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EMDB EMD-50416 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2024-07-24 2 'Structure model' 1 1 2024-08-28 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 2 'Structure model' em_admin # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ASTM' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 6 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 7 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 8 2 'Structure model' '_citation.title' 9 2 'Structure model' '_citation.year' 10 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 11 2 'Structure model' '_citation_author.name' 12 2 'Structure model' '_em_admin.last_update' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9FGQ _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-05-24 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of human APC3loop 375-381 bound to the NCP' _pdbx_database_related.db_id EMD-50416 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email claudio.alfieri@icr.ac.uk _pdbx_contact_author.name_first Claudio _pdbx_contact_author.name_last Alfieri _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-3215-1607 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Young, R.V.C.' 1 0000-0001-9599-1414 'Muhammad, R.' 2 ? 'Alfieri, C.' 3 0000-0003-3215-1607 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Embo J.' _citation.journal_id_ASTM EMJODG _citation.journal_id_CSD 0897 _citation.journal_id_ISSN 1460-2075 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume ? _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Spatial control of the APC/C ensures the rapid degradation of cyclin B1.' _citation.year 2024 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s44318-024-00194-2 _citation.pdbx_database_id_PubMed 39143240 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Cirillo, L.' 1 ? primary 'Young, R.' 2 0000-0001-9599-1414 primary 'Veerapathiran, S.' 3 ? primary 'Roberti, A.' 4 0009-0007-5947-8657 primary 'Martin, M.' 5 ? primary 'Abubacar, A.' 6 0009-0002-2062-0947 primary 'Perosa, C.' 7 ? primary 'Coates, C.' 8 0000-0002-8538-5901 primary 'Muhammad, R.' 9 ? primary 'Roumeliotis, T.I.' 10 ? primary 'Choudhary, J.S.' 11 ? primary 'Alfieri, C.' 12 0000-0003-3215-1607 primary 'Pines, J.' 13 0000-0002-5227-6004 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Cell division cycle protein 27 homolog' 32788.488 2 ? ? ? 'This is a disorder loop of human APC3 residues 177-446 fused to a SpyTag via a 27 residue GSA linker.' 2 polymer man 'Histone H3.1' 15437.167 2 ? ? ? 'Human histone H3.1' 3 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? 'Human histone H4' 4 polymer man 'Histone H2A type 2-A' 14125.549 2 ? ? ? 'This is a H2A/H2B fusion protein with a SpyCatcher tag attached' 5 polymer man 'Histone H2B type 1-B' 29445.771 2 ? ? ? 'This is a H2A/H2B fusion protein with a SpyCatcher tag attached,This is a H2A/H2B fusion protein with a SpyCatcher tag attached' 6 polymer man 'DNA (132-MER)' 64911.336 1 ? ? ? 'The Widom 147 bp sequence with 32 nucleotides of DNA on either side' 7 polymer man 'DNA (131-MER)' 65382.633 1 ? ? ? 'Widom 147 DNA sequence flanked with 32 nucleotides on either side' 8 water nat water 18.015 75 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Anaphase-promoting complex subunit 3,APC3,CDC27 homolog,CDC27Hs,H-NUC' 2 'Histone H3/a,Histone H3/b,Histone H3/c,Histone H3/d,Histone H3/f,Histone H3/h,Histone H3/i,Histone H3/j,Histone H3/k,Histone H3/l' 4 'H2A-clustered histone 18,H2A-clustered histone 19,Histone H2A.2,Histone H2A/o' 5 'H2B-clustered histone 3,Histone H2B.1,Histone H2B.f,H2B/f' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GGSASNCLPNSCTTQVPNHSLSHRQPETVLTETPQDTIELNRLNLESSNSKYSLNTDSSVSYIDSAVISPDTVPLGTGTS ILSKQVQNKPKTGRSLLGGPAALSPLTPSFGILPLETPSPGDGSYLQNYTNTPPVIDVPSTGAPSKKSVARIGQTGTKSV FSQSGNSREVTPILAQTQSSGPQTSTTPQVLSPTITSPPNALPRRSSRLFTSDSSTTKENSKKLKMKFPPKIPNRKTKSK TNKGGITQPNINDSLEITKLDSSIISEGKISTITGSAGSAGSAGSAGSAGSAGSAGSAGSARGVPHIVMVDAYKRYK ; ;GGSASNCLPNSCTTQVPNHSLSHRQPETVLTETPQDTIELNRLNLESSNSKYSLNTDSSVSYIDSAVISPDTVPLGTGTS ILSKQVQNKPKTGRSLLGGPAALSPLTPSFGILPLETPSPGDGSYLQNYTNTPPVIDVPSTGAPSKKSVARIGQTGTKSV FSQSGNSREVTPILAQTQSSGPQTSTTPQVLSPTITSPPNALPRRSSRLFTSDSSTTKENSKKLKMKFPPKIPNRKTKSK TNKGGITQPNINDSLEITKLDSSIISEGKISTITGSAGSAGSAGSAGSAGSAGSAGSAGSARGVPHIVMVDAYKRYK ; K,L ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;MSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYMAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 5 'polypeptide(L)' no no ;VTTLSGLSGEQGPSGDMTTEEDSATHIKFSKRDEDGRELAGATMELRDSSGKTISTWISDGHVKDFYLYPGKYTFVETAA PDGYEVATPIEFTVNEDGQVTVDGEATEGDAHTGSAWSHPQFEKGSAGSAAGSGAGWSHPQFEKGSAMPEPSKSAPAPKK GSKKAITKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSR EIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;VTTLSGLSGEQGPSGDMTTEEDSATHIKFSKRDEDGRELAGATMELRDSSGKTISTWISDGHVKDFYLYPGKYTFVETAA PDGYEVATPIEFTVNEDGQVTVDGEATEGDAHTGSAWSHPQFEKGSAGSAAGSGAGWSHPQFEKGSAMPEPSKSAPAPKK GSKKAITKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSR EIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT) (DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCTTAGCGCGGTGAGTTCAAATACCCGGCAAATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCT AGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTG TCAGATATATACATCCGATTTGCCGGGTATTTGAACTCACCGCGCTAAGAT ; I ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT) (DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCTTAGCGCGGTGAGTTCAAATACCCGGCAAATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCC CTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCT CGGCACCGGGATTCTCGATTTGCCGGGTATTTGAACTCACCGCGCTAAGAT ; J ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 8 _pdbx_entity_nonpoly.name water _pdbx_entity_nonpoly.comp_id HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 GLY n 1 3 SER n 1 4 ALA n 1 5 SER n 1 6 ASN n 1 7 CYS n 1 8 LEU n 1 9 PRO n 1 10 ASN n 1 11 SER n 1 12 CYS n 1 13 THR n 1 14 THR n 1 15 GLN n 1 16 VAL n 1 17 PRO n 1 18 ASN n 1 19 HIS n 1 20 SER n 1 21 LEU n 1 22 SER n 1 23 HIS n 1 24 ARG n 1 25 GLN n 1 26 PRO n 1 27 GLU n 1 28 THR n 1 29 VAL n 1 30 LEU n 1 31 THR n 1 32 GLU n 1 33 THR n 1 34 PRO n 1 35 GLN n 1 36 ASP n 1 37 THR n 1 38 ILE n 1 39 GLU n 1 40 LEU n 1 41 ASN n 1 42 ARG n 1 43 LEU n 1 44 ASN n 1 45 LEU n 1 46 GLU n 1 47 SER n 1 48 SER n 1 49 ASN n 1 50 SER n 1 51 LYS n 1 52 TYR n 1 53 SER n 1 54 LEU n 1 55 ASN n 1 56 THR n 1 57 ASP n 1 58 SER n 1 59 SER n 1 60 VAL n 1 61 SER n 1 62 TYR n 1 63 ILE n 1 64 ASP n 1 65 SER n 1 66 ALA n 1 67 VAL n 1 68 ILE n 1 69 SER n 1 70 PRO n 1 71 ASP n 1 72 THR n 1 73 VAL n 1 74 PRO n 1 75 LEU n 1 76 GLY n 1 77 THR n 1 78 GLY n 1 79 THR n 1 80 SER n 1 81 ILE n 1 82 LEU n 1 83 SER n 1 84 LYS n 1 85 GLN n 1 86 VAL n 1 87 GLN n 1 88 ASN n 1 89 LYS n 1 90 PRO n 1 91 LYS n 1 92 THR n 1 93 GLY n 1 94 ARG n 1 95 SER n 1 96 LEU n 1 97 LEU n 1 98 GLY n 1 99 GLY n 1 100 PRO n 1 101 ALA n 1 102 ALA n 1 103 LEU n 1 104 SER n 1 105 PRO n 1 106 LEU n 1 107 THR n 1 108 PRO n 1 109 SER n 1 110 PHE n 1 111 GLY n 1 112 ILE n 1 113 LEU n 1 114 PRO n 1 115 LEU n 1 116 GLU n 1 117 THR n 1 118 PRO n 1 119 SER n 1 120 PRO n 1 121 GLY n 1 122 ASP n 1 123 GLY n 1 124 SER n 1 125 TYR n 1 126 LEU n 1 127 GLN n 1 128 ASN n 1 129 TYR n 1 130 THR n 1 131 ASN n 1 132 THR n 1 133 PRO n 1 134 PRO n 1 135 VAL n 1 136 ILE n 1 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5617 ? 17554 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0350 ? 1995 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0041 ? 1308 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 30.5965 ? 3494 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 9FGQ _struct.title 'Structure of human APC3loop 375-381 bound to the NCP' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9FGQ _struct_keywords.text 'Arginine anchor, NCP, APC3, Complex, CELL CYCLE' _struct_keywords.pdbx_keywords 'CELL CYCLE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 5 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 6 ? L N N 7 ? M N N 8 ? N N N 8 ? O N N 8 ? P N N 8 ? Q N N 8 ? R N N 8 ? S N N 8 ? T N N 8 ? U N N 8 ? 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