HEADER SIGNALING PROTEIN 16-SEP-24 9DN6 TITLE INSULIN RECEPTOR BOUND WITH DE NOVO DESIGNED AGONIST CALLED "RF-405". COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: DE NOVO DESIGNED IR AGONIST RF-405; COMPND 3 CHAIN: A, B; COMPND 4 ENGINEERED: YES; COMPND 5 MOL_ID: 2; COMPND 6 MOLECULE: ISOFORM SHORT OF INSULIN RECEPTOR; COMPND 7 CHAIN: C, D; COMPND 8 SYNONYM: IR; COMPND 9 EC: 2.7.10.1; COMPND 10 ENGINEERED: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: SYNTHETIC CONSTRUCT; SOURCE 3 ORGANISM_TAXID: 32630; SOURCE 4 EXPRESSION_SYSTEM: ESCHERICHIA COLI; SOURCE 5 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 562; SOURCE 6 MOL_ID: 2; SOURCE 7 ORGANISM_SCIENTIFIC: HOMO SAPIENS; SOURCE 8 ORGANISM_COMMON: HUMAN; SOURCE 9 ORGANISM_TAXID: 9606; SOURCE 10 GENE: INSR; SOURCE 11 EXPRESSION_SYSTEM: HOMO SAPIENS; SOURCE 12 EXPRESSION_SYSTEM_TAXID: 9606 KEYWDS INSULIN RECEPTOR, DE NOVO DESIGNED AGONIST, SIGNALING PROTEIN EXPDTA ELECTRON MICROSCOPY AUTHOR X.C.BAI REVDAT 3 19-NOV-25 9DN6 1 JRNL REVDAT 2 29-OCT-25 9DN6 1 JRNL REVDAT 1 01-OCT-25 9DN6 0 JRNL AUTH X.WANG,S.CARDOSO,K.CAI,P.VENKATESH,A.HUNG,M.NG,C.HALL, JRNL AUTH 2 B.COVENTRY,D.S.LEE,R.CHOWHAN,S.GERBEN,J.LI,W.AN,M.HON,M.GAO, JRNL AUTH 3 Y.C.LIAO,D.ACCILI,E.CHOI,X.C.BAI,D.BAKER JRNL TITL TUNING INSULIN RECEPTOR SIGNALING USING DE NOVO-DESIGNED JRNL TITL 2 AGONISTS. JRNL REF MOL.CELL V. 85 4064 2025 JRNL REFN ISSN 1097-2765 JRNL PMID 41086805 JRNL DOI 10.1016/J.MOLCEL.2025.09.020 REMARK 2 REMARK 2 RESOLUTION. 4.00 ANGSTROMS. REMARK 3 REMARK 3 REFINEMENT. REMARK 3 SOFTWARE PACKAGES : RELION, SERIALEM, GCTF, COOT, RELION, REMARK 3 RELION, RELION, RELION, PHENIX REMARK 3 RECONSTRUCTION SCHEMA : NULL REMARK 3 REMARK 3 EM MAP-MODEL FITTING AND REFINEMENT REMARK 3 PDB ENTRY : NULL REMARK 3 REFINEMENT SPACE : NULL REMARK 3 REFINEMENT PROTOCOL : NULL REMARK 3 REFINEMENT TARGET : NULL REMARK 3 OVERALL ANISOTROPIC B VALUE : NULL REMARK 3 REMARK 3 FITTING PROCEDURE : NULL REMARK 3 REMARK 3 EM IMAGE RECONSTRUCTION STATISTICS REMARK 3 NOMINAL PIXEL SIZE (ANGSTROMS) : NULL REMARK 3 ACTUAL PIXEL SIZE (ANGSTROMS) : NULL REMARK 3 EFFECTIVE RESOLUTION (ANGSTROMS) : 4.000 REMARK 3 NUMBER OF PARTICLES : 66409 REMARK 3 CTF CORRECTION METHOD : PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE REMARK 3 CORRECTION REMARK 3 REMARK 3 EM RECONSTRUCTION MAGNIFICATION CALIBRATION: NULL REMARK 3 REMARK 3 OTHER DETAILS: NULL REMARK 4 REMARK 4 9DN6 COMPLIES WITH FORMAT V. 3.30, 13-JUL-11 REMARK 100 REMARK 100 THIS ENTRY HAS BEEN PROCESSED BY RCSB ON 17-SEP-24. REMARK 100 THE DEPOSITION ID IS D_1000288494. REMARK 245 REMARK 245 EXPERIMENTAL DETAILS REMARK 245 RECONSTRUCTION METHOD : SINGLE PARTICLE REMARK 245 SPECIMEN TYPE : NULL REMARK 245 REMARK 245 ELECTRON MICROSCOPE SAMPLE REMARK 245 SAMPLE TYPE : PARTICLE REMARK 245 PARTICLE TYPE : POINT REMARK 245 NAME OF SAMPLE : INSULIN RECEPTOR BOUND WITH DE REMARK 245 NOVO DESIGNED AGONIST RF-405 REMARK 245 SAMPLE CONCENTRATION (MG ML-1) : NULL REMARK 245 SAMPLE SUPPORT DETAILS : NULL REMARK 245 SAMPLE VITRIFICATION DETAILS : NULL REMARK 245 SAMPLE BUFFER : NULL REMARK 245 PH : 7.40 REMARK 245 SAMPLE DETAILS : NULL REMARK 245 REMARK 245 DATA ACQUISITION REMARK 245 DATE OF EXPERIMENT : NULL REMARK 245 NUMBER OF MICROGRAPHS-IMAGES : NULL REMARK 245 TEMPERATURE (KELVIN) : NULL REMARK 245 MICROSCOPE MODEL : TFS KRIOS REMARK 245 DETECTOR TYPE : GATAN K3 BIOQUANTUM (6K X REMARK 245 4K) REMARK 245 MINIMUM DEFOCUS (NM) : 1200.00 REMARK 245 MAXIMUM DEFOCUS (NM) : 2200.00 REMARK 245 MINIMUM TILT ANGLE (DEGREES) : NULL REMARK 245 MAXIMUM TILT ANGLE (DEGREES) : NULL REMARK 245 NOMINAL CS : NULL REMARK 245 IMAGING MODE : BRIGHT FIELD REMARK 245 ELECTRON DOSE (ELECTRONS NM**-2) : 6000.00 REMARK 245 ILLUMINATION MODE : FLOOD BEAM REMARK 245 NOMINAL MAGNIFICATION : NULL REMARK 245 CALIBRATED MAGNIFICATION : NULL REMARK 245 SOURCE : FIELD EMISSION GUN REMARK 245 ACCELERATION VOLTAGE (KV) : 300 REMARK 245 IMAGING DETAILS : NULL REMARK 247 REMARK 247 ELECTRON MICROSCOPY REMARK 247 THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM ELECTRON REMARK 247 MICROSCOPY DATA. PROTEIN DATA BANK CONVENTIONS REQUIRE REMARK 247 THAT CRYST1 AND SCALE RECORDS BE INCLUDED, BUT THE VALUES REMARK 247 ON THESE RECORDS ARE MEANINGLESS EXCEPT FOR THE CALCULATION REMARK 247 OF THE STRUCTURE FACTORS. REMARK 300 REMARK 300 BIOMOLECULE: 1 REMARK 300 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMARK 300 GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN REMARK 300 THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON REMARK 300 BURIED SURFACE AREA. REMARK 350 REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS REMARK 350 GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. REMARK 350 REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: TETRAMERIC REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: TETRAMERIC REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B, C, D REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 465 REMARK 465 MISSING RESIDUES REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.) REMARK 465 REMARK 465 M RES C SSSEQI REMARK 465 MET C -26 REMARK 465 ALA C -25 REMARK 465 THR C -24 REMARK 465 GLY C -23 REMARK 465 GLY C -22 REMARK 465 ARG C -21 REMARK 465 ARG C -20 REMARK 465 GLY C -19 REMARK 465 ALA C -18 REMARK 465 ALA C -17 REMARK 465 ALA C -16 REMARK 465 ALA C -15 REMARK 465 PRO C -14 REMARK 465 LEU C -13 REMARK 465 LEU C -12 REMARK 465 VAL C -11 REMARK 465 ALA C -10 REMARK 465 VAL C -9 REMARK 465 ALA C -8 REMARK 465 ALA C -7 REMARK 465 LEU C -6 REMARK 465 LEU C -5 REMARK 465 LEU C -4 REMARK 465 GLY C -3 REMARK 465 ALA C -2 REMARK 465 ALA C -1 REMARK 465 GLY C 0 REMARK 465 HIS C 1 REMARK 465 LEU C 2 REMARK 465 TYR C 3 REMARK 465 PRO C 4 REMARK 465 ASP C 151 REMARK 465 ASN C 152 REMARK 465 GLU C 153 REMARK 465 GLU C 154 REMARK 465 CYS C 155 REMARK 465 GLY C 156 REMARK 465 ASP C 157 REMARK 465 ILE C 158 REMARK 465 CYS C 159 REMARK 465 PRO C 160 REMARK 465 GLY C 161 REMARK 465 THR C 162 REMARK 465 ALA C 163 REMARK 465 LYS C 164 REMARK 465 GLY C 165 REMARK 465 LYS C 166 REMARK 465 THR C 167 REMARK 465 ILE C 174 REMARK 465 ASN C 175 REMARK 465 GLY C 176 REMARK 465 GLN C 177 REMARK 465 PHE C 178 REMARK 465 CYS C 266 REMARK 465 LYS C 267 REMARK 465 ASN C 268 REMARK 465 SER C 269 REMARK 465 ARG C 270 REMARK 465 ARG C 271 REMARK 465 GLN C 272 REMARK 465 GLY C 273 REMARK 465 CYS C 274 REMARK 465 HIS C 275 REMARK 465 GLN C 276 REMARK 465 GLY C 347 REMARK 465 ASN C 348 REMARK 465 ASN C 349 REMARK 465 LEU C 350 REMARK 465 ALA C 351 REMARK 465 LEU C 459 REMARK 465 LYS C 460 REMARK 465 THR C 461 REMARK 465 ASN C 462 REMARK 465 GLY C 463 REMARK 465 ASP C 464 REMARK 465 GLN C 521 REMARK 465 ASP C 522 REMARK 465 ALA C 523 REMARK 465 CYS C 524 REMARK 465 GLY C 525 REMARK 465 SER C 526 REMARK 465 ASN C 527 REMARK 465 THR C 657 REMARK 465 TRP C 658 REMARK 465 SER C 659 REMARK 465 PRO C 660 REMARK 465 PRO C 661 REMARK 465 PHE C 662 REMARK 465 GLU C 663 REMARK 465 SER C 664 REMARK 465 GLU C 665 REMARK 465 ASP C 666 REMARK 465 SER C 667 REMARK 465 GLN C 668 REMARK 465 LYS C 669 REMARK 465 HIS C 670 REMARK 465 ASN C 671 REMARK 465 GLN C 672 REMARK 465 SER C 673 REMARK 465 GLU C 674 REMARK 465 TYR C 675 REMARK 465 GLU C 676 REMARK 465 ASP C 677 REMARK 465 SER C 678 REMARK 465 ALA C 679 REMARK 465 GLY C 680 REMARK 465 GLU C 681 REMARK 465 CYS C 682 REMARK 465 CYS C 683 REMARK 465 SER C 684 REMARK 465 CYS C 685 REMARK 465 PRO C 686 REMARK 465 LYS C 687 REMARK 465 THR C 688 REMARK 465 ASP C 689 REMARK 465 SER C 690 REMARK 465 GLN C 691 REMARK 465 ILE C 692 REMARK 465 LEU C 693 REMARK 465 LYS C 694 REMARK 465 GLU C 695 REMARK 465 LEU C 696 REMARK 465 GLU C 697 REMARK 465 GLU C 698 REMARK 465 SER C 699 REMARK 465 SER C 700 REMARK 465 PHE C 701 REMARK 465 ARG C 702 REMARK 465 LYS C 703 REMARK 465 THR C 704 REMARK 465 PHE C 705 REMARK 465 GLU C 706 REMARK 465 ASP C 707 REMARK 465 TYR C 708 REMARK 465 LEU C 709 REMARK 465 HIS C 710 REMARK 465 ASN C 711 REMARK 465 VAL C 712 REMARK 465 VAL C 713 REMARK 465 PHE C 714 REMARK 465 VAL C 715 REMARK 465 PRO C 716 REMARK 465 ARG C 717 REMARK 465 PRO C 718 REMARK 465 SER C 719 REMARK 465 ARG C 720 REMARK 465 LYS C 721 REMARK 465 ARG C 722 REMARK 465 ARG C 723 REMARK 465 SER C 724 REMARK 465 LEU C 725 REMARK 465 GLY C 726 REMARK 465 ASP C 727 REMARK 465 VAL C 728 REMARK 465 GLY C 729 REMARK 465 ASN C 730 REMARK 465 VAL C 731 REMARK 465 THR C 732 REMARK 465 VAL C 733 REMARK 465 ALA C 734 REMARK 465 VAL C 735 REMARK 465 PRO C 736 REMARK 465 THR C 737 REMARK 465 VAL C 738 REMARK 465 ALA C 739 REMARK 465 ALA C 740 REMARK 465 PHE C 741 REMARK 465 PRO C 742 REMARK 465 ASN C 743 REMARK 465 THR C 744 REMARK 465 SER C 745 REMARK 465 SER C 746 REMARK 465 THR C 747 REMARK 465 SER C 748 REMARK 465 VAL C 749 REMARK 465 PRO C 750 REMARK 465 THR C 751 REMARK 465 SER C 752 REMARK 465 PRO C 753 REMARK 465 THR C 906 REMARK 465 ASP C 907 REMARK 465 TYR C 908 REMARK 465 LEU C 909 REMARK 465 ASP C 910 REMARK 465 VAL C 911 REMARK 465 PRO C 912 REMARK 465 SER C 913 REMARK 465 ASN C 914 REMARK 465 ILE C 915 REMARK 465 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REMARK 465 SER C 964 REMARK 465 ASP C 965 REMARK 465 VAL C 966 REMARK 465 PHE C 967 REMARK 465 PRO C 968 REMARK 465 CYS C 969 REMARK 465 SER C 970 REMARK 465 VAL C 971 REMARK 465 TYR C 972 REMARK 465 VAL C 973 REMARK 465 PRO C 974 REMARK 465 ASP C 975 REMARK 465 GLU C 976 REMARK 465 TRP C 977 REMARK 465 GLU C 978 REMARK 465 VAL C 979 REMARK 465 SER C 980 REMARK 465 ARG C 981 REMARK 465 GLU C 982 REMARK 465 LYS C 983 REMARK 465 ILE C 984 REMARK 465 THR C 985 REMARK 465 LEU C 986 REMARK 465 LEU C 987 REMARK 465 ARG C 988 REMARK 465 GLU C 989 REMARK 465 LEU C 990 REMARK 465 GLY C 991 REMARK 465 GLN C 992 REMARK 465 GLY C 993 REMARK 465 SER C 994 REMARK 465 PHE C 995 REMARK 465 GLY C 996 REMARK 465 MET C 997 REMARK 465 VAL C 998 REMARK 465 TYR C 999 REMARK 465 GLU C 1000 REMARK 465 GLY C 1001 REMARK 465 ASN C 1002 REMARK 465 ALA C 1003 REMARK 465 ARG C 1004 REMARK 465 ASP C 1005 REMARK 465 ILE C 1006 REMARK 465 ILE C 1007 REMARK 465 LYS C 1008 REMARK 465 GLY C 1009 REMARK 465 GLU C 1010 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REMARK 465 ARG D 1089 REMARK 465 PRO D 1090 REMARK 465 PRO D 1091 REMARK 465 PRO D 1092 REMARK 465 THR D 1093 REMARK 465 LEU D 1094 REMARK 465 GLN D 1095 REMARK 465 GLU D 1096 REMARK 465 MET D 1097 REMARK 465 ILE D 1098 REMARK 465 GLN D 1099 REMARK 465 MET D 1100 REMARK 465 ALA D 1101 REMARK 465 ALA D 1102 REMARK 465 GLU D 1103 REMARK 465 ILE D 1104 REMARK 465 ALA D 1105 REMARK 465 ASP D 1106 REMARK 465 GLY D 1107 REMARK 465 MET D 1108 REMARK 465 ALA D 1109 REMARK 465 TYR D 1110 REMARK 465 LEU D 1111 REMARK 465 ASN D 1112 REMARK 465 ALA D 1113 REMARK 465 LYS D 1114 REMARK 465 LYS D 1115 REMARK 465 PHE D 1116 REMARK 465 VAL D 1117 REMARK 465 HIS D 1118 REMARK 465 ARG D 1119 REMARK 465 ASP D 1120 REMARK 465 LEU D 1121 REMARK 465 ALA D 1122 REMARK 465 ALA D 1123 REMARK 465 ARG D 1124 REMARK 465 ASN D 1125 REMARK 465 CYS D 1126 REMARK 465 MET D 1127 REMARK 465 VAL D 1128 REMARK 465 ALA D 1129 REMARK 465 HIS D 1130 REMARK 465 ASP D 1131 REMARK 465 PHE D 1132 REMARK 465 THR D 1133 REMARK 465 VAL D 1134 REMARK 465 LYS D 1135 REMARK 465 ILE D 1136 REMARK 465 GLY D 1137 REMARK 465 ASP D 1138 REMARK 465 PHE D 1139 REMARK 465 GLY D 1140 REMARK 465 MET D 1141 REMARK 465 THR D 1142 REMARK 465 ARG D 1143 REMARK 465 ASP D 1144 REMARK 465 ILE D 1145 REMARK 465 TYR D 1146 REMARK 465 GLU D 1147 REMARK 465 THR D 1148 REMARK 465 ASP D 1149 REMARK 465 TYR D 1150 REMARK 465 TYR D 1151 REMARK 465 ARG D 1152 REMARK 465 LYS D 1153 REMARK 465 GLY D 1154 REMARK 465 GLY D 1155 REMARK 465 LYS D 1156 REMARK 465 GLY D 1157 REMARK 465 LEU D 1158 REMARK 465 LEU D 1159 REMARK 465 PRO D 1160 REMARK 465 VAL D 1161 REMARK 465 ARG D 1162 REMARK 465 TRP D 1163 REMARK 465 MET D 1164 REMARK 465 ALA D 1165 REMARK 465 PRO D 1166 REMARK 465 GLU D 1167 REMARK 465 SER D 1168 REMARK 465 LEU D 1169 REMARK 465 LYS D 1170 REMARK 465 ASP D 1171 REMARK 465 GLY D 1172 REMARK 465 VAL D 1173 REMARK 465 PHE D 1174 REMARK 465 THR D 1175 REMARK 465 THR D 1176 REMARK 465 SER D 1177 REMARK 465 SER D 1178 REMARK 465 ASP D 1179 REMARK 465 MET D 1180 REMARK 465 TRP D 1181 REMARK 465 SER D 1182 REMARK 465 PHE D 1183 REMARK 465 GLY D 1184 REMARK 465 VAL D 1185 REMARK 465 VAL D 1186 REMARK 465 LEU D 1187 REMARK 465 TRP D 1188 REMARK 465 GLU D 1189 REMARK 465 ILE D 1190 REMARK 465 THR D 1191 REMARK 465 SER D 1192 REMARK 465 LEU D 1193 REMARK 465 ALA D 1194 REMARK 465 GLU D 1195 REMARK 465 GLN D 1196 REMARK 465 PRO D 1197 REMARK 465 TYR D 1198 REMARK 465 GLN D 1199 REMARK 465 GLY D 1200 REMARK 465 LEU D 1201 REMARK 465 SER D 1202 REMARK 465 ASN D 1203 REMARK 465 GLU D 1204 REMARK 465 GLN D 1205 REMARK 465 VAL D 1206 REMARK 465 LEU D 1207 REMARK 465 LYS D 1208 REMARK 465 PHE D 1209 REMARK 465 VAL D 1210 REMARK 465 MET D 1211 REMARK 465 ASP D 1212 REMARK 465 GLY D 1213 REMARK 465 GLY D 1214 REMARK 465 TYR D 1215 REMARK 465 LEU D 1216 REMARK 465 ASP D 1217 REMARK 465 GLN D 1218 REMARK 465 PRO D 1219 REMARK 465 ASP D 1220 REMARK 465 ASN D 1221 REMARK 465 CYS D 1222 REMARK 465 PRO D 1223 REMARK 465 GLU D 1224 REMARK 465 ARG D 1225 REMARK 465 VAL D 1226 REMARK 465 THR D 1227 REMARK 465 ASP D 1228 REMARK 465 LEU D 1229 REMARK 465 MET D 1230 REMARK 465 ARG D 1231 REMARK 465 MET D 1232 REMARK 465 CYS D 1233 REMARK 465 TRP D 1234 REMARK 465 GLN D 1235 REMARK 465 PHE D 1236 REMARK 465 ASN D 1237 REMARK 465 PRO D 1238 REMARK 465 LYS D 1239 REMARK 465 MET D 1240 REMARK 465 ARG D 1241 REMARK 465 PRO D 1242 REMARK 465 THR D 1243 REMARK 465 PHE D 1244 REMARK 465 LEU D 1245 REMARK 465 GLU D 1246 REMARK 465 ILE D 1247 REMARK 465 VAL D 1248 REMARK 465 ASN D 1249 REMARK 465 LEU D 1250 REMARK 465 LEU D 1251 REMARK 465 LYS D 1252 REMARK 465 ASP D 1253 REMARK 465 ASP D 1254 REMARK 465 LEU D 1255 REMARK 465 HIS D 1256 REMARK 465 PRO D 1257 REMARK 465 SER D 1258 REMARK 465 PHE D 1259 REMARK 465 PRO D 1260 REMARK 465 GLU D 1261 REMARK 465 VAL D 1262 REMARK 465 SER D 1263 REMARK 465 PHE D 1264 REMARK 465 PHE D 1265 REMARK 465 HIS D 1266 REMARK 465 SER D 1267 REMARK 465 GLU D 1268 REMARK 465 GLU D 1269 REMARK 465 ASN D 1270 REMARK 465 LYS D 1271 REMARK 465 ALA D 1272 REMARK 465 PRO D 1273 REMARK 465 GLU D 1274 REMARK 465 SER D 1275 REMARK 465 GLU D 1276 REMARK 465 GLU D 1277 REMARK 465 LEU D 1278 REMARK 465 GLU D 1279 REMARK 465 MET D 1280 REMARK 465 GLU D 1281 REMARK 465 PHE D 1282 REMARK 465 GLU D 1283 REMARK 465 ASP D 1284 REMARK 465 MET D 1285 REMARK 465 GLU D 1286 REMARK 465 ASN D 1287 REMARK 465 VAL D 1288 REMARK 465 PRO D 1289 REMARK 465 LEU D 1290 REMARK 465 ASP D 1291 REMARK 465 ARG D 1292 REMARK 465 SER D 1293 REMARK 465 SER D 1294 REMARK 465 HIS D 1295 REMARK 465 CYS D 1296 REMARK 465 GLN D 1297 REMARK 465 ARG D 1298 REMARK 465 GLU D 1299 REMARK 465 GLU D 1300 REMARK 465 ALA D 1301 REMARK 465 GLY D 1302 REMARK 465 GLY D 1303 REMARK 465 ARG D 1304 REMARK 465 ASP D 1305 REMARK 465 GLY D 1306 REMARK 465 GLY D 1307 REMARK 465 SER D 1308 REMARK 465 SER D 1309 REMARK 465 LEU D 1310 REMARK 465 GLY D 1311 REMARK 465 PHE D 1312 REMARK 465 LYS D 1313 REMARK 465 ARG D 1314 REMARK 465 SER D 1315 REMARK 465 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REMARK 500 REMARK 500 ATM1 RES C SSEQI ATM2 RES C SSEQI DISTANCE REMARK 500 C ASN C 514 H VAL C 515 1.38 REMARK 500 C ASN D 514 H VAL D 515 1.38 REMARK 500 OE1 GLN D 406 H LYS D 433 1.50 REMARK 500 OE1 GLN D 513 HE22 GLN D 561 1.51 REMARK 500 OE1 GLN C 513 HE22 GLN C 561 1.51 REMARK 500 OE1 GLN C 406 H LYS C 433 1.58 REMARK 500 O TRP C 529 HG1 THR C 530 1.59 REMARK 500 O TRP D 529 HG1 THR D 530 1.59 REMARK 500 O GLU C 633 H ARG C 780 1.59 REMARK 500 O ARG D 774 OG1 THR D 805 2.10 REMARK 500 OG SER D 848 OE2 GLU D 856 2.10 REMARK 500 OG SER C 848 OE2 GLU C 856 2.10 REMARK 500 O ARG C 774 OG1 THR C 805 2.12 REMARK 500 O MET C 38 OG1 THR C 41 2.13 REMARK 500 O MET D 38 OG1 THR D 41 2.14 REMARK 500 OG SER C 339 N TYR C 367 2.18 REMARK 500 OG SER D 540 NE2 GLN D 546 2.18 REMARK 500 O THR D 18 ND1 HIS D 21 2.18 REMARK 500 OG SER D 339 N TYR D 367 2.18 REMARK 500 OD1 ASP A 17 N LEU A 19 2.19 REMARK 500 OD1 ASP B 17 N LEU B 19 2.19 REMARK 500 OD1 ASN D 295 OG SER D 297 2.19 REMARK 500 N CYS D 435 OE1 GLU D 438 2.19 REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: COVALENT BOND ANGLES REMARK 500 REMARK 500 THE STEREOCHEMICAL PARAMETERS OF THE FOLLOWING RESIDUES REMARK 500 HAVE VALUES WHICH DEVIATE FROM EXPECTED VALUES BY MORE REMARK 500 THAN 6*RMSD (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN REMARK 500 IDENTIFIER; SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT: (10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,3(1X,A4,2X),12X,F5.1) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES PROTEIN: ENGH AND HUBER, 1999 REMARK 500 EXPECTED VALUES NUCLEIC ACID: CLOWNEY ET AL 1996 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI ATM1 ATM2 ATM3 REMARK 500 CYS C 237 CB - CA - C ANGL. DEV. = 13.8 DEGREES REMARK 500 VAL C 515 C - N - CA ANGL. DEV. = 18.2 DEGREES REMARK 500 PRO C 543 C - N - CD ANGL. DEV. = -23.3 DEGREES REMARK 500 PRO C 543 CA - N - CD ANGL. DEV. = -10.0 DEGREES REMARK 500 CYS D 237 CB - CA - C ANGL. DEV. = 13.1 DEGREES REMARK 500 VAL D 515 C - N - CA ANGL. DEV. = 18.2 DEGREES REMARK 500 PRO D 543 C - N - CD ANGL. DEV. = -24.7 DEGREES REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: TORSION ANGLES REMARK 500 REMARK 500 TORSION ANGLES OUTSIDE THE EXPECTED RAMACHANDRAN REGIONS: REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 STANDARD TABLE: REMARK 500 FORMAT:(10X,I3,1X,A3,1X,A1,I4,A1,4X,F7.2,3X,F7.2) REMARK 500 REMARK 500 EXPECTED VALUES: GJ KLEYWEGT AND TA JONES (1996). PHI/PSI- REMARK 500 CHOLOGY: RAMACHANDRAN REVISITED. STRUCTURE 4, 1395 - 1400 REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI PSI PHI REMARK 500 ASN A 52 -4.73 75.88 REMARK 500 SER A 55 59.02 37.78 REMARK 500 ASN B 52 -4.59 75.72 REMARK 500 SER B 55 59.05 37.80 REMARK 500 ASN C 15 16.66 55.91 REMARK 500 ASN C 25 36.31 -99.54 REMARK 500 GLN C 34 134.61 -172.51 REMARK 500 MET C 38 51.21 -91.71 REMARK 500 MET C 56 134.91 -171.26 REMARK 500 TYR C 60 148.96 -177.18 REMARK 500 PHE C 64 130.75 -171.27 REMARK 500 PHE C 76 64.34 -118.62 REMARK 500 ASN C 90 19.57 53.47 REMARK 500 PHE C 96 118.88 -164.77 REMARK 500 ASN C 111 147.46 -170.53 REMARK 500 ASN C 143 53.04 -97.40 REMARK 500 LYS C 197 -172.30 56.65 REMARK 500 CYS C 228 115.34 -160.72 REMARK 500 ASN C 230 -62.77 -93.85 REMARK 500 LEU C 233 115.08 -161.34 REMARK 500 PHE C 248 107.87 -160.08 REMARK 500 GLN C 249 41.90 39.97 REMARK 500 HIS C 280 141.01 -171.05 REMARK 500 LEU C 358 -169.09 -119.85 REMARK 500 LEU C 379 33.19 -93.86 REMARK 500 ASN C 418 56.71 -95.83 REMARK 500 GLN C 423 -174.36 -171.07 REMARK 500 ASP C 483 -1.21 -141.32 REMARK 500 VAL C 515 119.62 40.76 REMARK 500 GLU C 517 131.26 -39.88 REMARK 500 PHE C 518 11.01 81.38 REMARK 500 TRP C 529 -153.01 24.43 REMARK 500 THR C 530 133.41 68.23 REMARK 500 VAL C 531 -62.82 -128.02 REMARK 500 LEU C 538 162.84 176.23 REMARK 500 SER C 540 14.40 55.64 REMARK 500 ASN C 541 -100.52 62.23 REMARK 500 LYS C 544 175.72 63.90 REMARK 500 ASN C 547 -6.36 83.47 REMARK 500 HIS C 548 77.04 48.98 REMARK 500 GLU C 575 -178.96 -67.87 REMARK 500 HIS C 627 141.12 -171.56 REMARK 500 ASN C 764 -6.71 73.15 REMARK 500 ALA C 809 43.92 -89.72 REMARK 500 LYS C 810 -39.88 -133.44 REMARK 500 ALA C 811 51.47 -95.57 REMARK 500 ASN C 825 32.69 -94.83 REMARK 500 ASN D 15 16.65 55.76 REMARK 500 ASN D 25 36.17 -99.63 REMARK 500 GLN D 34 134.35 -172.54 REMARK 500 REMARK 500 THIS ENTRY HAS 88 RAMACHANDRAN OUTLIERS. REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: NON-CIS, NON-TRANS REMARK 500 REMARK 500 THE FOLLOWING PEPTIDE BONDS DEVIATE SIGNIFICANTLY FROM BOTH REMARK 500 CIS AND TRANS CONFORMATION. CIS BONDS, IF ANY, ARE LISTED REMARK 500 ON CISPEP RECORDS. TRANS IS DEFINED AS 180 +/- 30 AND REMARK 500 CIS IS DEFINED AS 0 +/- 30 DEGREES. REMARK 500 MODEL OMEGA REMARK 500 ASP C 542 PRO C 543 -133.57 REMARK 500 ASP D 542 PRO D 543 -127.53 REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 500 REMARK 500 GEOMETRY AND STEREOCHEMISTRY REMARK 500 SUBTOPIC: PLANAR GROUPS REMARK 500 REMARK 500 PLANAR GROUPS IN THE FOLLOWING RESIDUES HAVE A TOTAL REMARK 500 RMS DISTANCE OF ALL ATOMS FROM THE BEST-FIT PLANE REMARK 500 BY MORE THAN AN EXPECTED VALUE OF 6*RMSD, WITH AN REMARK 500 RMSD 0.02 ANGSTROMS, OR AT LEAST ONE ATOM HAS REMARK 500 AN RMSD GREATER THAN THIS VALUE REMARK 500 (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN IDENTIFIER; REMARK 500 SSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE). REMARK 500 REMARK 500 M RES CSSEQI RMS TYPE REMARK 500 ARG C 236 0.13 SIDE CHAIN REMARK 500 REMARK 500 REMARK: NULL REMARK 900 REMARK 900 RELATED ENTRIES REMARK 900 RELATED ID: EMD-47031 RELATED DB: EMDB REMARK 900 INSULIN RECEPTOR BOUND WITH DE NOVO DESIGNED AGONIST CALLED "RF-405" REMARK 900 . 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VAL C 99 8147 8147 8147 0 0 0 O ANISOU 5957 CB VAL C 99 8147 8147 8147 0 0 0 C ANISOU 5958 CG1 VAL C 99 8147 8147 8147 0 0 0 C ANISOU 5959 CG2 VAL C 99 8147 8147 8147 0 0 0 C ANISOU 5969 N HIS C 100 8642 8642 8642 0 0 0 N ANISOU 5970 CA HIS C 100 8642 8642 8642 0 0 0 C ANISOU 5971 C HIS C 100 8642 8642 8642 0 0 0 C ANISOU 5972 O HIS C 100 8642 8642 8642 0 0 0 O ANISOU 5973 CB HIS C 100 8642 8642 8642 0 0 0 C ANISOU 5974 CG HIS C 100 8642 8642 8642 0 0 0 C ANISOU 5975 ND1 HIS C 100 8642 8642 8642 0 0 0 N ANISOU 5976 CD2 HIS C 100 8642 8642 8642 0 0 0 C ANISOU 5977 CE1 HIS C 100 8642 8642 8642 0 0 0 C ANISOU 5978 NE2 HIS C 100 8642 8642 8642 0 0 0 N ANISOU 5986 N LEU C 101 7208 7208 7208 0 0 0 N ANISOU 5987 CA LEU C 101 7208 7208 7208 0 0 0 C ANISOU 5988 C LEU C 101 7208 7208 7208 0 0 0 C ANISOU 5989 O LEU C 101 7208 7208 7208 0 0 0 O ANISOU 5990 CB LEU C 101 7208 7208 7208 0 0 0 C ANISOU 5991 CG LEU C 101 7208 7208 7208 0 0 0 C ANISOU 5992 CD1 LEU C 101 7208 7208 7208 0 0 0 C ANISOU 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