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A ARG 721 NH2 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9JMB _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9JMB _struct.title 'Cryo-EM structure of HSV-2 gB and FAB 16F9 complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9JMB _struct_keywords.text 'Cryo-EM, HSV-2 gB, FAB 16F9, Herpes virus, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP Q89920_HHV2 Q89920 ? 1 ;MRGGGLICALVVGALVAAVASAAPAAPAAPRASGGVAATVAANGGPASRPPPVPSPATTKARKRKTKKPPKRPEATPPPD ANATVAAGHATLRAHLREIKVENADAQFYVCPPPTGATVVQFEQPRRCPTRPEGQNYTEGIAVVFKENIAPYKFKATMYY KDVTVSQVWFGHRYSQFMGIFEDRAPVPFEEVIDKINAKGVCRSTAKYVRNNMETTAFHRDDHETDMELKPAKVATRTSR GWHTTDLKYNPSRVEAFHRYGTTVNCIVEEVDARSVYPYDEFVLATGDFVYMSPFYGYREGSHTEHTSYAADRFKQVDGF YARDLTTKARATSPTTRNLLTTPKFTVAWDWVPKRPAVCTMTKWQEVDEMLRAEYGGSFRFSSDAISTTFTTNLTEYSLS RVDLGDCIGRDAREAIDRMFARKYNATHIKVGQPQYYLATGGFLIAYQPLLSNTLAELYVREYMREQDRKPRNATPAPLR EAPSANASVERIKTTSSIEFARLQFTYNHIQRHVNDMLGRIAVAWCELQNHELTLWNEARKLNPNAIASATVGRRVSARM LGDVMAVSTCVPVAPDNVIVQNSMRVSSRPGTCYSRPLVSFRYEDQGPLIEGQLGENNELRLTRDALEPCTVGHRRYFIF GGGYVYFEEYAYSHQLSRADVTTVSTFIDLNITMLEDHEFVPLEVYTRHEIKDSGLLDYTEVQRRNQLHDLRFADIDTVI RADANAA ; 1 2 PDB 9JMB 9JMB ? 2 ? 1 3 PDB 9JMB 9JMB ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9JMB A 1 ? 727 ? Q89920 1 ? 727 ? 1 727 2 2 9JMB H 1 ? 477 ? 9JMB -18 ? 458 ? -18 458 3 3 9JMB L 1 ? 232 ? 9JMB -18 ? 213 ? -18 213 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 188 ? LYS A 195 ? PRO A 188 LYS A 195 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 195 ? GLY A 200 ? LYS A 195 GLY A 200 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 ARG A 220 ? ASP A 222 ? ARG A 220 ASP A 222 5 ? 3 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 301 ? GLU A 305 ? GLY A 301 GLU A 305 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 ALA A 310 ? ASP A 312 ? ALA A 310 ASP A 312 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 AA6 SER A 398 ? VAL A 402 ? SER A 398 VAL A 402 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 ASP A 406 ? ALA A 421 ? ASP A 406 ALA A 421 1 ? 16 HELX_P HELX_P8 AA8 ILE A 498 ? GLU A 532 ? ILE A 498 GLU A 532 1 ? 35 HELX_P HELX_P9 AA9 GLU A 532 ? ASN A 543 ? GLU A 532 ASN A 543 1 ? 12 HELX_P HELX_P10 AB1 ASN A 543 ? GLY A 553 ? ASN A 543 GLY A 553 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 THR A 687 ? SER A 694 ? THR A 687 SER A 694 1 ? 8 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP A 698 ? GLN A 707 ? ASP A 698 GLN A 707 1 ? 10 HELX_P HELX_P13 AB4 LEU A 708 ? ALA A 714 ? LEU A 708 ALA A 714 1 ? 7 HELX_P HELX_P14 AB5 THR B 47 ? TYR B 51 ? THR H 28 TYR H 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 GLN B 81 ? LYS B 84 ? GLN H 62 LYS H 65 5 ? 4 HELX_P HELX_P16 AB7 THR B 106 ? SER B 110 ? THR H 87 SER H 91 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 111 SG ? ? ? 1_555 A CYS 570 SG ? ? A CYS 111 A CYS 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 128 SG ? ? ? 1_555 A CYS 526 SG ? ? A CYS 128 A CYS 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 202 SG ? ? ? 1_555 A CYS 266 SG ? ? A CYS 202 A CYS 266 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 359 SG ? ? ? 1_555 A CYS 407 SG ? ? A CYS 359 A CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 593 SG ? ? ? 1_555 A CYS 630 SG ? ? A CYS 593 A CYS 630 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 41 SG ? ? ? 1_555 B CYS 115 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf7 disulf ? ? C CYS 42 SG ? ? ? 1_555 C CYS 106 SG ? ? L CYS 23 L CYS 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 111 ? CYS A 570 ? CYS A 111 ? 1_555 CYS A 570 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS A 128 ? CYS A 526 ? CYS A 128 ? 1_555 CYS A 526 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS A 202 ? CYS A 266 ? CYS A 202 ? 1_555 CYS A 266 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS A 359 ? CYS A 407 ? CYS A 359 ? 1_555 CYS A 407 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS A 593 ? CYS A 630 ? CYS A 593 ? 1_555 CYS A 630 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS B 41 ? CYS B 115 ? CYS H 22 ? 1_555 CYS H 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 7 CYS C 42 ? CYS C 106 ? CYS L 23 ? 1_555 CYS L 87 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TYR 277 A . ? TYR 277 A PRO 278 A ? PRO 278 A 1 6.37 2 SER 26 C . ? SER 7 L PRO 27 C ? PRO 8 L 1 -0.51 3 ASN 112 C . ? ASN 93 L PRO 113 C ? PRO 94 L 1 2.72 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 7 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 5 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 6 ? AB8 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA5 6 7 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB7 5 6 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 119 ? VAL A 120 ? VAL A 119 VAL A 120 AA1 2 VAL A 567 ? CYS A 570 ? VAL A 567 CYS A 570 AA1 3 SER A 557 ? ALA A 558 ? SER A 557 ALA A 558 AA2 1 THR A 388 ? THR A 392 ? THR A 388 THR A 392 AA2 2 PHE A 379 ? SER A 383 ? PHE A 379 SER A 383 AA2 3 MET A 361 ? GLU A 374 ? MET A 361 GLU A 374 AA2 4 TYR A 137 ? GLU A 147 ? TYR A 137 GLU A 147 AA2 5 PHE A 443 ? SER A 452 ? PHE A 443 SER A 452 AA2 6 HIS A 428 ? LYS A 430 ? HIS A 428 LYS A 430 AA3 1 THR A 388 ? THR A 392 ? THR A 388 THR A 392 AA3 2 PHE A 379 ? SER A 383 ? PHE A 379 SER A 383 AA3 3 MET A 361 ? GLU A 374 ? MET A 361 GLU A 374 AA3 4 TYR A 137 ? GLU A 147 ? TYR A 137 GLU A 147 AA3 5 PHE A 443 ? SER A 452 ? PHE A 443 SER A 452 AA3 6 GLN A 435 ? ALA A 439 ? GLN A 435 ALA A 439 AA4 1 SER A 175 ? PRO A 186 ? SER A 175 PRO A 186 AA4 2 TYR A 152 ? PHE A 170 ? TYR A 152 PHE A 170 AA4 3 HIS A 258 ? SER A 275 ? HIS A 258 SER A 275 AA4 4 PHE A 282 ? LEU A 284 ? PHE A 282 LEU A 284 AA4 5 PHE A 289 ? VAL A 290 ? PHE A 289 VAL A 290 AA5 1 LYS A 230 ? PRO A 231 ? LYS A 230 PRO A 231 AA5 2 GLY A 241 ? HIS A 243 ? GLY A 241 HIS A 243 AA5 3 HIS A 258 ? SER A 275 ? HIS A 258 SER A 275 AA5 4 TYR A 152 ? PHE A 170 ? TYR A 152 PHE A 170 AA5 5 THR A 346 ? ASP A 350 ? THR A 346 ASP A 350 AA5 6 THR A 335 ? THR A 341 ? THR A 335 THR A 341 AA5 7 PHE A 314 ? PHE A 320 ? PHE A 314 PHE A 320 AA6 1 VAL A 201 ? ARG A 203 ? VAL A 201 ARG A 203 AA6 2 ASP A 226 ? GLU A 228 ? ASP A 226 GLU A 228 AA7 1 THR A 205 ? ARG A 210 ? THR A 205 ARG A 210 AA7 2 MET A 213 ? PHE A 218 ? MET A 213 PHE A 218 AA8 1 ILE A 579 ? VAL A 580 ? ILE A 579 VAL A 580 AA8 2 LEU A 598 ? PHE A 601 ? LEU A 598 PHE A 601 AA8 3 ILE A 610 ? LEU A 614 ? ILE A 610 LEU A 614 AA8 4 LEU A 620 ? ARG A 621 ? LEU A 620 ARG A 621 AA9 1 THR A 592 ? TYR A 594 ? THR A 592 TYR A 594 AA9 2 LEU A 627 ? PRO A 629 ? LEU A 627 PRO A 629 AB1 1 ARG A 635 ? ILE A 639 ? ARG A 635 ILE A 639 AB1 2 TYR A 644 ? GLU A 648 ? TYR A 644 GLU A 648 AB1 3 TYR A 652 ? GLN A 655 ? TYR A 652 GLN A 655 AB2 1 GLN B 22 ? 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