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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.796 ? 7755 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 6.468 ? 1131 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.051 ? 1038 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1131 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9IP9 _struct.title ;Poly-alanine model for HL-type bispecific diabody Ex3 composed of 528 and OKT3 Fvs in ternary complex with sEGFR and CD3gamma-epsilon (middle conformation) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9IP9 _struct_keywords.text ;bispecific antibody, diabody, EGFR, CD3, ternary complex, HL, Ex3, 528, OKT3, ANTITUMOR PROTEIN, ANTITUMOR PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'ANTITUMOR PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP EGFR_HUMAN P00533 ? 1 ;LEEKKVCQGTSNKLTQLGTFEDHFLSLQRMFNNCEVVLGNLEITYVQRNYDLSFLKTIQEVAGYVLIALNTVERIPLENL QIIRGNMYYENSYALAVLSNYDANKTGLKELPMRNLQEILHGAVRFSNNPALCNVESIQWRDIVSSDFLSNMSMDFQNHL GSCQKCDPSCPNGSCWGAGEENCQKLTKIICAQQCSGRCRGKSPSDCCHNQCAAGCTGPRESDCLVCRKFRDEATCKDTC PPLMLYNPTTYQMDVNPEGKYSFGATCVKKCPRNYVVTDHGSCVRACGADSYEMEEDGVRKCKKCEGPCRKVCNGIGIGE FKDSLSINATNIKHFKNCTSISGDLHILPVAFRGDSFTHTPPLDPQELDILKTVKEITGFLLIQAWPENRTDLHAFENLE IIRGRTKQHGQFSLAVVSLNITSLGLRSLKEISDGDVIISGNKNLCYANTINWKKLFGTSGQKTKIISNRGENSCKATGQ VCHALCSPEGCWGPEPRDCVSCRNVSRGRECVDKCNLLEGEPREFVENSECIQCHPECLPQAMNITCTGRGPDNCIQCAH YIDGPHCVKTCPAGVMGENNTLVWKYADAGHVCHLCHPNCTYGCTGPGLEGCPTNGPKIPS ; 25 2 PDB 9IP9 9IP9 ? 2 ? 1 3 UNP CD3G_HUMAN P09693 ? 3 ;QSIKGNHLVKVYDYQEDGSVLLTCDAEAKNITWFKDGKMIGFLTEDKKKWNLGSNAKDPRGMYQCKGSQNKSKPLQVYYR M ; 23 4 UNP CD3E_HUMAN P07766 ? 3 ;DGNEEMGGITQTPYKVSISGTTVILTCPQYPGSEILWQHNDKNIGGDEDDKNIGSDEDHLSLKEFSELEQSGYYVCYPRG SKPEDANFYLYLRARV ; 23 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9IP9 A 1 ? 621 ? P00533 25 ? 645 ? 1 621 2 2 9IP9 B 1 ? 527 ? 9IP9 1 ? 527 ? 1 527 3 3 9IP9 C 2 ? 82 ? P09693 23 ? 103 ? 1 81 4 4 9IP9 C 109 ? 204 ? P07766 23 ? 118 ? 108 203 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9IP9 HIS A 622 ? UNP P00533 ? ? 'expression tag' 622 1 1 9IP9 HIS A 623 ? UNP P00533 ? ? 'expression tag' 623 2 1 9IP9 HIS A 624 ? UNP P00533 ? ? 'expression tag' 624 3 1 9IP9 HIS A 625 ? UNP P00533 ? ? 'expression tag' 625 4 1 9IP9 HIS A 626 ? UNP P00533 ? ? 'expression tag' 626 5 1 9IP9 HIS A 627 ? UNP P00533 ? ? 'expression tag' 627 6 3 9IP9 MET C 1 ? UNP P09693 ? ? 'initiating methionine' 0 7 3 9IP9 GLY C 83 ? UNP P09693 ? ? linker 82 8 3 9IP9 SER C 84 ? UNP P09693 ? ? linker 83 9 3 9IP9 ALA C 85 ? UNP P09693 ? ? linker 84 10 3 9IP9 ASP C 86 ? UNP P09693 ? ? linker 85 11 3 9IP9 ASP C 87 ? UNP P09693 ? ? linker 86 12 3 9IP9 ALA C 88 ? UNP P09693 ? ? linker 87 13 3 9IP9 LYS C 89 ? UNP P09693 ? ? linker 88 14 3 9IP9 LYS C 90 ? UNP P09693 ? ? linker 89 15 3 9IP9 ASP C 91 ? UNP P09693 ? ? linker 90 16 3 9IP9 ALA C 92 ? UNP P09693 ? ? linker 91 17 3 9IP9 ALA C 93 ? UNP P09693 ? ? linker 92 18 3 9IP9 LYS C 94 ? UNP P09693 ? ? linker 93 19 3 9IP9 LYS C 95 ? UNP P09693 ? ? linker 94 20 3 9IP9 ASP C 96 ? UNP P09693 ? ? linker 95 21 3 9IP9 ASP C 97 ? UNP P09693 ? ? linker 96 22 3 9IP9 ALA C 98 ? UNP P09693 ? ? linker 97 23 3 9IP9 LYS C 99 ? UNP P09693 ? ? linker 98 24 3 9IP9 LYS C 100 ? UNP P09693 ? ? linker 99 25 3 9IP9 ASP C 101 ? UNP P09693 ? ? linker 100 26 3 9IP9 ASP C 102 ? UNP P09693 ? ? linker 101 27 3 9IP9 ALA C 103 ? UNP P09693 ? ? linker 102 28 3 9IP9 LYS C 104 ? UNP P09693 ? ? linker 103 29 3 9IP9 LYS C 105 ? UNP P09693 ? ? linker 104 30 3 9IP9 ASP C 106 ? UNP P09693 ? ? linker 105 31 3 9IP9 GLY C 107 ? UNP P09693 ? ? linker 106 32 3 9IP9 SER C 108 ? UNP P09693 ? ? linker 107 33 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PHE A 24 ? PHE A 31 ? PHE A 24 PHE A 31 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 147 ? ASN A 151 ? ASP A 147 ASN A 151 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 ILE A 332 ? LYS A 336 ? ILE A 332 LYS A 336 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 LEU A 348 ? GLY A 354 ? LEU A 348 GLY A 354 1 ? 7 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP A 364 ? VAL A 374 ? ASP A 364 VAL A 374 5 ? 11 HELX_P HELX_P6 AA6 LEU A 393 ? GLU A 397 ? LEU A 393 GLU A 397 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 LYS A 407 ? GLN A 411 ? LYS A 407 GLN A 411 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 TYR A 447 ? ILE A 451 ? TYR A 447 ILE A 451 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 GLY A 471 ? GLY A 479 ? GLY A 471 GLY A 479 1 ? 9 HELX_P HELX_P10 AB1 GLY A 551 ? CYS A 555 ? GLY A 551 CYS A 555 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 THR B 33 ? TYR B 37 ? THR B 33 TYR B 37 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 ARG B 92 ? THR B 96 ? ARG B 92 THR B 96 5 ? 5 HELX_P HELX_P13 AB4 THR B 295 ? TYR B 299 ? THR B 295 TYR B 299 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 ALA B 328 ? LYS B 332 ? ALA B 328 LYS B 332 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 ARG B 354 ? THR B 358 ? ARG B 354 THR B 358 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 GLN B 469 ? ILE B 473 ? GLN B 469 ILE B 473 5 ? 5 HELX_P HELX_P17 AB8 ALA C 57 ? ASP C 59 ? ALA C 56 ASP C 58 5 ? 3 HELX_P HELX_P18 AB9 SER C 174 ? SER C 179 ? SER C 173 SER C 178 1 ? 6 HELX_P HELX_P19 AC1 LYS C 190 ? ALA C 194 ? LYS C 189 ALA C 193 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 398 B . ? SER 398 B PRO 399 B ? PRO 399 B 1 0.36 2 ASN 484 B . ? ASN 484 B PRO 485 B ? PRO 485 B 1 -5.45 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 6 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 3 ? AC2 ? 8 ? AC3 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? parallel AC2 5 6 ? anti-parallel AC2 6 7 ? anti-parallel AC2 7 8 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLU A 60 ? VAL A 61 ? GLU A 60 VAL A 61 AA1 2 ILE A 82 ? ILE A 83 ? ILE A 82 ILE A 83 AA2 1 VAL A 65 ? LEU A 66 ? VAL A 65 LEU A 66 AA2 2 LEU A 95 ? ALA A 96 ? LEU A 95 ALA A 96 AA3 1 ARG A 125 ? SER A 127 ? ARG A 125 SER A 127 AA3 2 MET A 152 ? MET A 154 ? MET A 152 MET A 154 AA4 1 TYR A 261 ? PHE A 263 ? TYR A 261 PHE A 263 AA4 2 THR A 266 ? VAL A 268 ? THR A 266 VAL A 268 AA5 1 TYR A 292 ? MET A 294 ? TYR A 292 MET A 294 AA5 2 LYS A 301 ? LYS A 303 ? LYS A 301 LYS A 303 AA6 1 PHE A 525 ? VAL A 526 ? PHE A 525 VAL A 526 AA6 2 CYS A 531 ? ILE A 532 ? CYS A 531 ILE A 532 AA7 1 ILE A 562 ? ASP A 563 ? ILE A 562 ASP A 563 AA7 2 HIS A 566 ? CYS A 567 ? HIS A 566 CYS A 567 AA8 1 GLN B 8 ? SER B 12 ? GLN B 8 SER B 12 AA8 2 LEU B 23 ? SER B 30 ? LEU B 23 SER B 30 AA8 3 THR B 83 ? MET B 88 ? THR B 83 MET B 88 AA8 4 PHE B 73 ? ASP B 78 ? PHE B 73 ASP B 78 AA9 1 GLY B 15 ? VAL B 17 ? GLY B 15 VAL B 17 AA9 2 THR B 118 ? VAL B 122 ? THR B 118 VAL B 122 AA9 3 GLY B 97 ? TYR B 105 ? GLY B 97 TYR B 105 AA9 4 THR B 38 ? GLN B 44 ? THR B 38 GLN B 44 AA9 5 LEU B 50 ? ILE B 56 ? LEU B 50 ILE B 56 AA9 6 THR B 63 ? TYR B 65 ? THR B 63 TYR B 65 AB1 1 GLY B 15 ? VAL B 17 ? GLY B 15 VAL B 17 AB1 2 THR B 118 ? VAL B 122 ? THR B 118 VAL B 122 AB1 3 GLY B 97 ? TYR B 105 ? GLY B 97 TYR B 105 AB1 4 SER B 110 ? TRP B 114 ? SER B 110 TRP B 114 AB2 1 MET B 134 ? GLN B 136 ? MET B 134 GLN B 136 AB2 2 ALA B 149 ? SER B 155 ? ALA B 149 SER B 155 AB2 3 ASP B 205 ? ILE B 210 ? ASP B 205 ILE B 210 AB2 4 PHE B 197 ? SER B 202 ? PHE B 197 SER B 202 AB3 1 GLU B 169 ? GLN B 173 ? GLU B 169 GLN B 173 AB3 2 GLY B 219 ? PHE B 224 ? GLY B 219 PHE B 224 AB3 3 THR B 237 ? VAL B 239 ? THR B 237 VAL B 239 AB4 1 GLN B 270 ? GLN B 273 ? GLN B 270 GLN B 273 AB4 2 CYS B 289 ? SER B 292 ? CYS B 289 SER B 292 AB4 3 THR B 345 ? ALA B 346 ? THR B 345 ALA B 346 AB4 4 ARG B 339 ? ASP B 340 ? ARG B 339 ASP B 340 AB5 1 GLU B 277 ? LYS B 279 ? GLU B 277 LYS B 279 AB5 2 LEU B 380 ? VAL B 383 ? 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