data_9J8N # _entry.id 9J8N # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.404 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 9J8N pdb_00009j8n 10.2210/pdb9j8n/pdb WWPDB D_1300050592 ? ? EMDB EMD-61232 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-02-26 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-02-26 ? 3 FSC 1 0 2025-02-26 ? 4 'Half map' 1 0 2025-02-26 1 5 'Half map' 1 0 2025-02-26 2 6 Image 1 0 2025-02-26 ? 7 Mask 1 0 2025-02-26 1 8 'Primary map' 1 0 2025-02-26 ? 9 'Structure model' 1 1 2025-07-02 ? 10 'EM metadata' 1 1 2025-07-02 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 FSC repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 Image repository 'Initial release' ? ? 7 7 Mask repository 'Initial release' ? ? 8 8 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 9 'Structure model' 'Data collection' 2 10 'EM metadata' 'Data processing' 3 10 'EM metadata' 'Experimental summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 9 'Structure model' em_admin 2 9 'Structure model' em_software 3 10 'EM metadata' em_admin 4 10 'EM metadata' em_software # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 9 'Structure model' '_em_admin.last_update' 2 9 'Structure model' '_em_software.name' 3 10 'EM metadata' '_em_admin.last_update' 4 10 'EM metadata' '_em_software.name' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9J8N _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2024-08-21 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of BAF-Lamin A/C IgF-nucleosome complex (Low mobility complex)' _pdbx_database_related.db_id EMD-61232 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 3 kurumizaka@iqb.u-tokyo.ac.jp Hitoshi Kurumizaka ? 'principal investigator/group leader' 0000-0001-7412-3722 4 na-horikoshi@iqb.u-tokyo.ac.jp Naoki Horikoshi ? 'principal investigator/group leader' 0000-0003-1842-6934 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Horikoshi, N.' 1 ? 'Miyake, R.' 2 ? 'Sogawa-Fujiwara, C.' 3 ? 'Ogasawara, M.' 4 ? 'Takizawa, Y.' 5 ? 'Kurumizaka, H.' 6 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 16 _citation.language ? _citation.page_first 1495 _citation.page_last 1495 _citation.title 'Cryo-EM structures of the BAF-Lamin A/C complex bound to nucleosomes.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-025-56823-9 _citation.pdbx_database_id_PubMed 39929866 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Horikoshi, N.' 1 ? primary 'Miyake, R.' 2 ? primary 'Sogawa-Fujiwara, C.' 3 0000-0002-6234-3119 primary 'Ogasawara, M.' 4 ? primary 'Takizawa, Y.' 5 0000-0002-6265-4830 primary 'Kurumizaka, H.' 6 0000-0001-7412-3722 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1' 15719.445 4 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11676.703 4 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 14447.825 4 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-J' 14217.516 4 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA (193-MER)' 59351.793 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'DNA (193-MER)' 59823.086 2 ? ? ? ? 7 polymer man 'Barrier-to-autointegration factor' 10487.059 8 ? ? ? ? 8 polymer man Lamin-A/C 17551.369 4 ? ? 'Ig-fold domain' ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/a,Histone H3/b,Histone H3/c,Histone H3/d,Histone H3/f,Histone H3/h,Histone H3/i,Histone H3/j,Histone H3/k,Histone H3/l' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'Histone H2B.1,Histone H2B.r,H2B/r' 7 'Breakpoint cluster region protein 1' 8 '70 kDa lamin,Renal carcinoma antigen NY-REN-32' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQ DFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E,a,e ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F,b,f ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKT RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G,c,g ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;GSHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGE ASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H,d,h ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA) (DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC) (DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGACCCTATCGCGAGCCAGGCCTGAGAATCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTT AAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATAT ACATCCAGGCCTTGTGTCGCGAAATTCATAGAT ; I,i ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC) (DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCTATGAATTTCGCGACACAAGGCCTGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGG TTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCG GATTCTCAGGCCTGGCTCGCGATAGGGTCCGAT ; J,j ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GSHMMTTSQKHRDFVAEPMGEKPVGSLAGIGEVLGKKLEERGFDKAYVVLGQFLVLKKDEDLFREWLKDTCGANAKQSRD CFGCLREWCDAFL ; ;GSHMMTTSQKHRDFVAEPMGEKPVGSLAGIGEVLGKKLEERGFDKAYVVLGQFLVLKKDEDLFREWLKDTCGANAKQSRD CFGCLREWCDAFL ; K,L,N,O,k,l,n,o ? 8 'polypeptide(L)' no no ;SHGGGSVTKKRKLESTESRSSFSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGDDPLLTYRFPPKFT LKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTGEEVAMRKLVRSVTVVEDDEDEDGDDLLHHHH ; ;SHGGGSVTKKRKLESTESRSSFSQHARTSGRVAVEEVDEEGKFVRLRNKSNEDQSMGNWQIKRQNGDDPLLTYRFPPKFT LKAGQVVTIWAAGAGATHSPPTDLVWKAQNTWGCGNSLRTALINSTGEEVAMRKLVRSVTVVEDDEDEDGDDLLHHHH ; M,P,m,p ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 ARG n 1 7 THR n 1 8 LYS n 1 9 GLN n 1 10 THR n 1 11 ALA n 1 12 ARG n 1 13 LYS n 1 14 SER n 1 15 THR n 1 16 GLY n 1 17 GLY n 1 18 LYS n 1 19 ALA n 1 20 PRO n 1 21 ARG n 1 22 LYS n 1 23 GLN n 1 24 LEU n 1 25 ALA n 1 26 THR n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 ARG n 1 31 LYS n 1 32 SER n 1 33 ALA n 1 34 PRO n 1 35 ALA n 1 36 THR n 1 37 GLY n 1 38 GLY n 1 39 VAL n 1 40 LYS n 1 41 LYS n 1 42 PRO n 1 43 HIS n 1 44 ARG n 1 45 TYR n 1 46 ARG n 1 47 PRO n 1 48 GLY n 1 49 THR n 1 50 VAL n 1 51 ALA n 1 52 LEU n 1 53 ARG n 1 54 GLU n 1 55 ILE n 1 56 ARG n 1 57 ARG n 1 58 TYR n 1 59 GLN n 1 60 LYS n 1 61 SER n 1 62 THR n 1 63 GLU n 1 64 LEU n 1 65 LEU n 1 66 ILE n 1 67 ARG n 1 68 LYS n 1 69 LEU n 1 70 PRO n 1 71 PHE n 1 72 GLN n 1 73 ARG n 1 74 LEU n 1 75 VAL n 1 76 ARG n 1 77 GLU n 1 78 ILE n 1 79 ALA n 1 80 GLN n 1 81 ASP n 1 82 PHE n 1 83 LYS n 1 84 THR n 1 85 ASP n 1 86 LEU n 1 87 ARG n 1 88 PHE n 1 89 GLN n 1 90 SER n 1 91 SER n 1 92 ALA n 1 93 VAL n 1 94 MET n 1 95 ALA n 1 96 LEU n 1 97 GLN n 1 98 GLU n 1 99 ALA n 1 100 CYS n 1 101 GLU n 1 102 ALA n 1 103 TYR n 1 104 LEU n 1 105 VAL n 1 106 GLY n 1 107 LEU n 1 108 PHE n 1 109 GLU n 1 110 ASP n 1 111 THR n 1 112 ASN n 1 113 LEU n 1 114 CYS n 1 115 ALA n 1 116 ILE n 1 117 HIS n 1 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2 69 VAL n 2 70 ILE n 2 71 ARG n 2 72 ASP n 2 73 ALA n 2 74 VAL n 2 75 THR n 2 76 TYR n 2 77 THR n 2 78 GLU n 2 79 HIS n 2 80 ALA n 2 81 LYS n 2 82 ARG n 2 83 LYS n 2 84 THR n 2 85 VAL n 2 86 THR n 2 87 ALA n 2 88 MET n 2 89 ASP n 2 90 VAL n 2 91 VAL n 2 92 TYR n 2 93 ALA n 2 94 LEU n 2 95 LYS n 2 96 ARG n 2 97 GLN n 2 98 GLY n 2 99 ARG n 2 100 THR n 2 101 LEU n 2 102 TYR n 2 103 GLY n 2 104 PHE n 2 105 GLY n 2 106 GLY n 3 1 GLY n 3 2 SER n 3 3 HIS n 3 4 MET n 3 5 SER n 3 6 GLY n 3 7 ARG n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 GLN n 3 11 GLY n 3 12 GLY n 3 13 LYS n 3 14 ALA n 3 15 ARG n 3 16 ALA n 3 17 LYS n 3 18 ALA n 3 19 LYS n 3 20 THR n 3 21 ARG n 3 22 SER n 3 23 SER n 3 24 ARG n 3 25 ALA n 3 26 GLY n 3 27 LEU n 3 28 GLN n 3 29 PHE n 3 30 PRO n 3 31 VAL n 3 32 GLY n 3 33 ARG n 3 34 VAL n 3 35 HIS n 3 36 ARG n 3 37 LEU n 3 38 LEU n 3 39 ARG n 3 40 LYS n 3 41 GLY n 3 42 ASN n 3 43 TYR n 3 44 SER n 3 45 GLU n 3 46 ARG n 3 47 VAL n 3 48 GLY n 3 49 ALA n 3 50 GLY n 3 51 ALA n 3 52 PRO n 3 53 VAL n 3 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WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 105 B . ? GLY 101 B GLY 106 B ? GLY 102 B 1 -1.34 2 PRO 100 M . ? PRO 508 M PRO 101 M ? PRO 509 M 1 -1.97 3 PRO 100 P . ? PRO 508 P PRO 101 P ? PRO 509 P 1 -2.63 4 GLY 105 R . ? GLY 101 b GLY 106 R ? 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