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CG C PRO 465 ? ? 78.72 103.20 -24.48 1.50 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 SER A 229 ? ? 57.99 -147.75 2 1 GLU A 303 ? ? 46.47 24.91 3 1 LEU A 324 ? ? -160.44 114.83 4 1 GLU A 325 ? ? 69.44 -4.58 5 1 ARG A 424 ? ? 61.64 61.54 6 1 ASP A 434 ? ? 53.40 -117.45 7 1 SER A 449 ? ? -92.75 -60.04 8 1 ARG A 456 ? ? 72.35 -14.89 9 1 HIS A 558 ? ? 59.43 -89.78 10 1 GLU A 584 ? ? 35.48 57.38 11 1 ILE A 654 ? ? 64.38 -50.59 12 1 LYS A 759 ? ? 66.08 -169.85 13 1 GLU A 819 ? ? 60.27 61.02 14 1 SER A 874 ? ? 60.83 61.93 15 1 GLU A 972 ? ? -93.29 52.74 16 1 LYS A 1138 ? ? 61.32 60.97 17 1 ASP A 1171 ? ? 60.99 62.55 18 1 LYS A 1182 ? ? 61.98 62.75 19 1 ASP B 231 ? ? 69.53 -1.67 20 1 GLU B 410 ? ? 68.02 -5.00 21 1 ASP B 434 ? ? 52.62 -117.10 22 1 HIS B 558 ? ? 60.96 -102.11 23 1 PRO B 563 ? ? -48.76 -17.24 24 1 ASN B 638 ? ? 71.91 -0.46 25 1 LEU B 1017 ? ? -91.20 -61.87 26 1 ASN B 1113 ? ? 61.68 61.07 27 1 LYS B 1138 ? ? 69.57 -4.03 28 1 SER C 211 ? ? -79.82 -167.88 29 1 SER C 229 ? ? 57.53 -145.83 30 1 GLU C 303 ? ? 69.10 -6.09 31 1 GLU C 410 ? ? 67.48 -3.99 32 1 ASP C 434 ? ? 55.54 -127.20 33 1 ASP C 489 ? ? 57.08 -127.82 34 1 HIS C 558 ? ? 56.84 -105.15 35 1 GLU C 584 ? ? 44.91 29.89 36 1 ASN C 621 ? ? -98.02 37.13 37 1 ASN C 1080 ? ? 61.17 62.04 38 1 SER D 229 ? ? 63.75 -164.91 39 1 SER D 300 ? ? -163.59 -169.17 40 1 GLU D 303 ? ? 69.42 -1.26 41 1 GLU D 325 ? ? 69.08 -4.48 42 1 ASP D 434 ? ? 56.02 -118.21 43 1 ARG D 456 ? ? 68.43 -4.31 44 1 HIS D 558 ? ? 56.15 -105.88 45 1 PRO D 583 ? ? -77.10 -165.81 46 1 GLU D 584 ? ? 38.99 58.65 47 1 GLU D 972 ? ? -90.94 53.07 48 1 ASP D 987 ? ? 60.24 61.59 49 1 ASN D 1068 ? ? 36.17 42.44 50 1 THR D 1165 ? ? -68.37 97.60 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9GOA _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'cross correlation 0.61' _em_3d_fitting.details ;An Alphafold2 prediction was initially fit into the reconstruction using ChimeraX and then manually refined using Coot and energy minimized using Phenix. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 89.73 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 . . . 'The initial model of the N-terminus of the pore state was predicted from a tetramer of residues 21-360' ? 21-360 AlphaFold 'in silico model' ? ? 2 1 . . . 'For the C-terminus of the alpha-latrotoxin Pore, a prediction of a mature full length monomer was used' ? 21-1195 AlphaFold 'in silico model' ? ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9GOA _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;The resolution of 3.2 Angstroem is that from focussed refinements on the core of the complex, which is the best-resolved from the maps that were used to create the here-deposited hybrid map. ; _em_3d_reconstruction.resolution 3.2 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 70971 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'tetrameric complex of alpha-latrotoxin' _em_entity_assembly.details ;The sample presents the activated form of latrotoxin derived by cleavage by Furin-like proteases. The complex is in the pore conformation. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_image_scans.entry_id 9GOA _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height 4096 _em_image_scans.dimension_width 4096 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image ? # _em_imaging.entry_id 9GOA _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 300 _em_imaging.nominal_defocus_max 1700 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 215000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50.0 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type 'UltrAuFoil R2/2' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9GOA _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 286.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK II' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9GOA _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9GOA _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A GLU 21 ? A GLU 1 2 1 Y 1 A GLY 22 ? A GLY 2 3 1 Y 1 A GLU 23 ? A GLU 3 4 1 Y 1 A ASP 24 ? A ASP 4 5 1 Y 1 A LEU 25 ? A LEU 5 6 1 Y 1 A THR 26 ? A THR 6 7 1 Y 1 A LEU 27 ? A LEU 7 8 1 Y 1 A GLU 28 ? A GLU 8 9 1 Y 1 A GLU 29 ? A GLU 9 10 1 Y 1 A LYS 30 ? A LYS 10 11 1 Y 1 A ALA 31 ? A ALA 11 12 1 Y 1 A GLU 32 ? A GLU 12 13 1 Y 1 A ILE 33 ? A ILE 13 14 1 Y 1 A CYS 34 ? A CYS 14 15 1 Y 1 A SER 35 ? A SER 15 16 1 Y 1 A GLU 36 ? A GLU 16 17 1 Y 1 A LEU 37 ? A LEU 17 18 1 Y 1 A GLU 38 ? A GLU 18 19 1 Y 1 A LEU 39 ? A LEU 19 20 1 Y 1 A GLN 40 ? A GLN 20 21 1 Y 1 A GLN 41 ? A GLN 21 22 1 Y 1 A LYS 42 ? A LYS 22 23 1 Y 1 A TYR 43 ? A TYR 23 24 1 Y 1 A VAL 44 ? A VAL 24 25 1 Y 1 A ASP 45 ? A ASP 25 26 1 Y 1 A ILE 46 ? A ILE 26 27 1 Y 1 A ALA 47 ? A ALA 27 28 1 Y 1 A SER 48 ? A SER 28 29 1 Y 1 A ASN 49 ? A ASN 29 30 1 Y 1 A ILE 50 ? A ILE 30 31 1 Y 1 A ILE 51 ? A ILE 31 32 1 Y 1 A GLY 52 ? A GLY 32 33 1 Y 1 A ASP 53 ? A ASP 33 34 1 Y 1 A LEU 54 ? A LEU 34 35 1 Y 1 A SER 55 ? A SER 35 36 1 Y 1 A SER 56 ? A SER 36 37 1 Y 1 A LEU 57 ? A LEU 37 38 1 Y 1 A PRO 58 ? A PRO 38 39 1 Y 1 A ILE 59 ? A ILE 39 40 1 Y 1 A ALA 60 ? A ALA 40 41 1 Y 1 A GLY 61 ? A GLY 41 42 1 Y 1 A LYS 62 ? A LYS 42 43 1 Y 1 A ILE 63 ? A ILE 43 44 1 Y 1 A ALA 64 ? A ALA 44 45 1 Y 1 A GLY 65 ? A GLY 45 46 1 Y 1 A THR 66 ? A THR 46 47 1 Y 1 A ILE 67 ? A ILE 47 48 1 Y 1 A ALA 68 ? A ALA 48 49 1 Y 1 A ALA 69 ? A ALA 49 50 1 Y 1 A ALA 70 ? A ALA 50 51 1 Y 1 A ALA 71 ? A ALA 51 52 1 Y 1 A MET 72 ? A MET 52 53 1 Y 1 A THR 73 ? A THR 53 54 1 Y 1 A ALA 74 ? A ALA 54 55 1 Y 1 A THR 75 ? A THR 55 56 1 Y 1 A HIS 76 ? A HIS 56 57 1 Y 1 A VAL 77 ? A VAL 57 58 1 Y 1 A ALA 78 ? A ALA 58 59 1 Y 1 A SER 79 ? A SER 59 60 1 Y 1 A GLY 80 ? A GLY 60 61 1 Y 1 A ARG 81 ? A ARG 61 62 1 Y 1 A LEU 82 ? A LEU 62 63 1 Y 1 A ASP 83 ? A ASP 63 64 1 Y 1 A ILE 84 ? A ILE 64 65 1 Y 1 A GLU 85 ? A GLU 65 66 1 Y 1 A GLN 86 ? A GLN 66 67 1 Y 1 A THR 87 ? A THR 67 68 1 Y 1 A LEU 88 ? A LEU 68 69 1 Y 1 A LEU 89 ? A LEU 69 70 1 Y 1 A GLY 90 ? A GLY 70 71 1 Y 1 A CYS 91 ? A CYS 71 72 1 Y 1 A SER 92 ? A SER 72 73 1 Y 1 A ASP 93 ? A ASP 73 74 1 Y 1 A LEU 94 ? A LEU 74 75 1 Y 1 A PRO 95 ? A PRO 75 76 1 Y 1 A PHE 96 ? A PHE 76 77 1 Y 1 A ASP 97 ? A ASP 77 78 1 Y 1 A GLN 98 ? A GLN 78 79 1 Y 1 A ILE 99 ? A ILE 79 80 1 Y 1 A LYS 100 ? A LYS 80 81 1 Y 1 A GLU 101 ? A GLU 81 82 1 Y 1 A VAL 102 ? A VAL 82 83 1 Y 1 A LEU 103 ? A LEU 83 84 1 Y 1 A GLU 104 ? A GLU 84 85 1 Y 1 A ASN 105 ? A ASN 85 86 1 Y 1 A ARG 106 ? A ARG 86 87 1 Y 1 A PHE 107 ? A PHE 87 88 1 Y 1 A ASN 108 ? A ASN 88 89 1 Y 1 A GLU 109 ? A GLU 89 90 1 Y 1 A ILE 110 ? A ILE 90 91 1 Y 1 A ASP 111 ? A ASP 91 92 1 Y 1 A ARG 112 ? A ARG 92 93 1 Y 1 A LYS 113 ? A LYS 93 94 1 Y 1 A LEU 114 ? A LEU 94 95 1 Y 1 A ASP 115 ? A ASP 95 96 1 Y 1 B GLU 21 ? B GLU 1 97 1 Y 1 B GLY 22 ? B GLY 2 98 1 Y 1 B GLU 23 ? B GLU 3 99 1 Y 1 B ASP 24 ? B ASP 4 100 1 Y 1 B LEU 25 ? B LEU 5 101 1 Y 1 B THR 26 ? B THR 6 102 1 Y 1 B LEU 27 ? B LEU 7 103 1 Y 1 B GLU 28 ? B GLU 8 104 1 Y 1 B GLU 29 ? 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_em_entity_assembly_naturalsource.organ 'venom gland' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.details ;Images were collected in EER mode with 918-1225 frames per movie, from which 49-51 fractions were generated for motion correction. Micrographs were collected at different tilt angles in ten subsets of data. ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'TFS FALCON 4i (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 3 _em_image_recording.num_real_images 90215 # _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 10 _em_imaging_optics.energyfilter_name 'TFS Selectris X' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.details ;Particles were selected using crYOLO with a generalized picking model, followed by retraining with cleaned particle sets and repicking with a such derived optimized picking model. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 2436143 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' 'cryolo was used to automatically select particles.' 1 1 ? ? crYOLO 1.8.3 'IMAGE ACQUISITION' 'EPU was used to automatically collect EER movies' 2 ? ? 1 EPU 3.2.0.4776 MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? RELION 4.01 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' 1.7.dev2023 OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 9 1 ? ? RELION 4.01 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? RELION 4.01 CLASSIFICATION ? 11 1 ? ? RELION 4.01 RECONSTRUCTION ? 12 1 ? ? RELION 4.01 'MODEL REFINEMENT' ? 13 ? 1 ? Coot 0.9.8.1 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 1 ? PHENIX 1.20.1 # _em_specimen.concentration 0.5 _em_specimen.details 'Monodisperse sample after gel filtration.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'German Research Foundation (DFG)' _pdbx_audit_support.country Germany _pdbx_audit_support.grant_number 'SFB1348 (Project A15 to C.G.)' _pdbx_audit_support.ordinal 1 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'in silico model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name AlphaFold _pdbx_initial_refinement_model.accession_code ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _atom_sites.entry_id 9GOA _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ #