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EMDB EMD-63262 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-07-29 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-07-29 ? 3 'Additional map' 1 0 2026-07-29 1 4 'Half map' 1 0 2026-07-29 1 5 'Half map' 1 0 2026-07-29 2 6 Image 1 0 2026-07-29 ? 7 'Primary map' 1 0 2026-07-29 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 'Additional map' repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 Image repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9LOX _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-01-23 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBJ _pdbx_database_status.process_site PDBJ _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of the chromatin remodeler Rad26 bound to the nucleosome at SHL6' _pdbx_database_related.db_id EMD-63262 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 4 _pdbx_contact_author.email kurumizaka@iqb.u-tokyo.ac.jp _pdbx_contact_author.name_first Hitoshi _pdbx_contact_author.name_last Kurumizaka _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-7412-3722 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Fukushima, Y.' 1 0000-0001-6570-2036 'Takizawa, Y.' 2 0000-0002-6265-4830 'Kinoshita, C.' 3 0000-0002-6638-011X 'Ogasawara, M.' 4 ? 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no ;GSHMSGRGKGGKGLGKSGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISALIYEEVRAVLKTFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GSHMSGRGKGGKGLGKSGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISALIYEEVRAVLKTFLENVIRDAVTYTEHA KRKTVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GSHMSGGKGKASSAEKASTSRSSKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKS RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGHVTIAQGGVLPNIQSELLPKKSAKAKASQEL ; ;GSHMSGGKGKASSAEKASTSRSSKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKS RIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGHVTIAQGGVLPNIQSELLPKKSAKAKASQEL ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;GSHMAPKAEKKPASKAPAEKKPTAGKKTSSSSEPKKRSKVRKESYASYIYKVLKQTHPDTGISQKAMSIMNSFVNDIFER IASEASKLASYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELSKHAVSEGTRAVTKYTSSTQA ; ;GSHMAPKAEKKPASKAPAEKKPTAGKKTSSSSEPKKRSKVRKESYASYIYKVLKQTHPDTGISQKAMSIMNSFVNDIFER IASEASKLASYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELSKHAVSEGTRAVTKYTSSTQA ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) 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(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG) ; ;TCTATGAATTTCGCGACACAAGGCCTGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGT TAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGG GATTCTCAG ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GPLGSHMNEEPDDLTSLGVELVGQDTLEHQIASMADTAMLERDKELELKRLEKTKSQIQKWQSKQRSLESKINSRNTKIS ERERFRKELKDIEENELKVLRDDLKEINTRLQETMKASSLKAKETLDEVEQLPNETKKDFLIRTGKITAFGSVNAFTQDN PEAPVEKSHQSLIAPGIDDDDDYVYPGEIEEIEEIETENESDDQAAIISSKKRKRARSIEHDDVYVNSDSTEDEYDTQTT 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DFMLVQNGYKADSQTILNSFKEINNIILMRSMLKQICKWDSKEKVWILKDEYVE ; K ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 SER n 1 3 HIS n 1 4 MET n 1 5 ALA n 1 6 ARG n 1 7 THR n 1 8 LYS n 1 9 GLN n 1 10 THR n 1 11 ALA n 1 12 ARG n 1 13 LYS n 1 14 SER n 1 15 THR n 1 16 GLY n 1 17 GLY n 1 18 LYS n 1 19 ALA n 1 20 PRO n 1 21 ARG n 1 22 LYS n 1 23 GLN n 1 24 LEU n 1 25 ALA n 1 26 SER n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 ALA n 1 30 ARG n 1 31 LYS n 1 32 SER n 1 33 ALA n 1 34 PRO n 1 35 SER n 1 36 ALA n 1 37 ALA n 1 38 GLY n 1 39 GLY n 1 40 VAL n 1 41 LYS n 1 42 LYS n 1 43 PRO n 1 44 HIS n 1 45 ARG n 1 46 TYR n 1 47 LYS n 1 48 PRO n 1 49 GLY n 1 50 THR n 1 51 VAL n 1 52 ALA n 1 53 LEU n 1 54 ARG n 1 55 GLU n 1 56 ILE n 1 57 ARG n 1 58 ARG n 1 59 PHE n 1 60 GLN n 1 61 LYS n 1 62 SER n 1 63 THR n 1 64 GLU n 1 65 LEU n 1 66 LEU n 1 67 ILE n 1 68 ARG n 1 69 LYS n 1 70 LEU n 1 71 PRO n 1 72 PHE n 1 73 GLN n 1 74 ARG n 1 75 LEU n 1 76 VAL n 1 77 ARG 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K N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP C4R2J7_KOMPG C4R2J7 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLASKAARKSAPSAAGGVKKPHRYKPGTVALREIRRFQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDF KTDLRFQSSAIGALQESVEAYLVSLFEDTNLCAIHAKRVTIQKKDILLARRLRGERS ; 1 2 UNP C4R2J6_KOMPG C4R2J6 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKSGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISALIYEEVRAVLKTFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP C4R0M8_KOMPG C4R0M8 ? 3 ;MSGGKGKASSAEKASTSRSSKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKSRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGHVTIAQGGVLPNIQSELLPKKSAKAKASQEL ; 1 4 UNP C4R0M7_KOMPG C4R0M7 ? 4 ;MAPKAEKKPASKAPAEKKPTAGKKTSSSSEPKKRSKVRKESYASYIYKVLKQTHPDTGISQKAMSIMNSFVNDIFERIAS EASKLASYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELSKHAVSEGTRAVTKYTSSTQA ; 1 5 PDB 9LOX 9LOX ? 5 ? 1 6 PDB 9LOX 9LOX ? 6 ? 1 7 UNP F2QSG0_KOMPC F2QSG0 ? 7 ;MNEEPDDLTSLGVELVGQDTLEHQIASMADTAMLERDKELELKRLEKTKSQIQKWQSKQRSLESKINSRNTKISERERFR KELKDIEENELKVLRDDLKEINTRLQETMKASSLKAKETLDEVEQLPNETKKDFLIRTGKITAFGSVNAFTQDNPEAPVE KSHQSLIAPGIDDDDDYVYPGEIEEIEEIETENESDDQAAIISSKKRKRARSIEHDDVYVNSDSTEDEYDTQTTRQSKDE IHNIDDGDDAFYNARLNAWVTKRSQKREVDANPDEEEWFKPHPTKQDAILDDDYRLPGDVYPALFDYQKTCVQWLWELYL QKVGGILGDEMGLGKTVQIISFIAGLHYTKKLNKPVIVVCPATVLRQWCNEFHRWWPPLRVVILHAIGTGLSGSRTSLQN EASIEKLLEEEEYGSTKSLASLKAESRVKELIDSVFTRGHVIITTYVGLRIYSKHLLKRDWGYAILDEGHKIRNPNSDIS LTCKQLRTPNRVILSGTPIQNNLTELWSLFDFIFPGRLGTLPVFQNQFAIPINVGGYANATNLQVQVGYKCAVTLKDLIS PYLLRRVKADVAKDLPKKSEMVLFCKLTAPQHALYEKFLRSDELSRILQGKRQVLYGIDILRKICNHPDLVDVHAKRRSK KDPTYGSASKSGKMQVVKKLLELWKSQGHKTLLFTQTRQMLDILESFLERLNAKGAEEEDFVPFKFLRMDGTTSIGVRQS LVDVFNNDPSYNVFLLTTRVGGLGVNLTGANRVIIYDPDWNPSTDVQARERAWRLGQKKDVTIYRLMIAGSIEEKIYHRQ IFKQFLTNKILKDPKQRRFFKMNELQDLFTLGDPDEKGTETGDMFNGMEYNFKGTKPRHSQKLSNRERSEEPQDDLVKLA QINGVSGLQEFDGSKDEQMDSTSRQEEELMSGLFASSGVHSALQHDSIMDSTEPEQNEAELEARRIAAEAANSLRESRKL ARKSKIGVPTWTGKFGSAGKILNKQRFRDNASGVSSSSILQSIRAKRDLDTKKKERPDFNNEDNDRKLLIRRINDFMLVQ NGYKADSQTILNSFKEINNIILMRSMLKQICKWDSKEKVWILKDEYVE ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9LOX A 4 ? 140 ? 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'expression tag' 0 30 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 11-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 49 ? 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