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D N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 9EAL 9EAL ? 1 ? 1 2 PDB 9EAL 9EAL ? 2 ? 1 3 PDB 9EAL 9EAL ? 3 ? 1 4 UNP CAS9_STRP1 Q99ZW2 ? 4 ;MDKKYSIGLDIGTNSVGWAVITDEYKVPSKKFKVLGNTDRHSIKKNLIGALLFDSGETAEATRLKRTARRRYTRRKNRIC YLQEIFSNEMAKVDDSFFHRLEESFLVEEDKKHERHPIFGNIVDEVAYHEKYPTIYHLRKKLVDSTDKADLRLIYLALAH MIKFRGHFLIEGDLNPDNSDVDKLFIQLVQTYNQLFEENPINASGVDAKAILSARLSKSRRLENLIAQLPGEKKNGLFGN LIALSLGLTPNFKSNFDLAEDAKLQLSKDTYDDDLDNLLAQIGDQYADLFLAAKNLSDAILLSDILRVNTEITKAPLSAS MIKRYDEHHQDLTLLKALVRQQLPEKYKEIFFDQSKNGYAGYIDGGASQEEFYKFIKPILEKMDGTEELLVKLNREDLLR KQRTFDNGSIPHQIHLGELHAILRRQEDFYPFLKDNREKIEKILTFRIPYYVGPLARGNSRFAWMTRKSEETITPWNFEE VVDKGASAQSFIERMTNFDKNLPNEKVLPKHSLLYEYFTVYNELTKVKYVTEGMRKPAFLSGEQKKAIVDLLFKTNRKVT VKQLKEDYFKKIECFDSVEISGVEDRFNASLGTYHDLLKIIKDKDFLDNEENEDILEDIVLTLTLFEDREMIEERLKTYA HLFDDKVMKQLKRRRYTGWGRLSRKLINGIRDKQSGKTILDFLKSDGFANRNFMQLIHDDSLTFKEDIQKAQVSGQGDSL HEHIANLAGSPAIKKGILQTVKVVDELVKVMGRHKPENIVIEMARENQTTQKGQKNSRERMKRIEEGIKELGSQILKEHP VENTQLQNEKLYLYYLQNGRDMYVDQELDINRLSDYDVDHIVPQSFLKDDSIDNKVLTRSDKNRGKSDNVPSEEVVKKMK NYWRQLLNAKLITQRKFDNLTKAERGGLSELDKAGFIKRQLVETRQITKHVAQILDSRMNTKYDENDKLIREVKVITLKS KLVSDFRKDFQFYKVREINNYHHAHDAYLNAVVGTALIKKYPKLESEFVYGDYKVYDVRKMIAKSEQEIGKATAKYFFYS NIMNFFKTEITLANGEIRKRPLIETNGETGEIVWDKGRDFATVRKVLSMPQVNIVKKTEVQTGGFSKESILPKRNSDKLI ARKKDWDPKKYGGFDSPTVAYSVLVVAKVEKGKSKKLKSVKELLGITIMERSSFEKNPIDFLEAKGYKEVKKDLIIKLPK YSLFELENGRKRMLASAGELQKGNELALPSKYVNFLYLASHYEKLKGSPEDNEQKQLFVEQHKHYLDEIIEQISEFSKRV ILADANLDKVLSAYNKHRDKPIREQAENIIHLFTLTNLGAPAAFKYFDTTIDRKRYTSTKEVLDATLIHQSITGLYETRI DLSQLGGD ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9EAL B 1 ? 97 ? 9EAL 4 ? 100 ? 4 100 2 2 9EAL C 1 ? 55 ? 9EAL 1 ? 55 ? 1 55 3 3 9EAL D 1 ? 55 ? 9EAL 1 ? 55 ? 1 55 4 4 9EAL A 1 ? 1368 ? Q99ZW2 1 ? 1368 ? 1 1368 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA D 59 ? PHE D 86 ? ALA A 59 PHE A 86 1 ? 28 HELX_P HELX_P2 AA2 PHE D 86 ? ASP D 94 ? PHE A 86 ASP A 94 1 ? 9 HELX_P HELX_P3 AA3 SER D 96 ? GLU D 103 ? SER A 96 GLU A 103 1 ? 8 HELX_P HELX_P4 AA4 ASN D 121 ? TYR D 132 ? ASN A 121 TYR A 132 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 THR D 134 ? ASP D 144 ? THR A 134 ASP A 144 1 ? 11 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP D 150 ? PHE D 164 ? ASP A 150 PHE A 164 1 ? 15 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP D 180 ? LEU D 195 ? ASP A 180 LEU A 195 1 ? 16 HELX_P HELX_P8 AA8 ALA D 208 ? ALA D 214 ? ALA A 208 ALA A 214 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 AA9 SER D 217 ? GLN D 228 ? SER A 217 GLN A 228 1 ? 12 HELX_P HELX_P10 AB1 LYS D 234 ? LEU D 246 ? LYS A 234 LEU A 246 1 ? 13 HELX_P HELX_P11 AB2 ASN D 251 ? PHE D 256 ? ASN A 251 PHE A 256 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 THR D 270 ? ILE D 282 ? THR A 270 ILE A 282 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 TYR D 286 ? LEU D 306 ? TYR A 286 LEU A 306 1 ? 21 HELX_P HELX_P14 AB5 ALA D 315 ? LEU D 343 ? ALA A 315 LEU A 343 1 ? 29 HELX_P HELX_P15 AB6 LYS D 346 ? PHE D 352 ? LYS A 346 PHE A 352 1 ? 7 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY D 358 ? ASP D 364 ? GLY A 358 ASP A 364 1 ? 7 HELX_P HELX_P17 AB8 SER D 368 ? MET D 383 ? SER A 368 MET A 383 1 ? 16 HELX_P HELX_P18 AB9 GLU D 387 ? ARG D 395 ? GLU A 387 ARG A 395 1 ? 9 HELX_P HELX_P19 AC1 THR D 404 ? ILE D 410 ? THR A 404 ILE A 410 5 ? 7 HELX_P HELX_P20 AC2 PRO D 411 ? GLN D 426 ? PRO A 411 GLN A 426 1 ? 16 HELX_P HELX_P21 AC3 PRO D 431 ? ASN D 436 ? PRO A 431 ASN A 436 1 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 ASN D 436 ? PHE D 446 ? ASN A 436 PHE A 446 1 ? 11 HELX_P HELX_P23 AC5 ASN D 477 ? VAL D 482 ? ASN A 477 VAL A 482 1 ? 6 HELX_P HELX_P24 AC6 ASP D 483 ? ARG D 494 ? ASP A 483 ARG A 494 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 SER D 512 ? VAL D 527 ? SER A 512 VAL A 527 1 ? 16 HELX_P HELX_P26 AC8 SER D 541 ? LEU D 552 ? SER A 541 LEU A 552 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 VAL D 561 ? GLU D 573 ? VAL A 561 GLU A 573 1 ? 13 HELX_P HELX_P28 AD1 LEU D 591 ? ILE D 601 ? LEU A 591 ILE A 601 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN D 609 ? GLU D 611 ? ASN A 609 GLU A 611 5 ? 3 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN D 612 ? PHE D 626 ? ASN A 612 PHE A 626 1 ? 15 HELX_P HELX_P31 AD4 ARG D 629 ? TYR D 639 ? ARG A 629 TYR A 639 1 ? 11 HELX_P HELX_P32 AD5 ALA D 640 ? PHE D 643 ? ALA A 640 PHE A 643 5 ? 4 HELX_P HELX_P33 AD6 ASP D 644 ? LYS D 652 ? ASP A 644 LYS A 652 1 ? 9 HELX_P HELX_P34 AD7 SER D 663 ? GLY D 669 ? SER A 663 GLY A 669 1 ? 7 HELX_P HELX_P35 AD8 THR D 678 ? SER D 685 ? THR A 678 SER A 685 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN D 692 ? HIS D 698 ? ASN A 692 HIS A 698 1 ? 7 HELX_P HELX_P37 AE1 SER D 701 ? SER D 714 ? SER A 701 SER A 714 1 ? 14 HELX_P HELX_P38 AE2 SER D 719 ? ASN D 726 ? SER A 719 ASN A 726 1 ? 8 HELX_P HELX_P39 AE3 SER D 730 ? MET D 751 ? SER A 730 MET A 751 1 ? 22 HELX_P HELX_P40 AE4 ILE D 927 ? ASN D 940 ? ILE A 927 ASN A 940 1 ? 14 HELX_P HELX_P41 AE5 SER D 960 ? PHE D 970 ? SER A 960 PHE A 970 1 ? 11 HELX_P HELX_P42 AE6 ASN D 980 ? TYR D 1001 ? ASN A 980 TYR A 1001 1 ? 22 HELX_P HELX_P43 AE7 ASN D 1041 ? PHE D 1046 ? ASN A 1041 PHE A 1046 5 ? 6 HELX_P HELX_P44 AE8 ASP D 1079 ? SER D 1088 ? ASP A 1079 SER A 1088 1 ? 10 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP D 1127 ? GLY D 1132 ? ASP A 1127 GLY A 1132 1 ? 6 HELX_P HELX_P46 AF1 ILE D 1168 ? ASN D 1177 ? ILE A 1168 ASN A 1177 1 ? 10 HELX_P HELX_P47 AF2 ASN D 1177 ? GLY D 1186 ? ASN A 1177 GLY A 1186 1 ? 10 HELX_P HELX_P48 AF3 LYS D 1191 ? ILE D 1195 ? LYS A 1191 ILE A 1195 5 ? 5 HELX_P HELX_P49 AF4 GLU D 1207 ? GLY D 1209 ? GLU A 1207 GLY A 1209 5 ? 3 HELX_P HELX_P50 AF5 PRO D 1229 ? HIS D 1241 ? PRO A 1229 HIS A 1241 1 ? 13 HELX_P HELX_P51 AF6 SER D 1248 ? HIS D 1262 ? SER A 1248 HIS A 1262 1 ? 15 HELX_P HELX_P52 AF7 HIS D 1264 ? VAL D 1280 ? HIS A 1264 VAL A 1280 1 ? 17 HELX_P HELX_P53 AF8 ALA D 1283 ? HIS D 1297 ? ALA A 1283 HIS A 1297 1 ? 15 HELX_P HELX_P54 AF9 PRO D 1301 ? PHE D 1313 ? PRO A 1301 PHE A 1313 1 ? 13 HELX_P HELX_P55 AG1 GLU D 1341 ? ASP D 1344 ? GLU A 1341 ASP A 1344 5 ? 4 HELX_P HELX_P56 AG2 SER D 1363 ? LEU D 1365 ? SER A 1363 LEU A 1365 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? A C 1 N4 ? ? ? 1_555 B DC 36 N3 ? ? B C 4 C DC 36 1_555 ? ? ? ? ? ? 'C-DC MISPAIR' ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? A G 2 O6 ? ? ? 1_555 B DG 35 N2 ? ? B G 5 C DG 35 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-DG MISPAIR' ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? A A 3 N1 ? ? ? 1_555 B DT 34 N3 ? ? B A 6 C DT 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? A A 3 N6 ? ? ? 1_555 B DT 34 O4 ? ? B A 6 C DT 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? A U 4 N3 ? ? ? 1_555 B DA 33 N1 ? ? B U 7 C DA 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? A U 4 O4 ? ? ? 1_555 B DA 33 N6 ? ? B U 7 C DA 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? A A 5 N1 ? ? ? 1_555 B DT 32 N3 ? ? B A 8 C DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? A A 5 N6 ? ? ? 1_555 B DT 32 O4 ? ? B A 8 C DT 32 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? A A 6 N1 ? ? ? 1_555 B DT 31 N3 ? ? B A 9 C DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? A A 6 N6 ? ? ? 1_555 B DT 31 O4 ? ? B A 9 C DT 31 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? A A 7 N1 ? ? ? 1_555 B DT 30 N3 ? ? B A 10 C DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? A A 7 N6 ? ? ? 1_555 B DT 30 O4 ? ? B A 10 C DT 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? A G 8 N1 ? ? ? 1_555 B DC 29 N3 ? ? B G 11 C DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? A G 8 N2 ? ? ? 1_555 B DC 29 O2 ? ? B G 11 C DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? A G 8 O6 ? ? ? 1_555 B DC 29 N4 ? ? B G 11 C DC 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? A A 9 N1 ? ? ? 1_555 B DT 28 N3 ? ? B A 12 C DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? A A 9 N6 ? ? ? 1_555 B DT 28 O4 ? ? B A 12 C DT 28 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? A U 10 N3 ? ? ? 1_555 B DA 27 N1 ? ? B U 13 C DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog19 hydrog ? ? A U 10 O4 ? ? ? 1_555 B DA 27 N6 ? ? B U 13 C DA 27 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? A G 11 N1 ? ? ? 1_555 B DC 26 N3 ? ? B G 14 C DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? A G 11 N2 ? ? ? 1_555 B DC 26 O2 ? ? B G 14 C DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? A G 11 O6 ? ? ? 1_555 B DC 26 N4 ? ? B G 14 C DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? A A 12 N1 ? ? ? 1_555 B DT 25 N3 ? ? B A 15 C DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? A A 12 N6 ? ? ? 1_555 B DT 25 O4 ? ? B A 15 C DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? A G 13 N1 ? ? ? 1_555 B DC 24 N3 ? ? B G 16 C DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? A G 13 N2 ? ? ? 1_555 B DC 24 O2 ? ? B G 16 C DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? A G 13 O6 ? ? ? 1_555 B DC 24 N4 ? ? B G 16 C DC 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? A A 14 N1 ? ? ? 1_555 B DT 23 N3 ? ? 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'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9EAL 'double helix' 9EAL 'a-form double helix' 9EAL 'b-form double helix' 9EAL 'hairpin loop' 9EAL tetraloop 9EAL 'mismatched base pair' 9EAL 'internal loop' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A C 1 1_555 B DC 36 1_555 -2.516 -1.327 0.400 -19.815 11.463 6.597 1 B_C4:DC36_C B 4 ? 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