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L LYS 145 NZ # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9KHT _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 9KHT _struct.title 'cryo-EM structure of Ufd2/Ubc4-Ub in complex with K29-linked triUb (dimeric conformation)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9KHT _struct_keywords.text 'E4 enzyme, Ub ligase, Ufd2, Ubc4, Branching, K48/29, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 3 ? L N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP UBC_HUMAN P0CG48 ? 1 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 2 UNP RS27A_HUMAN P62979 ? 2 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 3 UNP UFD2_YEAST P54860 ? 3 ;MTAIEDILQITTDPSDTRGYSLLKSEEVPQGSTLGVDFIDTLLLYQLTENEKLDKPFEYLNDCFRRNQQQKRITKNKPNA ESLHSTFQEIDRLVIGYGVVALQIENFCMNGAFINYITGIVSNVNSYTDFLSQIIQRAILEGTALDLLNAVFPTLLEYCN KHVSHFDLNESVIYNNVLTIFELFVTFKPIAEIFTKIDGFFADYSCKPQDFERKTILGPILSLSPIEAAVAIRNYGDNLL RSKQQTAMIHESLQAEHKVVIDRLFFIVDKLVRGSLNSRTDMISYFAHIANKNHLRRADHPPFKELSSNGFMSNITLLLV RFSQPFLDISYKKIDKIDANYFNNPSLFIDLSGETRLNSDFKEADAFYDKNRKTADSKPNFISDCFFLTLTYLHYGLGGT LSFEEKMGSEIKALKEEIEKVKKIAANHDVFARFITAQLSKMEKALKTTESLRFALQGFFAHRSLQLEVFDFICGASTFL IRVVDPEHEFPFKQIKLPLIPDQIGVENVDNADFLRAHAPVPFKYYPEFVVEGPVNYSLYISKYQTSPIFRNPRLGSFVE FTTMVLRCPELVSNPHLKGKLVQLLSVGAMPLTDNSPGFMMDIFEHDELVNKNLLYALLDFYVIVEKTGSSSQFYDKFNS RYSISIILEELYYKIPSYKNQLIWQSQNNADFFVRFVARMLNDLTFLLDEGLSNLAEVHNIQNELDNRARGAPPTREEED KELQTRLASASRQAKSSCGLADKSMKLFEIYSKDIPAAFVTPEIVYRLASMLNYNLESLVGPKCGELKVKDPQSYSFNPK DLLKALTTVYINLSEQSEFISAVAKDERSFNRNLFVRAVDILGRKTGLASPEFIEKLLNFANKAEEQRKADEEEDLEYGD VPDEFLDPLMYTIMKDPVILPASKMNIDRSTIKAHLLSDSTDPFNRMPLKLEDVTPNEELRQKILCFKKQKKEEA ; 1 4 UNP UBC4_YEAST P15731 ? 4 ;MSSSKRIAKELSDLERDPPTSCSAGPVGDDLYHWQASIMGPADSPYAGGVFFLSIHFPTDYPFKPPKISFTTKIYHPNIN ANGNICLDILKDQWSPALTLSKVLLSICSLLTDANPDDPLVPEIAHIYKTDRPKYEATAREWTKKYAV ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9KHT D 1 ? 76 ? P0CG48 1 ? 76 ? 1 76 2 2 9KHT E 1 ? 76 ? P62979 1 ? 76 ? 1 76 3 2 9KHT F 1 ? 76 ? P62979 1 ? 76 ? 1 76 4 1 9KHT d 1 ? 76 ? P0CG48 1 ? 76 ? 1 76 5 2 9KHT e 1 ? 76 ? P62979 1 ? 76 ? 1 76 6 2 9KHT f 1 ? 76 ? P62979 1 ? 76 ? 1 76 7 2 9KHT C 1 ? 76 ? P62979 1 ? 76 ? 1 76 8 2 9KHT c 1 ? 76 ? P62979 1 ? 76 ? 1 76 9 3 9KHT A 1 ? 955 ? P54860 1 ? 955 ? 1 955 10 4 9KHT B 1 ? 148 ? P15731 1 ? 148 ? 1 148 11 3 9KHT a 1 ? 955 ? P54860 1 ? 955 ? 1 955 12 4 9KHT b 1 ? 148 ? P15731 1 ? 148 ? 1 148 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 9KHT CYS D 48 ? UNP P0CG48 LYS 48 'engineered mutation' 48 1 4 9KHT CYS d 48 ? UNP P0CG48 LYS 48 'engineered mutation' 48 2 10 9KHT SER B 22 ? UNP P15731 CYS 22 'engineered mutation' 22 3 10 9KHT SER B 108 ? UNP P15731 CYS 108 'engineered mutation' 108 4 12 9KHT SER b 22 ? UNP P15731 CYS 22 'engineered mutation' 22 5 12 9KHT SER b 108 ? UNP P15731 CYS 108 'engineered mutation' 108 6 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 12-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 22 ? ALA A 28 ? THR D 22 ALA D 28 1 ? 7 HELX_P HELX_P2 AA2 ILE A 30 ? GLY A 35 ? ILE D 30 GLY D 35 1 ? 6 HELX_P HELX_P3 AA3 PRO A 37 ? GLN A 41 ? PRO D 37 GLN D 41 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 THR A 55 ? TYR A 59 ? THR D 55 TYR D 59 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 THR B 22 ? LYS B 29 ? THR E 22 LYS E 29 1 ? 8 HELX_P HELX_P6 AA6 ILE B 30 ? GLY B 35 ? ILE E 30 GLY E 35 1 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 PRO B 37 ? GLN B 41 ? PRO E 37 GLN E 41 5 ? 5 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 55 ? TYR B 59 ? THR E 55 TYR E 59 5 ? 5 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 22 ? GLY C 35 ? THR F 22 GLY F 35 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 37 ? ASP C 39 ? PRO F 37 ASP F 39 5 ? 3 HELX_P HELX_P11 AB2 THR C 55 ? ASN C 60 ? THR F 55 ASN F 60 5 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 THR D 22 ? ALA D 28 ? THR d 22 ALA d 28 1 ? 7 HELX_P HELX_P13 AB4 ILE D 30 ? GLY D 35 ? ILE d 30 GLY d 35 1 ? 6 HELX_P HELX_P14 AB5 PRO D 37 ? GLN D 41 ? PRO d 37 GLN d 41 5 ? 5 HELX_P HELX_P15 AB6 THR D 55 ? ASN D 60 ? THR d 55 ASN d 60 5 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 THR E 22 ? LYS E 29 ? THR e 22 LYS e 29 1 ? 8 HELX_P HELX_P17 AB8 ILE E 30 ? GLY E 35 ? ILE e 30 GLY e 35 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 PRO E 37 ? GLN E 41 ? PRO e 37 GLN e 41 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 THR F 22 ? GLY F 35 ? THR f 22 GLY f 35 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 PRO F 37 ? GLN F 41 ? PRO f 37 GLN f 41 5 ? 5 HELX_P HELX_P21 AC3 THR F 55 ? ASN F 60 ? THR f 55 ASN f 60 5 ? 6 HELX_P HELX_P22 AC4 THR G 22 ? ALA G 28 ? THR C 22 ALA C 28 1 ? 7 HELX_P HELX_P23 AC5 PRO G 37 ? GLN G 41 ? PRO C 37 GLN C 41 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 THR G 55 ? ASN G 60 ? THR C 55 ASN C 60 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 THR H 22 ? ALA H 28 ? THR c 22 ALA c 28 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 AC8 PRO H 37 ? GLN H 41 ? PRO c 37 GLN c 41 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 AC9 THR H 55 ? ASN H 60 ? THR c 55 ASN c 60 1 ? 6 HELX_P HELX_P28 AD1 THR I 2 ? LEU I 8 ? THR A 2 LEU A 8 1 ? 7 HELX_P HELX_P29 AD2 GLY I 35 ? ASP I 37 ? GLY A 35 ASP A 37 5 ? 3 HELX_P HELX_P30 AD3 PHE I 38 ? THR I 48 ? PHE A 38 THR A 48 1 ? 11 HELX_P HELX_P31 AD4 LYS I 55 ? ASN I 76 ? LYS A 55 ASN A 76 1 ? 22 HELX_P HELX_P32 AD5 LEU I 83 ? LEU I 102 ? LEU A 83 LEU A 102 1 ? 20 HELX_P HELX_P33 AD6 ALA I 112 ? ASN I 123 ? ALA A 112 ASN A 123 1 ? 12 HELX_P HELX_P34 AD7 ASN I 123 ? THR I 128 ? ASN A 123 THR A 128 1 ? 6 HELX_P HELX_P35 AD8 ASP I 129 ? GLY I 142 ? ASP A 129 GLY A 142 1 ? 14 HELX_P HELX_P36 AD9 ALA I 144 ? HIS I 162 ? ALA A 144 HIS A 162 1 ? 19 HELX_P HELX_P37 AE1 ILE I 173 ? VAL I 185 ? ILE A 173 VAL A 185 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 PHE I 187 ? THR I 195 ? PHE A 187 THR A 195 1 ? 9 HELX_P HELX_P39 AE3 LYS I 207 ? GLU I 212 ? LYS A 207 GLU A 212 5 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 GLU I 227 ? GLY I 236 ? GLU A 227 GLY A 236 1 ? 10 HELX_P HELX_P41 AE5 SER I 242 ? ARG I 273 ? SER A 242 ARG A 273 1 ? 32 HELX_P HELX_P42 AE6 SER I 275 ? LYS I 292 ? SER A 275 LYS A 292 1 ? 18 HELX_P HELX_P43 AE7 ASN I 293 ? ALA I 298 ? ASN A 293 ALA A 298 5 ? 6 HELX_P HELX_P44 AE8 PRO I 302 ? LEU I 306 ? PRO A 302 LEU A 306 5 ? 5 HELX_P HELX_P45 AE9 SER I 308 ? VAL I 320 ? SER A 308 VAL A 320 1 ? 13 HELX_P HELX_P46 AF1 PHE I 322 ? LEU I 327 ? PHE A 322 LEU A 327 1 ? 6 HELX_P HELX_P47 AF2 LYS I 333 ? ILE I 337 ? LYS A 333 ILE A 337 5 ? 5 HELX_P HELX_P48 AF3 ASP I 338 ? ASN I 343 ? ASP A 338 ASN A 343 5 ? 6 HELX_P HELX_P49 AF4 ASP I 360 ? ARG I 372 ? ASP A 360 ARG A 372 1 ? 13 HELX_P HELX_P50 AF5 ASN I 380 ? GLY I 396 ? ASN A 380 GLY A 396 1 ? 17 HELX_P HELX_P51 AF6 GLY I 396 ? LYS I 406 ? GLY A 396 LYS A 406 1 ? 11 HELX_P HELX_P52 AF7 LYS I 406 ? GLU I 417 ? LYS A 406 GLU A 417 1 ? 12 HELX_P HELX_P53 AF8 VAL I 430 ? ALA I 461 ? VAL A 430 ALA A 461 1 ? 32 HELX_P HELX_P54 AF9 HIS I 462 ? ASP I 485 ? HIS A 462 ASP A 485 1 ? 24 HELX_P HELX_P55 AG1 PRO I 522 ? TYR I 526 ? PRO A 522 TYR A 526 5 ? 5 HELX_P HELX_P56 AG2 GLU I 528 ? SER I 542 ? GLU A 528 SER A 542 1 ? 15 HELX_P HELX_P57 AG3 GLY I 556 ? LEU I 566 ? GLY A 556 LEU A 566 1 ? 11 HELX_P HELX_P58 AG4 ASN I 574 ? MET I 590 ? ASN A 574 MET A 590 1 ? 17 HELX_P HELX_P59 AG5 MET I 600 ? HIS I 606 ? 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ASP b 131 TYR b 146 1 ? 16 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ARG 74 E . ? ARG 74 e GLY 75 E ? GLY 75 e 1 1.61 2 ASP 13 I . ? ASP 13 A PRO 14 I ? PRO 14 A 1 -19.84 3 LYS 24 I . ? LYS 24 A SER 25 I ? SER 25 A 1 -7.81 4 PHE 490 I . ? PHE 490 A PRO 491 I ? 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