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F N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 9DZW _struct_ref.pdbx_db_accession 9DZW _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9DZW A 1 ? 334 ? 9DZW 0 ? 333 ? 0 333 2 1 9DZW B 1 ? 334 ? 9DZW 0 ? 333 ? 0 333 3 1 9DZW C 1 ? 334 ? 9DZW 0 ? 333 ? 0 333 4 1 9DZW D 1 ? 334 ? 9DZW 0 ? 333 ? 0 333 5 1 9DZW E 1 ? 334 ? 9DZW 0 ? 333 ? 0 333 6 1 9DZW F 1 ? 334 ? 9DZW 0 ? 333 ? 0 333 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 2 ? GLU A 33 ? ALA A 1 GLU A 32 1 ? 32 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 35 ? LEU A 67 ? SER A 34 LEU A 66 1 ? 33 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 70 ? ALA A 103 ? SER A 69 ALA A 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 104 ? GLU A 106 ? PRO A 103 GLU A 105 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 TYR A 107 ? GLU A 142 ? TYR A 106 GLU A 141 1 ? 36 HELX_P HELX_P6 AA6 GLU B 3 ? GLU B 33 ? GLU B 2 GLU B 32 1 ? 31 HELX_P HELX_P7 AA7 SER B 35 ? LEU B 67 ? SER B 34 LEU B 66 1 ? 33 HELX_P HELX_P8 AA8 SER B 70 ? ALA B 103 ? SER B 69 ALA B 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P9 AA9 PRO B 104 ? TYR B 107 ? PRO B 103 TYR B 106 5 ? 4 HELX_P HELX_P10 AB1 ARG B 108 ? ALA B 139 ? ARG B 107 ALA B 138 1 ? 32 HELX_P HELX_P11 AB2 GLU C 3 ? GLU C 33 ? GLU C 2 GLU C 32 1 ? 31 HELX_P HELX_P12 AB3 SER C 35 ? LEU C 67 ? SER C 34 LEU C 66 1 ? 33 HELX_P HELX_P13 AB4 SER C 70 ? ALA C 103 ? SER C 69 ALA C 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P14 AB5 PRO C 104 ? TYR C 107 ? PRO C 103 TYR C 106 5 ? 4 HELX_P HELX_P15 AB6 ARG C 108 ? LEU C 141 ? ARG C 107 LEU C 140 1 ? 34 HELX_P HELX_P16 AB7 LEU D 4 ? GLU D 33 ? LEU D 3 GLU D 32 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 AB8 SER D 35 ? LEU D 67 ? SER D 34 LEU D 66 1 ? 33 HELX_P HELX_P18 AB9 SER D 70 ? ALA D 103 ? SER D 69 ALA D 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P19 AC1 PRO D 104 ? TYR D 107 ? PRO D 103 TYR D 106 5 ? 4 HELX_P HELX_P20 AC2 ARG D 108 ? GLU D 142 ? ARG D 107 GLU D 141 1 ? 35 HELX_P HELX_P21 AC3 LEU E 4 ? GLU E 33 ? LEU E 3 GLU E 32 1 ? 30 HELX_P HELX_P22 AC4 SER E 35 ? LEU E 67 ? SER E 34 LEU E 66 1 ? 33 HELX_P HELX_P23 AC5 SER E 70 ? ALA E 103 ? SER E 69 ALA E 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P24 AC6 PRO E 104 ? TYR E 107 ? PRO E 103 TYR E 106 5 ? 4 HELX_P HELX_P25 AC7 ARG E 108 ? GLU E 138 ? ARG E 107 GLU E 137 1 ? 31 HELX_P HELX_P26 AC8 GLU F 3 ? GLU F 33 ? GLU F 2 GLU F 32 1 ? 31 HELX_P HELX_P27 AC9 SER F 35 ? GLY F 68 ? SER F 34 GLY F 67 1 ? 34 HELX_P HELX_P28 AD1 SER F 70 ? ALA F 103 ? SER F 69 ALA F 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P29 AD2 PRO F 104 ? TYR F 107 ? PRO F 103 TYR F 106 5 ? 4 HELX_P HELX_P30 AD3 ARG F 108 ? GLU F 142 ? ARG F 107 GLU F 141 1 ? 35 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _pdbx_entry_details.entry_id 9DZW _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 NE C ARG 4 ? ? CZ C ARG 4 ? ? NH1 C ARG 4 ? ? 123.37 120.30 3.07 0.50 N 2 1 NE C ARG 6 ? ? CZ C ARG 6 ? ? NH1 C ARG 6 ? ? 123.56 120.30 3.26 0.50 N 3 1 NE E ARG 4 ? ? CZ E ARG 4 ? ? NH1 E ARG 4 ? ? 124.22 120.30 3.92 0.50 N 4 1 NE F ARG 9 ? ? CZ F ARG 9 ? ? NH1 F ARG 9 ? ? 123.60 120.30 3.30 0.50 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LEU C 22 ? ? -66.49 12.00 2 1 LEU D 140 ? ? -151.29 -5.41 3 1 ARG E 68 ? ? -142.30 -33.20 4 1 ARG F 68 ? ? -141.51 -38.72 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9DZW _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;The design model was used as an initial reference for building the final cryo-EM structure. For the hexamer the design model of the CalC6_3 was used as an initial reference model fit with UCSF Chimera. Hexamer was refined using several rounds of relaxation and minimization, performed on the complete structures, which were manually inspected for errors each time using ISOLDE in UCSF ChimeraX, Coot, and PHENIX real-space refinement. The final model quality was analyzed using MolProbity. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details 'Design protein, see methods' _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name Other _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9DZW _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details 'Non Uniform Refinement' _em_3d_reconstruction.resolution 3.75 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 67181 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'CalC6_3 with DHR extension' _em_entity_assembly.details '6 monomers assemble to form a calcium channel' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 9DZW _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 1800 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50.0 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/2' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9DZW _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 295.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9DZW _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9DZW _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C6 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 0 ? A MET 1 2 1 Y 1 A GLU 142 ? A GLU 143 3 1 Y 1 A GLU 143 ? A GLU 144 4 1 Y 1 A LYS 144 ? A LYS 145 5 1 Y 1 A ARG 145 ? A ARG 146 6 1 Y 1 A ARG 146 ? A ARG 147 7 1 Y 1 A GLU 147 ? A GLU 148 8 1 Y 1 A GLU 148 ? A GLU 149 9 1 Y 1 A GLU 149 ? A GLU 150 10 1 Y 1 A GLU 150 ? A GLU 151 11 1 Y 1 A LYS 151 ? A LYS 152 12 1 Y 1 A ARG 152 ? A ARG 153 13 1 Y 1 A ARG 153 ? A ARG 154 14 1 Y 1 A GLU 154 ? A GLU 155 15 1 Y 1 A LEU 155 ? A LEU 156 16 1 Y 1 A VAL 156 ? A VAL 157 17 1 Y 1 A LYS 157 ? A LYS 158 18 1 Y 1 A ARG 158 ? A ARG 159 19 1 Y 1 A ALA 159 ? A ALA 160 20 1 Y 1 A GLU 160 ? A GLU 161 21 1 Y 1 A GLU 161 ? A GLU 162 22 1 Y 1 A ALA 162 ? A ALA 163 23 1 Y 1 A LEU 163 ? A LEU 164 24 1 Y 1 A GLN 164 ? A GLN 165 25 1 Y 1 A LYS 165 ? A LYS 166 26 1 Y 1 A ALA 166 ? A ALA 167 27 1 Y 1 A GLN 167 ? A GLN 168 28 1 Y 1 A GLU 168 ? A GLU 169 29 1 Y 1 A ALA 169 ? A ALA 170 30 1 Y 1 A GLU 170 ? A GLU 171 31 1 Y 1 A LYS 171 ? A LYS 172 32 1 Y 1 A GLN 172 ? A GLN 173 33 1 Y 1 A GLY 173 ? 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A ALA 206 66 1 Y 1 A LEU 206 ? A LEU 207 67 1 Y 1 A GLN 207 ? A GLN 208 68 1 Y 1 A ILE 208 ? A ILE 209 69 1 Y 1 A ALA 209 ? A ALA 210 70 1 Y 1 A LYS 210 ? A LYS 211 71 1 Y 1 A GLU 211 ? A GLU 212 72 1 Y 1 A ALA 212 ? A ALA 213 73 1 Y 1 A GLU 213 ? A GLU 214 74 1 Y 1 A LYS 214 ? A LYS 215 75 1 Y 1 A GLN 215 ? A GLN 216 76 1 Y 1 A GLY 216 ? A GLY 217 77 1 Y 1 A ASN 217 ? A ASN 218 78 1 Y 1 A VAL 218 ? A VAL 219 79 1 Y 1 A GLU 219 ? A GLU 220 80 1 Y 1 A VAL 220 ? A VAL 221 81 1 Y 1 A ALA 221 ? A ALA 222 82 1 Y 1 A VAL 222 ? A VAL 223 83 1 Y 1 A LYS 223 ? A LYS 224 84 1 Y 1 A ALA 224 ? A ALA 225 85 1 Y 1 A ALA 225 ? A ALA 226 86 1 Y 1 A ARG 226 ? A ARG 227 87 1 Y 1 A VAL 227 ? A VAL 228 88 1 Y 1 A ALA 228 ? A ALA 229 89 1 Y 1 A VAL 229 ? A VAL 230 90 1 Y 1 A GLU 230 ? A GLU 231 91 1 Y 1 A ALA 231 ? A ALA 232 92 1 Y 1 A ALA 232 ? A ALA 233 93 1 Y 1 A LYS 233 ? A LYS 234 94 1 Y 1 A GLN 234 ? A GLN 235 95 1 Y 1 A ALA 235 ? A ALA 236 96 1 Y 1 A GLY 236 ? A GLY 237 97 1 Y 1 A ASP 237 ? 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A ALA 269 129 1 Y 1 A ARG 269 ? A ARG 270 130 1 Y 1 A VAL 270 ? A VAL 271 131 1 Y 1 A ALA 271 ? A ALA 272 132 1 Y 1 A VAL 272 ? A VAL 273 133 1 Y 1 A GLU 273 ? A GLU 274 134 1 Y 1 A ALA 274 ? A ALA 275 135 1 Y 1 A ALA 275 ? A ALA 276 136 1 Y 1 A LYS 276 ? A LYS 277 137 1 Y 1 A GLN 277 ? A GLN 278 138 1 Y 1 A ALA 278 ? A ALA 279 139 1 Y 1 A GLY 279 ? A GLY 280 140 1 Y 1 A ASP 280 ? A ASP 281 141 1 Y 1 A GLN 281 ? A GLN 282 142 1 Y 1 A ASP 282 ? A ASP 283 143 1 Y 1 A VAL 283 ? A VAL 284 144 1 Y 1 A LEU 284 ? A LEU 285 145 1 Y 1 A ARG 285 ? A ARG 286 146 1 Y 1 A LYS 286 ? A LYS 287 147 1 Y 1 A VAL 287 ? A VAL 288 148 1 Y 1 A SER 288 ? A SER 289 149 1 Y 1 A GLU 289 ? A GLU 290 150 1 Y 1 A GLN 290 ? A GLN 291 151 1 Y 1 A ALA 291 ? A ALA 292 152 1 Y 1 A GLU 292 ? A GLU 293 153 1 Y 1 A ARG 293 ? A ARG 294 154 1 Y 1 A ILE 294 ? A ILE 295 155 1 Y 1 A SER 295 ? A SER 296 156 1 Y 1 A LYS 296 ? A LYS 297 157 1 Y 1 A GLU 297 ? A GLU 298 158 1 Y 1 A ALA 298 ? A ALA 299 159 1 Y 1 A LYS 299 ? 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