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G N N 1 ? # _struct_ref.id 1 _struct_ref.db_name PDB _struct_ref.db_code 9E0H _struct_ref.pdbx_db_accession 9E0H _struct_ref.pdbx_db_isoform ? _struct_ref.entity_id 1 _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code ? _struct_ref.pdbx_align_begin 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9E0H A 1 ? 334 ? 9E0H 0 ? 333 ? 0 333 2 1 9E0H B 1 ? 334 ? 9E0H 0 ? 333 ? 0 333 3 1 9E0H C 1 ? 334 ? 9E0H 0 ? 333 ? 0 333 4 1 9E0H D 1 ? 334 ? 9E0H 0 ? 333 ? 0 333 5 1 9E0H E 1 ? 334 ? 9E0H 0 ? 333 ? 0 333 6 1 9E0H F 1 ? 334 ? 9E0H 0 ? 333 ? 0 333 7 1 9E0H G 1 ? 334 ? 9E0H 0 ? 333 ? 0 333 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 3 ? LEU A 32 ? GLU A 2 LEU A 31 1 ? 30 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 35 ? GLY A 68 ? SER A 34 GLY A 67 1 ? 34 HELX_P HELX_P3 AA3 SER A 70 ? ALA A 103 ? SER A 69 ALA A 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P4 AA4 PRO A 104 ? LYS A 152 ? PRO A 103 LYS A 151 1 ? 49 HELX_P HELX_P5 AA5 GLU B 3 ? LEU B 32 ? GLU B 2 LEU B 31 1 ? 30 HELX_P HELX_P6 AA6 SER B 35 ? GLY B 68 ? SER B 34 GLY B 67 1 ? 34 HELX_P HELX_P7 AA7 SER B 70 ? ALA B 103 ? SER B 69 ALA B 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P8 AA8 PRO B 104 ? LYS B 152 ? PRO B 103 LYS B 151 1 ? 49 HELX_P HELX_P9 AA9 GLU C 3 ? LEU C 32 ? GLU C 2 LEU C 31 1 ? 30 HELX_P HELX_P10 AB1 SER C 35 ? GLY C 68 ? SER C 34 GLY C 67 1 ? 34 HELX_P HELX_P11 AB2 SER C 70 ? ALA C 103 ? SER C 69 ALA C 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P12 AB3 PRO C 104 ? LYS C 152 ? PRO C 103 LYS C 151 1 ? 49 HELX_P HELX_P13 AB4 GLU D 3 ? LEU D 32 ? GLU D 2 LEU D 31 1 ? 30 HELX_P HELX_P14 AB5 SER D 35 ? GLY D 68 ? SER D 34 GLY D 67 1 ? 34 HELX_P HELX_P15 AB6 SER D 70 ? ALA D 103 ? SER D 69 ALA D 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P16 AB7 PRO D 104 ? LYS D 152 ? PRO D 103 LYS D 151 1 ? 49 HELX_P HELX_P17 AB8 GLU E 3 ? LEU E 32 ? GLU E 2 LEU E 31 1 ? 30 HELX_P HELX_P18 AB9 SER E 35 ? GLY E 68 ? SER E 34 GLY E 67 1 ? 34 HELX_P HELX_P19 AC1 SER E 70 ? ALA E 103 ? SER E 69 ALA E 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P20 AC2 PRO E 104 ? LYS E 152 ? PRO E 103 LYS E 151 1 ? 49 HELX_P HELX_P21 AC3 GLU F 3 ? LEU F 32 ? GLU F 2 LEU F 31 1 ? 30 HELX_P HELX_P22 AC4 SER F 35 ? GLY F 68 ? SER F 34 GLY F 67 1 ? 34 HELX_P HELX_P23 AC5 SER F 70 ? ALA F 103 ? SER F 69 ALA F 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P24 AC6 PRO F 104 ? LYS F 152 ? PRO F 103 LYS F 151 1 ? 49 HELX_P HELX_P25 AC7 GLU G 3 ? LEU G 32 ? GLU G 2 LEU G 31 1 ? 30 HELX_P HELX_P26 AC8 SER G 35 ? GLY G 68 ? SER G 34 GLY G 67 1 ? 34 HELX_P HELX_P27 AC9 SER G 70 ? ALA G 103 ? SER G 69 ALA G 102 1 ? 34 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO G 104 ? LYS G 152 ? PRO G 103 LYS G 151 1 ? 49 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _pdbx_entry_details.entry_id 9E0H _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9E0H _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;For the heptamer, CalC6_3 with DHR extension hexamer design model was used as a starting model. A single chain for the heptamer was isolated in PyMOL, and 7 copies of this chain were fitted to the map in UCSF Chimera to reform the channel. The heptamer was refined using several rounds of relaxation and minimization, performed on the complete structures, which were manually inspected for errors each time using ISOLDE in UCSF ChimeraX, Coot, and PHENIX real-space refinement. The final model quality was analyzed using MolProbity. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details 'Design protein, see paper' _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name Other _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9E0H _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 4.62 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 45077 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '20 mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.006% GDN' _em_buffer.pH 8 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'CalC6_3 with DHR extensions, hepatmer' _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_imaging.entry_id 9E0H _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 1800 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50.0 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/2' _em_sample_support.details '5 mA current' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9E0H _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 295.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9E0H _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9E0H _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C7 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 0 ? 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A GLN 184 34 1 Y 1 A GLU 184 ? A GLU 185 35 1 Y 1 A ALA 185 ? A ALA 186 36 1 Y 1 A VAL 186 ? A VAL 187 37 1 Y 1 A ARG 187 ? A ARG 188 38 1 Y 1 A ALA 188 ? A ALA 189 39 1 Y 1 A ALA 189 ? A ALA 190 40 1 Y 1 A LYS 190 ? A LYS 191 41 1 Y 1 A GLU 191 ? A GLU 192 42 1 Y 1 A SER 192 ? A SER 193 43 1 Y 1 A GLY 193 ? A GLY 194 44 1 Y 1 A ASP 194 ? A ASP 195 45 1 Y 1 A ASN 195 ? A ASN 196 46 1 Y 1 A ASP 196 ? A ASP 197 47 1 Y 1 A VAL 197 ? A VAL 198 48 1 Y 1 A LEU 198 ? A LEU 199 49 1 Y 1 A ARG 199 ? A ARG 200 50 1 Y 1 A ARG 200 ? A ARG 201 51 1 Y 1 A VAL 201 ? A VAL 202 52 1 Y 1 A ALA 202 ? A ALA 203 53 1 Y 1 A GLU 203 ? A GLU 204 54 1 Y 1 A GLN 204 ? A GLN 205 55 1 Y 1 A ALA 205 ? A ALA 206 56 1 Y 1 A LEU 206 ? A LEU 207 57 1 Y 1 A GLN 207 ? A GLN 208 58 1 Y 1 A ILE 208 ? A ILE 209 59 1 Y 1 A ALA 209 ? A ALA 210 60 1 Y 1 A LYS 210 ? A LYS 211 61 1 Y 1 A GLU 211 ? A GLU 212 62 1 Y 1 A ALA 212 ? A ALA 213 63 1 Y 1 A GLU 213 ? A GLU 214 64 1 Y 1 A LYS 214 ? A LYS 215 65 1 Y 1 A GLN 215 ? 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