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EMD-63421 'other EM volume' EMDB 'Cryo-EM structure of CASTOR1 bound human GATOR2 complex' EMD-63422 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email sumy@sustech.edu.cn _pdbx_contact_author.name_first M.-Y. _pdbx_contact_author.name_last Su _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0003-1581-0914 # _audit_author.name 'Su, M.-Y.' _audit_author.pdbx_ordinal 1 _audit_author.identifier_ORCID 0000-0003-1581-0914 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Cell Rep' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2211-1247 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 44 _citation.language ? _citation.page_first 116088 _citation.page_last 116088 _citation.title 'Cryo-EM structures of amino acid sensors bound to the human GATOR2 complex.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.celrep.2025.116088 _citation.pdbx_database_id_PubMed 40742811 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Su, M.Y.' 1 ? primary 'Teng, F.' 2 ? primary 'Wang, S.' 3 ? primary 'Mai, X.' 4 ? primary 'Zeng, H.' 5 ? primary 'Li, J.' 6 ? primary 'Song, X.' 7 ? primary 'Wang, X.' 8 ? primary 'Stjepanovic, G.' 9 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'GATOR2 complex protein MIOS' 98700.391 4 ? ? ? ? 2 polymer man 'GATOR2 complex protein WDR24' 88326.953 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'GATOR2 complex protein WDR59' 109938.391 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Isoform B of Nucleoporin SEH1' 46636.289 6 ? ? ? ? 5 polymer man 'Isoform 3 of Protein SEC13 homolog' 40791.668 2 ? ? ? ? 6 polymer man 'Cytosolic arginine sensor for mTORC1 subunit 1' 36265.234 2 ? 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ATKDVRIFTLKPVRKELTSSGGPTKFEIHIVAQFDNHNSQVWRVSWNITGTVLASSGDDGCVRLWKANYMDNWKCTGILK GNGSPVNGSSQQGTSNPSLGSTIPSLQNSLNGSSAGRYFFTPLDSPRAGSRWSSYAQLLPPPPPPLVEHSCDADTANLQY PHPRRRYLSRPLNPLPENEGI ; E,F,G,O,P,Q ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MREPVLTWCVPLELLCSHPLPLSAFLKSQVKLYTYRACAGKDEMGKMVSVINTVDTSHEDMIHDAQMDYYGTRLATCSSD RSVKIFDVRNGGQILIADLRGHEGPVWQVAWAHPMYGNILASCSYDRKVIIWREENGTWEKSHEHAGHDSSVNSVCWAPH DYGLILACGSSDGAISLLTYTGEGQWEVKKINNAHTIGCNAVSWAPAVVPGSLIDHPSGQKPNYIKRFASGGCDNLIKLW KEEEDGQWKEEQKLEAHSDWVRDVAWAPSIGLPTSTIASCSQDGRVFIWTCDDASSNTWSPKLLHKFNDVVWHVSWSITA NILAVSGGDNKVTLWKESVDGQWVCISDVNKGQGSVSASVTEGQQNEQ ; ;MREPVLTWCVPLELLCSHPLPLSAFLKSQVKLYTYRACAGKDEMGKMVSVINTVDTSHEDMIHDAQMDYYGTRLATCSSD RSVKIFDVRNGGQILIADLRGHEGPVWQVAWAHPMYGNILASCSYDRKVIIWREENGTWEKSHEHAGHDSSVNSVCWAPH DYGLILACGSSDGAISLLTYTGEGQWEVKKINNAHTIGCNAVSWAPAVVPGSLIDHPSGQKPNYIKRFASGGCDNLIKLW KEEEDGQWKEEQKLEAHSDWVRDVAWAPSIGLPTSTIASCSQDGRVFIWTCDDASSNTWSPKLLHKFNDVVWHVSWSITA NILAVSGGDNKVTLWKESVDGQWVCISDVNKGQGSVSASVTEGQQNEQ ; H,R ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MELHILEHRVRVLSVARPGLWLYTHPLIKLLFLPRRSRCKFFSLTETPEDYTLMVDEEGFKELPPSEFLQVAEATWLVLN VSSHSGAAVQAAGVTKIARSVIAPLAEHHVSVLMLSTYQTDFILVREQDLSVVIHTLAQEFDIYREVGGEPVPVTRDDSS NGFPRTQHGPSPTVHPIQSPQNRFCVLTLDPETLPAIATTLIDVLFYSHSTPKEAASSSPEPSSITFFAFSLIEGYISIV MDAETQKKFPSDLLLTSSSGELWRMVRIGGQPLGFDECGIVAQIAGPLAAADISAYYISTFNFAHALVPEDGIGSVIEVL QRRQEGLAS ; ;MELHILEHRVRVLSVARPGLWLYTHPLIKLLFLPRRSRCKFFSLTETPEDYTLMVDEEGFKELPPSEFLQVAEATWLVLN VSSHSGAAVQAAGVTKIARSVIAPLAEHHVSVLMLSTYQTDFILVREQDLSVVIHTLAQEFDIYREVGGEPVPVTRDDSS NGFPRTQHGPSPTVHPIQSPQNRFCVLTLDPETLPAIATTLIDVLFYSHSTPKEAASSSPEPSSITFFAFSLIEGYISIV MDAETQKKFPSDLLLTSSSGELWRMVRIGGQPLGFDECGIVAQIAGPLAAADISAYYISTFNFAHALVPEDGIGSVIEVL QRRQEGLAS ; U,V ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 7 _pdbx_entity_nonpoly.name 'ZINC ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 SER n 1 3 GLY n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 PRO n 1 7 ASP n 1 8 ILE n 1 9 LEU n 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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? 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W N N 7 ? X N N 7 ? Y N N 7 ? Z N N 7 ? AA N N 7 ? BA N N 7 ? CA N N 7 ? DA N N 7 ? EA N N 7 ? FA N N 7 ? GA N N 7 ? HA N N 7 ? IA N N 7 ? JA N N 7 ? KA N N 7 ? LA N N 7 ? MA N N 7 ? NA N N 7 ? OA N N 7 ? PA N N 7 ? QA N N 7 ? RA N N 7 ? SA N N 7 ? TA N N 7 ? UA N N 7 ? VA N N 7 ? 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Q9NXC5 1 ? 875 ? 1 875 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 15 9LVK ALA U 304 ? UNP Q8WTX7 ASP 304 'engineered mutation' 304 1 16 9LVK ALA V 304 ? UNP Q8WTX7 ASP 304 'engineered mutation' 304 2 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 389 ? 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LYS B 857 THR B 863 1 ? 7 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? 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H CYS 775 SG ? ? ? 1_555 DA ZN . ZN ? ? K CYS 775 K ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.340 ? ? metalc47 metalc ? ? H CYS 778 SG ? ? ? 1_555 DA ZN . ZN ? ? K CYS 778 K ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc48 metalc ? ? H CYS 785 SG ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? K CYS 785 K ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? ? metalc49 metalc ? ? H CYS 788 SG ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? K CYS 788 K ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? ? metalc50 metalc ? ? H CYS 827 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? K CYS 827 K ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc51 metalc ? ? H CYS 830 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? K CYS 830 K ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? ? metalc52 metalc ? ? H CYS 830 SG ? ? ? 1_555 GA ZN . ZN ? ? K CYS 830 K ZN 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? ? metalc53 metalc ? ? H HIS 832 ND1 ? ? ? 1_555 GA ZN . ZN ? ? K HIS 832 K ZN 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? metalc54 metalc ? ? H HIS 835 ND1 ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? K HIS 835 K ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? metalc55 metalc ? ? H HIS 838 ND1 ? ? ? 1_555 EA ZN . ZN ? ? K HIS 838 K ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? ? metalc56 metalc ? ? H CYS 849 SG ? ? ? 1_555 GA ZN . ZN ? ? K CYS 849 K ZN 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? ? metalc57 metalc ? ? H CYS 854 SG ? ? ? 1_555 GA ZN . ZN ? ? K CYS 854 K ZN 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? ? metalc58 metalc ? ? H CYS 856 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? K CYS 856 K ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc59 metalc ? ? H CYS 858 SG ? ? ? 1_555 FA ZN . ZN ? ? K CYS 858 K ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc60 metalc ? ? I CYS 719 SG ? ? ? 1_555 HA ZN . ZN ? ? M CYS 719 M ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? ? metalc61 metalc ? ? I CYS 722 SG ? ? ? 1_555 HA ZN . ZN ? ? M CYS 722 M ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc62 metalc ? ? I CYS 733 SG ? ? ? 1_555 HA ZN . ZN ? ? M CYS 733 M ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc63 metalc ? ? I CYS 736 SG ? ? ? 1_555 HA ZN . ZN ? ? M CYS 736 M ZN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? ? metalc64 metalc ? ? I CYS 743 SG ? ? ? 1_555 IA ZN . ZN ? ? M CYS 743 M ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? ? metalc65 metalc ? ? I CYS 746 SG ? ? ? 1_555 IA ZN . ZN ? ? M CYS 746 M ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? ? metalc66 metalc ? ? I CYS 757 SG ? ? ? 1_555 JA ZN . ZN ? ? M CYS 757 M ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc67 metalc ? ? I CYS 760 SG ? ? ? 1_555 JA ZN . ZN ? ? M CYS 760 M ZN 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? ? metalc68 metalc ? ? I CYS 760 SG ? ? ? 1_555 KA ZN . ZN ? ? M CYS 760 M ZN 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc69 metalc ? ? I HIS 762 ND1 ? ? ? 1_555 KA ZN . ZN ? ? M HIS 762 M ZN 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? metalc70 metalc ? ? I HIS 765 ND1 ? ? ? 1_555 IA ZN . ZN ? ? M HIS 765 M ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? metalc71 metalc ? ? I HIS 768 ND1 ? ? ? 1_555 IA ZN . ZN ? ? M HIS 768 M ZN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.060 ? ? metalc72 metalc ? ? I CYS 779 SG ? ? ? 1_555 KA ZN . ZN ? ? M CYS 779 M ZN 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? ? metalc73 metalc ? ? 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