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EMDB EMD-60781 ? ? # _pdbx_audit_revision_history.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_history.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_history.major_revision 1 _pdbx_audit_revision_history.minor_revision 0 _pdbx_audit_revision_history.revision_date 2024-10-02 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9IPU _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-07-11 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBC _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'cryo-EM structure of the RNF168(1-193)/UbcH5c-Ub ubiquitylation module bound to H1.0-K63-Ub3 modified chromatosome' _pdbx_database_related.db_id EMD-60781 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email lliu@mail.tsinghua.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first Lei _pdbx_contact_author.name_last Liu _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-6290-8602 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ai, H.S.' 1 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Shi, Q.' 1 ? primary 'Deng, Z.H.' 2 ? primary 'Zhang, L.Y.' 3 ? primary 'Tong, Z.B.' 4 ? primary 'Chu, G.-C.' 5 ? primary 'Ai, H.S.' 6 ? primary 'Liu, L.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H1.0' 20901.145 1 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H3.2' 15273.838 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 14008.318 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'Histone H2B type 1-K' 13790.018 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3' 16657.938 1 2.3.2.23,2.3.2.24 ? ? ? 7 polymer man 'E3 ubiquitin-protein ligase RNF168' 22533.523 1 2.3.2.27 ? ? ? 8 polymer man Ubiquitin 8519.778 1 ? ? ? ? 9 polymer man 'DNA (171-MER)' 52825.652 1 ? ? ? ? 10 polymer man 'DNA (171-MER)' 52754.609 1 ? ? ? ? 11 non-polymer syn 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(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC) (DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG) ; ;TTGGCCAGCTAGGATATCACAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCAC GTACGGAATCCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTGTGAT ATCCTAGCTGG ; J ? 10 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC) (DT)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA) ; ;CCAGCTAGGATATCACAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTAC GGATTCCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTGTGATATCC TAGCTGGCCAA ; N ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 11 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 THR n 1 3 GLU n 1 4 ASN n 1 5 SER n 1 6 THR n 1 7 SER n 1 8 ALA n 1 9 PRO n 1 10 ALA n 1 11 ALA n 1 12 LYS n 1 13 PRO n 1 14 LYS n 1 15 ARG n 1 16 ALA n 1 17 LYS n 1 18 ALA n 1 19 SER n 1 20 LYS n 1 21 LYS n 1 22 SER n 1 23 THR n 1 24 ASP n 1 25 HIS n 1 26 PRO n 1 27 LYS n 1 28 TYR n 1 29 SER n 1 30 ASP n 1 31 MET n 1 32 ILE n 1 33 VAL n 1 34 ALA n 1 35 ALA n 1 36 ILE n 1 37 GLN n 1 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PRO n 1 127 LYS n 1 128 LYS n 1 129 ALA n 1 130 ALA n 1 131 SER n 1 132 LYS n 1 133 ALA n 1 134 PRO n 1 135 THR n 1 136 LYS n 1 137 LYS n 1 138 PRO n 1 139 LYS n 1 140 ALA n 1 141 THR n 1 142 PRO n 1 143 VAL n 1 144 LYS n 1 145 LYS n 1 146 ALA n 1 147 LYS n 1 148 LYS n 1 149 LYS n 1 150 LEU n 1 151 ALA n 1 152 ALA n 1 153 THR n 1 154 PRO n 1 155 LYS n 1 156 LYS n 1 157 ALA n 1 158 LYS n 1 159 LYS n 1 160 PRO n 1 161 LYS n 1 162 THR n 1 163 VAL n 1 164 LYS n 1 165 ALA n 1 166 LYS n 1 167 PRO n 1 168 VAL n 1 169 LYS n 1 170 ALA n 1 171 SER n 1 172 LYS n 1 173 PRO n 1 174 LYS n 1 175 LYS n 1 176 ALA n 1 177 LYS n 1 178 PRO n 1 179 VAL n 1 180 LYS n 1 181 PRO n 1 182 LYS n 1 183 ALA n 1 184 LYS n 1 185 SER n 1 186 SER n 1 187 ALA n 1 188 LYS n 1 189 ARG n 1 190 ALA n 1 191 GLY n 1 192 LYS n 1 193 LYS n 1 194 LYS n 2 1 ALA n 2 2 ARG n 2 3 THR n 2 4 LYS n 2 5 GLN n 2 6 THR n 2 7 ALA n 2 8 ARG n 2 9 LYS n 2 10 SER n 2 11 THR n 2 12 GLY n 2 13 GLY n 2 14 LYS n 2 15 ALA n 2 16 PRO n 2 17 ARG n 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O N N 11 ? P N N 11 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H10_HUMAN P07305 ? 1 ;MTENSTSAPAAKPKRAKASKKSTDHPKYSDMIVAAIQAEKNRAGSSRQSIQKYIKSHYKVGENADSQIKLSIKRLVTTGV LKQTKGVGASGSFRLAKSDEPKKSVAFKKTKKEIKKVATPKKASKPKKAASKAPTKKPKATPVKKAKKKLAATPKKAKKP KTVKAKPVKASKPKKAKPVKPKAKSSAKRAGKKK ; 1 2 UNP H32_HUMAN Q71DI3 ? 2 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 3 UNP H4_HUMAN P62805 ? 3 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 4 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 4 ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 2 5 UNP H2B1K_HUMAN O60814 ? 5 ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 2 6 UNP UB2D3_HUMAN P61077 ? 6 ;MALKRINKELSDLARDPPAQCSAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINS NGSICLDILRSQWSPALTISKVLLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDRDKYNRISREWTQKYAM ; 1 7 UNP RN168_HUMAN Q8IYW5 ? 7 ;MALPKDAIPSLSECQCGICMEILVEPVTLPCNHTLCKPCFQSTVEKASLCCPFCRRRVSSWTRYHTRRNSLVNVELWTII QKHYPRECKLRASGQESEEVADDYQPVRLLSKPGELRREYEEEISKVAAERRASEEEENKASEEYIQRLLAEEEEEEKRQ AEKRRRAMEEQLKSDEELARKLSIDINNFCEGS ; 1 8 UNP RS27A_HUMAN P62979 ? 8 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG 1 9 PDB 9IPU 9IPU ? 9 ? 1 10 PDB 9IPU 9IPU ? 10 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9IPU I 1 ? 194 ? P07305 1 ? 194 ? 1 194 2 2 9IPU A 1 ? 135 ? Q71DI3 2 ? 136 ? 1 135 3 3 9IPU B 1 ? 102 ? P62805 2 ? 103 ? 1 102 4 4 9IPU C 1 ? 129 ? P04908 2 ? 130 ? 1 129 5 5 9IPU D 1 ? 125 ? O60814 2 ? 126 ? 1 125 6 2 9IPU E 1 ? 135 ? Q71DI3 2 ? 136 ? 1 135 7 3 9IPU F 1 ? 102 ? P62805 2 ? 103 ? 1 102 8 4 9IPU G 1 ? 129 ? P04908 2 ? 130 ? 1 129 9 5 9IPU H 1 ? 125 ? O60814 2 ? 126 ? 1 125 10 6 9IPU K 1 ? 147 ? P61077 1 ? 147 ? 1 147 11 7 9IPU L 1 ? 193 ? Q8IYW5 1 ? 193 ? 1 193 12 8 9IPU M 1 ? 75 ? P62979 1 ? 75 ? 1 75 13 9 9IPU J 1 ? 171 ? 9IPU -87 ? 83 ? -87 83 14 10 9IPU N 1 ? 171 ? 9IPU -83 ? 87 ? -83 87 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9IPU CYS I 82 ? UNP P07305 LYS 82 conflict 82 1 2 9IPU SER A 110 ? UNP Q71DI3 CYS 111 conflict 110 2 4 9IPU CYS C 15 ? UNP P04908 LYS 16 conflict 15 3 6 9IPU SER E 110 ? UNP Q71DI3 CYS 111 conflict 110 4 8 9IPU CYS G 15 ? UNP P04908 LYS 16 conflict 15 5 10 9IPU SER K 21 ? UNP P61077 CYS 21 conflict 21 6 10 9IPU SER K 107 ? UNP P61077 CYS 107 conflict 107 7 10 9IPU SER K 111 ? UNP P61077 CYS 111 conflict 111 8 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetradecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 14 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LYS A 27 ? GLU A 39 ? LYS I 27 GLU I 39 1 ? 13 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 47 ? TYR A 58 ? ARG I 47 TYR I 58 1 ? 12 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 63 ? THR A 78 ? ASN I 63 THR I 78 1 ? 16 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY B 44 ? GLN B 55 ? GLY A 44 GLN A 55 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 ARG B 63 ? GLN B 76 ? ARG A 63 GLN A 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P6 AA6 GLN B 85 ? ALA B 114 ? GLN A 85 ALA A 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P7 AA7 MET B 120 ? GLY B 132 ? MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN C 25 ? ILE C 29 ? ASN B 25 ILE B 29 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 30 ? GLY C 42 ? THR B 30 GLY B 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P10 AB1 LEU C 49 ? ALA C 76 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P11 AB2 THR C 82 ? ARG C 92 ? THR B 82 ARG B 92 1 ? 11 HELX_P HELX_P12 AB3 THR D 16 ? GLY D 22 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P13 AB4 PRO D 26 ? GLY D 37 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P14 AB5 ALA D 45 ? ASN D 73 ? ALA C 45 ASN C 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P15 AB6 ILE D 79 ? ASP D 90 ? ILE C 79 ASP C 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P16 AB7 ASP D 90 ? LEU D 97 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 AB8 TYR E 37 ? HIS E 49 ? TYR D 37 HIS D 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 SER E 55 ? ASN E 84 ? SER D 55 ASN D 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P19 AC1 THR E 90 ? LEU E 102 ? THR D 90 LEU D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY E 104 ? ALA E 124 ? GLY D 104 ALA D 124 1 ? 21 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY F 44 ? GLN F 55 ? GLY E 44 GLN E 55 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 AC4 ARG F 63 ? GLN F 76 ? ARG E 63 GLN E 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P23 AC5 GLN F 85 ? ALA F 114 ? GLN E 85 ALA E 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P24 AC6 MET F 120 ? ARG F 131 ? MET E 120 ARG E 131 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 ARG G 23 ? ILE G 29 ? ARG F 23 ILE F 29 5 ? 7 HELX_P HELX_P26 AC8 THR G 30 ? GLY G 42 ? THR F 30 GLY F 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P27 AC9 LEU G 49 ? ALA G 76 ? LEU F 49 ALA F 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P28 AD1 THR G 82 ? ARG G 92 ? THR F 82 ARG F 92 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 THR H 16 ? GLY H 22 ? THR G 16 GLY G 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 AD3 PRO H 26 ? LYS H 36 ? PRO G 26 LYS G 36 1 ? 11 HELX_P HELX_P31 AD4 ALA H 45 ? ASN H 73 ? ALA G 45 ASN G 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P32 AD5 ILE H 79 ? ASP H 90 ? ILE G 79 ASP G 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 ASP H 90 ? LEU H 97 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P34 AD7 TYR I 37 ? HIS I 49 ? TYR H 37 HIS H 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P35 AD8 SER I 55 ? ASN I 84 ? SER H 55 ASN H 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P36 AD9 THR I 90 ? LEU I 102 ? THR H 90 LEU H 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P37 AE1 GLY I 104 ? ALA I 124 ? GLY H 104 ALA H 124 1 ? 21 HELX_P HELX_P38 AE2 ALA J 2 ? ASP J 16 ? ALA K 2 ASP K 16 1 ? 15 HELX_P HELX_P39 AE3 LEU J 86 ? SER J 91 ? LEU K 86 SER K 91 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 THR J 98 ? ASP J 112 ? THR K 98 ASP K 112 1 ? 15 HELX_P HELX_P41 AE5 VAL J 120 ? ASP J 130 ? VAL K 120 ASP K 130 1 ? 11 HELX_P HELX_P42 AE6 ASP J 130 ? TYR J 145 ? ASP K 130 TYR K 145 1 ? 16 HELX_P HELX_P43 AE7 SER K 10 ? GLN K 15 ? SER L 10 GLN L 15 1 ? 6 HELX_P HELX_P44 AE8 CYS K 36 ? ALA K 47 ? CYS L 36 ALA L 47 1 ? 12 HELX_P HELX_P45 AE9 VAL K 58 ? ASN K 69 ? VAL L 58 ASN L 69 1 ? 12 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN K 73 ? TYR K 84 ? ASN L 73 TYR L 84 1 ? 12 HELX_P HELX_P47 AF2 THR L 22 ? GLY L 35 ? THR M 22 GLY M 35 1 ? 14 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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J DT -86 N DA 86 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? M DG 3 N1 ? ? ? 1_555 N DC 169 N3 ? ? J DG -85 N DC 85 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? M DG 3 N2 ? ? ? 1_555 N DC 169 O2 ? ? J DG -85 N DC 85 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? M DG 3 O6 ? ? ? 1_555 N DC 169 N4 ? ? J DG -85 N DC 85 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? M DG 4 N1 ? ? ? 1_555 N DC 168 N3 ? ? J DG -84 N DC 84 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? M DG 4 N2 ? ? ? 1_555 N DC 168 O2 ? ? J DG -84 N DC 84 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? M DG 4 O6 ? ? ? 1_555 N DC 168 N4 ? ? J DG -84 N DC 84 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? M DC 5 N3 ? ? ? 1_555 N DG 167 N1 ? ? J DC -83 N DG 83 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? M DC 5 N4 ? ? ? 1_555 N DG 167 O6 ? ? J DC -83 N DG 83 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog20 hydrog ? ? M DC 9 N3 ? ? ? 1_555 N DG 163 N1 ? ? J DC -79 N DG 79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog21 hydrog ? ? M DC 9 N4 ? ? ? 1_555 N DG 163 O6 ? ? J DC -79 N DG 79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog22 hydrog ? ? M DC 9 O2 ? ? ? 1_555 N DG 163 N2 ? ? J DC -79 N DG 79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog23 hydrog ? ? M DT 10 N3 ? ? ? 1_555 N DA 162 N1 ? ? J DT -78 N DA 78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog24 hydrog ? ? M DT 10 O4 ? ? ? 1_555 N DA 162 N6 ? ? J DT -78 N DA 78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? M DA 11 N1 ? ? ? 1_555 N DT 161 N3 ? ? J DA -77 N DT 77 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? M DA 11 N6 ? ? ? 1_555 N DT 161 O4 ? ? J DA -77 N DT 77 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? M DG 12 N1 ? ? ? 1_555 N DC 160 N3 ? ? J DG -76 N DC 76 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? M DG 12 N2 ? ? ? 1_555 N DC 160 O2 ? ? 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"C1'" J DC -8 ? ? N1 J DC -8 ? ? 110.57 108.30 2.27 0.30 N 25 1 "O4'" J DC -4 ? ? "C1'" J DC -4 ? ? N1 J DC -4 ? ? 110.70 108.30 2.40 0.30 N 26 1 "O4'" J DT 1 ? ? "C1'" J DT 1 ? ? N1 J DT 1 ? ? 111.20 108.30 2.90 0.30 N 27 1 "O4'" J DC 7 ? ? "C1'" J DC 7 ? ? N1 J DC 7 ? ? 112.08 108.30 3.78 0.30 N 28 1 "O4'" J DG 8 ? ? "C1'" J DG 8 ? ? N9 J DG 8 ? ? 110.66 108.30 2.36 0.30 N 29 1 "O4'" J DC 11 ? ? "C1'" J DC 11 ? ? N1 J DC 11 ? ? 112.22 108.30 3.92 0.30 N 30 1 "O4'" J DT 14 ? ? "C1'" J DT 14 ? ? N1 J DT 14 ? ? 111.02 108.30 2.72 0.30 N 31 1 "O4'" J DA 16 ? ? "C1'" J DA 16 ? ? N9 J DA 16 ? ? 110.21 108.30 1.91 0.30 N 32 1 "O4'" J DG 20 ? ? "C1'" J DG 20 ? ? N9 J DG 20 ? ? 110.72 108.30 2.42 0.30 N 33 1 "C3'" J DG 20 ? ? "O3'" J DG 20 ? ? P J DG 21 ? ? 128.35 119.70 8.65 1.20 Y 34 1 "O4'" J DG 21 ? ? "C1'" J DG 21 ? ? N9 J DG 21 ? ? 114.78 108.30 6.48 0.30 N 35 1 "O4'" J DT 22 ? ? "C1'" J DT 22 ? ? N1 J DT 22 ? ? 111.20 108.30 2.90 0.30 N 36 1 "O4'" J DG 23 ? ? "C1'" J DG 23 ? ? N9 J DG 23 ? ? 110.19 108.30 1.89 0.30 N 37 1 "C3'" J DG 29 ? ? "C2'" J DG 29 ? ? "C1'" J DG 29 ? ? 94.35 102.40 -8.05 0.80 N 38 1 "O4'" J DG 29 ? ? "C1'" J DG 29 ? ? N9 J DG 29 ? ? 110.62 108.30 2.32 0.30 N 39 1 "O4'" J DC 30 ? ? "C1'" J DC 30 ? ? N1 J DC 30 ? ? 112.51 108.30 4.21 0.30 N 40 1 "O4'" J DG 32 ? ? "C1'" J DG 32 ? ? N9 J DG 32 ? ? 110.48 108.30 2.18 0.30 N 41 1 "C3'" J DC 34 ? ? "O3'" J DC 34 ? ? P J DT 35 ? ? 128.00 119.70 8.30 1.20 Y 42 1 "O4'" J DT 44 ? ? "C1'" J DT 44 ? ? N1 J DT 44 ? ? 111.00 108.30 2.70 0.30 N 43 1 "O4'" J DC 49 ? ? "C1'" J DC 49 ? ? N1 J DC 49 ? ? 110.24 108.30 1.94 0.30 N 44 1 "C3'" J DT 54 ? ? "O3'" J DT 54 ? ? P J DC 55 ? ? 128.82 119.70 9.12 1.20 Y 45 1 "O4'" J DC 58 ? ? "C1'" J DC 58 ? ? N1 J DC 58 ? ? 110.43 108.30 2.13 0.30 N 46 1 "O4'" J DC 61 ? ? "C1'" J DC 61 ? ? N1 J DC 61 ? ? 110.42 108.30 2.12 0.30 N 47 1 "O4'" J DG 62 ? ? "C1'" J DG 62 ? ? N9 J DG 62 ? ? 110.41 108.30 2.11 0.30 N 48 1 "O4'" J DG 64 ? ? "C1'" J DG 64 ? ? N9 J DG 64 ? ? 111.15 108.30 2.85 0.30 N 49 1 "O4'" J DA 65 ? ? "C1'" J DA 65 ? ? N9 J DA 65 ? ? 110.24 108.30 1.94 0.30 N 50 1 "C3'" J DG 70 ? ? "C2'" J DG 70 ? ? "C1'" J DG 70 ? ? 97.37 102.40 -5.03 0.80 N 51 1 "O4'" J DA 71 ? ? "C1'" J DA 71 ? ? N9 J DA 71 ? ? 110.21 108.30 1.90 0.30 N 52 1 "C3'" J DC 75 ? ? "C2'" J DC 75 ? ? "C1'" J DC 75 ? ? 96.06 102.40 -6.34 0.80 N 53 1 "O4'" J DC 75 ? ? "C1'" J DC 75 ? ? N1 J DC 75 ? ? 113.13 108.30 4.83 0.30 N 54 1 C6 J DC 75 ? ? N1 J DC 75 ? ? C2 J DC 75 ? ? 122.70 120.30 2.40 0.40 N 55 1 "O4'" J DC 76 ? ? "C1'" J DC 76 ? ? N1 J DC 76 ? ? 111.60 108.30 3.30 0.30 N 56 1 "O4'" J DT 77 ? ? "C1'" J DT 77 ? ? N1 J DT 77 ? ? 110.47 108.30 2.17 0.30 N 57 1 "O5'" N DA -77 ? ? P N DA -77 ? ? OP2 N DA -77 ? ? 99.22 105.70 -6.48 0.90 N 58 1 "O4'" N DA -77 ? ? "C1'" N DA -77 ? ? N9 N DA -77 ? ? 111.01 108.30 2.71 0.30 N 59 1 "O4'" N DG -76 ? ? "C1'" N DG -76 ? ? N9 N DG -76 ? ? 112.18 108.30 3.88 0.30 N 60 1 "O4'" N DT -65 ? ? "C1'" N DT -65 ? ? N1 N DT -65 ? ? 110.83 108.30 2.53 0.30 N 61 1 "O4'" N DG -61 ? ? "C1'" N DG -61 ? ? N9 N DG -61 ? ? 110.34 108.30 2.04 0.30 N 62 1 "O4'" N DG -60 ? ? "C1'" N DG -60 ? ? N9 N DG -60 ? ? 110.66 108.30 2.36 0.30 N 63 1 "O4'" N DT -59 ? ? "C1'" N DT -59 ? ? N1 N DT -59 ? ? 110.76 108.30 2.46 0.30 N 64 1 "C3'" N DG -58 ? ? "C2'" N DG -58 ? ? "C1'" N DG -58 ? ? 97.37 102.40 -5.03 0.80 N 65 1 "O4'" N DC -56 ? ? "C1'" N DC -56 ? ? N1 N DC -56 ? ? 110.24 108.30 1.94 0.30 N 66 1 "O4'" N DG -52 ? ? "C1'" N DG -52 ? ? N9 N DG -52 ? ? 111.35 108.30 3.05 0.30 N 67 1 "O4'" N DC -51 ? ? "C1'" N DC -51 ? ? N1 N DC -51 ? ? 110.84 108.30 2.54 0.30 N 68 1 "O4'" N DC -50 ? ? "C1'" N DC -50 ? ? N1 N DC -50 ? ? 110.37 108.30 2.07 0.30 N 69 1 "C3'" N DG -49 ? ? "C2'" N DG -49 ? ? "C1'" N DG -49 ? ? 96.64 102.40 -5.76 0.80 N 70 1 "O4'" N DG -49 ? ? "C1'" N DG -49 ? ? N9 N DG -49 ? ? 111.71 108.30 3.41 0.30 N 71 1 "O4'" N DT -47 ? ? "C1'" N DT -47 ? ? N1 N DT -47 ? ? 110.55 108.30 2.25 0.30 N 72 1 "O4'" N DG -40 ? ? "C1'" N DG -40 ? ? N9 N DG -40 ? ? 110.93 108.30 2.63 0.30 N 73 1 "C3'" N DC -38 ? ? "O3'" N DC -38 ? ? P N DG -37 ? ? 127.21 119.70 7.51 1.20 Y 74 1 "O4'" N DC -32 ? ? "C1'" N DC -32 ? ? N1 N DC -32 ? ? 112.44 108.30 4.14 0.30 N 75 1 "O4'" N DA -31 ? ? "C1'" N DA -31 ? ? N9 N DA -31 ? ? 110.12 108.30 1.82 0.30 N 76 1 "O4'" N DC -29 ? ? "C1'" N DC -29 ? ? N1 N DC -29 ? ? 111.29 108.30 2.99 0.30 N 77 1 "O4'" N DC -27 ? ? "C1'" N DC -27 ? ? N1 N DC -27 ? ? 110.88 108.30 2.58 0.30 N 78 1 "O4'" N DA -25 ? ? "C1'" N DA -25 ? ? N9 N DA -25 ? ? 110.56 108.30 2.26 0.30 N 79 1 "O4'" N DC -21 ? ? "C1'" N DC -21 ? ? N1 N DC -21 ? ? 111.93 108.30 3.63 0.30 N 80 1 "O4'" N DC -20 ? ? "C1'" N DC -20 ? ? N1 N DC -20 ? ? 110.95 108.30 2.65 0.30 N 81 1 "O4'" N DT -17 ? ? "C1'" N DT -17 ? ? N1 N DT -17 ? ? 111.34 108.30 3.04 0.30 N 82 1 "C3'" N DA -14 ? ? "O3'" N DA -14 ? ? P N DA -13 ? ? 127.13 119.70 7.43 1.20 Y 83 1 "O4'" N DG -11 ? ? "C1'" N DG -11 ? ? N9 N DG -11 ? ? 111.86 108.30 3.56 0.30 N 84 1 "O4'" N DC -10 ? ? "C1'" N DC -10 ? ? N1 N DC -10 ? ? 113.11 108.30 4.81 0.30 N 85 1 "O4'" N DC -8 ? ? "C1'" N DC -8 ? ? N1 N DC -8 ? ? 111.73 108.30 3.43 0.30 N 86 1 "O4'" N DG -2 ? ? "C1'" N DG -2 ? ? N9 N DG -2 ? ? 113.18 108.30 4.88 0.30 N 87 1 "O4'" N DT 1 ? ? "C1'" N DT 1 ? ? N1 N DT 1 ? ? 110.68 108.30 2.38 0.30 N 88 1 "O4'" N DC 7 ? ? "C1'" N DC 7 ? ? N1 N DC 7 ? ? 110.91 108.30 2.61 0.30 N 89 1 "O4'" N DC 11 ? ? "C1'" N DC 11 ? ? N1 N DC 11 ? ? 110.44 108.30 2.14 0.30 N 90 1 "O4'" N DG 12 ? ? "C1'" N DG 12 ? ? N9 N DG 12 ? ? 111.34 108.30 3.04 0.30 N 91 1 "O4'" N DT 13 ? ? "C1'" N DT 13 ? ? N1 N DT 13 ? ? 110.30 108.30 2.00 0.30 N 92 1 "O4'" N DA 16 ? ? "C1'" N DA 16 ? ? N9 N DA 16 ? ? 112.33 108.30 4.03 0.30 N 93 1 "O4'" N DG 20 ? ? "C1'" N DG 20 ? ? N9 N DG 20 ? ? 110.82 108.30 2.52 0.30 N 94 1 "O4'" N DT 22 ? ? "C1'" N DT 22 ? ? N1 N DT 22 ? ? 111.43 108.30 3.13 0.30 N 95 1 "O4'" N DG 23 ? ? 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