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EMD-62992 'focused EM volume' EMDB ;Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 wide-type S trimer in the early fusion intermediate conformation (E-FIC) complexed with ACE2 and 76E1-Fab (focused refinement of the S2-76E1) ; EMD-63000 'associated EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 2 llsun@fudan.edu.cn Lei Sun ? 'principal investigator/group leader' 0000-0001-8741-0202 4 sunxiaoyu@fudan.edu.cn Xiaoyu Sun ? 'principal investigator/group leader' 0009-0000-1265-4544 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Liu, Z.M.' 1 ? 'Bao, Z.H.' 2 ? 'Sun, X.Y.' 3 ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.388 ? 27489 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 15.987 ? 7236 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.039 ? 3225 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 3519 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9LD2 _struct.title ;Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 wide-type S trimer in the early fusion intermediate conformation (E-FIC) complexed with ACE2 and 76E1-Fab (focused refinement of the S2-76E1) ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9LD2 _struct_keywords.text 'Spike, ACE2 and 76E1-Fab complex, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? 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AA N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 1 ;MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFD NPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVY SSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQT LLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRV QPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSF VIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPC NGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFL PFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGS NVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTI SVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGF NFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAG TITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALN TLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRV DFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNT FVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDL QELGKYEQ ; 1 2 PDB 9LD2 9LD2 ? 2 ? 1 3 PDB 9LD2 9LD2 ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9LD2 A 1 ? 1208 ? 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THR L 185 LYS L 190 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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D CYS 738 SG ? ? ? 1_555 D CYS 760 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf11 disulf ? ? D CYS 743 SG ? ? ? 1_555 D CYS 749 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? D CYS 840 SG ? ? ? 1_555 D CYS 851 SG ? ? B CYS 840 B CYS 851 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf13 disulf ? ? D CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 D CYS 1043 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf14 disulf ? ? D CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 D CYS 1126 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? I CYS 22 I CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf16 disulf ? ? E CYS 148 SG ? ? ? 1_555 E CYS 204 SG ? ? I CYS 148 I CYS 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf17 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 90 SG ? ? J CYS 22 J CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf18 disulf ? ? F CYS 138 SG ? ? ? 1_555 F CYS 197 SG ? ? J CYS 138 J CYS 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf19 disulf ? ? G CYS 738 SG ? ? ? 1_555 G CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf20 disulf ? ? G CYS 743 SG ? ? ? 1_555 G CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf21 disulf ? ? G CYS 840 SG ? ? ? 1_555 G CYS 851 SG ? ? C CYS 840 C CYS 851 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf22 disulf ? ? G CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 G CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf23 disulf ? ? G CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 G CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf24 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 96 SG ? ? K CYS 22 K CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf25 disulf ? ? H CYS 148 SG ? ? ? 1_555 H CYS 204 SG ? ? K CYS 148 K CYS 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf26 disulf ? ? I CYS 22 SG ? ? ? 1_555 I CYS 90 SG ? ? L CYS 22 L CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf27 disulf ? ? 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