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C THR 595 OG1 307 1 Y 1 A THR 581 ? CG2 ? C THR 595 CG2 308 1 Y 1 A SER 583 ? OG ? C SER 597 OG 309 1 Y 1 A LYS 587 ? CG ? C LYS 601 CG 310 1 Y 1 A LYS 587 ? CD ? C LYS 601 CD 311 1 Y 1 A LYS 587 ? CE ? C LYS 601 CE 312 1 Y 1 A LYS 587 ? NZ ? C LYS 601 NZ 313 1 Y 1 C SER 4 ? OG ? D SER 4 OG 314 1 Y 1 C LYS 7 ? CG ? D LYS 7 CG 315 1 Y 1 C LYS 7 ? CD ? D LYS 7 CD 316 1 Y 1 C LYS 7 ? CE ? D LYS 7 CE 317 1 Y 1 C LYS 7 ? NZ ? D LYS 7 NZ 318 1 Y 1 C ARG 8 ? CG ? D ARG 8 CG 319 1 Y 1 C ARG 8 ? CD ? D ARG 8 CD 320 1 Y 1 C ARG 8 ? NE ? D ARG 8 NE 321 1 Y 1 C ARG 8 ? CZ ? D ARG 8 CZ 322 1 Y 1 C ARG 8 ? NH1 ? D ARG 8 NH1 323 1 Y 1 C ARG 8 ? NH2 ? D ARG 8 NH2 324 1 Y 1 C ARG 11 ? CG ? D ARG 11 CG 325 1 Y 1 C ARG 11 ? CD ? D ARG 11 CD 326 1 Y 1 C ARG 11 ? NE ? D ARG 11 NE 327 1 Y 1 C ARG 11 ? CZ ? D ARG 11 CZ 328 1 Y 1 C ARG 11 ? NH1 ? D ARG 11 NH1 329 1 Y 1 C ARG 11 ? NH2 ? D ARG 11 NH2 330 1 Y 1 C GLU 12 ? CG ? D GLU 12 CG 331 1 Y 1 C GLU 12 ? CD ? D GLU 12 CD 332 1 Y 1 C GLU 12 ? OE1 ? D GLU 12 OE1 333 1 Y 1 C GLU 12 ? OE2 ? D GLU 12 OE2 334 1 Y 1 C GLU 15 ? CG ? D GLU 15 CG 335 1 Y 1 C GLU 15 ? CD ? D GLU 15 CD 336 1 Y 1 C GLU 15 ? OE1 ? D GLU 15 OE1 337 1 Y 1 C GLU 15 ? OE2 ? D GLU 15 OE2 338 1 Y 1 C GLU 16 ? CG ? D GLU 16 CG 339 1 Y 1 C GLU 16 ? CD ? D GLU 16 CD 340 1 Y 1 C GLU 16 ? OE1 ? D GLU 16 OE1 341 1 Y 1 C GLU 16 ? OE2 ? D GLU 16 OE2 342 1 Y 1 C GLU 19 ? CG ? D GLU 19 CG 343 1 Y 1 C GLU 19 ? CD ? D GLU 19 CD 344 1 Y 1 C GLU 19 ? OE1 ? D GLU 19 OE1 345 1 Y 1 C GLU 19 ? OE2 ? D GLU 19 OE2 346 1 Y 1 C GLU 22 ? CG ? D GLU 22 CG 347 1 Y 1 C GLU 22 ? CD ? D GLU 22 CD 348 1 Y 1 C GLU 22 ? OE1 ? D GLU 22 OE1 349 1 Y 1 C GLU 22 ? OE2 ? D GLU 22 OE2 350 1 Y 1 C LYS 23 ? CG ? D LYS 23 CG 351 1 Y 1 C LYS 23 ? CD ? D LYS 23 CD 352 1 Y 1 C LYS 23 ? CE ? D LYS 23 CE 353 1 Y 1 C LYS 23 ? NZ ? D LYS 23 NZ 354 1 Y 1 C ASP 25 ? CG ? D ASP 25 CG 355 1 Y 1 C ASP 25 ? OD1 ? D ASP 25 OD1 356 1 Y 1 C ASP 25 ? OD2 ? D ASP 25 OD2 357 1 Y 1 C GLU 30 ? CG ? D GLU 30 CG 358 1 Y 1 C GLU 30 ? CD ? D GLU 30 CD 359 1 Y 1 C GLU 30 ? OE1 ? D GLU 30 OE1 360 1 Y 1 C GLU 30 ? OE2 ? D GLU 30 OE2 361 1 Y 1 C GLU 31 ? CG ? D GLU 31 CG 362 1 Y 1 C GLU 31 ? CD ? D GLU 31 CD 363 1 Y 1 C GLU 31 ? OE1 ? D GLU 31 OE1 364 1 Y 1 C GLU 31 ? OE2 ? D GLU 31 OE2 365 1 Y 1 C ARG 41 ? CG ? D ARG 41 CG 366 1 Y 1 C ARG 41 ? CD ? D ARG 41 CD 367 1 Y 1 C ARG 41 ? NE ? D ARG 41 NE 368 1 Y 1 C ARG 41 ? CZ ? D ARG 41 CZ 369 1 Y 1 C ARG 41 ? NH1 ? D ARG 41 NH1 370 1 Y 1 C ARG 41 ? NH2 ? D ARG 41 NH2 371 1 Y 1 C GLU 46 ? CG ? D GLU 46 CG 372 1 Y 1 C GLU 46 ? CD ? D GLU 46 CD 373 1 Y 1 C GLU 46 ? OE1 ? D GLU 46 OE1 374 1 Y 1 C GLU 46 ? OE2 ? D GLU 46 OE2 375 1 Y 1 C GLU 47 ? CG ? D GLU 47 CG 376 1 Y 1 C GLU 47 ? CD ? D GLU 47 CD 377 1 Y 1 C GLU 47 ? OE1 ? D GLU 47 OE1 378 1 Y 1 C GLU 47 ? OE2 ? D GLU 47 OE2 379 1 Y 1 C GLU 50 ? CG ? D GLU 50 CG 380 1 Y 1 C GLU 50 ? CD ? D GLU 50 CD 381 1 Y 1 C GLU 50 ? OE1 ? D GLU 50 OE1 382 1 Y 1 C GLU 50 ? OE2 ? D GLU 50 OE2 383 1 Y 1 C GLU 51 ? CG ? D GLU 51 CG 384 1 Y 1 C GLU 51 ? CD ? D GLU 51 CD 385 1 Y 1 C GLU 51 ? OE1 ? D GLU 51 OE1 386 1 Y 1 C GLU 51 ? OE2 ? D GLU 51 OE2 387 1 Y 1 C GLU 54 ? CG ? D GLU 54 CG 388 1 Y 1 C GLU 54 ? CD ? D GLU 54 CD 389 1 Y 1 C GLU 54 ? OE1 ? D GLU 54 OE1 390 1 Y 1 C GLU 54 ? OE2 ? D GLU 54 OE2 391 1 Y 1 C GLU 58 ? CG ? D GLU 58 CG 392 1 Y 1 C GLU 58 ? CD ? D GLU 58 CD 393 1 Y 1 C GLU 58 ? OE1 ? D GLU 58 OE1 394 1 Y 1 C GLU 58 ? OE2 ? D GLU 58 OE2 395 1 Y 1 C VAL 59 ? CG1 ? D VAL 59 CG1 396 1 Y 1 C VAL 59 ? CG2 ? D VAL 59 CG2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9DKK _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9DKK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9DKK _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9DKK _struct.title ;Designed miniproteins potently inhibit and protect against MERS-CoV. MERS-CoV S in complex with miniprotein cb3_GGGSGGGS_SB175, linker 7 (Local refinement of two RBDs and 2 miniproteins) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9DKK _struct_keywords.text ;Coronavirus, betacoronavirus, MERS-CoV, single particle cryo-EM, neutralization assays, binding assays, miniproteins inhibitors, fusion assays, in vivo protection, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, VIRAL PROTEIN ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 9DKK 9DKK ? 1 ? 1 2 PDB 9DKK 9DKK ? 2 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9DKK B 1 ? 1366 ? 9DKK -13 ? 1352 ? -13 1352 2 2 9DKK D 1 ? 144 ? 9DKK 1 ? 144 ? 1 144 3 1 9DKK A 1 ? 1366 ? 9DKK -13 ? 1352 ? -13 1352 4 2 9DKK C 1 ? 144 ? 9DKK 1 ? 144 ? 1 144 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 400 ? 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ASP C 45 VAL C 59 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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