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N ASP 49 OD1 5067 1 Y 1 Y ASP 49 ? OD2 ? N ASP 49 OD2 5068 1 Y 1 Y VAL 50 ? CB ? N VAL 50 CB 5069 1 Y 1 Y VAL 50 ? CG1 ? N VAL 50 CG1 5070 1 Y 1 Y VAL 50 ? CG2 ? N VAL 50 CG2 5071 1 Y 1 Y ALA 51 ? CB ? N ALA 51 CB 5072 1 Y 1 Y ARG 52 ? CB ? N ARG 52 CB 5073 1 Y 1 Y ARG 52 ? CG ? N ARG 52 CG 5074 1 Y 1 Y ARG 52 ? CD ? N ARG 52 CD 5075 1 Y 1 Y ARG 52 ? NE ? N ARG 52 NE 5076 1 Y 1 Y ARG 52 ? CZ ? N ARG 52 CZ 5077 1 Y 1 Y ARG 52 ? NH1 ? N ARG 52 NH1 5078 1 Y 1 Y ARG 52 ? NH2 ? N ARG 52 NH2 5079 1 Y 1 Y VAL 53 ? CB ? N VAL 53 CB 5080 1 Y 1 Y VAL 53 ? CG1 ? N VAL 53 CG1 5081 1 Y 1 Y VAL 53 ? CG2 ? N VAL 53 CG2 5082 1 Y 1 Y LYS 54 ? CB ? N LYS 54 CB 5083 1 Y 1 Y LYS 54 ? CG ? N LYS 54 CG 5084 1 Y 1 Y LYS 54 ? CD ? N LYS 54 CD 5085 1 Y 1 Y LYS 54 ? CE ? N LYS 54 CE 5086 1 Y 1 Y LYS 54 ? NZ ? N LYS 54 NZ 5087 1 Y 1 Y THR 55 ? CB ? N THR 55 CB 5088 1 Y 1 Y THR 55 ? OG1 ? N THR 55 OG1 5089 1 Y 1 Y THR 55 ? CG2 ? N THR 55 CG2 5090 1 Y 1 Y LEU 56 ? CB ? N LEU 56 CB 5091 1 Y 1 Y LEU 56 ? CG ? 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N N N 14 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 9DYG 9DYG ? 1 ? 1 2 UNP RL34_ECOLI P0A7P5 ? 2 VLKRNRSHGFRARMATKNGRQVLARRRAKGRARLTVS 9 3 UNP RL3_ECOLI P60438 ? 3 ;GKKVGMTRIFTEDGVSIPVTVIEVEANRVTQVKDLANDGYRAIQVTTGAKKANRVTKPEAGHFAKAGVEAGRGLWEFRLA EGEEFTVGQSISVELFADVKKVDVTGTSKGKGFAGTVKRWNFRTQDATHGNSLSHRVPGSIGQNQTPGKVFKGKKMAGQM GNERVTVQSLDVVRVDAERNLLLVKGAVPGATGSDLIVKPAVKA ; 6 4 UNP RL4_ECOLI P60723 ? 4 ;MELVLKDAQSALTVSETTFGRDFNEALVHQVVVAYAAGARQGTRAQKTRAEVTGSGKKPWRQKGTGRARSGSIKSPIWRS GGVTFAARPQDHSQKVNKKMYRGALKSILSELVRQDRLIVVEKFSVEAPKTKLLAQKLKDMALEDVLIITGELDENLFLA ARNLHKVDVRDATGIDPVSLIAFDKVVMTADAVKQVEEMLA ; 1 5 UNP RL13_ECO57 P0AA12 ? 5 ;MKTFTAKPETVKRDWYVVDATGKTLGRLATELARRLRGKHKAEYTPHVDTGDYIIVLNADKVAVTGNKRTDKVYYHHTGH IGGIKQATFEEMIARRPERVIEIAVKGMLPKGPLGRAMFRKLKVYAGNEHNHAAQQPQVLDI ; 1 6 UNP RL14_ECOLI P0ADY3 ? 6 ;NVADNSGARRVMCIKVLGGSHRRYAGVGDIIKITIKEAIPRGKVKKGDVLKAVVVRTKKGVRRPDGSVIRFDGNACVLLN NNSEQPIGTRIFGPVTRELRSEKFMKIISL ; 9 7 UNP RL17_ECOLI P0AG44 ? 7 ;MRHRKSGRQLNRNSSHRQAMFRNMAGSLVRHEIIKTTLPKAKELRRVVEPLITLAKTDSVANRRLAFARTRDNEIVAKLF NELGPRFASRAGGYTRILKCGFRAGDNAPMAYIELVDRSE ; 1 8 UNP RL19_ECOLI P0A7K6 ? 8 ;NIIKQLEQEQMKQDVPSFRPGDTVEVKVWVVEGSKKRLQAFEGVVIAIRNRGLHSAFTVRKISNGEGVERVFQTHSPVVD SISVKRRGAVRKAKLYYLRERTGKAARIKERLN ; 3 9 UNP C3T7Q7_ECOLX C3T7Q7 ? 9 ;ARVKRGVIARARHKKILKQAKGYYGARSRVYRVAFQAVIKAGQYAYRDRRQRKRQFRQLWIARINAAARQNGISYSKFIN GLKKASVEIDRKILADIAVFDKVAFTALVEKAKAALA ; 2 10 UNP C3SSG2_ECOLX C3SSG2 ? 10 ;MYAVFQSGGKQHRVSEGQTVRLEKLDIATGETVEFAEVLMIANGEEVKIGVPFVDGGVIKAEVVAHGRGEKVKIVKFRRR KHYRKQQGHRQWFTDVKITGISA ; 1 11 UNP RL22_ECOLI P61175 ? 11 ;METIAKHRHARSSAQKVRLVADLIRGKKVSQALDILTYTNKKAAVLVKKVLESAIANAEHNDGADIDDLKVTKIFVDEGP SMKRIMPRAKGRADRILKRTSHITVVVSDR ; 1 12 UNP RL23_ECOLI P0ADZ0 ? 12 ;MIREERLLKVLRAPHVSEKASTAMEKSNTIVLKVAKDATKAEIKAAVQKLFEVEVEVVNTLVVKGKVKRHGQRIGRRSDW KKAYVTLKEGQNL ; 1 13 UNP A0A7U9LWC1_ECOLX A0A7U9LWC1 ? 13 ;AAKIRRDDEVIVLTGKDKGKRGKVKNVLSSGKVIVEGINLVKKHQKPVPALNQPGGIVEKEAAIQVSNVAIFNAATGKAD RVGFRFEDGKKVRFFKSNSETI ; 2 14 UNP C3SQY2_ECOLX C3SQY2 ? 14 MKAKELREKSVEELNTELLNLLREQFNLRMQAASGQLQQSHLLKQVRRDVARVKTLLNEKAGA 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9DYG CA 1 ? 1742 ? 9DYG 4 ? 2895 ? 4 2895 2 2 9DYG 2 1 ? 37 ? 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C3SQY2 1 ? 63 ? 1 63 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 VAL B 1 ? GLY B 9 ? VAL 2 9 GLY 2 17 1 ? 9 HELX_P HELX_P2 AA2 GLY B 9 ? THR B 16 ? GLY 2 17 THR 2 24 1 ? 8 HELX_P HELX_P3 AA3 THR B 16 ? GLY B 30 ? THR 2 24 GLY 2 38 1 ? 15 HELX_P HELX_P4 AA4 THR C 56 ? ALA C 66 ? THR D 61 ALA D 71 1 ? 11 HELX_P HELX_P5 AA5 SER C 92 ? ALA C 97 ? SER D 97 ALA D 102 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 SER D 15 ? ARG D 21 ? SER E 15 ARG E 21 1 ? 7 HELX_P HELX_P7 AA7 ASN D 24 ? ARG D 40 ? ASN E 24 ARG E 40 1 ? 17 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN D 97 ? GLN D 115 ? ASN E 97 GLN E 115 1 ? 19 HELX_P HELX_P9 AA9 LYS D 130 ? ASP D 140 ? LYS E 130 ASP E 140 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 AB1 ASP D 154 ? LEU D 164 ? ASP E 154 LEU E 164 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP D 176 ? PHE D 183 ? ASP E 176 PHE E 183 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 AB3 ALA D 190 ? ALA D 201 ? ALA E 190 ALA E 201 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 LYS E 7 ? VAL E 11 ? LYS J 7 VAL J 11 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 THR E 24 ? GLY E 38 ? THR J 24 GLY J 38 1 ? 15 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN E 58 ? VAL E 62 ? 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GLN Y 25 GLY Y 35 1 ? 11 HELX_P HELX_P45 AE9 SER N 40 ? ALA N 61 ? SER Y 40 ALA Y 61 1 ? 22 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog113 hydrog ? ? A U 150 N3 ? ? ? 1_555 A A 170 N1 ? ? CA U 153 CA A 173 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog114 hydrog ? ? A U 150 O4 ? ? ? 1_555 A A 170 N6 ? ? CA U 153 CA A 173 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog115 hydrog ? ? A U 151 N3 ? ? ? 1_555 A A 169 N1 ? ? CA U 154 CA A 172 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog116 hydrog ? ? A U 151 O4 ? ? ? 1_555 A A 169 N6 ? ? CA U 154 CA A 172 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog117 hydrog ? ? A A 152 N1 ? ? ? 1_555 A U 168 N3 ? ? CA A 155 CA U 171 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog118 hydrog ? ? A A 152 N6 ? ? ? 1_555 A U 168 O4 ? ? CA A 155 CA U 171 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog119 hydrog ? ? A A 153 N1 ? ? ? 1_555 A U 167 N3 ? ? CA A 156 CA U 170 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog120 hydrog ? ? A A 153 N6 ? ? ? 1_555 A U 167 O4 ? ? CA A 156 CA U 170 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog121 hydrog ? ? A C 154 N3 ? ? ? 1_555 A G 166 N1 ? ? 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A G 314 N2 ? ? ? 1_555 A C 331 O2 ? ? CA G 317 CA C 334 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog208 hydrog ? ? A G 314 O6 ? ? ? 1_555 A C 331 N4 ? ? CA G 317 CA C 334 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog209 hydrog ? ? A G 316 N2 ? ? ? 1_555 A C 320 N3 ? ? CA G 319 CA C 323 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog210 hydrog ? ? A A 321 N6 ? ? ? 1_555 A G 335 N3 ? ? CA A 324 CA G 338 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog211 hydrog ? ? A A 321 N7 ? ? ? 1_555 A G 335 N2 ? ? CA A 324 CA G 338 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog212 hydrog ? ? A G 322 O6 ? ? ? 1_555 A G 335 N2 ? ? CA G 325 CA G 338 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-G MISPAIR' ? ? ? hydrog213 hydrog ? ? A G 323 N1 ? ? ? 1_555 A C 334 N3 ? ? CA G 326 CA C 337 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog214 hydrog ? ? A G 323 N2 ? ? ? 1_555 A C 334 O2 ? ? CA G 326 CA C 337 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog215 hydrog ? ? A G 323 O6 ? ? ? 1_555 A C 334 N4 ? ? CA G 326 CA C 337 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog216 hydrog ? ? A G 324 N1 ? ? ? 1_555 A C 333 N3 ? ? CA G 327 CA C 336 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog217 hydrog ? ? A G 324 N2 ? ? ? 1_555 A C 333 O2 ? ? CA G 327 CA C 336 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog218 hydrog ? ? A G 324 O6 ? ? ? 1_555 A C 333 N4 ? ? CA G 327 CA C 336 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog219 hydrog ? ? A U 325 O2 ? ? ? 1_555 A C 332 N4 ? ? CA U 328 CA C 335 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-C MISPAIR' ? ? ? hydrog220 hydrog ? ? A C 328 N4 ? ? ? 1_555 A U 915 O2 ? ? CA C 331 CA U 1209 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-U MISPAIR' ? ? ? hydrog221 hydrog ? ? A U 370 O2 ? ? ? 1_555 A A 394 N6 ? ? CA U 373 CA A 402 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-A PAIR' ? ? ? hydrog222 hydrog ? ? A G 372 O6 ? ? ? 1_555 A U 391 N3 ? ? CA G 375 CA U 399 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-U MISPAIR' ? ? ? hydrog223 hydrog ? ? A G 373 O6 ? ? ? 1_555 A C 390 N4 ? ? CA G 376 CA C 398 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-C PAIR' ? ? ? hydrog224 hydrog ? ? A G 374 N2 ? ? ? 1_555 A G 388 O6 ? ? 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O E LEU 159 ? ? 2.19 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 GLU D 86 ? ? 58.56 10.18 2 1 SER D 174 ? ? 62.43 61.44 3 1 ASP E 116 ? ? 39.31 33.07 4 1 GLU E 122 ? ? -79.01 -165.95 5 1 HIS J 80 ? ? -127.75 -165.80 6 1 ASN K 89 ? ? 73.56 -1.86 7 1 ASN K 90 ? ? -133.02 -35.35 8 1 GLU K 92 ? ? -55.91 -71.71 9 1 GLN K 93 ? ? 37.67 62.84 10 1 ARG N 2 ? ? 60.88 66.54 11 1 GLU N 32 ? ? 72.80 -7.57 12 1 THR N 70 ? ? 77.50 -11.75 13 1 ARG N 71 ? ? 36.23 54.09 14 1 PHE N 80 ? ? 65.42 -0.66 15 1 ASP N 106 ? ? -140.72 21.59 16 1 ARG N 118 ? ? 72.11 51.25 17 1 ARG P 52 ? ? -141.31 18.33 18 1 LEU P 96 ? ? -97.20 57.92 19 1 LEU P 113 ? ? 37.37 54.46 20 1 SER Q 86 ? ? 61.92 61.55 21 1 PHE Q 100 ? ? -93.47 -60.10 22 1 PHE R 53 ? ? 72.42 41.11 23 1 VAL R 54 ? ? 39.78 -153.16 24 1 ARG R 80 ? ? 68.13 -1.64 25 1 ALA S 5 ? ? -160.44 116.22 26 1 ALA S 64 ? ? -78.40 -158.61 27 1 GLU T 52 ? ? 36.99 56.00 28 1 LYS T 88 ? ? -78.61 -166.72 29 1 ILE U 38 ? ? -125.41 -50.97 30 1 ALA U 74 ? ? 70.58 -2.93 31 1 SER U 97 ? ? 57.27 71.86 32 1 ASN U 98 ? ? 72.47 40.80 33 1 SER U 99 ? ? -35.85 128.99 34 1 GLU Y 24 ? ? 69.56 -4.99 # loop_ _pdbx_validate_polymer_linkage.id _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_model_num _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2 _pdbx_validate_polymer_linkage.dist 1 1 "O3'" CA A 382 ? ? P CA G 388 ? ? 9.46 2 1 "O3'" CA U 562 ? ? P CA U 573 ? ? 11.05 3 1 "O3'" CA C 692 ? ? P CA U 790 ? ? 11.90 4 1 "O3'" CA C 851 ? ? P CA G 926 ? ? 17.03 5 1 "O3'" CA A 1028 ? ? P CA A 1134 ? ? 23.55 6 1 "O3'" CA U 1688 ? ? P CA G 1703 ? ? 13.09 7 1 "O3'" CA G 1770 ? ? P CA A 1977 ? ? 9.55 8 1 "O3'" CA A 1977 ? ? P CA U 1982 ? ? 13.42 9 1 "O3'" CA G 2012 ? ? P CA C 2628 ? ? 60.73 10 1 "O3'" CA G 2742 ? ? P CA G 2763 ? ? 19.29 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9DYG _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Comprehensive validation (cryo-EM)' _em_3d_fitting.details ;The atomic model was fitted into a low resolution (5 Angstrom) EM map; therefore the coordinates should only serve as a general visual representation and should not be looked into detail. Initial docking of the atomic model was done in ChimeraX. Coot and Phenix were used for real-space refinements. Geometry minimization in Phenix was used to improve the RNA atomic model. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 120.42 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 4YBB CA ? ? CA ? PDB 'experimental model' 4YBB 1 2 1 8RPY D ? ? D ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 3 1 8RPY E ? ? E ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 4 1 8RPY J ? ? J ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 5 1 8RPY K ? ? K ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 6 1 8RPY N ? ? N ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 7 1 8RPY P ? ? P ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 8 1 8RPY Q ? ? Q ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 9 1 8RPY R ? ? R ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 10 1 8RPY S ? ? S ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 11 1 8RPY T ? ? T ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 12 1 8RPY U ? ? U ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 13 1 8RPY Y ? ? Y ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 14 1 8RPY 2 ? ? 2 ? PDB 'experimental model' 8RPY 2 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9DYG _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 5.27 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 9000 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details 'Most of the sucrose was removed by spin concentration.' _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type RIBOSOME _em_entity_assembly.name 'iSAT-PNA-RA20 50S ribosomal subunit assembly intermediate' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14' # _em_imaging.entry_id 9DYG _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs ? _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type 'Au-flat 1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9DYG _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 90 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 298 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details '3 microliter of the sample was added.' # _em_experiment.entry_id 9DYG _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 D GLY 111 ? C GLY 106 2 1 Y 1 D THR 112 ? C THR 107 3 1 Y 1 D SER 113 ? C SER 108 4 1 Y 1 D LYS 114 ? C LYS 109 5 1 Y 1 D GLY 115 ? C GLY 110 6 1 Y 1 D LYS 116 ? C LYS 111 7 1 Y 1 D GLY 117 ? C GLY 112 8 1 Y 1 D PHE 118 ? C PHE 113 9 1 Y 1 D ALA 119 ? C ALA 114 10 1 Y 1 D GLY 120 ? C GLY 115 11 1 Y 1 D THR 121 ? C THR 116 12 1 Y 1 D VAL 122 ? C VAL 117 13 1 Y 1 D LYS 123 ? C LYS 118 14 1 Y 1 D ARG 124 ? C ARG 119 15 1 Y 1 D TRP 125 ? C TRP 120 16 1 Y 1 D ASN 126 ? C ASN 121 17 1 Y 1 D PHE 127 ? C PHE 122 18 1 Y 1 D ARG 128 ? C ARG 123 19 1 Y 1 D THR 129 ? C THR 124 20 1 Y 1 D GLN 130 ? C GLN 125 21 1 Y 1 D ASP 131 ? C ASP 126 22 1 Y 1 D ALA 132 ? C ALA 127 23 1 Y 1 D THR 133 ? C THR 128 24 1 Y 1 D HIS 134 ? C HIS 129 25 1 Y 1 D GLY 135 ? C GLY 130 26 1 Y 1 D ASN 136 ? C ASN 131 27 1 Y 1 D SER 137 ? C SER 132 28 1 Y 1 D LEU 138 ? C LEU 133 29 1 Y 1 D SER 139 ? C SER 134 30 1 Y 1 D HIS 140 ? C HIS 135 31 1 Y 1 D ARG 141 ? C ARG 136 32 1 Y 1 D VAL 142 ? C VAL 137 33 1 Y 1 D PRO 143 ? C PRO 138 34 1 Y 1 D GLY 144 ? C GLY 139 35 1 Y 1 D SER 145 ? C SER 140 36 1 Y 1 D ILE 146 ? C ILE 141 37 1 Y 1 D GLY 147 ? C GLY 142 38 1 Y 1 D GLN 148 ? C GLN 143 39 1 Y 1 D ASN 149 ? C ASN 144 40 1 Y 1 D GLN 150 ? C GLN 145 41 1 Y 1 D THR 151 ? C THR 146 42 1 Y 1 D PRO 152 ? C PRO 147 43 1 Y 1 D GLY 153 ? C GLY 148 44 1 Y 1 D LYS 154 ? C LYS 149 45 1 Y 1 D VAL 155 ? C VAL 150 46 1 Y 1 D PHE 156 ? C PHE 151 47 1 Y 1 D LYS 157 ? C LYS 152 48 1 Y 1 D GLY 158 ? C GLY 153 49 1 Y 1 D LYS 159 ? C LYS 154 50 1 Y 1 D LYS 160 ? C LYS 155 51 1 Y 1 D MET 161 ? C MET 156 52 1 Y 1 D ALA 162 ? C ALA 157 53 1 Y 1 D GLY 163 ? C GLY 158 54 1 Y 1 D GLN 164 ? C GLN 159 55 1 Y 1 D MET 165 ? C MET 160 56 1 Y 1 D GLY 166 ? C GLY 161 57 1 Y 1 D ASN 167 ? C ASN 162 58 1 Y 1 D GLU 168 ? C GLU 163 59 1 Y 1 D ARG 169 ? C ARG 164 60 1 Y 1 D VAL 170 ? C VAL 165 61 1 Y 1 E ALA 50 ? D ALA 50 62 1 Y 1 E GLU 51 ? D GLU 51 63 1 Y 1 E VAL 52 ? D VAL 52 64 1 Y 1 E THR 53 ? D THR 53 65 1 Y 1 E GLY 54 ? 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