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GLN C 519 ? ARG C 517 GLN C 519 AA7 1 LYS D 446 ? LEU D 448 ? LYS D 446 LEU D 448 AA7 2 VAL D 470 ? PHE D 472 ? VAL D 470 PHE D 472 AA7 3 GLY D 524 ? ASN D 529 ? GLY D 524 ASN D 529 AA7 4 TYR D 421 ? GLY D 426 ? TYR D 421 GLY D 426 AA7 5 PHE D 541 ? ASP D 546 ? PHE D 541 ASP D 546 AA8 1 VAL D 507 ? LYS D 511 ? VAL D 507 LYS D 511 AA8 2 LEU D 514 ? GLN D 519 ? LEU D 514 GLN D 519 AA9 1 LYS E 446 ? LEU E 448 ? LYS E 446 LEU E 448 AA9 2 VAL E 470 ? PHE E 472 ? VAL E 470 PHE E 472 AA9 3 GLY E 524 ? MET E 528 ? GLY E 524 MET E 528 AA9 4 TYR E 421 ? LYS E 425 ? TYR E 421 LYS E 425 AA9 5 PHE E 541 ? ASP E 546 ? PHE E 541 ASP E 546 AB1 1 VAL E 507 ? LEU E 509 ? VAL E 507 LEU E 509 AB1 2 ARG E 517 ? GLN E 519 ? ARG E 517 GLN E 519 AB2 1 GLY F 445 ? LEU F 448 ? GLY F 445 LEU F 448 AB2 2 LEU F 469 ? PHE F 472 ? LEU F 469 PHE F 472 AB2 3 GLY F 524 ? THR F 527 ? GLY F 524 THR F 527 AB2 4 TYR F 421 ? PHE F 424 ? TYR F 421 PHE F 424 AB2 5 PHE F 541 ? ILE F 545 ? PHE F 541 ILE F 545 AB3 1 VAL F 507 ? 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ARG F 517 GLN F 519 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N LEU A 448 ? N LEU A 448 O VAL A 471 ? O VAL A 471 AA1 2 3 N PHE A 472 ? N PHE A 472 O ILE A 525 ? O ILE A 525 AA1 3 4 O VAL A 526 ? O VAL A 526 N PHE A 424 ? N PHE A 424 AA1 4 5 N LEU A 423 ? N LEU A 423 O ILE A 545 ? O ILE A 545 AA2 1 2 N VAL A 507 ? N VAL A 507 O GLN A 519 ? O GLN A 519 AA3 1 2 N LEU B 448 ? N LEU B 448 O VAL B 471 ? O VAL B 471 AA3 2 3 N PHE B 472 ? N PHE B 472 O ILE B 525 ? O ILE B 525 AA3 3 4 O VAL B 526 ? O VAL B 526 N PHE B 424 ? N PHE B 424 AA3 4 5 N LEU B 423 ? N LEU B 423 O ILE B 545 ? O ILE B 545 AA4 1 2 N LEU B 509 ? N LEU B 509 O ARG B 517 ? O ARG B 517 AA5 1 2 N LEU C 448 ? N LEU C 448 O VAL C 471 ? O VAL C 471 AA5 2 3 N PHE C 472 ? N PHE C 472 O ILE C 525 ? O ILE C 525 AA5 3 4 O VAL C 526 ? O VAL C 526 N PHE C 424 ? N PHE C 424 AA5 4 5 N LYS C 425 ? N LYS C 425 O ILE C 545 ? O ILE C 545 AA6 1 2 N LEU C 509 ? N LEU C 509 O ARG C 517 ? O ARG C 517 AA7 1 2 N LEU D 448 ? N LEU D 448 O VAL D 471 ? O VAL D 471 AA7 2 3 N PHE D 472 ? N PHE D 472 O ILE D 525 ? O ILE D 525 AA7 3 4 O VAL D 526 ? O VAL D 526 N PHE D 424 ? N PHE D 424 AA7 4 5 N LEU D 423 ? N LEU D 423 O ILE D 545 ? O ILE D 545 AA8 1 2 N LEU D 509 ? N LEU D 509 O ARG D 517 ? O ARG D 517 AA9 1 2 N LYS E 446 ? N LYS E 446 O VAL E 471 ? O VAL E 471 AA9 2 3 N VAL E 470 ? N VAL E 470 O ILE E 525 ? O ILE E 525 AA9 3 4 O VAL E 526 ? O VAL E 526 N PHE E 424 ? N PHE E 424 AA9 4 5 N TYR E 421 ? N TYR E 421 O VAL E 542 ? O VAL E 542 AB1 1 2 N VAL E 507 ? N VAL E 507 O GLN E 519 ? O GLN E 519 AB2 1 2 N LYS F 446 ? N LYS F 446 O VAL F 471 ? O VAL F 471 AB2 2 3 N PHE F 472 ? N PHE F 472 O ILE F 525 ? O ILE F 525 AB2 3 4 O VAL F 526 ? O VAL F 526 N PHE F 424 ? N PHE F 424 AB2 4 5 N LEU F 423 ? N LEU F 423 O ILE F 545 ? O ILE F 545 AB3 1 2 N LEU F 509 ? N LEU F 509 O ARG F 517 ? O ARG F 517 # _pdbx_entry_details.entry_id 9EXD _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 H E SER 430 ? ? O2B E ATP 800 ? ? 1.58 2 1 HG1 A THR 434 ? ? O1A A ATP 800 ? ? 1.58 3 1 HG1 F THR 434 ? ? O1A F ATP 800 ? ? 1.60 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 HIS A 313 ? ? -102.53 -63.48 2 1 SER A 381 ? ? -142.02 10.70 3 1 ILE A 569 ? ? -69.41 0.21 4 1 HIS B 313 ? ? -103.41 -63.29 5 1 ASP B 466 ? ? 58.48 17.09 6 1 GLU B 530 ? ? -76.94 38.77 7 1 HIS C 313 ? ? -94.21 -62.18 8 1 LYS C 418 ? ? 63.71 -31.77 9 1 LYS C 419 ? ? -82.87 49.95 10 1 HIS D 313 ? ? -102.83 -60.21 11 1 SER D 381 ? ? -141.08 -0.32 12 1 LYS D 418 ? ? 61.52 -6.65 13 1 PRO D 427 ? ? -68.75 -179.25 14 1 GLU D 530 ? ? -76.75 43.81 15 1 SER D 560 ? ? -155.03 55.60 16 1 HIS E 313 ? ? -93.56 -62.19 17 1 SER E 381 ? ? -144.69 -4.90 18 1 LYS E 418 ? ? 59.67 -2.44 19 1 LYS E 419 ? ? -106.80 58.65 20 1 ASP E 429 ? ? 55.24 73.04 21 1 SER E 560 ? ? -82.86 42.83 22 1 HIS F 313 ? ? -90.21 -64.56 23 1 LYS F 418 ? ? 65.23 -48.23 24 1 LYS F 425 ? ? -142.66 35.40 25 1 PRO F 427 ? ? -56.83 175.76 26 1 SER F 560 ? ? -86.63 49.48 # loop_ _pdbx_validate_planes.id _pdbx_validate_planes.PDB_model_num _pdbx_validate_planes.auth_comp_id _pdbx_validate_planes.auth_asym_id _pdbx_validate_planes.auth_seq_id _pdbx_validate_planes.PDB_ins_code _pdbx_validate_planes.label_alt_id _pdbx_validate_planes.rmsd _pdbx_validate_planes.type 1 1 ARG A 349 ? ? 0.080 'SIDE CHAIN' 2 1 ARG A 456 ? ? 0.072 'SIDE CHAIN' 3 1 ARG A 540 ? ? 0.091 'SIDE CHAIN' 4 1 ARG B 540 ? ? 0.084 'SIDE CHAIN' 5 1 ARG C 540 ? ? 0.080 'SIDE CHAIN' 6 1 ARG D 349 ? ? 0.080 'SIDE CHAIN' 7 1 ARG E 540 ? ? 0.092 'SIDE CHAIN' 8 1 ARG F 349 ? ? 0.093 'SIDE CHAIN' # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9EXD _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 1SVM ? ? ? ? ? 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The specimen showed no binding to the substrate. The constituent oligonucleotides of the annealed DNA were: AGCTATGACCATGATTACGAATTG[23ddC] & TTTTTCGGAGTCGTTTCGACTCCG ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAATTCGTAATCATGGTCATAGCT. ; ? ? 1 2 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Large T antigen' ? ? ? 1 # _em_imaging.entry_id 9EXD _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 50.0 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type UltrAuFoil _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9EXD _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9EXD _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9EXD _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? 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