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'Tail of emppty Haloferax tailed virus 1' _pdbx_database_related.db_id EMD-50521 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 5 _pdbx_contact_author.email B.Daum2@exeter.ac.uk _pdbx_contact_author.name_first Bertram _pdbx_contact_author.name_last Daum _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-3767-264X # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Zhang, D.' 1 0009-0000-3708-5288 'Daum, B.' 2 0000-0002-3767-264X 'Isupov, M.N.' 3 0000-0001-6842-4289 'McLaren, M.' 4 0000-0002-6636-7409 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' 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_refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work 0.639 _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details 'BABINET MODEL' _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R 0.080 _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall 0.2284 _refine.pdbx_average_fsc_work 0.2284 _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 0.012 108057 ? r_bond_refined_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.518 1.643 147462 ? r_angle_refined_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 8.127 5.000 13677 ? r_dihedral_angle_1_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 34.732 23.828 5877 ? r_dihedral_angle_2_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.501 15.000 15990 ? r_dihedral_angle_3_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 21.852 15.000 516 ? r_dihedral_angle_4_deg ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.101 0.200 14538 ? r_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.009 0.020 85149 ? r_gen_planes_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.192 0.200 81672 ? r_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.296 0.200 149884 ? r_nbtor_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.111 0.200 6912 ? r_xyhbond_nbd_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.068 0.200 40 ? r_metal_ion_refined ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.000 4.000 54969 ? r_mcbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.000 6.000 68559 ? r_mcangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.000 4.000 53088 ? r_scbond_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.000 6.000 78903 ? r_scangle_it ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.000 75.206 405979 ? r_lrange_it ? ? # loop_ _refine_ls_shell.pdbx_refine_id _refine_ls_shell.d_res_high _refine_ls_shell.d_res_low _refine_ls_shell.number_reflns_all _refine_ls_shell.number_reflns_obs _refine_ls_shell.number_reflns_R_free _refine_ls_shell.number_reflns_R_work _refine_ls_shell.percent_reflns_obs _refine_ls_shell.percent_reflns_R_free _refine_ls_shell.R_factor_all _refine_ls_shell.R_factor_obs _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error _refine_ls_shell.R_factor_R_work _refine_ls_shell.redundancy_reflns_all _refine_ls_shell.redundancy_reflns_obs _refine_ls_shell.wR_factor_all _refine_ls_shell.wR_factor_obs _refine_ls_shell.wR_factor_R_free _refine_ls_shell.wR_factor_R_work _refine_ls_shell.pdbx_R_complete _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used _refine_ls_shell.pdbx_phase_error _refine_ls_shell.pdbx_fsc_work _refine_ls_shell.pdbx_fsc_free _refine_ls_shell.R_factor_R_free 'ELECTRON MICROSCOPY' 2.960 3.037 4352501 . 0 4352501 100.0000 . 0.577 . . 0.577 . . . . . 0.577 . 20 . 0.071 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.037 3.120 4235716 . 0 4235716 100.0000 . 0.570 . . 0.570 . . . . . 0.570 . 20 . 0.078 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.120 3.211 4121534 . 0 4121534 100.0000 . 0.562 . . 0.562 . . . . . 0.562 . 20 . 0.091 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.211 3.309 4001051 . 0 4001051 100.0000 . 0.559 . . 0.559 . . . . . 0.559 . 20 . 0.108 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.309 3.418 3878324 . 0 3878324 100.0000 . 0.560 . . 0.560 . . . . . 0.560 . 20 . 0.137 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.418 3.538 3749729 . 0 3749729 100.0000 . 0.561 . . 0.561 . . . . . 0.561 . 20 . 0.149 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.538 3.671 3621818 . 0 3621818 100.0000 . 0.558 . . 0.558 . . . . . 0.558 . 20 . 0.167 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.671 3.821 3479697 . 0 3479697 100.0000 . 0.557 . . 0.557 . . . . . 0.557 . 20 . 0.197 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.821 3.991 3342056 . 0 3342056 100.0000 . 0.558 . . 0.558 . . . . . 0.558 . 20 . 0.225 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 3.991 4.186 3190797 . 0 3190797 100.0000 . 0.552 . . 0.552 . . . . . 0.552 . 20 . 0.286 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 4.186 4.412 3036211 . 0 3036211 100.0000 . 0.540 . . 0.540 . . . . . 0.540 . 20 . 0.338 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 4.412 4.680 2871931 . 0 2871931 100.0000 . 0.538 . . 0.538 . . . . . 0.538 . 20 . 0.374 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 4.680 5.003 2696551 . 0 2696551 100.0000 . 0.534 . . 0.534 . . . . . 0.534 . 20 . 0.394 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 5.003 5.404 2510635 . 0 2510635 100.0000 . 0.538 . . 0.538 . . . . . 0.538 . 20 . 0.378 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 5.404 5.920 2309601 . 0 2309601 100.0000 . 0.540 . . 0.540 . . . . . 0.540 . 20 . 0.352 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 5.920 6.619 2089038 . 0 2089038 100.0000 . 0.552 . . 0.552 . . . . . 0.552 . 20 . 0.326 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 6.619 7.642 1841444 . 0 1841444 100.0000 . 0.549 . . 0.549 . . . . . 0.549 . 20 . 0.351 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 7.642 9.360 1555143 . 0 1555143 100.0000 . 0.528 . . 0.528 . . . . . 0.528 . 20 . 0.420 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 9.360 13.236 1200985 . 0 1200985 100.0000 . 0.491 . . 0.491 . . . . . 0.491 . 20 . 0.582 . . 'ELECTRON MICROSCOPY' 13.236 899.328 656697 . 0 656697 100.0000 . 0.657 . . 0.657 . . . . . 0.657 . 20 . 0.491 . . # _struct.entry_id 9FKB _struct.title 'Tail of emppty Haloferax tailed virus 1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9FKB _struct_keywords.text 'Archeal virus, portal, tail, VIRUS' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 1 ? H N N 1 ? I N N 1 ? J N N 1 ? K N N 1 ? L N N 1 ? M N N 2 ? N N N 2 ? O N N 2 ? P N N 2 ? Q N N 2 ? R N N 2 ? S N N 3 ? T N N 3 ? U N N 3 ? V N N 3 ? W N N 3 ? X N N 3 ? Y N N 3 ? Z N N 3 ? AA N N 3 ? BA N N 3 ? CA N N 3 ? DA N N 3 ? EA N N 3 ? FA N N 3 ? GA N N 3 ? HA N N 3 ? IA N N 3 ? JA N N 3 ? KA N N 3 ? LA N N 3 ? MA N N 3 ? NA N N 3 ? OA N N 3 ? PA N N 3 ? QA N N 3 ? RA N N 3 ? SA N N 3 ? TA N N 3 ? UA N N 3 ? VA N N 3 ? WA N N 3 ? XA N N 3 ? YA N N 3 ? ZA N N 3 ? AB N N 3 ? BB N N 3 ? CB N N 3 ? DB N N 3 ? EB N N 3 ? FB N N 3 ? GB N N 3 ? HB N N 3 ? IB N N 3 ? JB N N 3 ? KB N N 3 ? LB N N 3 ? MB N N 3 ? NB N N 3 ? OB N N 3 ? PB N N 3 ? QB N N 3 ? RB N N 3 ? SB N N 3 ? TB N N 3 ? UB N N 3 ? VB N N 3 ? WB N N 3 ? XB N N 3 ? YB N N 3 ? ZB N N 3 ? AC N N 3 ? BC N N 3 ? CC N N 3 ? DC N N 3 ? EC N N 3 ? FC N N 3 ? GC N N 4 ? HC N N 4 ? IC N N 4 ? JC N N 5 ? KC N N 5 ? LC N N 5 ? MC N N 5 ? NC N N 5 ? OC N N 5 ? PC N N 5 ? QC N N 5 ? RC N N 5 ? SC N N 5 ? TC N N 5 ? UC N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A410N6S3_9CAUD A0A410N6S3 ? 1 ;MPDPSIDEVSKSDWDALTTQEQDDIISQVENLSSTGWVNTSRERKAEAIRSAIAERDTLYSGNMSRLPTLDGDAEYFTLY LSAHKIQLFEGGEAQSESGEGGSVSYSTGGGGEKDLQKTRYGRMALEYVWEDNSIAALRTY ; 1 2 UNP A0A410N6U9_HFTV1 A0A410N6U9 ? 2 ;MATTSASHHVQAIIDLLEAAPDADWTPTQTPTVKRYWDDAQSERGPGADMPAILYVWSPTTSSLDRFSMDGDVFDQNDSI EVQAWSFDETEVEQLQGDIVQILSEYLDDNEVQTPYSDVAPTGTNDFREQTPARTTGHYIMSVEVETRGLSETAKNA ; 1 3 UNP A0A410N6U0_HFTV1 A0A410N6U0 ? 3 ;MATSPEGIWSNSGALTFEDPADDSEILFAGVRDVTITPAYEHAELYTIDSTFRDEVKRYEHNVNVEITYAKFSLEFAQEW LGGPGATATASQDDSDPMKFNLENVTPSASGGFERTTAVENVVFPELPLDSATYGEYEEYSLTGSGRSVTNLADTSGV ; 1 4 UNP A0A410N6X8_HFTV1 A0A410N6X8 ? 4 ;MVDATLSRGGTSVDIPLVEEGGEILLSSTFGKPEVNVRKSGGSLNPRVIDSWSGLQTFQLVGKLYDYSTSHQLADLVKTA STTPLELQIPQDAYPDTVTVAPAAGQASALTLEYPAGRKDLVDVSLSLTRVDPNSVRGVGDQQATTPTTTGTGPVEVTAG GTTVQLPSSGLSVERTVGRPNDAVRRVPRQADPRYEVKAKVTNDVFTFSFETLDNIPATLNALTDNVFREQLGRDGVTLD FNGLLGLGSVKAIPVGSSPFRQVHQAGRGWVTVPTLEFRRIYSNE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9FKB PT 1 ? 141 ? 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