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'The first two residues (Gly, Ala) are residual residues after TEV protease treatment. ELOF1 sequence starts from residue 3 (Met).' 14 polymer syn 'Non-template DNA' 18496.854 1 ? ? ? ? 15 polymer syn RNA 8101.940 1 ? ? ? ? 16 polymer syn 'Template DNA' 18298.717 1 ? ? ? ? 17 polymer man 'DNA excision repair protein ERCC-8' 45465.613 1 ? ? ? 'The construct contains a Strep tag II at the C-terminus' 18 polymer man 'DNA damage-binding protein 1' 129298.867 1 ? ? ? 'The construct contains a His tag at the N-terminus' 19 polymer man 'DET1- and DDB1-associated protein 1' 16997.615 1 ? ? ? 'The construct contains a twin Strep tag and a flag tag at the C-terminus' 20 polymer man 'Inactive serine/threonine-protein kinase 19' 28717.211 1 ? ? ? ;The first three residues (Gly, Pro, Gly) are residual residues after 3C protease treatment. The coding sequence of STK19 starts from residue 4 (Met). ; 21 polymer man 'DNA excision repair protein ERCC-6' 168673.547 1 3.6.4.- ? ? 'The construct contains a N-terminal HA tag and a C-terminal His tag' 22 polymer man 'UV-stimulated scaffold protein A' 82923.164 1 ? ? ? 'The construct contains a His tag at the N-terminus' 23 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 10 ? ? ? ? 24 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 3 'RNA polymerase II subunit C' 5 'RPB5 homolog' 6 'DNA-directed RNA polymerase II subunit F,RPB6 homolog' 9 'RNA polymerase II subunit B9,DNA-directed RNA polymerase II subunit I,RNA polymerase II 14.5 kDa subunit,RPB14.5' 17 'Cockayne syndrome WD repeat protein CSA' 18 ;DDB p127 subunit,DNA damage-binding protein a,DDBa,Damage-specific DNA-binding protein 1,HBV X-associated protein 1,XAP-1,UV-damaged DNA-binding factor,UV-damaged DNA-binding protein 1,UV-DDB 1,XPE-binding factor,XPE-BF,Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein,XPCe ; 19 'Placenta cross-immune reaction antigen 1,PCIA-1' 20 'Protein G11,Protein RP1' 21 'ATP-dependent helicase ERCC6,Cockayne syndrome protein CSB' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage 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IKTRIISDGLKYSLATGNWGDQKKAHQARAGVSQVLNRLTFASTLSHLRRLNSPIGRDGKLAKPRQLHNTLWGMVCPAET PEGHAVGLVKNLALMAYISVGSQPSPILEFLEEWSMENLEEISPAAIADATKIFVNGCWVGIHKDPEQLMNTLRKLRRQM DIIVSEVSMIRDIREREIRIYTDAGRICRPLLIVEKQKLLLKKRHIDQLKEREYNNYSWQDLVASGVVEYIDTLEEETVM LAMTPDDLQEKEVAYCSTYTHCEIHPSMILGVCASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVYITNFHVRMDTLAHVLYYP QKPLVTTRSMEYLRFRELPAGINSIVAIASYTGYNQEDSVIMNRSAVDRGFFRSVFYRSYKEQESKKGFDQEEVFEKPTR ETCQGMRHAIYDKLDDDGLIAPGVRVSGDDVIIGKTVTLPENEDELEGTNRRYTKRDCSTFLRTSETGIVDQVMVTLNQE GYKFCKIRVRSVRIPQIGDKFASRHGQKGTCGIQYRQEDMPFTCEGITPDIIINPHAIPSRMTIGHLIECLQGKVSANKG EIGDATPFNDAVNVQKISNLLSDYGYHLRGNEVLYNGFTGRKITSQIFIGPTYYQRLKHMVDDKIHSRARGPIQILNRQP MEGRSRDGGLRFGEMERDCQIAHGAAQFLRERLFEASDPYQVHVCNLCGIMAIANTRTHTYECRGCRNKTQISLVRMPYA CKLLFQELMSMSIAPRMMSV ; ;MKPLRPENPPKAELKGLLFVQQHCKTRLHSVAVTRPRGAATEESTPKLRMCSTNLSQALAYFRAGANLTAASLWAGFRGS RRIFWERRKRKSLCLALRPGGACWRWLLAVSCVSLRGLGAPGSCANMYDADEDMQYDEDDDEITPDLWQEACWIVISSYF DEKGLVRQQLDSFDEFIQMSVQRIVEDAPPIDLQAEAQHASGEVEEPPRYLLKFEQIYLSKPTHWERDGAPSPMMPNEAR 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ASVRSLLLQKKLHKFELACLANLCPETAEESKALIPSLEGRFEDEELQQILDDIQTKRSFQY ; D ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MDDEEETYRLWKIRKTIMQLCHDRGYLVTQDELDQTLEEFKAQFGDKPSEGRPRRTDLTVLVAHNDDPTDQMFVFFPEEP KVGIKTIKVYCQRMQEENITRALIVVQQGMTPSAKQSLVDMAPKYILEQFLQQELLINITEHELVPEHVVMTKEEVTELL ARYKLRENQLPRIQAGDPVARYFGIKRGQVVKIIRPSETAGRYITYRLVQ ; ;MDDEEETYRLWKIRKTIMQLCHDRGYLVTQDELDQTLEEFKAQFGDKPSEGRPRRTDLTVLVAHNDDPTDQMFVFFPEEP KVGIKTIKVYCQRMQEENITRALIVVQQGMTPSAKQSLVDMAPKYILEQFLQQELLINITEHELVPEHVVMTKEEVTELL ARYKLRENQLPRIQAGDPVARYFGIKRGQVVKIIRPSETAGRYITYRLVQ ; E ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MSDNEDNFDGDDFDDVEEDEGLDDLENAEEEGQENVEILPSGERPQANQKRITTPYMTKYERARVLGTRALQIAMCAPVM VELEGETDPLLIAMKELKARKIPIIIRRYLPDGSYEDWGVDELIISD ; ;MSDNEDNFDGDDFDDVEEDEGLDDLENAEEEGQENVEILPSGERPQANQKRITTPYMTKYERARVLGTRALQIAMCAPVM VELEGETDPLLIAMKELKARKIPIIIRRYLPDGSYEDWGVDELIISD ; F ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MFYHISLEHEILLHPRYFGPNLLNTVKQKLFTEVEGTCTGKYGFVIAVTTIDNIGAGVIQPGRGFVLYPVKYKAIVFRPF 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MIIPVRCFTCGKIVGNKWEAYLGLLQAEYTEGDALDALGLKRYCCRRMLLAHVDLIEKLLNYAPLEK J ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MNAPPAFESFLLFEGEKKITINKDTKVPNACLFTINKEDHTLGNIIKSQLLKDPQVLFAGYKVPHPLEHKIIIRVQTTPD YSPQEAFTNAITDLISELSLLEERFRVAIKDKQEGIE ; ;MNAPPAFESFLLFEGEKKITINKDTKVPNACLFTINKEDHTLGNIIKSQLLKDPQVLFAGYKVPHPLEHKIIIRVQTTPD YSPQEAFTNAITDLISELSLLEERFRVAIKDKQEGIE ; K ? 12 'polypeptide(L)' no no MDTQKDVQPPKQQPMIYICGECHTENEIKSRDPIRCRECGYRIMYKKRTKRLVVFDAR MDTQKDVQPPKQQPMIYICGECHTENEIKSRDPIRCRECGYRIMYKKRTKRLVVFDAR L ? 13 'polypeptide(L)' no no ;GAMGRRKSKRKPPPKKKMTGTLETQFTCPFCNHEKSCDVKMDRARNTGVISCTVCLEEFQTPITYLSEPVDVYSDWIDAC EAANQ ; ;GAMGRRKSKRKPPPKKKMTGTLETQFTCPFCNHEKSCDVKMDRARNTGVISCTVCLEEFQTPITYLSEPVDVYSDWIDAC EAANQ ; f ? 14 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA) (DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG) (DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) ; CTAGTTGATCTCATATTTCATTCCTACTCAGGAGAAGGAGCAGAGCGCTTGAGCTTGATC N ? 15 polyribonucleotide no no GAAUAUAUAUACAAAAUCGAGAGGA GAAUAUAUAUACAAAAUCGAGAGGA M ? 16 polydeoxyribonucleotide no no ;(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG) (DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) ; GATCAAGCTCAAGCGCTCTGCTCCTTCTCCCATCCTCTCGATGGCTATGAGATCAACTAG T ? 17 'polypeptide(L)' no no ;MLGFLSARQTGLEDPLRLRRAESTRRVLGLELNKDRDVERIHGGGINTLDIEPVEGRYMLSGGSDGVIVLYDLENSSRQS YYTCKAVCSIGRDHPDVHRYSVETVQWYPHDTGMFTSSSFDKTLKVWDTNTLQTADVFNFEETVYSHHMSPVSTKHCLVA VGTRGPKVQLCDLKSGSCSHILQGHRQEILAVSWSPRYDYILATASADSRVKLWDVRRASGCLITLDQHNGKKSQAVESA NTAHNGKVNGLCFTSDGLHLLTVGTDNRMRLWNSSNGENTLVNYGKVCNNSKKGLKFTVSCGCSSEFVFVPYGSTIAVYT VYSGEQITMLKGHYKTVDCCVFQSNFQELYSGSRDCNILAWVPSLYEPVPDDDETTTKSQLNPAFEDAWSSSDEEGGTSA WSHPQFEK ; 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PRO 102 d 1 1.09 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 8 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 9 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 6 ? AC2 ? 7 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 3 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 5 ? AD3 ? 5 ? AD4 ? 7 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 8 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 2 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 4 ? AE3 ? 4 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 4 ? AE6 ? 4 ? AE7 ? 7 ? AE8 ? 3 ? AE9 ? 3 ? AF1 ? 4 ? AF2 ? 4 ? AF3 ? 3 ? AF4 ? 4 ? AF5 ? 4 ? AF6 ? 4 ? AF7 ? 4 ? AF8 ? 4 ? AF9 ? 3 ? AG1 ? 4 ? AG2 ? 4 ? AG3 ? 4 ? AG4 ? 9 ? AG5 ? 4 ? AG6 ? 4 ? AG7 ? 4 ? AG8 ? 4 ? AG9 ? 4 ? AH1 ? 4 ? AH2 ? 3 ? AH3 ? 5 ? AH4 ? 4 ? AH5 ? 4 ? AH6 ? 4 ? AH7 ? 4 ? AH8 ? 4 ? AH9 ? 2 ? AI1 ? 3 ? AI2 ? 2 ? AI3 ? 3 ? AI4 ? 7 ? AI5 ? 7 ? AI6 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? parallel AA6 6 7 ? anti-parallel AA6 7 8 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? anti-parallel AB1 6 7 ? anti-parallel AB1 7 8 ? anti-parallel AB1 8 9 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? 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anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 4 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel AG4 4 5 ? parallel AG4 5 6 ? parallel AG4 6 7 ? anti-parallel AG4 7 8 ? anti-parallel AG4 8 9 ? 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_em_admin.deposition_date 2024-05-16 _em_admin.deposition_site PDBE _em_admin.entry_id 9FD2 _em_admin.last_update 2024-11-13 _em_admin.map_release_date 2024-11-13 _em_admin.title 'Structure of Pol II-TC-NER-STK19 complex, composite map' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 20 mM HEPES 1 HEPES 1 100 mM NaCl 2 'sodium chloride' 1 2 mM MgCl2 3 'magnesium chloride' 1 10 uM ZnSO4 4 'zinc sulfate' 1 1 mM TCEP 5 'tris(2-carboxyethyl)phosphine' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 1.17 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 7108 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Spodoptera frugiperda' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 3.43 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This sample was glutaraldehyde crosslinked. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 9FD2 'double helix' 9FD2 'a-form double helix' 9FD2 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 N DC 1 1_555 P DG 60 1_555 0.191 -0.254 0.868 1.429 1.493 1.726 1 N_DC1:DG60_T N 1 ? 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