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'Valencia-Sanchez, M.I.' 2 0000-0002-7199-4546 'Armache, J.P.' 3 0000-0001-9195-2282 'Armache, K.-J.' 4 0000-0001-9949-0270 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country ? _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'To Be Published' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD 0353 _citation.journal_id_ISSN ? _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'ncPRC1RYBP Delta-linker mutant bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome' _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Godinez-Lopez, V.' 1 ? primary 'Valencia-Sanchez, M.I.' 2 0000-0002-7199-4546 primary 'Armache, K.-J.' 3 0000-0001-9949-0270 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15435.126 2 ? 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;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; C ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPCKTESAKSAKSK ; ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPCKTESAKSAKSK ; G ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA) (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGCGACACCGGCACTGGAACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAA AACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGAT TCTCCAGGGGATCGGGCATCACCCGAT ; I ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGGTGATGCCCGATCCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAA ACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATAC ATCCTGTTCCAGTGCCGGTGTCGCGAT ; J ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MTMGDKKSPTRPKRQAKPAADEGFWDCSVCTFRNSAEAFKCSICDVRKGTSTRKPRINSQLVAQQVAQQYATPPPPKKEK KEKVEKQDKEKPEKDKEISPSVTKKNTNKKTKPKSDILKDPPSEANSIQSANATTKTSETNHTSRPRLKNVDRSTAQQLA VTVGNVTVIITDFKEKTRSSSTSSSTVTSSAGSEQQNQSSSGSESTDKGSSRSSTPKGDMSAVNDESF ; ;MTMGDKKSPTRPKRQAKPAADEGFWDCSVCTFRNSAEAFKCSICDVRKGTSTRKPRINSQLVAQQVAQQYATPPPPKKEK KEKVEKQDKEKPEKDKEISPSVTKKNTNKKTKPKSDILKDPPSEANSIQSANATTKTSETNHTSRPRLKNVDRSTAQQLA VTVGNVTVIITDFKEKTRSSSTSSSTVTSSAGSEQQNQSSSGSESTDKGSSRSSTPKGDMSAVNDESF ; M ? 9 'polypeptide(L)' no no MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGC N ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 10 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 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n 1 103 ALA n 1 104 LEU n 1 105 PHE n 1 106 GLU n 1 107 ASP n 1 108 THR n 1 109 ASN n 1 110 LEU n 1 111 CYS n 1 112 ALA n 1 113 ILE n 1 114 HIS n 1 115 ALA n 1 116 LYS n 1 117 ARG n 1 118 VAL n 1 119 THR n 1 120 ILE n 1 121 MET n 1 122 PRO n 1 123 LYS n 1 124 ASP n 1 125 ILE n 1 126 GLN n 1 127 LEU n 1 128 ALA n 1 129 ARG n 1 130 ARG n 1 131 ILE n 1 132 ARG n 1 133 GLY n 1 134 GLU n 1 135 ARG n 1 136 ALA n 2 1 MET n 2 2 SER n 2 3 GLY n 2 4 ARG n 2 5 GLY n 2 6 LYS n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 LEU n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 GLY n 2 16 ALA n 2 17 LYS n 2 18 ARG n 2 19 HIS n 2 20 ARG n 2 21 LYS n 2 22 VAL n 2 23 LEU n 2 24 ARG n 2 25 ASP n 2 26 ASN n 2 27 ILE n 2 28 GLN n 2 29 GLY n 2 30 ILE n 2 31 THR n 2 32 LYS n 2 33 PRO n 2 34 ALA n 2 35 ILE n 2 36 ARG n 2 37 ARG n 2 38 LEU n 2 39 ALA n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 GLY n 2 43 GLY n 2 44 VAL n 2 45 LYS n 2 46 ARG n 2 47 ILE n 2 48 SER n 2 49 GLY n 2 50 LEU n 2 51 ILE n 2 52 TYR n 2 53 GLU n 2 54 GLU n 2 55 THR n 2 56 ARG n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 LYS n 2 61 VAL n 2 62 PHE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 ASN n 2 66 VAL n 2 67 ILE n 2 68 ARG n 2 69 ASP n 2 70 ALA n 2 71 VAL n 2 72 THR n 2 73 TYR n 2 74 THR n 2 75 GLU n 2 76 HIS n 2 77 ALA n 2 78 LYS n 2 79 ARG n 2 80 LYS n 2 81 THR n 2 82 VAL n 2 83 THR n 2 84 ALA n 2 85 MET n 2 86 ASP n 2 87 VAL n 2 88 VAL n 2 89 TYR n 2 90 ALA n 2 91 LEU n 2 92 LYS n 2 93 ARG n 2 94 GLN n 2 95 GLY n 2 96 ARG n 2 97 THR n 2 98 LEU n 2 99 TYR n 2 100 GLY n 2 101 PHE n 2 102 GLY n 2 103 GLY n 3 1 MET n 3 2 SER n 3 3 GLY n 3 4 ARG n 3 5 GLY n 3 6 LYS n 3 7 GLN n 3 8 GLY n 3 9 GLY n 3 10 LYS n 3 11 THR n 3 12 ARG n 3 13 ALA n 3 14 LYS n 3 15 ALA n 3 16 LYS n 3 17 THR n 3 18 ARG n 3 19 SER n 3 20 SER n 3 21 ARG n 3 22 ALA n 3 23 GLY n 3 24 LEU n 3 25 GLN n 3 26 PHE n 3 27 PRO n 3 28 VAL n 3 29 GLY n 3 30 ARG n 3 31 VAL n 3 32 HIS n 3 33 ARG n 3 34 LEU n 3 35 LEU n 3 36 ARG n 3 37 LYS n 3 38 GLY n 3 39 ASN n 3 40 TYR n 3 41 ALA n 3 42 GLU n 3 43 ARG 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UNP P0CG47 GLY 76 'engineered mutation' 76 8 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 12-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? 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ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 GLN G 113 ? LEU G 117 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 TYR H 38 ? HIS H 50 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P32 AD5 SER H 56 ? ASN H 85 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P33 AD6 THR H 91 ? LEU H 103 ? THR H 87 LEU H 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO H 104 ? ALA H 125 ? PRO H 100 ALA H 121 1 ? 22 HELX_P HELX_P35 AD8 THR L 22 ? GLY L 35 ? THR N 22 GLY N 35 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO L 37 ? ASP L 39 ? PRO N 37 ASP N 39 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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I DG 19 O6 ? ? ? 1_555 J DC 169 N4 ? ? I DG 19 J DC 169 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? I DA 20 N1 ? ? ? 1_555 J DT 168 N3 ? ? I DA 20 J DT 168 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? I DA 20 N6 ? ? ? 1_555 J DT 168 O4 ? ? I DA 20 J DT 168 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? I DA 21 N1 ? ? ? 1_555 J DG 166 N1 ? ? I DA 21 J DG 166 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? I DA 21 N6 ? ? ? 1_555 J DG 166 O6 ? ? I DA 21 J DG 166 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_8_PAIR ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? I DA 21 N1 ? ? ? 1_555 J DT 167 N3 ? ? I DA 21 J DT 167 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? I DA 21 N6 ? ? ? 1_555 J DT 167 O4 ? ? I DA 21 J DT 167 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? I DC 22 N3 ? ? ? 1_555 J DG 166 N1 ? ? I DC 22 J DG 166 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? I DC 22 N4 ? ? ? 1_555 J DG 166 O6 ? ? I DC 22 J DG 166 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? I DC 22 O2 ? ? ? 1_555 J DG 166 N2 ? ? I DC 22 J DG 166 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? I DA 23 N1 ? ? ? 1_555 J DT 165 N3 ? ? I DA 23 J DT 165 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? I DA 23 N6 ? ? ? 1_555 J DT 165 O4 ? ? I DA 23 J DT 165 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? I DG 24 N1 ? ? ? 1_555 J DC 164 N3 ? ? I DG 24 J DC 164 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? I DG 24 N2 ? ? ? 1_555 J DC 164 O2 ? ? I DG 24 J DC 164 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? I DG 24 O6 ? ? ? 1_555 J DC 164 N4 ? ? I DG 24 J DC 164 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? I DG 25 N1 ? ? ? 1_555 J DC 163 N3 ? ? I DG 25 J DC 163 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? I DG 25 N2 ? ? ? 1_555 J DC 163 O2 ? ? I DG 25 J DC 163 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? I DG 25 O6 ? ? ? 1_555 J DC 163 N4 ? ? 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