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MIIPVRCFTCGKVIGNKWDTYLDLLQADYTEGDALDAIGLVRYCCRRMLMTHVDLIEKLLNYNTLEKSDAN J ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MNAPDRYERFVVPEGTKKVSYERDTKIINAASFTIEREDHTIGNIVRMQLHRDENVLFAGYQLPHPLKYKIIVRIHTTSQ SSPMQAYNQAINDLDKELDFLKSQFEAEVAKFSNPY ; ;MNAPDRYERFVVPEGTKKVSYERDTKIINAASFTIEREDHTIGNIVRMQLHRDENVLFAGYQLPHPLKYKIIVRIHTTSQ SSPMQAYNQAINDLDKELDFLKSQFEAEVAKFSNPY ; K ? 10 'polypeptide(L)' no no MDQQSEPVTYVCGDCGQENTLKSGDVIQCRECGYRILYKKRTRRVVQYEAR MDQQSEPVTYVCGDCGQENTLKSGDVIQCRECGYRILYKKRTRRVVQYEAR L ? 11 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA) ; AAGCTCAAGTACTTAAAAAAAAAAATTACGAGTA T ? 12 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT) ; TACTCGTAAGTGCCTAGCACAAGTACTTGAGCTT N ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 13 'MAGNESIUM ION' MG 14 'ZINC ION' ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 GLU n 1 3 GLU n 1 4 ALA n 1 5 SER n 1 6 SER n 1 7 SER n 1 8 ASP n 1 9 ILE n 1 10 LEU n 1 11 GLU n 1 12 ALA n 1 13 GLU n 1 14 ILE n 1 15 VAL n 1 16 GLY n 1 17 ILE n 1 18 SER n 1 19 PHE n 1 20 ALA n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 HIS n 1 25 ARG n 1 26 GLN n 1 27 ILE n 1 28 ARG n 1 29 LEU n 1 30 ALA n 1 31 SER n 1 32 ILE n 1 33 SER n 1 34 ASP n 1 35 ALA n 1 36 GLY n 1 37 ILE n 1 38 ASN n 1 39 HIS n 1 40 ALA n 1 41 SER n 1 42 GLN n 1 43 LEU n 1 44 SER n 1 45 ASN n 1 46 ALA n 1 47 PHE n 1 48 LEU n 1 49 GLY n 1 50 LEU n 1 51 PRO n 1 52 LEU n 1 53 GLU n 1 54 PHE n 1 55 GLY n 1 56 LYS n 1 57 CYS n 1 58 GLU n 1 59 ALA n 1 60 CYS n 1 61 GLY n 1 62 ALA n 1 63 THR n 1 64 GLU n 1 65 PRO n 1 66 ASP n 1 67 LYS n 1 68 CYS n 1 69 GLU n 1 70 GLY n 1 71 HIS n 1 72 PHE n 1 73 GLY n 1 74 TYR n 1 75 ILE n 1 76 HIS n 1 77 LEU n 1 78 PRO n 1 79 VAL 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N . n # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 MG ? ? MG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 ZN ? ? ZN ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 13 MG 1 2101 2001 MG MG A . N 14 ZN 1 2102 2002 ZN ZN A . O 14 ZN 1 501 501 ZN ZN C . P 14 ZN 1 201 201 ZN ZN H . Q 14 ZN 1 201 201 ZN ZN I . R 14 ZN 1 202 203 ZN ZN I . S 14 ZN 1 101 101 ZN ZN J . 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.806 ? 32321 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.991 ? 3463 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.049 ? 3625 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 4063 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9K19 _struct.title 'A cryo-EM structure of B. oleracea RNA polymerase V in complex with 8U sacffold at 4.06 Angstrom' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9K19 _struct_keywords.text 'DNA-dependent RNA polymerase V, TRANSCRIPTION, plant' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 14 ? P N N 14 ? Q N N 14 ? 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J CYS 45 J ZN 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? ? metalc20 metalc ? ? J CYS 12 SG ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? L CYS 12 L ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? ? metalc21 metalc ? ? J CYS 15 SG ? ? ? 1_555 T ZN . ZN ? ? L CYS 15 L ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? ? hydrog1 hydrog ? ? K DT 5 N3 ? ? ? 1_555 L DA 30 N1 ? ? T DT 5 N DA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? K DT 5 O4 ? ? ? 1_555 L DA 30 N6 ? ? T DT 5 N DA 30 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? K DC 6 N3 ? ? ? 1_555 L DG 29 N1 ? ? T DC 6 N DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? K DC 6 N4 ? ? ? 1_555 L DG 29 O6 ? ? T DC 6 N DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? K DC 6 O2 ? ? ? 1_555 L DG 29 N2 ? ? T DC 6 N DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? K DA 7 N3 ? ? ? 1_555 L DG 29 N2 ? ? T DA 7 N DG 29 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DA-DG MISPAIR' ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? K DG 9 N1 ? ? ? 1_555 L DC 26 N3 ? ? T DG 9 N DC 26 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 OD1 ? 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