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'Chen, W.Y.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev J.Virol. _citation.journal_id_ASTM JOVIAM _citation.journal_id_CSD 0825 _citation.journal_id_ISSN 1098-5514 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 99 _citation.language ? _citation.page_first e0124924 _citation.page_last e0124924 _citation.title 'Conformational changes in and translocation of small proteins: insights into the ejection mechanism of podophages.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1128/jvi.01249-24 _citation.pdbx_database_id_PubMed 39704524 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name 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;MALISQSIKNLKGGISQQPDILRYPDQGSRQVNGWSSETEGLQKRPPLVFLNTLGDNGALGQAPYIHLINRDEHEQYYAV FTGSGIRVFDLSGNEKQVRYPNGSNYIKTANPRNDLRMVTVADYTFIVNRNVVAQKNTKSVNLPNYNPNQDGLINVRGGQ YGRELIVHINGKDVAKYKIPDGSQPEHVNNTDAQWLAEELAKQMRTNLSDWTVNVGQGFIHVTAPSGQQIDSFTTKDGYA DQLINPVTHYAQSFSKLPPNAPNGYMVKIVGDASKSADQYYVRYDAERKVWTETLGWNTEDQVLWETMPHALVRAADGNF DFKWLEWSPKSCGDVDTNPWPSFVGSSINDVFFFRNRLGFLSGENIILSRTAKYFNFYPASIANLSDDDPIDVAVSTNRI AILKYAVPFSEELLIWSDEAQFVLTASGTLTSKSVELNLTTQFDVQDRARPFGIGRNVYFASPRSSFTSIHRYYAVQDVS SVKNAEDITSHVPNYIPNGVFSICGSGTENFCSVLSHGDPSKIFMYKFLYLNEELRQQSWSHWDFGENVQVLACQSISSD MYVILRNEFNTFLARISFTKNAIDLQGEPYRAFMDMKIRYTIPSGTYNDDTFTTSIHIPTIYGANFGRGKITVLEPDGKI TVFEQPTAGWNSDPWLRLSGNLEGRMVYIGFNINFVYEFSKFLIKQTADDGSTSTEDIGRLQLRRAWVNYENSGTFDIYV ENQSSNWKYTMAGARLGSNTLRAGRLNLGTGQYRFPVVGNAKFNTVYILSDETTPLNIIGCGWEGNYLRRSSGI ; ;MALISQSIKNLKGGISQQPDILRYPDQGSRQVNGWSSETEGLQKRPPLVFLNTLGDNGALGQAPYIHLINRDEHEQYYAV FTGSGIRVFDLSGNEKQVRYPNGSNYIKTANPRNDLRMVTVADYTFIVNRNVVAQKNTKSVNLPNYNPNQDGLINVRGGQ 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GLN n 1 24 ALA n 1 25 LYS n 1 26 MET n 1 27 ILE n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 GLN n 1 31 THR n 1 32 ALA n 1 33 ALA n 1 34 GLY n 1 35 ARG n 1 36 ARG n 1 37 GLN n 1 38 ALA n 1 39 MET n 1 40 GLU n 1 41 ILE n 1 42 MET n 1 43 ARG n 1 44 GLN n 1 45 THR n 1 46 ASN n 1 47 ILE n 1 48 GLN n 1 49 ASN n 1 50 ALA n 1 51 ASP n 1 52 LEU n 1 53 SER n 1 54 LEU n 1 55 GLN n 1 56 ALA n 1 57 ARG n 1 58 SER n 1 59 LYS n 1 60 LEU n 1 61 GLU n 1 62 GLU n 1 63 ALA n 1 64 SER n 1 65 ALA n 1 66 GLU n 1 67 LEU n 1 68 THR n 1 69 SER n 1 70 GLN n 1 71 ASN n 1 72 MET n 1 73 GLN n 1 74 LYS n 1 75 VAL n 1 76 GLN n 1 77 ALA n 1 78 ILE n 1 79 GLY n 1 80 SER n 1 81 ILE n 1 82 ARG n 1 83 ALA n 1 84 ALA n 1 85 ILE n 1 86 GLY n 1 87 GLU n 1 88 SER n 1 89 MET n 1 90 LEU n 1 91 GLU n 1 92 GLY n 1 93 SER n 1 94 SER n 1 95 MET n 1 96 ASP n 1 97 ARG n 1 98 ILE n 1 99 LYS n 1 100 ARG n 1 101 VAL n 1 102 THR n 1 103 GLU n 1 104 GLY n 1 105 GLN n 1 106 PHE n 1 107 ILE n 1 108 ARG n 1 109 GLU n 1 110 ALA n 1 111 ASN n 1 112 MET n 1 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_exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9JZ0 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9JZ0 _struct.title 'portal-tail complex of DNA-ejected T7' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9JZ0 _struct_keywords.text 'Complex, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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NB N N 1 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GP14_BPT7 P03724 ? 1 ;MCWAAAIPIAISGAQAISGQNAQAKMIAAQTAAGRRQAMEIMRQTNIQNADLSLQARSKLEEASAELTSQNMQKVQAIGS IRAAIGESMLEGSSMDRIKRVTEGQFIREANMVTENYRRDYQAIFAQQLGGTQSAASQIDEIYKSEQKQKSKLQMVLDPL AIMGSSAASAYASGAFDSKSTTKAPIVAAKGTKTGR ; 1 2 UNP GP67_BPT7 P03801 ? 2 ;MCFSPKIKTPKMDTNQIRAVEPAPLTQEVSSVEFGGSSDETDTEGTEVSGRKGLKVERDDSVAKSKASGNGSARMKSSIR KSAFGGKK ; 1 3 UNP PORTL_BPT7 P03728 ? 3 ;MAEKRTGLAEDGAKSVYERLKNDRAPYETRAQNCAQYTIPSLFPKDSDNASTDYQTPWQAVGARGLNNLASKLMLALFPM QTWMRLTISEYEAKQLLSDPDGLAKVDEGLSMVERIIMNYIESNSYRVTLFEALKQLVVAGNVLLYLPEPEGSNYNPMKL YRLSSYVVQRDAFGNVLQMVTRDQIAFGALPEDIRKAVEGQGGEKKADETIDVYTHIYLDEDSGEYLRYEEVEGMEVQGS DGTYPKEACPYIPIRMVRLDGESYGRSYIEEYLGDLRSLENLQEAIVKMSMISSKVIGLVNPAGITQPRRLTKAQTGDFV TGRPEDISFLQLEKQADFTVAKAVSDAIEARLSFAFMLNSAVQRTGERVTAEEIRYVASELEDTLGGVYSILSQELQLPL VRVLLKQLQATQQIPELPKEAVEPTISTGLEAIGRGQDLDKLERCVTAWAALAPMRDDPDINLAMIKLRIANAIGIDTSG ILLTEEQKQQKMAQQSMQMGMDNGAAALAQGMAAQATASPEAMAAAADSVGLQPGI ; 1 4 UNP TUBE1_BPT7 P03746 ? 4 ;MRSYDMNVETAAELSAVNDILASIGEPPVSTLEGDANADAANARRILNKINRQIQSRGWTFNIEEGITLLPDVYSNLIVY SDDYLSLMSTSGQSIYVNRGGYVYDRTSQSDRFDSGITVNIIRLRDYDEMPECFRYWIVTKASRQFNNRFFGAPEVEGVL QEEEDEARRLCMEYEMDYGGYNMLDGDAFTSGLLTR ; 1 5 UNP FIBER_BPT7 P03748 ? 5 ;MANVIKTVLTYQLDGSNRDFNIPFEYLARKFVVVTLIGVDRKVLTINTDYRFATRTTISLTKAWGPADGYTTIELRRVTS TTDRLVDFTDGSILRAYDLNVAQIQTMHVAEEARDLTTDTIGVNNDGHLDARGRRIVNLANAVDDRDAVPFGQLKTMNQN SWQARNEALQFRNEAETFRNQAEGFKNESSTNATNTKQWRDETKGFRDEAKRFKNTAGQYATSAGNSASAAHQSEVNAEN SATASANSAHLAEQQADRAEREADKLENYNGLAGAIDKVDGTNVYWKGNIHANGRLYMTTNGFDCGQYQQFFGGVTNRYS VMEWGDENGWLMYVQRREWTTAIGGNIQLVVNGQIITQGGAMTGQLKLQNGHVLQLESASDKAHYILSKDGNRNNWYIGR GSDNNNDCTFHSYVHGTTLTLKQDYAVVNKHFHVGQAVVATDGNIQGTKWGGKWLDAYLRDSFVAKSKAWTQVWSGSAGG GVSVTVSQDLRFRNIWIKCANNSWNFFRTGPDGIYFIASDGGWLRFQIHSNGLGFKNIADSRSVPNAIMVENE ; 1 6 UNP TUBE2_BPT7 P03747 ? 6 ;MALISQSIKNLKGGISQQPDILRYPDQGSRQVNGWSSETEGLQKRPPLVFLNTLGDNGALGQAPYIHLINRDEHEQYYAV FTGSGIRVFDLSGNEKQVRYPNGSNYIKTANPRNDLRMVTVADYTFIVNRNVVAQKNTKSVNLPNYNPNQDGLINVRGGQ YGRELIVHINGKDVAKYKIPDGSQPEHVNNTDAQWLAEELAKQMRTNLSDWTVNVGQGFIHVTAPSGQQIDSFTTKDGYA DQLINPVTHYAQSFSKLPPNAPNGYMVKIVGDASKSADQYYVRYDAERKVWTETLGWNTEDQVLWETMPHALVRAADGNF DFKWLEWSPKSCGDVDTNPWPSFVGSSINDVFFFRNRLGFLSGENIILSRTAKYFNFYPASIANLSDDDPIDVAVSTNRI AILKYAVPFSEELLIWSDEAQFVLTASGTLTSKSVELNLTTQFDVQDRARPFGIGRNVYFASPRSSFTSIHRYYAVQDVS SVKNAEDITSHVPNYIPNGVFSICGSGTENFCSVLSHGDPSKIFMYKFLYLNEELRQQSWSHWDFGENVQVLACQSISSD MYVILRNEFNTFLARISFTKNAIDLQGEPYRAFMDMKIRYTIPSGTYNDDTFTTSIHIPTIYGANFGRGKITVLEPDGKI TVFEQPTAGWNSDPWLRLSGNLEGRMVYIGFNINFVYEFSKFLIKQTADDGSTSTEDIGRLQLRRAWVNYENSGTFDIYV ENQSSNWKYTMAGARLGSNTLRAGRLNLGTGQYRFPVVGNAKFNTVYILSDETTPLNIIGCGWEGNYLRRSSGI ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9JZ0 0 1 ? 196 ? 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P03748 1 ? 553 ? 1 553 47 5 9JZ0 g 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 48 5 9JZ0 h 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 49 5 9JZ0 i 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 50 5 9JZ0 j 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 51 5 9JZ0 k 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 52 5 9JZ0 l 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 53 5 9JZ0 m 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 54 5 9JZ0 n 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 55 5 9JZ0 o 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 56 5 9JZ0 p 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 57 5 9JZ0 q 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 58 5 9JZ0 r 1 ? 553 ? P03748 1 ? 553 ? 1 553 59 6 9JZ0 s 1 ? 794 ? P03747 1 ? 794 ? 1 794 60 6 9JZ0 t 1 ? 794 ? P03747 1 ? 794 ? 1 794 61 6 9JZ0 u 1 ? 794 ? P03747 1 ? 794 ? 1 794 62 6 9JZ0 v 1 ? 794 ? P03747 1 ? 794 ? 1 794 63 6 9JZ0 w 1 ? 794 ? P03747 1 ? 794 ? 1 794 64 6 9JZ0 x 1 ? 794 ? P03747 1 ? 794 ? 1 794 65 1 9JZ0 y 1 ? 196 ? P03724 1 ? 196 ? 1 196 66 1 9JZ0 z 1 ? 196 ? P03724 1 ? 196 ? 1 196 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 66-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 66 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB ; # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LYS A 25 ? 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ALA A 13 LEU A 20 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 AB8 LEU K 20 ? THR K 38 ? LEU A 20 THR A 38 1 ? 19 HELX_P HELX_P18 AB9 ALA K 60 ? PHE K 78 ? ALA A 60 PHE A 78 1 ? 19 HELX_P HELX_P19 AC1 TYR K 91 ? LEU K 97 ? TYR A 91 LEU A 97 1 ? 7 HELX_P HELX_P20 AC2 ASP K 99 ? ASN K 124 ? ASP A 99 ASN A 124 1 ? 26 HELX_P HELX_P21 AC3 SER K 125 ? ALA K 140 ? SER A 125 ALA A 140 1 ? 16 HELX_P HELX_P22 AC4 PRO K 191 ? GLY K 202 ? PRO A 191 GLY A 202 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 GLN K 238 ? ASP K 241 ? GLN A 238 ASP A 241 5 ? 4 HELX_P HELX_P24 AC6 TYR K 268 ? SER K 294 ? TYR A 268 SER A 294 1 ? 27 HELX_P HELX_P25 AC7 GLN K 307 ? ALA K 314 ? GLN A 307 ALA A 314 1 ? 8 HELX_P HELX_P26 AC8 ARG K 323 ? GLU K 325 ? ARG A 323 GLU A 325 5 ? 3 HELX_P HELX_P27 AC9 GLN K 335 ? PHE K 356 ? GLN A 335 PHE A 356 1 ? 22 HELX_P HELX_P28 AD1 SER K 360 ? THR K 365 ? SER A 360 THR A 365 1 ? 6 HELX_P HELX_P29 AD2 THR K 370 ? THR K 384 ? THR A 370 THR A 384 1 ? 15 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY K 387 ? GLN K 412 ? 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