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full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GABA and Etomidate in the long-lived symmetric desensitised state ; _citation.year ? _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI ? _citation.pdbx_database_id_PubMed ? _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Mihaylov, D.B.' 1 0000-0002-8375-3360 primary 'Malinauskas, T.' 2 0000-0002-4847-5529 primary 'Aricescu, A.R.' 3 0000-0003-3783-1388 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1' 52916.602 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3' 54444.578 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Gamma-aminobutyric acid receptor 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 464 human ? 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'stable transfection' ? pcDNA4-TO-Geneticin ? ? # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 4 'DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 4 ;WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1_i2-j1 ; WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 4 ;[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? 4 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 5 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 6 'DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 6 'WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 6 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 7 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 7 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 7 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 4 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 4 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 4 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 5 4 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 6 4 7 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 7 4 8 MAN C1 O1 7 MAN O6 HO6 sing ? 8 4 9 MAN C1 O1 8 MAN O2 HO2 sing ? 9 4 10 MAN C1 O1 7 MAN O3 HO3 sing ? 10 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 11 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 12 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 13 6 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 14 6 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 15 6 6 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 16 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 17 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 18 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 19 7 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ABU non-polymer . 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'C6 H13 N O2' 131.173 LBN non-polymer . 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine '(2R)-2-[(9Z)-9-Octadecenoyloxy]-3-(palmitoyloxy)propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate' 'C42 H82 N O8 P' 760.076 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PIO non-polymer . ;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ; 'dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate' 'C25 H49 O19 P3' 746.566 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 R16 non-polymer . HEXADECANE ? 'C16 H34' 226.441 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 V8D non-polymer . Etomidate ? 'C14 H16 N2 O2' 244.289 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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FA 15 HOH 35 635 71 HOH HOH B . FA 15 HOH 36 636 74 HOH HOH B . FA 15 HOH 37 637 65 HOH HOH B . FA 15 HOH 38 638 38 HOH HOH B . FA 15 HOH 39 639 42 HOH HOH B . GA 15 HOH 1 601 61 HOH HOH C . GA 15 HOH 2 602 78 HOH HOH C . GA 15 HOH 3 603 49 HOH HOH C . GA 15 HOH 4 604 96 HOH HOH C . GA 15 HOH 5 605 101 HOH HOH C . GA 15 HOH 6 606 50 HOH HOH C . GA 15 HOH 7 607 94 HOH HOH C . GA 15 HOH 8 608 93 HOH HOH C . GA 15 HOH 9 609 90 HOH HOH C . GA 15 HOH 10 610 83 HOH HOH C . GA 15 HOH 11 611 119 HOH HOH C . GA 15 HOH 12 612 105 HOH HOH C . GA 15 HOH 13 613 17 HOH HOH C . GA 15 HOH 14 614 81 HOH HOH C . GA 15 HOH 15 615 98 HOH HOH C . GA 15 HOH 16 616 85 HOH HOH C . GA 15 HOH 17 617 100 HOH HOH C . GA 15 HOH 18 618 79 HOH HOH C . GA 15 HOH 19 619 84 HOH HOH C . GA 15 HOH 20 620 87 HOH HOH C . GA 15 HOH 21 621 82 HOH HOH C . GA 15 HOH 22 622 102 HOH HOH C . GA 15 HOH 23 623 104 HOH HOH C . GA 15 HOH 24 624 109 HOH HOH C . GA 15 HOH 25 625 80 HOH HOH C . GA 15 HOH 26 626 170 HOH HOH C . 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HA 15 HOH 22 622 120 HOH HOH D . HA 15 HOH 23 623 31 HOH HOH D . HA 15 HOH 24 624 125 HOH HOH D . HA 15 HOH 25 625 29 HOH HOH D . HA 15 HOH 26 626 111 HOH HOH D . HA 15 HOH 27 627 166 HOH HOH D . HA 15 HOH 28 628 23 HOH HOH D . HA 15 HOH 29 629 2 HOH HOH D . HA 15 HOH 30 630 123 HOH HOH D . HA 15 HOH 31 631 97 HOH HOH D . HA 15 HOH 32 632 86 HOH HOH D . HA 15 HOH 33 633 126 HOH HOH D . IA 15 HOH 1 601 133 HOH HOH E . IA 15 HOH 2 602 16 HOH HOH E . IA 15 HOH 3 603 135 HOH HOH E . IA 15 HOH 4 604 160 HOH HOH E . IA 15 HOH 5 605 167 HOH HOH E . IA 15 HOH 6 606 138 HOH HOH E . IA 15 HOH 7 607 154 HOH HOH E . IA 15 HOH 8 608 136 HOH HOH E . IA 15 HOH 9 609 165 HOH HOH E . IA 15 HOH 10 610 159 HOH HOH E . IA 15 HOH 11 611 139 HOH HOH E . IA 15 HOH 12 612 129 HOH HOH E . IA 15 HOH 13 613 149 HOH HOH E . IA 15 HOH 14 614 168 HOH HOH E . IA 15 HOH 15 615 140 HOH HOH E . IA 15 HOH 16 616 151 HOH HOH E . IA 15 HOH 17 617 147 HOH HOH E . IA 15 HOH 18 618 144 HOH HOH E . 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.551 ? 20717 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 11.150 ? 5777 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.045 ? 2416 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 2522 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9FG9 _struct.title ;Cryo-EM structure of the full-length alpha1beta3gamma2 GABA(A) receptor in complex with GABA and Etomidate in the long-lived symmetric desensitised state ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9FG9 _struct_keywords.text 'GABA, neurotransmission, gating cycle, time-resolved cryo-EM, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 4 ? G N N 5 ? H N N 6 ? I N N 5 ? 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'expression tag' 0 90 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 47 ? 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ASP E 419 TYR E 446 1 ? 28 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 174 SG ? ? ? 1_555 A CYS 188 SG ? ? A CYS 139 A CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 161 SG ? ? ? 1_555 B CYS 175 SG ? ? B CYS 136 B CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 190 SG ? ? ? 1_555 C CYS 204 SG ? ? C CYS 151 C CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 174 SG ? ? ? 1_555 D CYS 188 SG ? ? D CYS 139 D CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 161 SG ? ? ? 1_555 E CYS 175 SG ? ? E CYS 136 E CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? covale1 covale one ? A ASN 146 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 111 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? B ASN 80 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 149 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 247 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? C ASN 208 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? D ASN 146 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? D ASN 111 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? E ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? E ASN 80 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? E ASN 149 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale8 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale9 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F BMA . C1 ? ? a NAG 2 a BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale10 covale both ? F BMA . O3 ? ? ? 1_555 F MAN . C1 ? ? a BMA 3 a MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale11 covale both ? F BMA . O6 ? ? ? 1_555 F MAN . C1 ? ? a BMA 3 a MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? covale12 covale both ? F MAN . O2 ? ? ? 1_555 F MAN . C1 ? ? a MAN 4 a MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale13 covale both ? F MAN . O2 ? ? ? 1_555 F MAN . C1 ? ? a MAN 5 a MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale14 covale both ? F MAN . O6 ? ? ? 1_555 F MAN . C1 ? ? a MAN 7 a MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? ? covale15 covale both ? F MAN . O3 ? ? ? 1_555 F MAN . C1 ? ? a MAN 7 a MAN 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale16 covale both ? F MAN . O2 ? ? ? 1_555 F MAN . C1 ? ? a MAN 8 a MAN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? ? covale17 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale18 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? ? covale19 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale20 covale both ? H BMA . O6 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale21 covale both ? H BMA . O3 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale22 covale both ? H MAN . O3 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? F MAN 4 F MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale23 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale24 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale25 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? d NAG 2 d BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale26 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? d BMA 3 d MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? ? covale27 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? d BMA 3 d MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale28 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? e NAG 1 e NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale29 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? ? covale30 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale31 covale both ? L BMA . O6 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? G BMA 3 G MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale32 covale both ? L BMA . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? G BMA 3 G MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale33 covale both ? L MAN . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? G MAN 4 G MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG F . ? 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sing N N 137 D10 C6 C7 sing N N 138 D10 C6 H61 sing N N 139 D10 C6 H62 sing N N 140 D10 C7 C8 sing N N 141 D10 C7 H71 sing N N 142 D10 C7 H72 sing N N 143 D10 C8 C9 sing N N 144 D10 C8 H81 sing N N 145 D10 C8 H82 sing N N 146 D10 C9 C10 sing N N 147 D10 C9 H91 sing N N 148 D10 C9 H92 sing N N 149 D10 C10 H101 sing N N 150 D10 C10 H102 sing N N 151 D10 C10 H103 sing N N 152 GLN N CA sing N N 153 GLN N H sing N N 154 GLN N H2 sing N N 155 GLN CA C sing N N 156 GLN CA CB sing N N 157 GLN CA HA sing N N 158 GLN C O doub N N 159 GLN C OXT sing N N 160 GLN CB CG sing N N 161 GLN CB HB2 sing N N 162 GLN CB HB3 sing N N 163 GLN CG CD sing N N 164 GLN CG HG2 sing N N 165 GLN CG HG3 sing N N 166 GLN CD OE1 doub N N 167 GLN CD NE2 sing N N 168 GLN NE2 HE21 sing N N 169 GLN NE2 HE22 sing N N 170 GLN OXT HXT sing N N 171 GLU N CA sing N N 172 GLU N H sing N N 173 GLU N H2 sing N N 174 GLU CA C sing N N 175 GLU CA CB sing N N 176 GLU CA HA sing N N 177 GLU C O doub N N 178 GLU C OXT sing N N 179 GLU 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'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/15 1 'Cancer Research UK' 'United Kingdom' DRCRPG-May23/100002 2 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MR/L009609/1 3 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_EX_MR/T046279/1 4 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' 1R01-GM135550 5 'National Science Foundation (NSF, United States)' 'United States' 'NeuroNex 2014862' 6 # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n 4 MAN 4 n 4 MAN 5 n 4 MAN 6 n 4 MAN 7 n 4 MAN 8 n 4 MAN 9 n 4 MAN 10 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 6 MAN 4 n 6 MAN 5 n 6 MAN 6 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n 7 MAN 5 n # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list ? _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 6HUK _pdbx_initial_refinement_model.details ? # _atom_sites.entry_id 9FG9 _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C CL N O P S # loop_ #