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Phenix, Namdinator, ISOLDE, and Coot were used for relaxation of the model to better fit the density. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 239.90 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER # _em_3d_reconstruction.entry_id 9DZE _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 4.30 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 209004 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 18 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Computationally Designed Bifaceted Protein Nanomaterial pD5-14' _em_entity_assembly.details ;Chains were expressed separately in E. coli. Batches of A, B, and C components or A, B, and D components were mixed, subsequently lysed and centrifuged to yield 2 distinct species of cyclic assemblies - (ABC)5 and (ABD)5. Following IMAC and SEC, (ABC)5 and (ABD)5 assemblies were mixed to form pseudo-D5 (ABC)5-(ABD)5 assembly pD5-14. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4' # _em_imaging.entry_id 9DZE _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 1800 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type 'EMS Lacey Carbon' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9DZE _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 295.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9DZE _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9DZE _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C5 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -2 ? A MET 1 2 1 Y 1 A GLY -1 ? A GLY 2 3 1 Y 1 A SER 0 ? A SER 3 4 1 Y 1 A GLY 317 ? A GLY 320 5 1 Y 1 A GLY 318 ? A GLY 321 6 1 Y 1 A SER 319 ? A SER 322 7 1 Y 1 A GLY 320 ? A GLY 323 8 1 Y 1 A GLY 321 ? A GLY 324 9 1 Y 1 A SER 322 ? A SER 325 10 1 Y 1 A HIS 323 ? A HIS 326 11 1 Y 1 A HIS 324 ? A HIS 327 12 1 Y 1 A HIS 325 ? A HIS 328 13 1 Y 1 A HIS 326 ? A HIS 329 14 1 Y 1 A HIS 327 ? A HIS 330 15 1 Y 1 A HIS 328 ? A HIS 331 16 1 Y 1 B MET -2 ? B MET 1 17 1 Y 1 B GLY -1 ? B GLY 2 18 1 Y 1 B SER 0 ? B SER 3 19 1 Y 1 B GLY 317 ? B GLY 320 20 1 Y 1 B GLY 318 ? B GLY 321 21 1 Y 1 B SER 319 ? B SER 322 22 1 Y 1 B GLY 320 ? B GLY 323 23 1 Y 1 B GLY 321 ? B GLY 324 24 1 Y 1 B SER 322 ? B SER 325 25 1 Y 1 B HIS 323 ? B HIS 326 26 1 Y 1 B HIS 324 ? B HIS 327 27 1 Y 1 B HIS 325 ? B HIS 328 28 1 Y 1 B HIS 326 ? B HIS 329 29 1 Y 1 B HIS 327 ? B HIS 330 30 1 Y 1 B HIS 328 ? B HIS 331 31 1 Y 1 C MET -2 ? C MET 1 32 1 Y 1 C GLY -1 ? C GLY 2 33 1 Y 1 C SER 0 ? C SER 3 34 1 Y 1 C GLY 317 ? C GLY 320 35 1 Y 1 C GLY 318 ? C GLY 321 36 1 Y 1 C SER 319 ? C SER 322 37 1 Y 1 C GLY 320 ? C GLY 323 38 1 Y 1 C GLY 321 ? C GLY 324 39 1 Y 1 C SER 322 ? C SER 325 40 1 Y 1 C HIS 323 ? C HIS 326 41 1 Y 1 C HIS 324 ? C HIS 327 42 1 Y 1 C HIS 325 ? C HIS 328 43 1 Y 1 C HIS 326 ? C HIS 329 44 1 Y 1 C HIS 327 ? C HIS 330 45 1 Y 1 C HIS 328 ? C HIS 331 46 1 Y 1 D MET -2 ? D MET 1 47 1 Y 1 D GLY -1 ? D GLY 2 48 1 Y 1 D SER 0 ? D SER 3 49 1 Y 1 D GLY 317 ? D GLY 320 50 1 Y 1 D GLY 318 ? D GLY 321 51 1 Y 1 D SER 319 ? D SER 322 52 1 Y 1 D GLY 320 ? D GLY 323 53 1 Y 1 D GLY 321 ? D GLY 324 54 1 Y 1 D SER 322 ? D SER 325 55 1 Y 1 D HIS 323 ? D HIS 326 56 1 Y 1 D HIS 324 ? D HIS 327 57 1 Y 1 D HIS 325 ? D HIS 328 58 1 Y 1 D HIS 326 ? D HIS 329 59 1 Y 1 D HIS 327 ? D HIS 330 60 1 Y 1 D HIS 328 ? D HIS 331 61 1 Y 1 E MET -2 ? E MET 1 62 1 Y 1 E GLY -1 ? E GLY 2 63 1 Y 1 E SER 0 ? E SER 3 64 1 Y 1 E GLY 317 ? E GLY 320 65 1 Y 1 E GLY 318 ? E GLY 321 66 1 Y 1 E SER 319 ? E SER 322 67 1 Y 1 E GLY 320 ? E GLY 323 68 1 Y 1 E GLY 321 ? E GLY 324 69 1 Y 1 E SER 322 ? E SER 325 70 1 Y 1 E HIS 323 ? E HIS 326 71 1 Y 1 E HIS 324 ? E HIS 327 72 1 Y 1 E HIS 325 ? E HIS 328 73 1 Y 1 E HIS 326 ? E HIS 329 74 1 Y 1 E HIS 327 ? E HIS 330 75 1 Y 1 E HIS 328 ? E HIS 331 76 1 Y 1 F MET -2 ? F MET 1 77 1 Y 1 F GLY -1 ? F GLY 2 78 1 Y 1 F SER 0 ? F SER 3 79 1 Y 1 F GLY 317 ? F GLY 320 80 1 Y 1 F GLY 318 ? F GLY 321 81 1 Y 1 F SER 319 ? F SER 322 82 1 Y 1 F GLY 320 ? F GLY 323 83 1 Y 1 F GLY 321 ? F GLY 324 84 1 Y 1 F SER 322 ? F SER 325 85 1 Y 1 F HIS 323 ? F HIS 326 86 1 Y 1 F HIS 324 ? F HIS 327 87 1 Y 1 F HIS 325 ? F HIS 328 88 1 Y 1 F HIS 326 ? F HIS 329 89 1 Y 1 F HIS 327 ? F HIS 330 90 1 Y 1 F HIS 328 ? F HIS 331 91 1 Y 1 G MET -2 ? G MET 1 92 1 Y 1 G GLY -1 ? G GLY 2 93 1 Y 1 G SER 0 ? G SER 3 94 1 Y 1 G GLY 317 ? G GLY 320 95 1 Y 1 G GLY 318 ? G GLY 321 96 1 Y 1 G SER 319 ? G SER 322 97 1 Y 1 G GLY 320 ? G GLY 323 98 1 Y 1 G GLY 321 ? G GLY 324 99 1 Y 1 G SER 322 ? G SER 325 100 1 Y 1 G HIS 323 ? G HIS 326 101 1 Y 1 G HIS 324 ? G HIS 327 102 1 Y 1 G HIS 325 ? G HIS 328 103 1 Y 1 G HIS 326 ? G HIS 329 104 1 Y 1 G HIS 327 ? G HIS 330 105 1 Y 1 G HIS 328 ? G HIS 331 106 1 Y 1 H MET -2 ? H MET 1 107 1 Y 1 H GLY -1 ? H GLY 2 108 1 Y 1 H SER 0 ? H SER 3 109 1 Y 1 H GLY 317 ? H GLY 320 110 1 Y 1 H GLY 318 ? H GLY 321 111 1 Y 1 H SER 319 ? H SER 322 112 1 Y 1 H GLY 320 ? H GLY 323 113 1 Y 1 H GLY 321 ? H GLY 324 114 1 Y 1 H SER 322 ? H SER 325 115 1 Y 1 H HIS 323 ? H HIS 326 116 1 Y 1 H HIS 324 ? H HIS 327 117 1 Y 1 H HIS 325 ? H HIS 328 118 1 Y 1 H HIS 326 ? H HIS 329 119 1 Y 1 H HIS 327 ? H HIS 330 120 1 Y 1 H HIS 328 ? H HIS 331 121 1 Y 1 I MET -2 ? I MET 1 122 1 Y 1 I GLY -1 ? I GLY 2 123 1 Y 1 I SER 0 ? I SER 3 124 1 Y 1 I GLY 317 ? I GLY 320 125 1 Y 1 I GLY 318 ? I GLY 321 126 1 Y 1 I SER 319 ? I SER 322 127 1 Y 1 I GLY 320 ? I GLY 323 128 1 Y 1 I GLY 321 ? I GLY 324 129 1 Y 1 I SER 322 ? I SER 325 130 1 Y 1 I HIS 323 ? I HIS 326 131 1 Y 1 I HIS 324 ? I HIS 327 132 1 Y 1 I HIS 325 ? I HIS 328 133 1 Y 1 I HIS 326 ? I HIS 329 134 1 Y 1 I HIS 327 ? I HIS 330 135 1 Y 1 I HIS 328 ? I HIS 331 136 1 Y 1 J MET -2 ? J MET 1 137 1 Y 1 J GLY -1 ? J GLY 2 138 1 Y 1 J SER 0 ? J SER 3 139 1 Y 1 J GLY 317 ? J GLY 320 140 1 Y 1 J GLY 318 ? J GLY 321 141 1 Y 1 J SER 319 ? J SER 322 142 1 Y 1 J GLY 320 ? J GLY 323 143 1 Y 1 J GLY 321 ? J GLY 324 144 1 Y 1 J SER 322 ? J SER 325 145 1 Y 1 J HIS 323 ? J HIS 326 146 1 Y 1 J HIS 324 ? J HIS 327 147 1 Y 1 J HIS 325 ? J HIS 328 148 1 Y 1 J HIS 326 ? J HIS 329 149 1 Y 1 J HIS 327 ? J HIS 330 150 1 Y 1 J HIS 328 ? J HIS 331 151 1 Y 1 K MET -2 ? K MET 1 152 1 Y 1 K GLY -1 ? K GLY 2 153 1 Y 1 K SER 0 ? K SER 3 154 1 Y 1 K GLY 317 ? K GLY 320 155 1 Y 1 L MET -2 ? L MET 1 156 1 Y 1 L GLY -1 ? L GLY 2 157 1 Y 1 L SER 0 ? L SER 3 158 1 Y 1 L GLY 317 ? L GLY 320 159 1 Y 1 M MET -2 ? M MET 1 160 1 Y 1 M GLY -1 ? M GLY 2 161 1 Y 1 M SER 0 ? 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