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EMDB EMD-51138 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2025-04-09 _pdbx_audit_revision_history.part_number ? # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9G8S _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-07-23 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'C3 reconstruction of phiCD508 needle' _pdbx_database_related.db_id EMD-51138 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 2 p.bullough@sheffield.ac.uk Per Bullough A 'principal investigator/group leader' 0000-0001-8147-1127 3 r.fagan@sheffield.ac.uk Rob Fagan P 'principal investigator/group leader' 0000-0002-8704-4828 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Wilson, J.S.' 1 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Wilson, J.S.' 1 0000-0002-6967-0809 primary 'Fortier, L.C.' 2 0000-0003-1950-763X primary 'Fagan, R.P.' 3 0000-0002-8704-4828 primary 'Bullough, P.A.' 4 0000-0001-8147-1127 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Baseplate J family protein' 41502.496 12 ? ? ? ? 2 polymer man 'XkdT-related protein' 18034.832 6 ? ? ? ? 3 polymer man 'Peptidoglycan-binding LysM protein' 25899.830 6 ? ? ? ? 4 polymer man 'XkdM-related protein' 14657.557 6 ? ? ? ? 5 polymer man 'Tail sheath' 51405.023 6 ? ? ? ? 6 polymer man 'XkdS-related protein' 14454.414 6 ? ? ? ? 7 polymer man 'Phage protein' 12476.309 3 ? ? ? ? 8 polymer man 'XkdQ-related protein' 36291.719 3 ? ? ? ? 9 polymer man 'Tail tape measure' 150075.156 3 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'FE (II) ION' 55.845 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MERELPIPVFLTEDEDSVHERMLSNFQDVSTLEGDFIYDATRPTAEQIAELKQLGLQNNLKIAFPQTSYGTYLEWLGECK GVFKNQPTKATGVITFTGVQGTIITKGTIVTTIATDEKQSIEFELLETKTIGENETVDIKAESRIVGTIGNVSKGSISVL LGSISGVKSITNKEDFRGGTDIEDEEHFRERVLVAEQEDKLSGASSDYIRWAKEVDGVGYAYVVSEWAGAGTVKVLILDK NRKAATQELIDKVQEYIYPLNISEGENRDGKAPIGALVTVVTPDTLLINVKASFIFSNGFSEETVLNNLKTKIDKYLDKI DLGGTVSYNAIQAIVGSMMLTDEGIEDFSNLTINDVKENIKLQDQVVGIGEIVNEVVG ; ;MERELPIPVFLTEDEDSVHERMLSNFQDVSTLEGDFIYDATRPTAEQIAELKQLGLQNNLKIAFPQTSYGTYLEWLGECK GVFKNQPTKATGVITFTGVQGTIITKGTIVTTIATDEKQSIEFELLETKTIGENETVDIKAESRIVGTIGNVSKGSISVL LGSISGVKSITNKEDFRGGTDIEDEEHFRERVLVAEQEDKLSGASSDYIRWAKEVDGVGYAYVVSEWAGAGTVKVLILDK NRKAATQELIDKVQEYIYPLNISEGENRDGKAPIGALVTVVTPDTLLINVKASFIFSNGFSEETVLNNLKTKIDKYLDKI 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1 15 GLU n 1 16 ASP n 1 17 SER n 1 18 VAL n 1 19 HIS n 1 20 GLU n 1 21 ARG n 1 22 MET n 1 23 LEU n 1 24 SER n 1 25 ASN n 1 26 PHE n 1 27 GLN n 1 28 ASP n 1 29 VAL n 1 30 SER n 1 31 THR n 1 32 LEU n 1 33 GLU n 1 34 GLY n 1 35 ASP n 1 36 PHE n 1 37 ILE n 1 38 TYR n 1 39 ASP n 1 40 ALA n 1 41 THR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 THR n 1 45 ALA n 1 46 GLU n 1 47 GLN n 1 48 ILE n 1 49 ALA n 1 50 GLU n 1 51 LEU n 1 52 LYS n 1 53 GLN n 1 54 LEU n 1 55 GLY n 1 56 LEU n 1 57 GLN n 1 58 ASN n 1 59 ASN n 1 60 LEU n 1 61 LYS n 1 62 ILE n 1 63 ALA n 1 64 PHE n 1 65 PRO n 1 66 GLN n 1 67 THR n 1 68 SER n 1 69 TYR n 1 70 GLY n 1 71 THR n 1 72 TYR n 1 73 LEU n 1 74 GLU n 1 75 TRP n 1 76 LEU n 1 77 GLY n 1 78 GLU n 1 79 CYS n 1 80 LYS n 1 81 GLY n 1 82 VAL n 1 83 PHE n 1 84 LYS n 1 85 ASN n 1 86 GLN n 1 87 PRO n 1 88 THR n 1 89 LYS n 1 90 ALA n 1 91 THR n 1 92 GLY n 1 93 VAL n 1 94 ILE n 1 95 THR n 1 96 PHE n 1 97 THR n 1 98 GLY n 1 99 VAL n 1 100 GLN n 1 101 GLY n 1 102 THR n 1 103 ILE n 1 104 ILE n 1 105 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'NCS constraints' I M ? ? ? ? 15 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_5 2.39570664513e-12 ? ? ? 'NCS constraints' X V ? ? ? ? 16 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_5 8.9335231731e-12 ? ? ? 'NCS constraints' X V ? ? ? ? 17 'ELECTRON MICROSCOPY' d_4 ens_5 1.51171203466e-12 ? ? ? 'NCS constraints' X V ? ? ? ? 18 'ELECTRON MICROSCOPY' d_5 ens_5 1.4632353194e-12 ? ? ? 'NCS constraints' X V ? ? ? ? 19 'ELECTRON MICROSCOPY' d_6 ens_5 8.43396680329e-11 ? ? ? 'NCS constraints' X V ? ? ? ? 20 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_6 2.87786503606e-13 ? ? ? 'NCS constraints' Y b ? ? ? ? 21 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_6 2.3861889313e-11 ? ? ? 'NCS constraints' Y b ? ? ? ? 22 'ELECTRON MICROSCOPY' d_4 ens_6 6.50676937562e-12 ? ? ? 'NCS constraints' Y b ? ? ? ? 23 'ELECTRON MICROSCOPY' d_5 ens_6 9.36534007748e-12 ? ? ? 'NCS constraints' Y b ? ? ? ? 24 'ELECTRON MICROSCOPY' d_6 ens_6 7.79289649139e-13 ? ? ? 'NCS constraints' Y b ? ? ? ? 25 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_7 5.38877168204e-10 ? ? ? 'NCS constraints' L e ? ? ? ? 26 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_7 3.81797682291e-10 ? ? ? 'NCS constraints' L e ? ? ? ? 27 'ELECTRON MICROSCOPY' d_4 ens_7 1.20832112722e-12 ? ? ? 'NCS constraints' L e ? ? ? ? 28 'ELECTRON MICROSCOPY' d_5 ens_7 2.67391048561e-12 ? ? ? 'NCS constraints' L e ? ? ? ? 29 'ELECTRON MICROSCOPY' d_6 ens_7 1.30924118293e-12 ? ? ? 'NCS constraints' L e ? ? ? ? 30 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_8 4.72715251083e-13 ? ? ? 'NCS constraints' AA n ? ? ? ? 31 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_8 7.63801903205e-13 ? ? ? 'NCS constraints' AA n ? ? ? ? 32 'ELECTRON MICROSCOPY' d_4 ens_8 3.59165188956e-12 ? ? ? 'NCS constraints' AA n ? ? ? ? 33 'ELECTRON MICROSCOPY' d_5 ens_8 2.68392676568e-12 ? ? ? 'NCS constraints' AA n ? ? ? ? 34 'ELECTRON MICROSCOPY' d_6 ens_8 2.87096153038e-12 ? ? ? 'NCS constraints' AA n ? ? ? ? 35 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_9 4.99193303814e-12 ? ? ? 'NCS constraints' SA q ? ? ? ? 36 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_9 1.91229202653e-10 ? ? ? 'NCS constraints' SA q ? ? ? ? 37 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_10 7.37081527435e-12 ? ? ? 'NCS constraints' TA s ? ? ? ? 38 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_10 6.73736795315e-13 ? ? ? 'NCS constraints' TA s ? ? ? ? 39 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_11 3.95505792281e-13 ? ? ? 'NCS constraints' XA x ? ? ? ? 40 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_11 6.50377029695e-13 ? ? ? 'NCS constraints' XA x ? ? ? ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] _struct_ncs_oper.details 1 given 0.497385293858 0.867529068277 -0.0010886454948 -0.867529747679 0.497385015366 -0.000532335209732 7.96596876497e-05 0.00120920805614 0.999999265735 -96.2396123369 362.989962886 -0.223016538866 ? 2 given -0.999994790026 -0.00322330409336 0.00017387047596 0.00322353683004 -0.999993885945 0.00135531690856 0.000169500814367 0.00135587032528 0.999999066442 530.458878027 528.747059064 -0.291814335694 ? 3 given -0.500201573323 0.865908816631 0.000554368911046 -0.865908856842 -0.500201751991 0.000242792235374 0.000487532237775 -0.000358587891907 0.999999816864 167.852264675 626.92400362 -0.0392391787274 ? 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QA PRO 112 . r PHE 6 r PRO 117 ? ? ens_10 d_3 1 RA PHE 1 . RA PRO 112 . v PHE 6 v PRO 117 ? ? ens_11 d_1 1 XA LYS 1401 . XA GLY 1424 . x LYS 1401 x GLY 1424 ? ? ens_11 d_2 1 WA LYS 1401 . WA GLY 1424 . w LYS 1401 w GLY 1424 ? ? ens_11 d_3 1 YA LYS 1401 . YA GLY 1424 . y LYS 1401 y GLY 1424 ? ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details ens_1 ? ens_2 ? ens_3 ? ens_4 ? ens_5 ? ens_6 ? ens_7 ? ens_8 ? ens_9 ? ens_10 ? ens_11 ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_1 d_3 d_1 2 ens_1 d_4 d_1 3 ens_1 d_5 d_1 4 ens_1 d_6 d_1 5 ens_2 d_2 d_1 6 ens_2 d_3 d_1 7 ens_3 d_2 d_1 8 ens_3 d_3 d_1 9 ens_4 d_2 d_1 10 ens_4 d_3 d_1 11 ens_4 d_4 d_1 12 ens_4 d_5 d_1 13 ens_4 d_6 d_1 14 ens_5 d_2 d_1 15 ens_5 d_3 d_1 16 ens_5 d_4 d_1 17 ens_5 d_5 d_1 18 ens_5 d_6 d_1 19 ens_6 d_2 d_1 20 ens_6 d_3 d_1 21 ens_6 d_4 d_1 22 ens_6 d_5 d_1 23 ens_6 d_6 d_1 24 ens_7 d_2 d_1 25 ens_7 d_3 d_1 26 ens_7 d_4 d_1 27 ens_7 d_5 d_1 28 ens_7 d_6 d_1 29 ens_8 d_2 d_1 30 ens_8 d_3 d_1 31 ens_8 d_4 d_1 32 ens_8 d_5 d_1 33 ens_8 d_6 d_1 34 ens_9 d_2 d_1 35 ens_9 d_3 d_1 36 ens_10 d_2 d_1 37 ens_10 d_3 d_1 38 ens_11 d_2 d_1 39 ens_11 d_3 d_1 40 # _struct.entry_id 9G8S _struct.title 'C3 reconstruction of extended phiCD508 needle' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9G8S _struct_keywords.text 'Bacteriophage, virus, needle, baseplate' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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VAL L 9 GLU L 13 5 ? 5 HELX_P HELX_P293 BG5 ASP PA 14 ? SER PA 24 ? ASP L 14 SER L 24 1 ? 11 HELX_P HELX_P294 BG6 ASP PA 35 ? GLY PA 55 ? ASP L 35 GLY L 55 1 ? 21 HELX_P HELX_P295 BG7 GLY PA 55 ? PHE PA 64 ? GLY L 55 PHE L 64 1 ? 10 HELX_P HELX_P296 BG8 PRO PA 65 ? SER PA 68 ? PRO L 65 SER L 68 5 ? 4 HELX_P HELX_P297 BG9 GLY PA 70 ? LYS PA 80 ? GLY L 70 LYS L 80 1 ? 11 HELX_P HELX_P298 BH1 GLY PA 147 ? ASN PA 151 ? GLY L 147 ASN L 151 5 ? 5 HELX_P HELX_P299 BH2 ASP PA 184 ? GLU PA 198 ? ASP L 184 GLU L 198 1 ? 15 HELX_P HELX_P300 BH3 ALA PA 204 ? VAL PA 215 ? ALA L 204 VAL L 215 1 ? 12 HELX_P HELX_P301 BH4 THR PA 246 ? TYR PA 258 ? THR L 246 TYR L 258 1 ? 13 HELX_P HELX_P302 BH5 SER PA 301 ? ILE PA 320 ? SER L 301 ILE L 320 1 ? 20 HELX_P HELX_P303 BH6 SER PA 327 ? THR PA 341 ? SER L 327 THR L 341 1 ? 15 HELX_P HELX_P304 BH7 ASN QA 2 ? PHE QA 21 ? ASN r 7 PHE r 26 1 ? 20 HELX_P HELX_P305 BH8 GLU QA 51 ? LEU QA 55 ? GLU r 56 LEU r 60 5 ? 5 HELX_P HELX_P306 BH9 ASN RA 2 ? PHE RA 21 ? 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anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG2 4 5 ? anti-parallel AG2 5 6 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 2 3 ? parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG8 1 2 ? anti-parallel AG8 2 3 ? parallel AG9 1 6 ? anti-parallel AG9 2 3 ? anti-parallel AG9 2 5 ? anti-parallel AG9 4 7 ? anti-parallel AG9 5 6 ? anti-parallel AG9 6 7 ? anti-parallel AH1 1 2 ? anti-parallel AH2 1 2 ? anti-parallel AH3 1 2 ? anti-parallel AH4 1 2 ? anti-parallel AH4 2 3 ? parallel AH4 3 4 ? parallel AH4 4 5 ? parallel AH4 5 6 ? parallel AH4 6 7 ? parallel AH5 1 2 ? anti-parallel AH5 2 3 ? anti-parallel AH6 1 2 ? anti-parallel AH6 1 5 ? anti-parallel AH6 2 3 ? anti-parallel AH6 2 4 ? anti-parallel AH7 1 2 ? anti-parallel AH7 2 3 ? 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