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UA CYS 16 SG ? ? ? 1_555 UA CYS 63 SG ? ? I3 CYS 16 I3 CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf46 disulf ? ? VA CYS 16 SG ? ? ? 1_555 VA CYS 63 SG ? ? J3 CYS 16 J3 CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf47 disulf ? ? WA CYS 16 SG ? ? ? 1_555 WA CYS 63 SG ? ? K3 CYS 16 K3 CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf48 disulf ? ? XA CYS 16 SG ? ? ? 1_555 XA CYS 63 SG ? ? L3 CYS 16 L3 CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf49 disulf ? ? YA CYS 16 SG ? ? ? 1_555 YA CYS 63 SG ? ? M3 CYS 16 M3 CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf50 disulf ? ? ZA CYS 16 SG ? ? ? 1_555 ZA CYS 63 SG ? ? N3 CYS 16 N3 CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf51 disulf ? ? AB CYS 16 SG ? ? ? 1_555 AB CYS 63 SG ? ? O3 CYS 16 O3 CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf52 disulf ? ? BB CYS 16 SG ? ? ? 1_555 BB CYS 63 SG ? ? P3 CYS 16 P3 CYS 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf53 disulf ? ? CB CYS 16 SG ? ? ? 1_555 CB CYS 63 SG ? ? 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CYS A 63 ? CYS A1 16 ? 1_555 CYS A1 63 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS AA 16 ? CYS AA 63 ? CYS H2 16 ? 1_555 CYS H2 63 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS AB 16 ? CYS AB 63 ? CYS O3 16 ? 1_555 CYS O3 63 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS B 16 ? CYS B 63 ? CYS B1 16 ? 1_555 CYS B1 63 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS BA 16 ? CYS BA 63 ? CYS I2 16 ? 1_555 CYS I2 63 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS BB 16 ? CYS BB 63 ? CYS P3 16 ? 1_555 CYS P3 63 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS C 16 ? CYS C 63 ? CYS C1 16 ? 1_555 CYS C1 63 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 8 CYS CA 16 ? CYS CA 63 ? CYS J2 16 ? 1_555 CYS J2 63 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 9 CYS CB 16 ? CYS CB 63 ? CYS Q3 16 ? 1_555 CYS Q3 63 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 10 CYS D 16 ? CYS D 63 ? CYS D1 16 ? 1_555 CYS D1 63 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 11 CYS DA 16 ? CYS DA 63 ? 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O PHE R3 129 # _pdbx_entry_details.entry_id 9I3N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 SER B1 13 ? ? -152.87 -64.46 2 1 THR B1 14 ? ? -161.25 94.35 3 1 SER C1 13 ? ? -152.78 -64.53 4 1 THR C1 14 ? ? -161.36 94.30 5 1 SER D1 13 ? ? -152.86 -64.49 6 1 THR D1 14 ? ? -161.29 94.25 7 1 SER E1 13 ? ? -152.89 -64.45 8 1 THR E1 14 ? ? -161.32 94.31 9 1 SER F1 13 ? ? -152.81 -64.57 10 1 THR F1 14 ? ? -161.30 94.25 11 1 SER G1 13 ? ? -152.89 -64.53 12 1 THR G1 14 ? ? -161.28 94.32 13 1 SER H1 13 ? ? -152.86 -64.50 14 1 THR H1 14 ? ? -161.30 94.32 15 1 SER I1 13 ? ? -152.91 -64.36 16 1 THR I1 14 ? ? -161.35 94.30 17 1 SER J1 13 ? ? -152.95 -64.38 18 1 THR J1 14 ? ? -161.36 94.22 19 1 SER K1 13 ? ? -152.73 -64.51 20 1 THR K1 14 ? ? -161.29 94.31 21 1 SER L1 13 ? ? -152.89 -64.62 22 1 THR L1 14 ? ? -161.21 94.28 23 1 SER M1 13 ? ? -152.87 -64.53 24 1 THR M1 14 ? ? -161.28 94.26 25 1 SER N1 13 ? ? -152.84 -64.46 26 1 THR N1 14 ? ? -161.37 94.23 27 1 SER O1 13 ? ? -152.87 -64.36 28 1 THR O1 14 ? ? -161.40 94.26 29 1 SER P1 13 ? ? -152.88 -64.49 30 1 THR P1 14 ? ? -161.31 94.31 31 1 SER Q1 13 ? ? -152.89 -64.44 32 1 THR Q1 14 ? ? -161.32 94.32 33 1 SER R1 13 ? ? -152.91 -64.42 34 1 THR R1 14 ? ? -161.34 94.29 35 1 SER S1 13 ? ? -152.85 -64.52 36 1 SER B2 13 ? ? -152.89 -64.44 37 1 THR B2 14 ? ? -161.32 94.38 38 1 SER C2 13 ? ? -152.87 -64.43 39 1 THR C2 14 ? ? -161.37 94.32 40 1 SER D2 13 ? ? -152.80 -64.56 41 1 THR D2 14 ? ? -161.27 94.34 42 1 SER E2 13 ? ? -152.85 -64.54 43 1 THR E2 14 ? ? -161.24 94.23 44 1 SER F2 13 ? ? -152.86 -64.52 45 1 THR F2 14 ? ? -161.25 94.38 46 1 SER G2 13 ? ? -152.97 -64.37 47 1 THR G2 14 ? ? -161.38 94.37 48 1 SER H2 13 ? ? -152.82 -64.53 49 1 THR H2 14 ? ? -161.28 94.29 50 1 SER I2 13 ? ? -152.92 -64.48 51 1 THR I2 14 ? ? -161.37 94.34 52 1 SER J2 13 ? ? -152.94 -64.46 53 1 THR J2 14 ? ? -161.34 94.30 54 1 SER K2 13 ? ? -152.84 -64.47 55 1 THR K2 14 ? ? -161.36 94.30 56 1 SER L2 13 ? ? -152.89 -64.50 57 1 THR L2 14 ? ? -161.29 94.34 58 1 SER M2 13 ? ? -152.89 -64.46 59 1 THR M2 14 ? ? -161.32 94.34 60 1 SER N2 13 ? ? -152.91 -64.42 61 1 THR N2 14 ? ? -161.42 94.31 62 1 SER O2 13 ? ? -152.78 -64.53 63 1 THR O2 14 ? ? -161.21 94.31 64 1 SER P2 13 ? ? -152.87 -64.36 65 1 THR P2 14 ? ? -161.37 94.30 66 1 SER Q2 13 ? ? -152.86 -64.44 67 1 THR Q2 14 ? ? -161.34 94.27 68 1 SER R2 13 ? ? -152.87 -64.53 69 1 THR R2 14 ? ? -161.31 94.35 70 1 SER S2 13 ? ? -152.92 -64.47 71 1 SER B3 13 ? ? -152.87 -64.46 72 1 THR B3 14 ? ? -161.39 94.33 73 1 SER C3 13 ? ? -152.90 -64.51 74 1 THR C3 14 ? ? -161.31 94.25 75 1 SER D3 13 ? ? -152.87 -64.48 76 1 THR D3 14 ? ? -161.29 94.25 77 1 SER E3 13 ? ? -152.77 -64.50 78 1 THR E3 14 ? ? -161.34 94.36 79 1 SER F3 13 ? ? -152.96 -64.42 80 1 THR F3 14 ? ? -161.39 94.33 81 1 SER G3 13 ? ? -152.86 -64.48 82 1 THR G3 14 ? ? -161.33 94.36 83 1 SER H3 13 ? ? -152.87 -64.48 84 1 THR H3 14 ? ? -161.26 94.35 85 1 SER I3 13 ? ? -152.92 -64.42 86 1 THR I3 14 ? ? -161.37 94.35 87 1 SER J3 13 ? ? -152.84 -64.53 88 1 THR J3 14 ? ? -161.30 94.30 89 1 SER K3 13 ? ? -152.84 -64.53 90 1 THR K3 14 ? ? -161.31 94.25 91 1 SER L3 13 ? ? -152.87 -64.45 92 1 THR L3 14 ? ? -161.37 94.27 93 1 SER M3 13 ? ? -152.95 -64.49 94 1 THR M3 14 ? ? -161.31 94.29 95 1 SER N3 13 ? ? -152.78 -64.47 96 1 THR N3 14 ? ? -161.41 94.28 97 1 SER O3 13 ? ? -152.82 -64.53 98 1 THR O3 14 ? ? -161.31 94.31 99 1 SER P3 13 ? ? -152.83 -64.44 100 1 THR P3 14 ? ? -161.34 94.30 101 1 SER Q3 13 ? ? -152.83 -64.60 102 1 THR Q3 14 ? ? -161.26 94.31 103 1 SER R3 13 ? ? -152.90 -64.56 104 1 THR R3 14 ? ? -161.22 94.24 105 1 SER S3 13 ? ? -152.89 -64.43 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9I3N _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;UCSF Chimera was used to first fit the subunits into the single native pilus rod map (PDB Accession ID: 9I37) and average their relative angles, and it was also used to adjust pixel spacing of all maps to match model dimensions. Coot was used to adjust side chain and loop positions. A pair of antiparallel pili with subunit angles adjusted to 3-turns-per-7-subunits symmetry was overlapped with a 2D class to adjust the binding junction angle. Finally, Phenix was used to fit the type 1 stack model into the map. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 668.10 _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 7ZL4 _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range 24-178 _em_3d_fitting_list.details ;The initial model consisted of a single pilus rod fragment of the same type. The initial model in turn is based on a crystal structure of CsuA/Bsc with PDB accession code 6FM5. ; _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range 24-178 _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 7ZL4 _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9I3N _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;Local Refinement allowed generating a single map without individual particles flipping and settling into pseudosymmetric orientations. ; _em_3d_reconstruction.resolution 7.58 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 504940 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details 'Sample is a fraction taken from an ion exchange column elution gradient, so the NaCl concentration may vary.' _em_buffer.pH 7.4 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name 'Csu pilus rod type 1 stack' _em_entity_assembly.details ;Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. The sample contains Csu pilus rods self-assembled into type 1 and type 2 stack architectures through antiparallel interactions. The stacks accumulate slowly over time as a gel-like substance at the bottom of a sample tube containing purified Csu pili. ; _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1 # _em_image_scans.entry_id 9I3N _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.details ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.dimension_height 4092 _em_image_scans.dimension_width 5760 _em_image_scans.frames_per_image ? _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.used_frames_per_image ? # _em_imaging.entry_id 9I3N _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 400 _em_imaging.nominal_defocus_max 1600 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9I3N _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9I3N _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state '2D ARRAY' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A1 ALA 1 ? A ALA 1 2 1 Y 1 A1 VAL 2 ? A VAL 2 3 1 Y 1 A1 THR 3 ? A THR 3 4 1 Y 1 A1 GLY 4 ? A GLY 4 5 1 Y 1 A1 GLN 5 ? A GLN 5 6 1 Y 1 A1 VAL 6 ? A VAL 6 7 1 Y 1 A1 ASP 7 ? A ASP 7 8 1 Y 1 A1 VAL 8 ? A VAL 8 9 1 Y 1 A1 LYS 9 ? A LYS 9 10 1 Y 1 A1 LEU 10 ? A LEU 10 11 1 Y 1 A1 ASN 11 ? A ASN 11 12 1 Y 1 A1 ILE 12 ? A ILE 12 13 1 Y 1 A1 SER 13 ? A SER 13 14 1 Y 1 A1 THR 14 ? A THR 14 15 1 Y 1 S1 GLY 15 ? S GLY 15 16 1 Y 1 S1 CYS 16 ? S CYS 16 17 1 Y 1 S1 THR 17 ? S THR 17 18 1 Y 1 S1 VAL 18 ? S VAL 18 19 1 Y 1 S1 GLY 19 ? S GLY 19 20 1 Y 1 S1 GLY 20 ? S GLY 20 21 1 Y 1 S1 SER 21 ? S SER 21 22 1 Y 1 S1 GLN 22 ? S GLN 22 23 1 Y 1 S1 THR 23 ? S THR 23 24 1 Y 1 S1 GLU 24 ? S GLU 24 25 1 Y 1 S1 GLY 25 ? S GLY 25 26 1 Y 1 S1 ASN 26 ? S ASN 26 27 1 Y 1 S1 MET 27 ? S MET 27 28 1 Y 1 S1 ASN 28 ? S ASN 28 29 1 Y 1 S1 LYS 29 ? S LYS 29 30 1 Y 1 S1 PHE 30 ? S PHE 30 31 1 Y 1 S1 GLY 31 ? S GLY 31 32 1 Y 1 S1 THR 32 ? S THR 32 33 1 Y 1 S1 LEU 33 ? S LEU 33 34 1 Y 1 S1 ASN 34 ? S ASN 34 35 1 Y 1 S1 PHE 35 ? 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ASP C OXT sing N N 62 ASP CB CG sing N N 63 ASP CB HB2 sing N N 64 ASP CB HB3 sing N N 65 ASP CG OD1 doub N N 66 ASP CG OD2 sing N N 67 ASP OD2 HD2 sing N N 68 ASP OXT HXT sing N N 69 CYS N CA sing N N 70 CYS N H sing N N 71 CYS N H2 sing N N 72 CYS CA C sing N N 73 CYS CA CB sing N N 74 CYS CA HA sing N N 75 CYS C O doub N N 76 CYS C OXT sing N N 77 CYS CB SG sing N N 78 CYS CB HB2 sing N N 79 CYS CB HB3 sing N N 80 CYS SG HG sing N N 81 CYS OXT HXT sing N N 82 GLN N CA sing N N 83 GLN N H sing N N 84 GLN N H2 sing N N 85 GLN CA C sing N N 86 GLN CA CB sing N N 87 GLN CA HA sing N N 88 GLN C O doub N N 89 GLN C OXT sing N N 90 GLN CB CG sing N N 91 GLN CB HB2 sing N N 92 GLN CB HB3 sing N N 93 GLN CG CD sing N N 94 GLN CG HG2 sing N N 95 GLN CG HG3 sing N N 96 GLN CD OE1 doub N N 97 GLN CD NE2 sing N N 98 GLN NE2 HE21 sing N N 99 GLN NE2 HE22 sing N N 100 GLN OXT HXT sing N N 101 GLU N CA sing N N 102 GLU N H sing N N 103 GLU N H2 sing N N 104 GLU CA C sing N N 105 GLU CA CB sing N N 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OXT HXT sing N N 149 LEU N CA sing N N 150 LEU N H sing N N 151 LEU N H2 sing N N 152 LEU CA C sing N N 153 LEU CA CB sing N N 154 LEU CA HA sing N N 155 LEU C O doub N N 156 LEU C OXT sing N N 157 LEU CB CG sing N N 158 LEU CB HB2 sing N N 159 LEU CB HB3 sing N N 160 LEU CG CD1 sing N N 161 LEU CG CD2 sing N N 162 LEU CG HG sing N N 163 LEU CD1 HD11 sing N N 164 LEU CD1 HD12 sing N N 165 LEU CD1 HD13 sing N N 166 LEU CD2 HD21 sing N N 167 LEU CD2 HD22 sing N N 168 LEU CD2 HD23 sing N N 169 LEU OXT HXT sing N N 170 LYS N CA sing N N 171 LYS N H sing N N 172 LYS N H2 sing N N 173 LYS CA C sing N N 174 LYS CA CB sing N N 175 LYS CA HA sing N N 176 LYS C O doub N N 177 LYS C OXT sing N N 178 LYS CB CG sing N N 179 LYS CB HB2 sing N N 180 LYS CB HB3 sing N N 181 LYS CG CD sing N N 182 LYS CG HG2 sing N N 183 LYS CG HG3 sing N N 184 LYS CD CE sing N N 185 LYS CD HD2 sing N N 186 LYS CD HD3 sing N N 187 LYS CE NZ sing N N 188 LYS CE HE2 sing N N 189 LYS CE HE3 sing N N 190 LYS NZ HZ1 sing N N 191 LYS NZ HZ2 sing N N 192 LYS NZ HZ3 sing N N 193 LYS OXT HXT sing N N 194 MET N CA sing N N 195 MET N H sing N N 196 MET N H2 sing N N 197 MET CA C sing N N 198 MET CA CB sing N N 199 MET CA HA sing N N 200 MET C O doub N N 201 MET C OXT sing N N 202 MET CB CG sing N N 203 MET CB HB2 sing N N 204 MET CB HB3 sing N N 205 MET CG SD sing N N 206 MET CG HG2 sing N N 207 MET CG HG3 sing N N 208 MET SD CE sing N N 209 MET CE HE1 sing N N 210 MET CE HE2 sing N N 211 MET CE HE3 sing N N 212 MET OXT HXT sing N N 213 PHE N CA sing N N 214 PHE N H sing N N 215 PHE N H2 sing N N 216 PHE CA C sing N N 217 PHE CA CB sing N N 218 PHE CA HA sing N N 219 PHE C O doub N N 220 PHE C OXT sing N N 221 PHE CB CG sing N N 222 PHE CB HB2 sing N N 223 PHE CB HB3 sing N N 224 PHE CG CD1 doub Y N 225 PHE CG CD2 sing Y N 226 PHE CD1 CE1 sing Y N 227 PHE CD1 HD1 sing N N 228 PHE CD2 CE2 doub Y N 229 PHE CD2 HD2 sing N N 230 PHE CE1 CZ doub Y N 231 PHE CE1 HE1 sing N N 232 PHE CE2 CZ sing Y N 233 PHE CE2 HE2 sing N N 234 PHE CZ HZ sing N N 235 PHE OXT HXT sing N N 236 PRO N CA sing N N 237 PRO N CD sing N N 238 PRO N H sing N N 239 PRO CA C sing N N 240 PRO CA CB sing N N 241 PRO CA HA sing N N 242 PRO C O doub N N 243 PRO C OXT sing N N 244 PRO CB CG sing N N 245 PRO CB HB2 sing N N 246 PRO CB HB3 sing N N 247 PRO CG CD sing N N 248 PRO CG HG2 sing N N 249 PRO CG HG3 sing N N 250 PRO CD HD2 sing N N 251 PRO CD HD3 sing N N 252 PRO OXT HXT sing N N 253 SER N CA sing N N 254 SER N H sing N N 255 SER N H2 sing N N 256 SER CA C sing N N 257 SER CA CB sing N N 258 SER CA HA sing N N 259 SER C O doub N N 260 SER C OXT sing N N 261 SER CB OG sing N N 262 SER CB HB2 sing N N 263 SER CB HB3 sing N N 264 SER OG HG sing N N 265 SER OXT HXT sing N N 266 THR N CA sing N N 267 THR N H sing N N 268 THR N H2 sing N N 269 THR CA C sing N N 270 THR CA CB sing N N 271 THR CA HA sing N N 272 THR C O doub N N 273 THR C OXT sing N N 274 THR CB OG1 sing N N 275 THR CB CG2 sing N N 276 THR CB HB sing N N 277 THR OG1 HG1 sing N N 278 THR CG2 HG21 sing N N 279 THR CG2 HG22 sing N N 280 THR CG2 HG23 sing N N 281 THR OXT HXT sing N N 282 TRP N CA sing N N 283 TRP N H sing N N 284 TRP N H2 sing N N 285 TRP CA C sing N N 286 TRP CA CB sing N N 287 TRP CA HA sing N N 288 TRP C O doub N N 289 TRP C OXT sing N N 290 TRP CB CG sing N N 291 TRP CB HB2 sing N N 292 TRP CB HB3 sing N N 293 TRP CG CD1 doub Y N 294 TRP CG CD2 sing Y N 295 TRP CD1 NE1 sing Y N 296 TRP CD1 HD1 sing N N 297 TRP CD2 CE2 doub Y N 298 TRP CD2 CE3 sing Y N 299 TRP NE1 CE2 sing Y N 300 TRP NE1 HE1 sing N N 301 TRP CE2 CZ2 sing Y N 302 TRP CE3 CZ3 doub Y N 303 TRP CE3 HE3 sing N N 304 TRP CZ2 CH2 doub Y N 305 TRP CZ2 HZ2 sing N N 306 TRP CZ3 CH2 sing Y N 307 TRP CZ3 HZ3 sing N N 308 TRP CH2 HH2 sing N N 309 TRP OXT HXT sing N N 310 TYR N CA sing N N 311 TYR N H sing N N 312 TYR N H2 sing N N 313 TYR CA C sing N N 314 TYR CA CB sing N N 315 TYR CA HA sing N N 316 TYR C O doub N N 317 TYR C OXT sing N N 318 TYR CB CG sing N N 319 TYR CB HB2 sing N N 320 TYR CB HB3 sing N N 321 TYR CG CD1 doub Y N 322 TYR CG CD2 sing Y N 323 TYR CD1 CE1 sing Y N 324 TYR CD1 HD1 sing N N 325 TYR CD2 CE2 doub Y N 326 TYR CD2 HD2 sing N N 327 TYR CE1 CZ doub Y N 328 TYR CE1 HE1 sing N N 329 TYR CE2 CZ sing Y N 330 TYR CE2 HE2 sing N N 331 TYR CZ OH sing N N 332 TYR OH HH sing N N 333 TYR OXT HXT sing N N 334 VAL N CA sing N N 335 VAL N H sing N N 336 VAL N H2 sing N N 337 VAL CA C sing N N 338 VAL CA CB sing N N 339 VAL CA HA sing N N 340 VAL C O doub N N 341 VAL C OXT sing N N 342 VAL CB CG1 sing N N 343 VAL CB CG2 sing N N 344 VAL CB HB sing N N 345 VAL CG1 HG11 sing N N 346 VAL CG1 HG12 sing N N 347 VAL CG1 HG13 sing N N 348 VAL CG2 HG21 sing N N 349 VAL CG2 HG22 sing N N 350 VAL CG2 HG23 sing N N 351 VAL OXT HXT sing N N 352 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2025-01-23 _em_admin.deposition_site PDBE _em_admin.entry_id 9I3N _em_admin.last_update 2025-12-17 _em_admin.map_release_date 2025-12-17 _em_admin.title 'Csu pilus rod type 1 stack' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 20 mM C8H18N2O4S 1 HEPES 1 170 mM NaCl 2 'sodium chloride' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units KILODALTONS/NANOMETER _em_entity_assembly_molwt.value 16.05974 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location 'Outer membrane' _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 470 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Acinetobacter baumannii' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle 'Outer membrane' _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain 19096 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 'Planktonic bacteria' _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid pBAD-Csu _em_entity_assembly_recombinant.strain BL21-AI # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time 2.79 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 59.848 _em_image_recording.details 'Grid squares and holes were selected manually as the pilus stacks were visible in the atlas.' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 7941 # _em_particle_selection.details ;Two different types of Csu pilus stack architectures were solved from the same particle set. Particle picking failed to distinguish between the two, so the initial number of particles is the same for both stack architectures. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 30605819 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' 'Filament Tracer and Template Picker' 1 1 ? ? cryoSPARC v4.5.3 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU v3.60 MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' 'Patch CTF Correction' 4 1 ? ? cryoSPARC v4.5.3 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ;UCSF Chimera was used to fit the subunits into the map and adjust their relative angles, and it was also used to adjust map pixel spacing to match model dimensions. ; 7 ? 1 ? 'UCSF Chimera' 1.15 'MODEL FITTING' 'Coot was used to adjust side chain and loop positions.' 8 ? 1 ? Coot '0.8.9.2 EL' OTHER ? 9 ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' 'Phenix was used to fit the type 1 stack model into the map.' 10 ? 1 ? PHENIX 1.20.1_4487: 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'Homogeneous Refinement and Heterogeneous Refinement' 11 1 ? ? cryoSPARC v4.5.3 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 12 1 ? ? cryoSPARC v4.5.3 CLASSIFICATION 'Heterogeneous Refinement' 13 1 ? ? cryoSPARC v4.5.3 RECONSTRUCTION 'Local Refinement' 14 1 ? ? cryoSPARC v4.5.3 # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;Csu pilus rods are homopolymers of subunit CsuA/B. The sample contains Csu pilus rods self-assembled into type 1 and type 2 stack architectures through antiparallel interactions. The stacks accumulate slowly over time as a gel-like substance at the bottom of a sample tube containing purified Csu pili. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Academy of Finland' Finland 321762 1 'Academy of Finland' Finland 360760 2 'Sigrid Juselius Foundation' Finland 2023 3 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB _pdbx_initial_refinement_model.accession_code 7ZL4 # _atom_sites.entry_id 9I3N _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C H N O S # loop_ #