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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Shen, Y.' 1 0009-0002-8515-3104 primary 'Liu, Y.' 2 ? primary 'Guo, M.' 3 ? primary 'Mao, S.' 4 ? primary 'Chen, R.' 5 0000-0003-3821-0436 primary 'Wang, M.' 6 ? primary 'Li, Z.' 7 ? primary 'Li, Y.' 8 ? primary 'Chen, W.' 9 ? primary 'Chen, F.' 10 ? primary 'Wu, B.' 11 0000-0003-2502-9785 primary 'Wang, C.' 12 0000-0001-7477-5376 primary 'Chen, W.' 13 0000-0003-3263-1627 primary 'Cui, H.' 14 0000-0002-6190-6135 primary 'Yuan, K.' 15 0000-0001-7002-5703 primary 'Huang, H.' 16 0000-0001-6741-7677 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.3' 15229.787 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 12925.096 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-J' 13804.045 2 ? ? ? ? 5 polymer man '601 DNA_R (189-MER)' 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N N N 8 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H33_HUMAN P84243 ? 1 ;ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPSTGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKT DLRFQSAAIGALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 2 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 2 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKK ; 2 4 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 4 ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 2 5 PDB 9L1X 9L1X ? 5 ? 1 6 PDB 9L1X 9L1X ? 6 ? 1 7 UNP DEK_HUMAN P35659 ? 7 ;MSASAPAAEGEGTPTQPASEKEPEMPGPREESEEEEDEDDEEEEEEEKEKSLIVEGKREKKKVERLTMQVSSLQREPFTI AQGKGQKLCEIERIHFFLSKKKTDELRNLHKLLYNRPGTVSSLKKNVGQFSGFPFEKGSVQYKKKEEMLKKFRNAMLKSI CEVLDLERSGVNSELVKRILNFLMHPKPSGKPLPKSKKTCSKGSKKERNSSGMARKAKRTKCPEILSDESSSDEDEKKNK EESSDDEDKESEEEPPKKTAKREKPKQKATSKSKKSVKSANVKKADSSTTKKNQNSSKKESESEDSSDDEPLIKKLKKPP TDEELKETIKKLLASANLEEVTMKQICKKVYENYPTYDLTERKDFIKTTVKELIS ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9L1X A 1 ? 135 ? P84243 2 ? 136 ? 1 135 2 2 9L1X B 1 ? 102 ? P62805 2 ? 103 ? 1 102 3 3 9L1X C 1 ? 119 ? P04908 2 ? 120 ? 1 119 4 4 9L1X D 1 ? 125 ? P06899 2 ? 126 ? 1 125 5 1 9L1X E 1 ? 135 ? P84243 2 ? 136 ? 1 135 6 2 9L1X F 1 ? 102 ? P62805 2 ? 103 ? 1 102 7 3 9L1X G 1 ? 119 ? P04908 2 ? 120 ? 1 119 8 4 9L1X H 1 ? 125 ? P06899 2 ? 126 ? 1 125 9 5 9L1X I 1 ? 189 ? 9L1X -94 ? 94 ? -94 94 10 6 9L1X J 1 ? 189 ? 9L1X -94 ? 94 ? -94 94 11 7 9L1X K 1 ? 375 ? P35659 1 ? 375 ? 1 375 12 7 9L1X L 1 ? 375 ? 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GLY G 46 ASN G 73 1 ? 28 HELX_P HELX_P30 AD3 ILE G 79 ? ASN G 89 ? ILE G 79 ASN G 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP G 90 ? LEU G 97 ? ASP G 90 LEU G 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 GLN G 112 ? LEU G 116 ? GLN G 112 LEU G 116 5 ? 5 HELX_P HELX_P33 AD6 TYR H 37 ? HIS H 49 ? TYR H 37 HIS H 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 SER H 55 ? ASN H 84 ? SER H 55 ASN H 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P35 AD8 THR H 90 ? LEU H 102 ? THR H 90 LEU H 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P36 AD9 PRO H 103 ? ALA H 124 ? PRO H 103 ALA H 124 1 ? 22 HELX_P HELX_P37 AE1 ILE K 91 ? LYS K 101 ? ILE K 91 LYS K 101 1 ? 11 HELX_P HELX_P38 AE2 LYS K 102 ? ASN K 115 ? LYS K 102 ASN K 115 1 ? 14 HELX_P HELX_P39 AE3 THR K 119 ? GLN K 129 ? THR K 119 GLN K 129 1 ? 11 HELX_P HELX_P40 AE4 SER K 139 ? LYS K 151 ? SER K 139 LYS K 151 1 ? 13 HELX_P HELX_P41 AE5 ARG K 153 ? LEU K 164 ? ARG K 153 LEU K 164 1 ? 12 HELX_P HELX_P42 AE6 VAL K 171 ? HIS K 185 ? VAL K 171 HIS K 185 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? I DG 14 O6 ? ? ? 1_555 J DC 176 N4 ? ? I DG -81 J DC 81 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? I DC 15 N3 ? ? ? 1_555 J DG 175 N1 ? ? I DC -80 J DG 80 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? I DC 15 N4 ? ? ? 1_555 J DG 175 O6 ? ? I DC -80 J DG 80 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? I DC 15 O2 ? ? ? 1_555 J DG 175 N2 ? ? I DC -80 J DG 80 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? I DA 16 N1 ? ? ? 1_555 J DT 174 N3 ? ? I DA -79 J DT 79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? I DA 16 N6 ? ? ? 1_555 J DT 174 O4 ? ? I DA -79 J DT 79 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? I DC 17 N3 ? ? ? 1_555 J DG 173 N1 ? ? I DC -78 J DG 78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog17 hydrog ? ? I DC 17 N4 ? ? ? 1_555 J DG 173 O6 ? ? I DC -78 J DG 78 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog18 hydrog ? ? I DC 17 O2 ? ? ? 1_555 J DG 173 N2 ? ? 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J 53 ? 1 I DA 42 1_555 J DT 148 1_555 I DC 43 1_555 J DG 147 1_555 0.144 -0.265 3.261 -3.183 2.821 31.947 -0.976 -0.822 3.198 5.097 5.752 32.221 32 II_DA-53DC-52:DG52DT53_JJ I -53 ? J 53 ? I -52 ? J 52 ? 1 I DC 43 1_555 J DG 147 1_555 I DG 44 1_555 J DC 146 1_555 -0.195 -0.557 3.246 -4.500 8.105 32.662 -2.226 -0.371 3.025 14.063 7.807 33.918 33 II_DC-52DG-51:DC51DG52_JJ I -52 ? J 52 ? I -51 ? J 51 ? 1 I DG 44 1_555 J DC 146 1_555 I DT 45 1_555 J DA 145 1_555 0.015 -0.742 3.514 2.013 3.787 34.010 -1.891 0.310 3.409 6.442 -3.424 34.272 34 II_DG-51DT-50:DA50DC51_JJ I -51 ? J 51 ? I -50 ? J 50 ? 1 I DT 45 1_555 J DA 145 1_555 I DG 46 1_555 J DC 144 1_555 0.028 0.417 3.418 4.270 9.286 37.288 -0.587 0.516 3.405 14.200 -6.530 38.615 35 II_DT-50DG-49:DC49DA50_JJ I -50 ? J 50 ? I -49 ? J 49 ? 1 I DG 46 1_555 J DC 144 1_555 I DC 47 1_555 J DG 143 1_555 0.480 0.591 3.236 2.339 1.407 37.063 0.741 -0.443 3.278 2.210 -3.673 37.160 36 II_DG-49DC-48:DG48DC49_JJ I -49 ? J 49 ? I -48 ? J 48 ? 1 I DC 47 1_555 J DG 143 1_555 I DC 48 1_555 J DG 142 1_555 -0.519 1.094 3.428 -0.423 -0.114 37.843 1.702 0.743 3.430 -0.176 0.652 37.845 37 II_DC-48DC-47:DG47DG48_JJ I -48 ? J 48 ? I -47 ? J 47 ? 1 I DC 48 1_555 J DG 142 1_555 I DT 49 1_555 J DA 141 1_555 0.706 1.989 3.665 1.291 -1.710 40.104 3.113 -0.865 3.601 -2.491 -1.881 40.159 38 II_DC-47DT-46:DA46DG47_JJ I -47 ? J 47 ? I -46 ? J 46 ? 1 I DT 49 1_555 J DA 141 1_555 I DG 50 1_555 J DC 140 1_555 -0.315 2.227 3.698 -0.894 -4.723 42.746 3.550 0.333 3.450 -6.455 1.222 43.003 39 II_DT-46DG-45:DC45DA46_JJ I -46 ? J 46 ? I -45 ? J 45 ? 1 I DG 50 1_555 J DC 140 1_555 I DG 51 1_555 J DC 139 1_555 -0.413 1.403 3.411 -3.404 0.356 37.984 2.100 0.179 3.446 0.545 5.216 38.132 40 II_DG-45DG-44:DC44DC45_JJ I -45 ? J 45 ? I -44 ? J 44 ? 1 I DG 51 1_555 J DC 139 1_555 I DA 52 1_555 J DT 138 1_555 -0.755 0.173 3.288 -5.628 7.181 35.821 -0.724 0.410 3.337 11.448 8.971 36.927 41 II_DG-44DA-43:DT43DC44_JJ I -44 ? J 44 ? I -43 ? J 43 ? 1 I DA 52 1_555 J DT 138 1_555 I DG 53 1_555 J DC 137 1_555 -0.313 -0.127 3.351 -4.155 5.156 30.461 -1.247 -0.233 3.299 9.671 7.793 31.156 42 II_DA-43DG-42:DC42DT43_JJ I -43 ? J 43 ? I -42 ? J 42 ? 1 I DG 53 1_555 J DC 137 1_555 I DA 54 1_555 J DT 136 1_555 0.160 -0.173 3.315 -3.528 9.611 32.899 -1.799 -0.824 3.110 16.479 6.050 34.413 43 II_DG-42DA-41:DT41DC42_JJ I -42 ? J 42 ? I -41 ? J 41 ? 1 I DA 54 1_555 J DT 136 1_555 I DC 55 1_555 J DG 135 1_555 0.520 -0.944 3.357 -0.724 6.346 30.637 -2.947 -1.101 3.091 11.849 1.351 31.280 44 II_DA-41DC-40:DG40DT41_JJ I -41 ? J 41 ? I -40 ? J 40 ? 1 I DC 55 1_555 J DG 135 1_555 I DT 56 1_555 J DA 134 1_555 -0.181 -0.561 3.386 3.852 5.988 32.844 -1.969 0.956 3.195 10.438 -6.714 33.586 45 II_DC-40DT-39:DA39DG40_JJ I -40 ? J 40 ? I -39 ? J 39 ? 1 I DT 56 1_555 J DA 134 1_555 I DA 57 1_555 J DT 133 1_555 0.372 0.259 3.422 3.248 3.217 39.244 -0.015 -0.148 3.451 4.770 -4.816 39.499 46 II_DT-39DA-38:DT38DA39_JJ I -39 ? J 39 ? I -38 ? J 38 ? 1 I DA 57 1_555 J DT 133 1_555 I DG 58 1_555 J DC 132 1_555 0.061 0.439 3.535 1.893 1.280 32.427 0.541 0.250 3.547 2.288 -3.384 32.505 47 II_DA-38DG-37:DC37DT38_JJ I -38 ? J 38 ? I -37 ? J 37 ? 1 I DG 58 1_555 J DC 132 1_555 I DG 59 1_555 J DC 131 1_555 -0.106 0.819 3.563 -1.139 -0.104 37.789 1.279 0.004 3.563 -0.161 1.758 37.806 48 II_DG-37DG-36:DC36DC37_JJ I -37 ? J 37 ? I -36 ? J 36 ? 1 I DG 59 1_555 J DC 131 1_555 I DG 60 1_555 J DC 130 1_555 -0.747 2.336 3.682 -0.345 -8.030 48.837 3.431 0.866 3.288 -9.636 0.414 49.454 49 II_DG-36DG-35:DC35DC36_JJ I -36 ? J 36 ? I -35 ? J 35 ? 1 I DG 60 1_555 J DC 130 1_555 I DA 61 1_555 J DT 129 1_555 0.056 1.150 3.532 -3.967 1.181 32.271 1.829 -0.851 3.539 2.113 7.100 32.528 50 II_DG-35DA-34:DT34DC35_JJ I -35 ? J 35 ? I -34 ? J 34 ? 1 I DA 61 1_555 J DT 129 1_555 I DG 62 1_555 J DC 128 1_555 -0.801 0.604 3.332 -5.121 3.550 32.487 0.432 0.501 3.459 6.274 9.050 33.063 51 II_DA-34DG-33:DC33DT34_JJ I -34 ? J 34 ? I -33 ? J 33 ? 1 I DG 62 1_555 J DC 128 1_555 I DT 63 1_555 J DA 127 1_555 0.254 -0.084 3.278 -6.542 4.521 33.036 -0.863 -1.478 3.133 7.810 11.301 33.954 52 II_DG-33DT-32:DA32DC33_JJ I -33 ? J 33 ? I -32 ? J 32 ? 1 I DT 63 1_555 J DA 127 1_555 I DA 64 1_555 J DT 126 1_555 0.013 -0.282 3.261 -1.103 7.608 37.217 -1.394 -0.159 3.144 11.767 1.706 37.975 53 II_DT-32DA-31:DT31DA32_JJ I -32 ? J 32 ? I -31 ? J 31 ? 1 I DA 64 1_555 J DT 126 1_555 I DA 65 1_555 J DT 125 1_555 0.199 -0.661 3.345 -2.179 7.287 31.962 -2.418 -0.725 3.103 13.004 3.888 32.831 54 II_DA-31DA-30:DT30DT31_JJ I -31 ? J 31 ? I -30 ? J 30 ? 1 I DA 65 1_555 J DT 125 1_555 I DT 66 1_555 J DA 124 1_555 0.250 -0.769 3.433 1.373 3.169 31.202 -2.040 -0.194 3.348 5.869 -2.543 31.388 55 II_DA-30DT-29:DA29DT30_JJ I -30 ? J 30 ? I -29 ? J 29 ? 1 I DT 66 1_555 J DA 124 1_555 I DC 67 1_555 J DG 123 1_555 -0.138 -0.001 3.349 2.262 2.567 34.799 -0.398 0.580 3.326 4.279 -3.770 34.962 56 II_DT-29DC-28:DG28DA29_JJ I -29 ? J 29 ? I -28 ? 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J -2 ? 1 I DG 97 1_555 J DC 93 1_555 I DC 98 1_555 J DG 92 1_555 -0.381 -0.121 3.453 0.750 2.282 33.544 -0.602 0.788 3.429 3.948 -1.298 33.628 87 II_DG2DC3:DG-3DC-2_JJ I 2 ? J -2 ? I 3 ? J -3 ? 1 I DC 98 1_555 J DG 92 1_555 I DG 99 1_555 J DC 91 1_555 0.399 0.790 3.426 1.862 1.652 35.893 1.031 -0.367 3.474 2.677 -3.017 35.977 88 II_DC3DG4:DC-4DG-3_JJ I 3 ? J -3 ? I 4 ? J -4 ? 1 I DG 99 1_555 J DC 91 1_555 I DT 100 1_555 J DA 90 1_555 -0.144 0.971 3.633 1.837 -4.036 38.755 1.989 0.459 3.508 -6.058 -2.757 38.998 89 II_DG4DT5:DA-5DC-4_JJ I 4 ? J -4 ? I 5 ? J -5 ? 1 I DT 100 1_555 J DA 90 1_555 I DA 101 1_555 J DT 89 1_555 -0.515 1.654 3.567 -1.359 -3.133 39.994 2.794 0.584 3.448 -4.571 1.982 40.134 90 II_DT5DA6:DT-6DA-5_JJ I 5 ? J -5 ? I 6 ? J -6 ? 1 I DA 101 1_555 J DT 89 1_555 I DC 102 1_555 J DG 88 1_555 -0.022 1.319 3.451 -5.375 -5.535 41.711 2.405 -0.534 3.237 -7.695 7.472 42.387 91 II_DA6DC7:DG-7DT-6_JJ I 6 ? J -6 ? I 7 ? 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