data_9GY6 # _entry.id 9GY6 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.404 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9GY6 pdb_00009gy6 10.2210/pdb9gy6/pdb WWPDB D_1292141974 ? ? EMDB EMD-51689 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-04-09 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-04-09 ? 3 'Half map' 1 0 2025-04-09 1 4 'Half map' 1 0 2025-04-09 2 5 Image 1 0 2025-04-09 ? 6 'Primary map' 1 0 2025-04-09 ? 7 'Structure model' 1 1 2025-04-16 ? 8 'Half map' 1 0 2025-04-09 1 9 'Half map' 1 0 2025-04-09 2 10 Image 1 0 2025-04-09 ? 11 'Primary map' 1 0 2025-04-09 ? 12 'Structure model' 1 2 2025-07-02 ? 13 'EM metadata' 1 1 2025-07-02 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? 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_pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9GY6 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-10-01 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'mycobacterial cytochrome bc1:aa3 with inhibitor' _pdbx_database_related.db_id EMD-51689 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 3 _pdbx_contact_author.email m.h.lamers@lumc.nl _pdbx_contact_author.name_first Meindert _pdbx_contact_author.name_last Lamers _pdbx_contact_author.name_mi H _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-4205-1338 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'lamers, M.H.' 1 0000-0002-4205-1338 'Verma, A.K.' 2 0009-0009-1250-2685 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_patent _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? primary 'NPJ Drug Discov' ? ? 3005-1452 ? ? 2 ? 6 6 'Structural and mechanistic study of a novel inhibitor analogue of M. tuberculosis cytochrome bc 1 :aa 3 .' 2025 ? 10.1038/s44386-025-00008-3 40191462 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 'Res Sq' ? ? 2693-5015 ? ? ? ? ? ? 'Structural and mechanistic study of a novel inhibitor of M. tuberculosis cytochrome bc1:aa3' 2024 ? 10.21203/rs.3.rs-5630670/v1 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Verma, A.K.' 1 ? primary 'Kim, R.Q.' 2 ? primary 'Lamprecht, D.A.' 3 ? primary 'Aguilar-Perez, C.' 4 ? primary 'Wong, S.' 5 ? primary 'Veziris, N.' 6 ? primary 'Aubry, A.' 7 ? primary 'Bartolome-Nebreda, J.M.' 8 ? primary 'Carbajo, R.J.' 9 ? primary 'Wetzel, J.' 10 ? primary 'Lamers, M.H.' 11 ? 1 'Lamers, M.' 12 ? 1 'Verma, A.' 13 ? 1 'Kim, R.' 14 ? 1 'Lamprecht, D.' 15 ? 1 'Perez, C.A.' 16 ? 1 'Wong, S.' 17 ? 1 'Veziris, N.' 18 ? 1 'Aubry, A.' 19 ? 1 'Bartolome-Nebreda, J.M.' 20 ? 1 'Carbajo, R.' 21 ? 1 'Wetzel, J.' 22 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit' 46383.066 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit' 60262.934 2 7.1.1.8 ? ? 'mutations: F156Y, I182M, M189L, D309E, I312A' 3 polymer man 'Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit' 27874.547 2 1.10.2.2 ? ? ? 4 polymer man 'Transmembrane protein' 9531.069 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Cytochrome c oxidase subunit 2' 38077.465 2 1.9.3.1 ? ? ? 6 polymer man 'Cytochrome c oxidase subunit 1' 64162.965 2 7.1.1.9 ? ? ? 7 polymer man 'Cytochrome c oxidase subunit 3' 22196.883 2 1.9.3.1 ? ? ? 8 polymer man 'Cytochrome c oxidase polypeptide 4' 15177.424 2 1.9.3.1 ? ? ? 9 polymer man 'Secreted protein' 8365.549 2 ? ? ? ? 10 polymer man 'DUF5130 domain-containing protein' 15910.971 2 ? ? ? ? 11 polymer man 'Superoxide dismutase [Cu-Zn]' 23232.375 2 1.15.1.1 ? ? ? 12 non-polymer syn 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' 175.820 2 ? ? ? ? 13 non-polymer syn ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; 853.112 4 ? ? ? ? 14 non-polymer syn 'PALMITIC ACID' 256.424 4 ? ? ? ? 15 non-polymer syn 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' 616.487 4 ? ? ? ? 16 non-polymer syn CARDIOLIPIN 1464.043 17 ? ? ? ? 17 non-polymer syn ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; 540.986 2 ? ? ? ? 18 non-polymer syn 'HEME C' 618.503 4 ? ? ? ? 19 non-polymer syn MENAQUINONE-9 785.233 2 ? ? ? ? 20 non-polymer syn '(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate' 717.996 4 ? ? ? ? 21 non-polymer syn 'COPPER (II) ION' 63.546 8 ? ? ? ? 22 non-polymer syn HEME-A 852.837 4 ? ? ? ? 23 non-polymer syn 'CALCIUM ION' 40.078 2 ? ? ? ? 24 non-polymer syn MENAQUINONE-7 648.999 2 ? ? ? ? 25 water nat water 18.015 211 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrA,Rieske iron-sulfur protein,QcrA' 2 'Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrB,QcrB' 3 QcrC 4 PRSAF1 5 CtaC 6 CtaD 7 CtaE 8 'Cytochrome aa3 subunit 4,Cytochrome c oxidase polypeptide IV,CtaF' 9 CtaJ 10 CtaI 11 SOD # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MDYRNGGRHRCGHVDRIASMSQDSPDIKGTDAPGQTGVPGQPTDAELAEMSREELVKLGGKIDGVETIFKEPRWPVPGTK AEKRTERLVAYWLMLGGLSGLALLLVFLFWPWEYQPFGSEGEFLYSLATPLYGLTFGLSILSIGIGAVLFQKKFIPEEIS VQDRHDGRSPEVHRKTVAANLTDALEGSTLKRRKVIGLSLGIGLGAFGAGTLVAFIGGLIKNPWKPVVPTAEGKKAVLWT SGWTPRFKGETIYLARATGRPGESPFVKMRPEDIDAGGMETVFPWRESDGDGTTVESEHKLTEIAMGVRNPVMLIRIKPA DMHRVIKRKGQESFNFGELFAYTKVCSHLGCPSSLYEQQTYRILCPCHQSQFDALEFAKPIFGPAARALAQLPITIDEDG YLVANGDFVEPVGPAFWERKS ; ;MDYRNGGRHRCGHVDRIASMSQDSPDIKGTDAPGQTGVPGQPTDAELAEMSREELVKLGGKIDGVETIFKEPRWPVPGTK AEKRTERLVAYWLMLGGLSGLALLLVFLFWPWEYQPFGSEGEFLYSLATPLYGLTFGLSILSIGIGAVLFQKKFIPEEIS VQDRHDGRSPEVHRKTVAANLTDALEGSTLKRRKVIGLSLGIGLGAFGAGTLVAFIGGLIKNPWKPVVPTAEGKKAVLWT SGWTPRFKGETIYLARATGRPGESPFVKMRPEDIDAGGMETVFPWRESDGDGTTVESEHKLTEIAMGVRNPVMLIRIKPA DMHRVIKRKGQESFNFGELFAYTKVCSHLGCPSSLYEQQTYRILCPCHQSQFDALEFAKPIFGPAARALAQLPITIDEDG YLVANGDFVEPVGPAFWERKS ; A,M ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSPDFAKLAAAQGDAIDSRYHPSAAVRRQLNKVFPTHWSFLLGEIALYSFIILLLTGVWLTLFFDPSMAHVTYDGVYQPL RGVQMSRAYETALDISFEVRGGLFVRQVHHWAALMFAASIMVHLARIFFTGAFRRPREANWVIGSLLLILAMFEGYFGYS LPDDLLSGTGIRAALSGITMGMPVIGTWLHWALFGGDFPGEILIPRLYALHILLIPGIILALIGAHLALVWFQKHTQFPG PGRTETNVVGVRVMPVFAVKSGAFFAMITGVLGLMGGLLTINPIWNLGPYKPSQVSAGSQPDFYMMWTEGLARLWPAWEF YPFGHTIPQGVWVAVGMGLVFALLIAYPFIEKKVTGDDAHHNLLQRPRDVPVRTAIGSMAIALYLLLTFACMNDIIALKF HISLNATTWIGRIGMVVLPAIVYFVAYRWAISLQRSDREVLEHGVETGIIKRLPHGAYVELHQPLGPVDEHGHPIPLEYA GAPLPKRMNKLGSGGAPGTGSFLFPDPAVEHEALTEAAHASEHKSLTALKEHQDRIHGNGETNGHH ; ;MSPDFAKLAAAQGDAIDSRYHPSAAVRRQLNKVFPTHWSFLLGEIALYSFIILLLTGVWLTLFFDPSMAHVTYDGVYQPL RGVQMSRAYETALDISFEVRGGLFVRQVHHWAALMFAASIMVHLARIFFTGAFRRPREANWVIGSLLLILAMFEGYFGYS LPDDLLSGTGIRAALSGITMGMPVIGTWLHWALFGGDFPGEILIPRLYALHILLIPGIILALIGAHLALVWFQKHTQFPG PGRTETNVVGVRVMPVFAVKSGAFFAMITGVLGLMGGLLTINPIWNLGPYKPSQVSAGSQPDFYMMWTEGLARLWPAWEF YPFGHTIPQGVWVAVGMGLVFALLIAYPFIEKKVTGDDAHHNLLQRPRDVPVRTAIGSMAIALYLLLTFACMNDIIALKF HISLNATTWIGRIGMVVLPAIVYFVAYRWAISLQRSDREVLEHGVETGIIKRLPHGAYVELHQPLGPVDEHGHPIPLEYA GAPLPKRMNKLGSGGAPGTGSFLFPDPAVEHEALTEAAHASEHKSLTALKEHQDRIHGNGETNGHH ; B,N ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MTSKSRRRLRRRLSAGLLLLIGLAVAGGVAATLTPQPQVAVADESQSALLRTGKQLFETSCVSCHGANLQGVPDRGPSLI GTGEAAVYFQVSTGRMPAMRGEAQAPSKPPHFDESQIDALGAYVQANGGGPTVPRDDHGAVAQESLIGGDVARGGDLFRL NCASCHNFTGKGGALSSGKYAPDLGDANPAQIYTAMLTGPQNMPKFSDRQLTPDEKRDIVAYVRESAETPSYGGYGLGGF GPAPEGMAMWIIGMVAAIGVAMWIGSRA ; ;MTSKSRRRLRRRLSAGLLLLIGLAVAGGVAATLTPQPQVAVADESQSALLRTGKQLFETSCVSCHGANLQGVPDRGPSLI GTGEAAVYFQVSTGRMPAMRGEAQAPSKPPHFDESQIDALGAYVQANGGGPTVPRDDHGAVAQESLIGGDVARGGDLFRL NCASCHNFTGKGGALSSGKYAPDLGDANPAQIYTAMLTGPQNMPKFSDRQLTPDEKRDIVAYVRESAETPSYGGYGLGGF GPAPEGMAMWIIGMVAAIGVAMWIGSRA ; C,O ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MANTEVERHTGVDVEDVPSAEWGWSHMPIGVMHIGGLLSAAFLLVMMRGNHVGHVEDWFLIGFAAVIVALVGRNWWLRRR GWIR ; ;MANTEVERHTGVDVEDVPSAEWGWSHMPIGVMHIGGLLSAAFLLVMMRGNHVGHVEDWFLIGFAAVIVALVGRNWWLRRR GWIR ; D,P ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MTPRGFRVVALSIVLGGSALLLSGCSWSDALALGWPTGITPEAKLNRELWIGSVIASFAVGAIVWGLIFWTSAFHRKKAT DTELPRQFGYNMPLELTLTVIPFLIISVLFYFTVVVQERMMHKDPNPEVVIDVTAFQWNWKFGYQKIAFADGSFDYDGAD PERKEAMTSRPEGKDEHGIEKVGPIRGMTPEDRTYLNFDKIETLGTSSEIPVLVLPAGKRIEFVLNSADVIHGFWVPEFL FKRDVLPEPKANNSDNVFQVSEIQQTGAFVGRCTEMCGTFHAMMNFEVRVVEPNDFKAYIDQRNAGKTNAEALAAINQPP LAITTEPFESRRGELVPQASK ; ;MTPRGFRVVALSIVLGGSALLLSGCSWSDALALGWPTGITPEAKLNRELWIGSVIASFAVGAIVWGLIFWTSAFHRKKAT DTELPRQFGYNMPLELTLTVIPFLIISVLFYFTVVVQERMMHKDPNPEVVIDVTAFQWNWKFGYQKIAFADGSFDYDGAD PERKEAMTSRPEGKDEHGIEKVGPIRGMTPEDRTYLNFDKIETLGTSSEIPVLVLPAGKRIEFVLNSADVIHGFWVPEFL FKRDVLPEPKANNSDNVFQVSEIQQTGAFVGRCTEMCGTFHAMMNFEVRVVEPNDFKAYIDQRNAGKTNAEALAAINQPP LAITTEPFESRRGELVPQASK ; E,Q ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MVAEAPPIGELEARRPFPERMGPKGNLIYKLITTTDHKLIGIMYCVVCFAFFLVGGLMALFMRTELAMPGLQFLSNEQFN QLFTMHGTVMLLFYATPIVFGFANLVLPLQIGAPDVAFPRLNALSFWLFLFGALIAIAGFITPGGAADFGWTAYSPLTDA IHSPGAGGDLWIMGLAVGGLGTILGGVNMITTVVCMRAPGMTMFRMPIFTWNILVTSILVLIAFPILTAALFGLAADRHL GAHIYDPANGGVLLWQHLFWFFGHPEVYIIALPFFGIVSEIFPVFSRKPIFGYTTLIYATLAIAALSVAVWAHHMYATGA VLLPFFSFMTFLIAVPTGIKFFNWIGTMWKGQLTFETPMLFSVGFLITFLLGGLSGVLLASPPLDFHVTDSYFVIAHFHY VLFGTIVFATYAGIYFWFPKMTGRLLDERLGKLHFWLTFIGFHTTFLVQHWLGDEGMPRRYADYLPTDGFTTLNVISTVG AFILGVSMLPFVWNVFKSWRYGEPVTVDDPWGYGNSLEWATSCPPPRHNFTELPRIRSERPAFELHYPHMVERMRAEAHV GRAHHPELETADKSS ; ;MVAEAPPIGELEARRPFPERMGPKGNLIYKLITTTDHKLIGIMYCVVCFAFFLVGGLMALFMRTELAMPGLQFLSNEQFN QLFTMHGTVMLLFYATPIVFGFANLVLPLQIGAPDVAFPRLNALSFWLFLFGALIAIAGFITPGGAADFGWTAYSPLTDA IHSPGAGGDLWIMGLAVGGLGTILGGVNMITTVVCMRAPGMTMFRMPIFTWNILVTSILVLIAFPILTAALFGLAADRHL GAHIYDPANGGVLLWQHLFWFFGHPEVYIIALPFFGIVSEIFPVFSRKPIFGYTTLIYATLAIAALSVAVWAHHMYATGA VLLPFFSFMTFLIAVPTGIKFFNWIGTMWKGQLTFETPMLFSVGFLITFLLGGLSGVLLASPPLDFHVTDSYFVIAHFHY VLFGTIVFATYAGIYFWFPKMTGRLLDERLGKLHFWLTFIGFHTTFLVQHWLGDEGMPRRYADYLPTDGFTTLNVISTVG AFILGVSMLPFVWNVFKSWRYGEPVTVDDPWGYGNSLEWATSCPPPRHNFTELPRIRSERPAFELHYPHMVERMRAEAHV GRAHHPELETADKSS ; F,R ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MTSAVGTSGTAITSRVHSLNRPNMVSVGTIVWLSSELMFFAGLFAMYFTARAQAGGAWPPEPTELNLALAVPVTLVLIAS SFTCQMGVFAAERGDVFGLRRWYVITFLMGLFFVLGQGYEYIHLVEHGTTIPGSAYGSVFYLATGFHGLHVIGGLVAFVL LLARTKMSKFTPAQATAAIVVSYYWHFVDIVWIALFATIYFVR ; ;MTSAVGTSGTAITSRVHSLNRPNMVSVGTIVWLSSELMFFAGLFAMYFTARAQAGGAWPPEPTELNLALAVPVTLVLIAS SFTCQMGVFAAERGDVFGLRRWYVITFLMGLFFVLGQGYEYIHLVEHGTTIPGSAYGSVFYLATGFHGLHVIGGLVAFVL LLARTKMSKFTPAQATAAIVVSYYWHFVDIVWIALFATIYFVR ; G,S ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MHIEARLFEILTAFFALAAVVYAVLTAMFATGGVEWAGTTALVLTTGLTLITGTFFRFVARRLDTRPEDYEDAEISDGAG ELGFFAPHSWWPILISLSFSTAAVGAALWLPWLIAAGVAFVITSVCGLVFEYYWGPEKH ; ;MHIEARLFEILTAFFALAAVVYAVLTAMFATGGVEWAGTTALVLTTGLTLITGTFFRFVARRLDTRPEDYEDAEISDGAG ELGFFAPHSWWPILISLSFSTAAVGAALWLPWLIAAGVAFVITSVCGLVFEYYWGPEKH ; H,T ? 9 'polypeptide(L)' no no MSTALTHGLIGGVPLVLFAVLALIFLTRKGPHPDTYKMSDPWTHAPILWAAEEPREHGHGGHGHDSHGVVIGGGASGKW MSTALTHGLIGGVPLVLFAVLALIFLTRKGPHPDTYKMSDPWTHAPILWAAEEPREHGHGGHGHDSHGVVIGGGASGKW I,U ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MASGDIATVANAELDLPYGSALTSSGRISAVTEPGELSVHYPFPTMDLVVLDDALKYGSRAAKARFAVYIGPLGADTAAT AREILANVPTPENAVLLAVSPDQRAIEVVYGADVKGRGIESAAPLGVSAAAASFKEGNLIDGLISAVRVMSAGVSPA ; ;MASGDIATVANAELDLPYGSALTSSGRISAVTEPGELSVHYPFPTMDLVVLDDALKYGSRAAKARFAVYIGPLGADTAAT AREILANVPTPENAVLLAVSPDQRAIEVVYGADVKGRGIESAAPLGVSAAAASFKEGNLIDGLISAVRVMSAGVSPA ; J,V ? 11 'polypeptide(L)' no no ;MLKPVSVAVLFATPVLALSACSPPGETASSEPGTTPAIWTGSPSPAAPSGEDHGGGHGAGAAGAGETLTAELKTADGTSV ATADFQFADGFATVTIETTTPGRLTPGFHGVHIHSVGKCEANSVAPTGGAPGDFNSAGGHFQVSGHSGHPASGDLSSLQV RADGSGKLVTTTDAFTAEDLLDGAKTAIIIHEKADNFANIPPERYQQVNGAPGPDQTTMATGDAGSRVACGVISAG ; ;MLKPVSVAVLFATPVLALSACSPPGETASSEPGTTPAIWTGSPSPAAPSGEDHGGGHGAGAAGAGETLTAELKTADGTSV ATADFQFADGFATVTIETTTPGRLTPGFHGVHIHSVGKCEANSVAPTGGAPGDFNSAGGHFQVSGHSGHPASGDLSSLQV RADGSGKLVTTTDAFTAEDLLDGAKTAIIIHEKADNFANIPPERYQQVNGAPGPDQTTMATGDAGSRVACGVISAG ; L,X ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 12 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' FES 13 ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; 9YF 14 'PALMITIC ACID' PLM 15 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEM 16 CARDIOLIPIN CDL 17 ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; A1IRE 18 'HEME C' HEC 19 MENAQUINONE-9 MQ9 20 '(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate' 9Y0 21 'COPPER (II) ION' CU 22 HEME-A HEA 23 'CALCIUM ION' CA 24 MENAQUINONE-7 MQ7 25 water HOH # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ASP n 1 3 TYR n 1 4 ARG n 1 5 ASN n 1 6 GLY n 1 7 GLY n 1 8 ARG n 1 9 HIS n 1 10 ARG n 1 11 CYS n 1 12 GLY n 1 13 HIS n 1 14 VAL n 1 15 ASP n 1 16 ARG n 1 17 ILE n 1 18 ALA n 1 19 SER n 1 20 MET n 1 21 SER n 1 22 GLN n 1 23 ASP n 1 24 SER n 1 25 PRO n 1 26 ASP n 1 27 ILE n 1 28 LYS n 1 29 GLY n 1 30 THR n 1 31 ASP n 1 32 ALA n 1 33 PRO n 1 34 GLY n 1 35 GLN n 1 36 THR n 1 37 GLY n 1 38 VAL n 1 39 PRO n 1 40 GLY n 1 41 GLN n 1 42 PRO n 1 43 THR n 1 44 ASP n 1 45 ALA n 1 46 GLU n 1 47 LEU n 1 48 ALA n 1 49 GLU n 1 50 MET n 1 51 SER n 1 52 ARG n 1 53 GLU n 1 54 GLU n 1 55 LEU n 1 56 VAL n 1 57 LYS n 1 58 LEU n 1 59 GLY n 1 60 GLY n 1 61 LYS n 1 62 ILE n 1 63 ASP n 1 64 GLY n 1 65 VAL n 1 66 GLU n 1 67 THR n 1 68 ILE n 1 69 PHE n 1 70 LYS n 1 71 GLU n 1 72 PRO n 1 73 ARG n 1 74 TRP n 1 75 PRO n 1 76 VAL n 1 77 PRO n 1 78 GLY n 1 79 THR n 1 80 LYS n 1 81 ALA n 1 82 GLU n 1 83 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'MSMEG_4692, MSMEI_4575' ? ? ? ? ? ? 'Mycolicibacterium smegmatis MC2 155' 246196 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Mycolicibacterium smegmatis MC2 155' 246196 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 11 1 sample 'Biological sequence' 1 236 ? ? 'sodC, MSMEG_0835' ? ? ? ? ? ? 'Mycolicibacterium smegmatis MC2 155' 246196 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Mycolicibacterium smegmatis MC2 155' 246196 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 9Y0 non-polymer . '(2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate' ? 'C39 H76 N O8 P' 717.996 9YF non-polymer . ;(2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate ; ? 'C44 H85 O13 P' 853.112 A1IRE non-polymer . ;6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide ; ? 'C24 H24 Cl F3 N4 O3 S' 540.986 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CA non-polymer . 'CALCIUM ION' ? 'Ca 2' 40.078 CDL non-polymer . CARDIOLIPIN ;DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL; BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL ; 'C81 H156 O17 P2 -2' 1464.043 CU non-polymer . 'COPPER (II) ION' ? 'Cu 2' 63.546 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FES non-polymer . 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' ? 'Fe2 S2' 175.820 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HEA non-polymer . HEME-A ? 'C49 H56 Fe N4 O6' 852.837 HEC non-polymer . 'HEME C' ? 'C34 H34 Fe N4 O4' 618.503 HEM non-polymer . 'PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE' HEME 'C34 H32 Fe N4 O4' 616.487 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MQ7 non-polymer . MENAQUINONE-7 ? 'C46 H64 O2' 648.999 MQ9 non-polymer . MENAQUINONE-9 ? 'C56 H80 O2' 785.233 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PLM non-polymer . 'PALMITIC ACID' ? 'C16 H32 O2' 256.424 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 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ASP O 176 CYS O 188 1 ? 13 HELX_P HELX_P128 AO2 ASN N 188 ? THR N 198 ? ASN O 214 THR O 224 1 ? 11 HELX_P HELX_P129 AO3 THR N 212 ? THR N 229 ? THR O 238 THR O 255 1 ? 18 HELX_P HELX_P130 AO4 GLY N 241 ? GLY N 265 ? GLY O 267 GLY O 291 1 ? 25 HELX_P HELX_P131 AO5 PRO O 28 ? MET O 46 ? PRO P 28 MET P 46 1 ? 19 HELX_P HELX_P132 AO6 HIS O 54 ? ARG O 80 ? HIS P 54 ARG P 80 1 ? 27 HELX_P HELX_P133 AO7 THR P 40 ? PHE P 74 ? THR Q 40 PHE Q 74 1 ? 35 HELX_P HELX_P134 AO8 ASN P 91 ? MET P 121 ? ASN Q 91 MET Q 121 1 ? 31 HELX_P HELX_P135 AO9 ASP P 160 ? MET P 167 ? ASP Q 160 MET Q 167 1 ? 8 HELX_P HELX_P136 AP1 PRO P 237 ? LEU P 240 ? PRO Q 237 LEU Q 240 5 ? 4 HELX_P HELX_P137 AP2 PHE P 280 ? MET P 284 ? PHE Q 280 MET Q 284 5 ? 5 HELX_P HELX_P138 AP3 GLU P 292 ? ALA P 305 ? GLU Q 292 ALA Q 305 1 ? 14 HELX_P HELX_P139 AP4 THR P 308 ? ILE P 316 ? THR Q 308 ILE Q 316 1 ? 9 HELX_P HELX_P140 AP5 LEU Q 27 ? THR Q 34 ? LEU R 27 THR R 34 1 ? 8 HELX_P HELX_P141 AP6 ASP Q 36 ? ALA Q 67 ? 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HIS T 2 MET T 28 1 ? 27 HELX_P HELX_P170 AS8 ALA S 37 ? ARG S 62 ? ALA T 37 ARG T 62 1 ? 26 HELX_P HELX_P171 AS9 GLU S 74 ? ALA S 79 ? GLU T 74 ALA T 79 5 ? 6 HELX_P HELX_P172 AT1 TRP S 90 ? LEU S 108 ? TRP T 90 LEU T 108 1 ? 19 HELX_P HELX_P173 AT2 LEU S 110 ? GLU S 131 ? LEU T 110 GLU T 131 1 ? 22 HELX_P HELX_P174 AT3 SER T 2 ? LEU T 26 ? SER U 2 LEU U 26 1 ? 25 HELX_P HELX_P175 AT4 PRO U 44 ? ALA U 62 ? PRO V 44 ALA V 62 1 ? 19 HELX_P HELX_P176 AT5 ASP U 76 ? LEU U 85 ? ASP V 76 LEU V 85 1 ? 10 HELX_P HELX_P177 AT6 ALA U 86 ? VAL U 88 ? ALA V 86 VAL V 88 5 ? 3 HELX_P HELX_P178 AT7 GLY U 118 ? LYS U 135 ? GLY V 118 LYS V 135 1 ? 18 HELX_P HELX_P179 AT8 ASN U 138 ? VAL U 154 ? ASN V 138 VAL V 154 1 ? 17 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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O CYS 188 O HEC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.764 ? ? covale8 covale none ? N CYS 165 SG ? ? ? 1_555 MB HEC . CAC ? ? O CYS 191 O HEC 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? ? metalc1 metalc ? ? A CYS 346 SG ? ? ? 1_555 W FES . FE2 ? ? A CYS 346 A FES 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? ? metalc2 metalc ? ? A HIS 348 ND1 ? ? ? 1_555 W FES . FE1 ? ? A HIS 348 A FES 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? ? metalc3 metalc ? ? A CYS 365 SG ? ? ? 1_555 W FES . FE2 ? ? A CYS 365 A FES 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? ? metalc4 metalc ? ? A HIS 368 ND1 ? ? ? 1_555 W FES . FE1 ? ? A HIS 368 A FES 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.690 ? ? metalc5 metalc ? ? B HIS 109 NE2 ? ? ? 1_555 AA HEM . FE ? ? B HIS 109 B HEM 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? ? metalc6 metalc ? ? B HIS 123 NE2 ? ? ? 1_555 Z HEM . FE ? ? B HIS 123 B HEM 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? ? metalc7 metalc ? ? B HIS 211 NE2 ? ? ? 1_555 AA HEM . FE ? ? B HIS 211 B HEM 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? ? metalc8 metalc ? ? B HIS 226 NE2 ? ? ? 1_555 Z HEM . FE ? ? B HIS 226 B HEM 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? ? metalc9 metalc ? ? C HIS 65 NE2 ? ? ? 1_555 FA HEC . FE ? ? C HIS 91 C HEC 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.566 ? ? metalc10 metalc ? ? C HIS 166 NE2 ? ? ? 1_555 GA HEC . FE ? ? C HIS 192 C HEC 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? ? metalc11 metalc ? ? E HIS 232 ND1 ? ? ? 1_555 OA CU . CU ? ? E HIS 232 E CU 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? metalc12 metalc ? ? E CYS 273 SG ? ? ? 1_555 NA CU . CU ? ? E CYS 273 E CU 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? ? metalc13 metalc ? ? E CYS 273 SG ? ? ? 1_555 OA CU . CU ? ? E CYS 273 E CU 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? ? metalc14 metalc ? ? E CYS 277 SG ? ? ? 1_555 NA CU . CU ? ? E CYS 277 E CU 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.270 ? ? metalc15 metalc ? ? E CYS 277 SG ? ? ? 1_555 OA CU . CU ? ? E CYS 277 E CU 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.390 ? ? metalc16 metalc ? ? E MET 284 SD ? ? ? 1_555 NA CU . CU ? ? E MET 284 E CU 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? ? metalc17 metalc ? ? F GLU 65 O ? ? ? 1_555 VA CA . CA ? ? 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Q CU 402 ? 1_555 SD ? P MET 284 ? Q MET 284 ? 1_555 121.1 ? 159 SG ? P CYS 273 ? Q CYS 273 ? 1_555 CU ? SB CU . ? Q CU 401 ? 1_555 SG ? P CYS 277 ? Q CYS 277 ? 1_555 131.7 ? 160 SG ? P CYS 273 ? Q CYS 273 ? 1_555 CU ? SB CU . ? Q CU 401 ? 1_555 ND1 ? P HIS 281 ? Q HIS 281 ? 1_555 123.3 ? 161 SG ? P CYS 277 ? Q CYS 277 ? 1_555 CU ? SB CU . ? Q CU 401 ? 1_555 ND1 ? P HIS 281 ? Q HIS 281 ? 1_555 103.1 ? 162 SG ? P CYS 273 ? Q CYS 273 ? 1_555 CU ? SB CU . ? Q CU 401 ? 1_555 CU ? TB CU . ? Q CU 402 ? 1_555 66.5 ? 163 SG ? P CYS 277 ? Q CYS 277 ? 1_555 CU ? SB CU . ? Q CU 401 ? 1_555 CU ? TB CU . ? Q CU 402 ? 1_555 65.4 ? 164 ND1 ? P HIS 281 ? Q HIS 281 ? 1_555 CU ? SB CU . ? Q CU 401 ? 1_555 CU ? TB CU . ? Q CU 402 ? 1_555 157.1 ? 165 O ? Q GLU 65 ? R GLU 65 ? 1_555 CA ? AC CA . ? R CA 607 ? 1_555 OE2 ? Q GLU 65 ? R GLU 65 ? 1_555 77.5 ? 166 O ? Q GLU 65 ? R GLU 65 ? 1_555 CA ? AC CA . ? R CA 607 ? 1_555 O ? Q MET 68 ? R MET 68 ? 1_555 95.9 ? 167 OE2 ? Q GLU 65 ? R GLU 65 ? 1_555 CA ? AC CA . ? R CA 607 ? 1_555 O ? Q MET 68 ? R MET 68 ? 1_555 159.7 ? 168 O ? Q GLU 65 ? R GLU 65 ? 1_555 CA ? AC CA . ? R CA 607 ? 1_555 O ? Q GLY 70 ? R GLY 70 ? 1_555 135.7 ? 169 OE2 ? Q GLU 65 ? R GLU 65 ? 1_555 CA ? AC CA . ? R CA 607 ? 1_555 O ? Q GLY 70 ? R GLY 70 ? 1_555 85.3 ? 170 O ? Q MET 68 ? R MET 68 ? 1_555 CA ? AC CA . ? R CA 607 ? 1_555 O ? Q GLY 70 ? R GLY 70 ? 1_555 86.4 ? 171 O ? Q GLU 65 ? R GLU 65 ? 1_555 CA ? AC CA . ? R CA 607 ? 1_555 OE1 ? Q GLN 72 ? R GLN 72 ? 1_555 110.5 ? 172 OE2 ? Q GLU 65 ? R GLU 65 ? 1_555 CA ? AC CA . ? R CA 607 ? 1_555 OE1 ? Q GLN 72 ? R GLN 72 ? 1_555 100.7 ? 173 O ? Q MET 68 ? R MET 68 ? 1_555 CA ? AC CA . ? R CA 607 ? 1_555 OE1 ? Q GLN 72 ? R GLN 72 ? 1_555 99.6 ? 174 O ? Q GLY 70 ? R GLY 70 ? 1_555 CA ? AC CA . ? R CA 607 ? 1_555 OE1 ? Q GLN 72 ? R GLN 72 ? 1_555 112.7 ? 175 NE2 ? Q HIS 86 ? R HIS 86 ? 1_555 FE ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 NA ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 83.2 ? 176 NE2 ? Q HIS 86 ? R HIS 86 ? 1_555 FE ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 NB ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 88.8 ? 177 NA ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 FE ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 NB ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 89.6 ? 178 NE2 ? Q HIS 86 ? R HIS 86 ? 1_555 FE ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 NC ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 93.6 ? 179 NA ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 FE ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 NC ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 176.6 ? 180 NB ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 FE ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 NC ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 88.9 ? 181 NE2 ? Q HIS 86 ? R HIS 86 ? 1_555 FE ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 ND ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 95.1 ? 182 NA ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 FE ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 ND ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 92.7 ? 183 NB ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 FE ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 ND ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 175.7 ? 184 NC ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 FE ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 ND ? VB HEA . ? R HEA 602 ? 1_555 88.9 ? 185 NE2 ? Q HIS 86 ? 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R HEA 601 ? 1_555 71.8 ? 194 NE2 ? Q HIS 397 ? R HIS 397 ? 1_555 FE ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 NB ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 92.7 ? 195 NA ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 FE ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 NB ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 91.1 ? 196 NE2 ? Q HIS 397 ? R HIS 397 ? 1_555 FE ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 NC ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 101.6 ? 197 NA ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 FE ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 NC ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 173.3 ? 198 NB ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 FE ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 NC ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 88.8 ? 199 NE2 ? Q HIS 397 ? R HIS 397 ? 1_555 FE ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 ND ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 88.3 ? 200 NA ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 FE ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 ND ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 91.6 ? 201 NB ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 FE ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 ND ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 177.4 ? 202 NC ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 FE ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 ND ? UB HEA . ? R HEA 601 ? 1_555 88.6 ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 HEC FA . ? CYS C 61 ? HEC C 301 ? 1_555 CYS C 87 ? 1_555 CAB SG CYS 2 HEC None Heme/heme-like 2 HEC FA . ? CYS C 64 ? HEC C 301 ? 1_555 CYS C 90 ? 1_555 CAC SG CYS 3 HEC None Heme/heme-like 3 HEC GA . ? CYS C 162 ? HEC C 302 ? 1_555 CYS C 188 ? 1_555 CAB SG CYS 2 HEC None Heme/heme-like 4 HEC GA . ? CYS C 165 ? HEC C 302 ? 1_555 CYS C 191 ? 1_555 CAC SG CYS 3 HEC None Heme/heme-like 5 HEC LB . ? CYS N 61 ? HEC O 302 ? 1_555 CYS O 87 ? 1_555 CAB SG CYS 2 HEC None Heme/heme-like 6 HEC LB . ? CYS N 64 ? HEC O 302 ? 1_555 CYS O 90 ? 1_555 CAC SG CYS 3 HEC None Heme/heme-like 7 HEC MB . ? CYS N 162 ? HEC O 303 ? 1_555 CYS O 188 ? 1_555 CAB SG CYS 2 HEC None Heme/heme-like 8 HEC MB . ? CYS N 165 ? HEC O 303 ? 1_555 CYS O 191 ? 1_555 CAC SG CYS 3 HEC None Heme/heme-like 9 CYS A 351 ? CYS A 367 ? CYS A 351 ? 1_555 CYS A 367 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 10 CYS L 351 ? CYS L 367 ? CYS M 351 ? 1_555 CYS M 367 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ARG 135 B . ? ARG 135 B PRO 136 B ? PRO 136 B 1 5.11 2 MET 254 B . ? MET 254 B PRO 255 B ? PRO 255 B 1 -3.16 3 MET 96 C . ? MET 122 C PRO 97 C ? PRO 123 C 1 10.58 4 CYS 523 F . ? CYS 523 F PRO 524 F ? PRO 524 F 1 -4.06 5 TRP 58 G . ? TRP 58 G PRO 59 G ? PRO 59 G 1 -4.42 6 GLU 61 G . ? GLU 61 G PRO 62 G ? PRO 62 G 1 2.75 7 ARG 135 M . ? ARG 135 N PRO 136 M ? PRO 136 N 1 6.50 8 MET 254 M . ? MET 254 N PRO 255 M ? PRO 255 N 1 -1.08 9 MET 96 N . ? MET 122 O PRO 97 N ? PRO 123 O 1 3.86 10 CYS 523 Q . ? CYS 523 R PRO 524 Q ? PRO 524 R 1 -4.59 11 TRP 58 R . ? TRP 58 S PRO 59 R ? PRO 59 S 1 -0.52 12 GLU 61 R . ? GLU 61 S PRO 62 R ? PRO 62 S 1 4.14 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 5 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 5 ? AD4 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? parallel AC8 4 5 ? anti-parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 65 ? 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CHD HHD sing N N 857 HEC NA C1A sing Y N 858 HEC NA C4A sing Y N 859 HEC C1A C2A sing Y N 860 HEC C2A C3A doub Y N 861 HEC C2A CAA sing N N 862 HEC C3A C4A sing Y N 863 HEC C3A CMA sing N N 864 HEC CMA HMA1 sing N N 865 HEC CMA HMA2 sing N N 866 HEC CMA HMA3 sing N N 867 HEC CAA CBA sing N N 868 HEC CAA HAA1 sing N N 869 HEC CAA HAA2 sing N N 870 HEC CBA CGA sing N N 871 HEC CBA HBA1 sing N N 872 HEC CBA HBA2 sing N N 873 HEC CGA O1A doub N N 874 HEC CGA O2A sing N N 875 HEC O2A H2A sing N N 876 HEC NB C1B sing Y N 877 HEC NB C4B sing Y N 878 HEC C1B C2B doub Y N 879 HEC C2B C3B sing Y N 880 HEC C2B CMB sing N N 881 HEC C3B C4B sing Y N 882 HEC C3B CAB doub N E 883 HEC CMB HMB1 sing N N 884 HEC CMB HMB2 sing N N 885 HEC CMB HMB3 sing N N 886 HEC CAB CBB sing N N 887 HEC CAB HAB sing N N 888 HEC CBB HBB1 sing N N 889 HEC CBB HBB2 sing N N 890 HEC CBB HBB3 sing N N 891 HEC NC C1C sing Y N 892 HEC NC C4C sing Y N 893 HEC C1C C2C doub Y N 894 HEC C2C C3C sing Y N 895 HEC C2C CMC sing N N 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N N 1016 HIS CB HB2 sing N N 1017 HIS CB HB3 sing N N 1018 HIS CG ND1 sing Y N 1019 HIS CG CD2 doub Y N 1020 HIS ND1 CE1 doub Y N 1021 HIS ND1 HD1 sing N N 1022 HIS CD2 NE2 sing Y N 1023 HIS CD2 HD2 sing N N 1024 HIS CE1 NE2 sing Y N 1025 HIS CE1 HE1 sing N N 1026 HIS NE2 HE2 sing N N 1027 HIS OXT HXT sing N N 1028 HOH O H1 sing N N 1029 HOH O H2 sing N N 1030 ILE N CA sing N N 1031 ILE N H sing N N 1032 ILE N H2 sing N N 1033 ILE CA C sing N N 1034 ILE CA CB sing N N 1035 ILE CA HA sing N N 1036 ILE C O doub N N 1037 ILE C OXT sing N N 1038 ILE CB CG1 sing N N 1039 ILE CB CG2 sing N N 1040 ILE CB HB sing N N 1041 ILE CG1 CD1 sing N N 1042 ILE CG1 HG12 sing N N 1043 ILE CG1 HG13 sing N N 1044 ILE CG2 HG21 sing N N 1045 ILE CG2 HG22 sing N N 1046 ILE CG2 HG23 sing N N 1047 ILE CD1 HD11 sing N N 1048 ILE CD1 HD12 sing N N 1049 ILE CD1 HD13 sing N N 1050 ILE OXT HXT sing N N 1051 LEU N CA sing N N 1052 LEU N H sing N N 1053 LEU N H2 sing N N 1054 LEU CA C sing N N 1055 LEU CA CB sing N N 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