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E ARG 125 NH2 161 1 Y 1 L ARG 107 ? CG ? E ARG 126 CG 162 1 Y 1 L ARG 107 ? CD ? E ARG 126 CD 163 1 Y 1 L ARG 107 ? NE ? E ARG 126 NE 164 1 Y 1 L ARG 107 ? CZ ? E ARG 126 CZ 165 1 Y 1 L ARG 107 ? NH1 ? E ARG 126 NH1 166 1 Y 1 L ARG 107 ? NH2 ? E ARG 126 NH2 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9JMS _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9JMS _struct.title 'Cryo-EM structure of VZV gB and FAB 16F9 complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9JMS _struct_keywords.text 'Cryo-EM, VZV gB, FAB 16F9, Herpes virus, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A2Z5BTI6_HHV3 A0A2Z5BTI6 ? 1 ;GYYSKWRNRDRPEYRRNLRFRRFFSSIHPNAAAGSGFNGPGVFITSVTGVWLCFLCIFSMFVTAVVSVSPSSLYESLQVE PTQSEDITRSAHLGDGDEIREAIHKSQDAETKPTFYVCPPPTGSTIVRLEPTRTCPDYHLGKNFTEGIAVVYKENIAAYK FKATVYYKDVIVSTAWAGSSYTQITNRYADRVPIPVSEITDTIDKFGKCSSKATYVRNNHKVEAFNEDKNPQDMPLIASK YNSVGSKAWHTTNDTYMVAGTPGTYRTGTSVNCIIEEVEARSIFPYDSFGLSTGDIIYMSPFFGLRDGAYREHSNYAMDR FHQFEGYRQRDLDTRALLEPAARNFLVTPHLTVGWNWKPKRTEVCSLVKWREVEDVVRDEYAHNFRFTMKTLSTTFISET NEFNLNQIHLSQCVKEEARAIINRIYTTRYNSSHVRTGDIQTYLARGGFVVVFQPLLSNSLARLYLQELVRENTNHSPQK HPTRNTRSRRSVPVELRANRTITTTSSVEFAMLQFTYDHIQEHVNEMLARISSSWCQLQNRERALWSGLFPINPSALAST ILDQRVKARILGDVISVSNCPELGSDTRIILQNSMRVSGSTTRCYSRPLISIVSLNGSGTVEGQLGTDNELIMSRDLLEP CVANHKRYFLFGHHYVYYEDYRYVREIAVHDVGMISTYVDLNLTLLKDREFMPLQVYTRDELRDTGLLDYSEIQRRNQMH SLRFYDIDKVVQYDSGTA ; 1 2 PDB 9JMS 9JMS ? 2 ? 1 3 PDB 9JMS 9JMS ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9JMS A 5 ? 742 ? 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'expression tag' 752 54 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 199 ? 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GLY C 312 GLU C 316 5 ? 5 HELX_P HELX_P30 AD3 ALA C 321 ? ASP C 323 ? ALA C 321 ASP C 323 5 ? 3 HELX_P HELX_P31 AD4 PRO C 363 ? GLU C 367 ? PRO C 363 GLU C 367 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 ASN C 408 ? ILE C 412 ? ASN C 408 ILE C 412 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 CYS C 417 ? ARG C 433 ? CYS C 417 ARG C 433 1 ? 17 HELX_P HELX_P34 AD7 VAL C 512 ? PHE C 554 ? VAL C 512 PHE C 554 1 ? 43 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN C 557 ? ASP C 567 ? ASN C 557 ASP C 567 1 ? 11 HELX_P HELX_P36 AD9 HIS C 674 ? VAL C 676 ? HIS C 674 VAL C 676 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 AE1 THR C 702 ? ARG C 707 ? THR C 702 ARG C 707 1 ? 6 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP C 713 ? GLN C 722 ? ASP C 713 GLN C 722 1 ? 10 HELX_P HELX_P39 AE3 MET C 723 ? TYR C 729 ? MET C 723 TYR C 729 1 ? 7 HELX_P HELX_P40 AE4 THR D 47 ? TYR D 51 ? THR H 28 TYR H 32 5 ? 5 HELX_P HELX_P41 AE5 GLN D 81 ? LYS D 84 ? GLN H 62 LYS H 65 5 ? 4 HELX_P HELX_P42 AE6 THR D 106 ? ASP D 109 ? THR H 87 ASP H 90 5 ? 4 HELX_P HELX_P43 AE7 GLU E 97 ? ALA E 101 ? GLU L 78 ALA L 82 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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B CYS 608 SG ? ? ? 1_555 B CYS 645 SG ? ? B CYS 608 B CYS 645 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 122 SG ? ? ? 1_555 C CYS 584 SG ? ? C CYS 122 C CYS 584 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 139 SG ? ? ? 1_555 C CYS 540 SG ? ? C CYS 139 C CYS 540 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 213 SG ? ? ? 1_555 C CYS 277 SG ? ? C CYS 213 C CYS 277 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 369 SG ? ? ? 1_555 C CYS 417 SG ? ? C CYS 369 C CYS 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 608 SG ? ? ? 1_555 C CYS 645 SG ? ? C CYS 608 C CYS 645 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf16 disulf ? ? D CYS 41 SG ? ? ? 1_555 D CYS 115 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf17 disulf ? ? E CYS 42 SG ? ? ? 1_555 E CYS 106 SG ? ? L CYS 23 L CYS 87 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 122 ? 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CYS C 122 ? 1_555 CYS C 584 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 12 CYS C 139 ? CYS C 540 ? CYS C 139 ? 1_555 CYS C 540 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 13 CYS C 213 ? CYS C 277 ? CYS C 213 ? 1_555 CYS C 277 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 14 CYS C 369 ? CYS C 417 ? CYS C 369 ? 1_555 CYS C 417 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 15 CYS C 608 ? CYS C 645 ? CYS C 608 ? 1_555 CYS C 645 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 16 CYS D 41 ? CYS D 115 ? CYS H 22 ? 1_555 CYS H 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 17 CYS E 42 ? CYS E 106 ? CYS L 23 ? 1_555 CYS L 87 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 288 A . ? PHE 288 A PRO 289 A ? PRO 289 A 1 -0.76 2 PHE 288 B . ? PHE 288 B PRO 289 B ? PRO 289 B 1 -1.96 3 PHE 288 C . ? PHE 288 C PRO 289 C ? PRO 289 C 1 1.46 4 ASN 112 E . ? ASN 93 L PRO 113 E ? 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