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EMDB EMD-47425 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-01-22 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-01-22 ? 3 'Half map' 1 0 2025-01-22 1 4 'Half map' 1 0 2025-01-22 2 5 Image 1 0 2025-01-22 ? 6 'Primary map' 1 0 2025-01-22 ? 7 'Structure model' 1 1 2025-05-28 ? 8 'EM metadata' 1 1 2025-05-28 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' 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H LYS 126 NZ # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9E1Y _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9E1Y _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9E1Y _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 9E1Y _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 13223 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.668 ? 19173 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 30.384 ? 4197 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 2187 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 1364 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9E1Y _struct.title 'Empty Nucleosome with 601 widom sequence' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9E1Y _struct_keywords.text 'Chromatin, remodelers, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 3 ;MSGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAVRNDEELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESAKSAKSK ; 1 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKSRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 9E1Y 9E1Y ? 5 ? 1 6 PDB 9E1Y 9E1Y ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9E1Y E 1 ? 136 ? P84233 1 ? 136 ? 0 135 2 2 9E1Y F 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 3 3 9E1Y G 1 ? 130 ? P06897 1 ? 130 ? 0 129 4 4 9E1Y H 1 ? 126 ? P02281 1 ? 126 ? -3 122 5 1 9E1Y A 1 ? 136 ? P84233 1 ? 136 ? 0 135 6 2 9E1Y B 1 ? 103 ? P62799 1 ? 103 ? 0 102 7 3 9E1Y C 1 ? 130 ? P06897 1 ? 130 ? 0 129 8 4 9E1Y D 1 ? 126 ? P02281 1 ? 126 ? -3 122 9 5 9E1Y I 1 ? 153 ? 9E1Y -76 ? 76 ? -76 76 10 6 9E1Y J 1 ? 153 ? 9E1Y -76 ? 76 ? -76 76 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 9E1Y ARG G 100 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 1 3 9E1Y SER G 124 ? UNP P06897 ALA 124 conflict 123 2 4 9E1Y THR H 33 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 3 7 9E1Y ARG C 100 ? UNP P06897 GLY 100 conflict 99 4 7 9E1Y SER C 124 ? UNP P06897 ALA 124 conflict 123 5 8 9E1Y THR D 33 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 29 6 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? SER A 58 ? GLY E 44 SER E 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 64 ? ASP A 78 ? ARG E 63 ASP E 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 86 ? ALA A 115 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 121 ? GLY A 133 ? MET E 120 GLY E 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 25 ? ILE B 30 ? ASP F 24 ILE F 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 31 ? GLY B 42 ? THR F 30 GLY F 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 50 ? ALA B 77 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 83 ? GLN B 94 ? THR F 82 GLN F 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 17 ? GLY C 23 ? THR G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 27 ? LYS C 37 ? PRO G 26 LYS G 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA C 46 ? ASN C 74 ? ALA G 45 ASN G 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 80 ? ASP C 91 ? ILE G 79 ASP G 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 91 ? LEU C 98 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 GLN C 113 ? LEU C 117 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 TYR D 38 ? HIS D 50 ? TYR H 34 HIS H 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 SER D 56 ? ASN D 85 ? SER H 52 ASN H 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P17 AB8 THR D 91 ? LEU D 103 ? THR H 87 LEU H 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY D 105 ? LYS D 126 ? GLY H 101 LYS H 122 1 ? 22 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY E 45 ? SER E 58 ? GLY A 44 SER A 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 ARG E 64 ? GLN E 77 ? ARG A 63 GLN A 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P21 AC3 GLN E 86 ? ALA E 115 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P22 AC4 MET E 121 ? GLY E 133 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P23 AC5 ASN F 26 ? ILE F 30 ? ASN B 25 ILE B 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR B 30 GLY B 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P26 AC8 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 THR G 17 ? GLY G 23 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO G 27 ? LYS G 37 ? PRO C 26 LYS C 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 ALA G 46 ? LYS G 75 ? ALA C 45 LYS C 74 1 ? 30 HELX_P HELX_P30 AD3 ILE G 80 ? ASP G 91 ? ILE C 79 ASP C 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP G 91 ? LEU G 98 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 TYR H 38 ? HIS H 50 ? TYR D 34 HIS D 46 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 AD6 SER H 56 ? ASN H 85 ? SER D 52 ASN D 81 1 ? 30 HELX_P HELX_P34 AD7 THR H 91 ? LEU H 103 ? THR D 87 LEU D 99 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 AD8 GLY H 105 ? LYS H 126 ? GLY D 101 LYS D 122 1 ? 22 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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J 40 ? 1 I DC 37 1_555 J DG 117 1_555 I DT 38 1_555 J DA 116 1_555 -0.059 -0.327 3.367 3.191 6.196 32.578 -1.624 0.645 3.232 10.890 -5.608 33.296 37 II_DC-40DT-39:DA39DG40_JJ I -40 ? J 40 ? I -39 ? J 39 ? 1 I DT 38 1_555 J DA 116 1_555 I DA 39 1_555 J DT 115 1_555 0.361 0.623 3.415 3.682 4.014 40.228 0.425 -0.087 3.477 5.804 -5.324 40.580 38 II_DT-39DA-38:DT38DA39_JJ I -39 ? J 39 ? I -38 ? J 38 ? 1 I DA 39 1_555 J DT 115 1_555 I DG 40 1_555 J DC 114 1_555 -0.002 0.285 3.398 1.080 0.897 31.533 0.350 0.213 3.403 1.650 -1.986 31.564 39 II_DA-38DG-37:DC37DT38_JJ I -38 ? J 38 ? I -37 ? J 37 ? 1 I DG 40 1_555 J DC 114 1_555 I DG 41 1_555 J DC 113 1_555 -0.212 0.823 3.561 -0.423 -1.402 37.762 1.466 0.269 3.531 -2.165 0.653 37.789 40 II_DG-37DG-36:DC36DC37_JJ I -37 ? J 37 ? I -36 ? J 36 ? 1 I DG 41 1_555 J DC 113 1_555 I DG 42 1_555 J DC 112 1_555 -0.802 1.545 3.648 -2.781 -6.338 43.724 2.697 0.782 3.445 -8.447 3.707 44.242 41 II_DG-36DG-35:DC35DC36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? 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