAEE ; 1 9 PDB 9DET 9DET ? 9 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9DET e 1 ? 81 ? O15342 1 ? 81 ? 1 81 2 2 9DET f 1 ? 137 ? Q6P5S7 1 ? 137 ? 1 137 3 3 9DET o 1 ? 470 ? Q15904 1 ? 470 ? 1 470 4 4 9DET p 1 ? 350 ? O75787 1 ? 350 ? 1 350 5 5 9DET b 1 ? 205 ? Q99437 1 ? 205 ? 1 205 6 6 9DET c 1 ? 155 ? P27449 1 ? 155 ? 1 155 7 6 9DET g 1 ? 155 ? P27449 1 ? 155 ? 1 155 8 6 9DET h 1 ? 155 ? P27449 1 ? 155 ? 1 155 9 6 9DET i 1 ? 155 ? P27449 1 ? 155 ? 1 155 10 6 9DET j 1 ? 155 ? P27449 1 ? 155 ? 1 155 11 6 9DET k 1 ? 155 ? P27449 1 ? 155 ? 1 155 12 6 9DET l 1 ? 155 ? P27449 1 ? 155 ? 1 155 13 6 9DET m 1 ? 155 ? P27449 1 ? 155 ? 1 155 14 6 9DET n 1 ? 155 ? P27449 1 ? 155 ? 1 155 15 7 9DET d 1 ? 351 ? P61421 1 ? 351 ? 1 351 16 8 9DET a 1 ? 840 ? 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'expression tag' 863 23 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 17-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 17 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 7 ? 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ALA b 83 LYS b 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 THR E 88 ? LYS E 89 ? THR b 88 LYS b 89 5 ? 2 HELX_P HELX_P17 AB8 ASN E 90 ? ALA E 99 ? ASN b 90 ALA b 99 1 ? 10 HELX_P HELX_P18 AB9 ALA E 99 ? ASN E 113 ? ALA b 99 ASN b 113 1 ? 15 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY E 127 ? ALA E 167 ? GLY b 127 ALA b 167 1 ? 41 HELX_P HELX_P20 AC2 ASN E 169 ? SER E 171 ? ASN b 169 SER b 171 5 ? 3 HELX_P HELX_P21 AC3 LEU E 172 ? SER E 184 ? LEU b 172 SER b 184 1 ? 13 HELX_P HELX_P22 AC4 ALA E 185 ? THR E 198 ? ALA b 185 THR b 198 1 ? 14 HELX_P HELX_P23 AC5 PRO F 8 ? ALA F 11 ? PRO c 8 ALA c 11 5 ? 4 HELX_P HELX_P24 AC6 SER F 12 ? SER F 45 ? SER c 12 SER c 45 1 ? 34 HELX_P HELX_P25 AC7 VAL F 46 ? MET F 47 ? VAL c 46 MET c 47 5 ? 2 HELX_P HELX_P26 AC8 ARG F 48 ? ILE F 52 ? ARG c 48 ILE c 52 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 AC9 ILE F 56 ? SER F 79 ? ILE c 56 SER c 79 1 ? 24 HELX_P HELX_P28 AD1 SER F 85 ? GLN F 124 ? SER c 85 GLN c 124 1 ? 40 HELX_P HELX_P29 AD2 LEU F 127 ? THR F 154 ? 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ILE m 64 SER m 79 1 ? 16 HELX_P HELX_P72 AH9 SER M 85 ? ALA M 95 ? SER m 85 ALA m 95 1 ? 11 HELX_P HELX_P73 AI1 ALA M 95 ? GLN M 124 ? ALA m 95 GLN m 124 1 ? 30 HELX_P HELX_P74 AI2 LEU M 127 ? ILE M 132 ? LEU m 127 ILE m 132 1 ? 6 HELX_P HELX_P75 AI3 LEU M 133 ? ALA M 149 ? LEU m 133 ALA m 149 1 ? 17 HELX_P HELX_P76 AI4 ALA M 149 ? THR M 154 ? ALA m 149 THR m 154 1 ? 6 HELX_P HELX_P77 AI5 SER N 12 ? ARG N 48 ? SER n 12 ARG n 48 1 ? 37 HELX_P HELX_P78 AI6 PRO N 49 ? SER N 55 ? PRO n 49 SER n 55 5 ? 7 HELX_P HELX_P79 AI7 ILE N 56 ? SER N 79 ? ILE n 56 SER n 79 1 ? 24 HELX_P HELX_P80 AI8 TYR N 87 ? GLN N 124 ? TYR n 87 GLN n 124 1 ? 38 HELX_P HELX_P81 AI9 LEU N 127 ? LYS N 155 ? LEU n 127 LYS n 155 1 ? 29 HELX_P HELX_P82 AJ1 PHE O 4 ? PHE O 9 ? PHE d 4 PHE d 9 1 ? 6 HELX_P HELX_P83 AJ2 ASN O 10 ? ASP O 12 ? ASN d 10 ASP d 12 5 ? 3 HELX_P HELX_P84 AJ3 ASN O 13 ? ALA O 25 ? ASN d 13 ALA d 25 1 ? 13 HELX_P HELX_P85 AJ4 SER O 29 ? LEU O 36 ? 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N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG S . ? 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ARG q 47 ILE q 53 AB3 2 THR Q 35 ? GLN Q 41 ? THR q 35 GLN q 41 AB3 3 VAL Q 95 ? THR Q 101 ? VAL q 95 THR q 101 AB4 1 PHE Q 70 ? ARG Q 74 ? PHE q 70 ARG q 74 AB4 2 VAL Q 81 ? MET Q 85 ? 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O ALA o 354 AA5 5 6 N ASN C 357 ? N ASN o 357 O VAL C 385 ? O VAL o 385 AA6 1 2 N LYS P 38 ? N LYS a 38 O GLU P 324 ? O GLU a 324 AA6 2 3 O ILE P 322 ? O ILE a 322 N ASN P 313 ? N ASN a 313 AA7 1 2 N LYS P 38 ? N LYS a 38 O GLU P 324 ? O GLU a 324 AA7 2 3 O ALA P 323 ? O ALA a 323 N LEU P 15 ? N LEU a 15 AA7 3 4 N GLN P 14 ? N GLN a 14 O THR P 355 ? O THR a 355 AA8 1 2 N LYS P 200 ? N LYS a 200 O ILE P 223 ? O ILE a 223 AA8 2 3 O ILE P 224 ? O ILE a 224 N ILE P 173 ? N ILE a 173 AA8 3 4 N VAL P 176 ? N VAL a 176 O THR P 245 ? O THR a 245 AA9 1 2 N LEU P 208 ? N LEU a 208 O ILE P 217 ? O ILE a 217 AB1 1 2 N GLN Q 7 ? N GLN q 7 O ALA Q 25 ? O ALA q 25 AB2 1 2 N VAL Q 14 ? N VAL q 14 O SER Q 126 ? O SER q 126 AB3 1 2 O VAL Q 50 ? O VAL q 50 N TRP Q 38 ? N TRP q 38 AB3 2 3 N PHE Q 39 ? N PHE q 39 O TYR Q 97 ? O TYR q 97 AB4 1 2 N THR Q 71 ? N THR q 71 O GLN Q 84 ? 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All other subunits present in the complex are endogenously expressed and have formed a complex with the FLAG tagged a4. The Nanobody was raised against a4 and used for concentrating the sample for EM. 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N N 344 MET N CA sing N N 345 MET N H sing N N 346 MET N H2 sing N N 347 MET CA C sing N N 348 MET CA CB sing N N 349 MET CA HA sing N N 350 MET C O doub N N 351 MET C OXT sing N N 352 MET CB CG sing N N 353 MET CB HB2 sing N N 354 MET CB HB3 sing N N 355 MET CG SD sing N N 356 MET CG HG2 sing N N 357 MET CG HG3 sing N N 358 MET SD CE sing N N 359 MET CE HE1 sing N N 360 MET CE HE2 sing N N 361 MET CE HE3 sing N N 362 MET OXT HXT sing N N 363 NAG C1 C2 sing N N 364 NAG C1 O1 sing N N 365 NAG C1 O5 sing N N 366 NAG C1 H1 sing N N 367 NAG C2 C3 sing N N 368 NAG C2 N2 sing N N 369 NAG C2 H2 sing N N 370 NAG C3 C4 sing N N 371 NAG C3 O3 sing N N 372 NAG C3 H3 sing N N 373 NAG C4 C5 sing N N 374 NAG C4 O4 sing N N 375 NAG C4 H4 sing N N 376 NAG C5 C6 sing N N 377 NAG C5 O5 sing N N 378 NAG C5 H5 sing N N 379 NAG C6 O6 sing N N 380 NAG C6 H61 sing N N 381 NAG C6 H62 sing N N 382 NAG C7 C8 sing N N 383 NAG C7 N2 sing N N 384 NAG C7 O7 doub N N 385 NAG C8 H81 sing N N 386 NAG C8 H82 sing N N 387 NAG C8 H83 sing N N 388 NAG N2 HN2 sing N N 389 NAG O1 HO1 sing N N 390 NAG O3 HO3 sing N N 391 NAG O4 HO4 sing N N 392 NAG O6 HO6 sing N N 393 PHE N CA sing N N 394 PHE N H sing N N 395 PHE N H2 sing N N 396 PHE CA C sing N N 397 PHE CA CB sing N N 398 PHE CA HA sing N N 399 PHE C O doub N N 400 PHE C OXT sing N N 401 PHE CB CG sing N N 402 PHE CB HB2 sing N N 403 PHE CB HB3 sing N N 404 PHE CG CD1 doub Y N 405 PHE CG CD2 sing Y N 406 PHE CD1 CE1 sing Y N 407 PHE CD1 HD1 sing N N 408 PHE CD2 CE2 doub Y N 409 PHE CD2 HD2 sing N N 410 PHE CE1 CZ doub Y N 411 PHE CE1 HE1 sing N N 412 PHE CE2 CZ sing Y N 413 PHE CE2 HE2 sing N N 414 PHE CZ HZ sing N N 415 PHE OXT HXT sing N N 416 POV N C12 sing N N 417 POV N C13 sing N N 418 POV N C14 sing N N 419 POV N C15 sing N N 420 POV P O11 sing N N 421 POV P O12 sing N N 422 POV P O13 sing N N 423 POV P O14 doub N N 424 POV C1 C2 sing N N 425 POV C1 O11 sing N N 426 POV C1 H1 sing N N 427 POV C1 H1A sing N N 428 POV C2 C3 sing N N 429 POV C2 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