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C ASP 809 OD2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9GVG _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9GVG _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9GVG _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 9GVG _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 10224 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.725 ? 13830 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.004 ? 1344 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 1565 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1763 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9GVG _struct.title 'P116 from Mycoplasma pneumoniae in complex with mild growth suppressor monoclonal antibody' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9GVG _struct_keywords.text 'immunodominant, cholesterol, essential lipids, transporter, lipid binder, monoclonal antibody, PROTEIN TRANSPORT' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? 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ASN P 415 GLN P 431 1 ? 17 HELX_P HELX_P16 AB7 TYR C 376 ? HIS C 384 ? TYR P 435 HIS P 443 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 HIS C 384 ? THR C 403 ? HIS P 443 THR P 462 1 ? 20 HELX_P HELX_P18 AB9 MET C 406 ? PHE C 417 ? MET P 465 PHE P 476 1 ? 12 HELX_P HELX_P19 AC1 GLY C 421 ? GLY C 427 ? GLY P 480 GLY P 486 5 ? 7 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP C 430 ? LEU C 440 ? ASP P 489 LEU P 499 1 ? 11 HELX_P HELX_P21 AC3 ILE C 451 ? ASP C 455 ? ILE P 510 ASP P 514 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 SER C 456 ? LEU C 466 ? SER P 515 LEU P 525 1 ? 11 HELX_P HELX_P23 AC5 ALA C 472 ? ILE C 481 ? ALA P 531 ILE P 540 1 ? 10 HELX_P HELX_P24 AC6 VAL C 493 ? ALA C 498 ? VAL P 552 ALA P 557 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 ASP C 506 ? ASN C 525 ? ASP P 565 ASN P 584 1 ? 20 HELX_P HELX_P26 AC8 SER C 528 ? LYS C 534 ? SER P 587 LYS P 593 1 ? 7 HELX_P HELX_P27 AC9 GLY C 576 ? LEU C 585 ? GLY P 635 LEU P 644 1 ? 10 HELX_P HELX_P28 AD1 LEU C 591 ? PHE C 600 ? LEU P 650 PHE P 659 1 ? 10 HELX_P HELX_P29 AD2 GLU C 603 ? GLU C 615 ? GLU P 662 GLU P 674 1 ? 13 HELX_P HELX_P30 AD3 VAL C 626 ? ALA C 630 ? VAL P 685 ALA P 689 5 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 GLU C 632 ? ALA C 641 ? GLU P 691 ALA P 700 1 ? 10 HELX_P HELX_P32 AD5 SER C 647 ? PHE C 657 ? SER P 706 PHE P 716 1 ? 11 HELX_P HELX_P33 AD6 ASP C 660 ? VAL C 664 ? ASP P 719 VAL P 723 5 ? 5 HELX_P HELX_P34 AD7 LEU C 738 ? LYS C 755 ? LEU P 797 LYS P 814 1 ? 18 HELX_P HELX_P35 AD8 VAL C 798 ? GLY C 802 ? VAL P 857 GLY P 861 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 ASP D 596 ? PHE D 600 ? ASP A 655 PHE A 659 1 ? 5 HELX_P HELX_P37 AE1 GLU D 603 ? GLU D 615 ? GLU A 662 GLU A 674 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 VAL D 626 ? ALA D 630 ? VAL A 685 ALA A 689 5 ? 5 HELX_P HELX_P39 AE3 GLU D 632 ? ALA D 641 ? GLU A 691 ALA A 700 1 ? 10 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 22 SG ? ? ? 1_555 A CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 137 SG ? ? ? 1_555 A CYS 192 SG ? ? H CYS 142 H CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 23 SG ? ? ? 1_555 B CYS 88 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 135 SG A ? ? 1_555 B CYS 195 SG ? ? L CYS 135 L CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf5 disulf ? ? B CYS 135 SG B ? ? 1_555 B CYS 195 SG ? ? L CYS 135 L CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 22 ? CYS A 96 ? CYS H 22 ? 1_555 CYS H 95 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS A 137 ? CYS A 192 ? CYS H 142 ? 1_555 CYS H 197 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS B 23 ? CYS B 88 ? CYS L 23 ? 1_555 CYS L 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS B 135 A CYS B 195 ? CYS L 135 ? 1_555 CYS L 195 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS B 135 B CYS B 195 ? CYS L 135 ? 1_555 CYS L 195 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASN 52 A . ? ASN 52 H PRO 53 A A PRO 52 H 1 -2.27 2 PHE 143 A . ? PHE 148 H PRO 144 A ? PRO 149 H 1 -10.87 3 GLU 145 A . ? GLU 150 H PRO 146 A ? PRO 151 H 1 -6.97 4 TRP 185 A . ? TRP 190 H PRO 186 A ? PRO 191 H 1 1.65 5 SER 7 B . ? SER 7 L PRO 8 B ? PRO 8 L 1 -2.58 6 TYR 141 B . ? 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