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_refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_work ? _refine.correlation_coeff_I_to_Fcsqd_free ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 15036 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.453 ? 20550 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 4.582 ? 2051 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 2343 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 2687 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9LZW _struct.title 'Bent-contact of Flock House Virus early disassembly intermediate' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9LZW _struct_keywords.text 'Disassembly, Flock House Virus, Asymmetric reconstruction, Single particle reconstruction, VIRUS' _struct_keywords.pdbx_keywords VIRUS # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 1 ? L N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CAPSD_FHV P12870 ? 1 ;MVNNNRPRRQRAQRVVVTTTQTAPVPQQNVPRNGRRRRNRTRRNRRRVRGMNMAALTRLSQPGLAFLKCAFAPPDFNTDP GKGIPDRFEGKVVSRKDVLNQSISFTAGQDTFILIAPTPGVAYWSASVPAGTFPTSATTFNPVNYPGFTSMFGTTSTSRS DQVSSFRYASMNVGIYPTSNLMQFAGSITVWKCPVKLSTVQFPVATDPATSSLVHTLVGLDGVLAVGPDNFSESFIKGVF SQSACNEPDFEFNDILEGIQTLPPANVSLGSTGQPFTMDSGAEATSGVVGWGNMDTIVIRVSAPEGAVNSAILKAWSCIE YRPNPNAMLYQFGHDSPPLDEVALQEYRTVARSLPVAVIAAQN ; 1 2 UNP CAPSD_FHV P12870 ? 2 ASMWERVKSIIKSSLAAASNIPGPIGVAASGISGLSALFEGFGF 364 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9LZW A 1 ? 363 ? P12870 1 ? 363 ? 1 363 2 2 9LZW D 1 ? 44 ? P12870 364 ? 407 ? 364 407 3 1 9LZW B 1 ? 363 ? P12870 1 ? 363 ? 1 363 4 2 9LZW E 1 ? 44 ? P12870 364 ? 407 ? 364 407 5 1 9LZW C 1 ? 363 ? P12870 1 ? 363 ? 1 363 6 2 9LZW F 1 ? 44 ? P12870 364 ? 407 ? 364 407 7 1 9LZW G 1 ? 363 ? P12870 1 ? 363 ? 1 363 8 2 9LZW J 1 ? 44 ? P12870 364 ? 407 ? 364 407 9 1 9LZW H 1 ? 363 ? P12870 1 ? 363 ? 1 363 10 2 9LZW K 1 ? 44 ? P12870 364 ? 407 ? 364 407 11 1 9LZW I 1 ? 363 ? P12870 1 ? 363 ? 1 363 12 2 9LZW L 1 ? 44 ? P12870 364 ? 407 ? 364 407 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ;Segmentation of the asymmetrically reconstructed density map corresponding to two adjacent iASUs at the flat contact (a 2-fold between one 3-fold and adjacent 5-fold axes of symmetry) was performed using Segger. The segmented density was further utilised for map to model building in Phenix providing the crystal structure of FHV (PDB ID: 4FTB) as a reference. The model was further refined against the whole virus map using Coot and Phenix. ; # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 GLN A 61 ? PHE A 71 ? GLN A 61 PHE A 71 1 ? 11 HELX_P HELX_P2 2 PHE A 148 ? PHE A 152 ? PHE A 148 PHE A 152 1 ? 5 HELX_P HELX_P3 3 LEU A 220 ? LEU A 224 ? LEU A 220 LEU A 224 1 ? 5 HELX_P HELX_P4 4 PHE A 235 ? LYS A 237 ? PHE A 235 LYS A 237 1 ? 3 HELX_P HELX_P5 5 LEU A 269 ? THR A 272 ? LEU A 269 THR A 272 1 ? 4 HELX_P HELX_P6 6 LEU A 329 ? PHE A 332 ? LEU A 329 PHE A 332 1 ? 4 HELX_P HELX_P7 7 GLU A 341 ? SER A 353 ? GLU A 341 SER A 353 1 ? 13 HELX_P HELX_P8 8 ALA A 360 ? GLN A 362 ? ALA A 360 GLN A 362 1 ? 3 HELX_P HELX_P9 9 GLN C 61 ? PHE C 71 ? GLN B 61 PHE B 71 1 ? 11 HELX_P HELX_P10 10 PHE C 148 ? PHE C 152 ? PHE B 148 PHE B 152 1 ? 5 HELX_P HELX_P11 11 LEU C 220 ? LEU C 224 ? LEU B 220 LEU B 224 1 ? 5 HELX_P HELX_P12 12 PHE C 235 ? LYS C 237 ? PHE B 235 LYS B 237 1 ? 3 HELX_P HELX_P13 13 LEU C 269 ? THR C 272 ? LEU B 269 THR B 272 1 ? 4 HELX_P HELX_P14 14 MET C 328 ? PHE C 332 ? MET B 328 PHE B 332 1 ? 5 HELX_P HELX_P15 15 GLU C 341 ? SER C 353 ? GLU B 341 SER B 353 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 16 MET D 3 ? SER D 14 ? MET E 366 SER E 377 1 ? 12 HELX_P HELX_P17 17 GLN E 61 ? PHE E 71 ? GLN C 61 PHE C 71 1 ? 11 HELX_P HELX_P18 18 PRO E 73 ? ASP E 75 ? PRO C 73 ASP C 75 1 ? 3 HELX_P HELX_P19 19 PHE E 148 ? PHE E 152 ? PHE C 148 PHE C 152 1 ? 5 HELX_P HELX_P20 20 LEU E 220 ? LEU E 224 ? LEU C 220 LEU C 224 1 ? 5 HELX_P HELX_P21 21 PHE E 235 ? LYS E 237 ? PHE C 235 LYS C 237 1 ? 3 HELX_P HELX_P22 22 MET E 328 ? PHE E 332 ? MET C 328 PHE C 332 1 ? 5 HELX_P HELX_P23 23 GLU E 341 ? SER E 353 ? GLU C 341 SER C 353 1 ? 13 HELX_P HELX_P24 24 ALA E 360 ? GLN E 362 ? ALA C 360 GLN C 362 1 ? 3 HELX_P HELX_P25 25 MET F 3 ? ALA F 17 ? MET F 366 ALA F 380 1 ? 15 HELX_P HELX_P26 26 GLN G 61 ? PHE G 71 ? GLN G 61 PHE G 71 1 ? 11 HELX_P HELX_P27 27 PHE G 148 ? PHE G 152 ? PHE G 148 PHE G 152 1 ? 5 HELX_P HELX_P28 28 LEU G 220 ? LEU G 224 ? LEU G 220 LEU G 224 1 ? 5 HELX_P HELX_P29 29 PHE G 235 ? LYS G 237 ? PHE G 235 LYS G 237 1 ? 3 HELX_P HELX_P30 30 LEU G 269 ? THR G 272 ? LEU G 269 THR G 272 1 ? 4 HELX_P HELX_P31 31 LEU G 329 ? PHE G 332 ? LEU G 329 PHE G 332 1 ? 4 HELX_P HELX_P32 32 GLU G 341 ? SER G 353 ? GLU G 341 SER G 353 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 33 ALA G 360 ? GLN G 362 ? ALA G 360 GLN G 362 1 ? 3 HELX_P HELX_P34 34 GLN I 61 ? PHE I 71 ? GLN H 61 PHE H 71 1 ? 11 HELX_P HELX_P35 35 PHE I 148 ? PHE I 152 ? PHE H 148 PHE H 152 1 ? 5 HELX_P HELX_P36 36 LEU I 220 ? LEU I 224 ? LEU H 220 LEU H 224 1 ? 5 HELX_P HELX_P37 37 PHE I 235 ? LYS I 237 ? PHE H 235 LYS H 237 1 ? 3 HELX_P HELX_P38 38 LEU I 269 ? THR I 272 ? LEU H 269 THR H 272 1 ? 4 HELX_P HELX_P39 39 MET I 328 ? PHE I 332 ? MET H 328 PHE H 332 1 ? 5 HELX_P HELX_P40 40 GLU I 341 ? SER I 353 ? GLU H 341 SER H 353 1 ? 13 HELX_P HELX_P41 41 MET J 3 ? SER J 14 ? MET K 366 SER K 377 1 ? 12 HELX_P HELX_P42 42 GLN K 61 ? PHE K 71 ? GLN I 61 PHE I 71 1 ? 11 HELX_P HELX_P43 43 PRO K 73 ? ASP K 75 ? PRO I 73 ASP I 75 1 ? 3 HELX_P HELX_P44 44 PHE K 148 ? PHE K 152 ? PHE I 148 PHE I 152 1 ? 5 HELX_P HELX_P45 45 LEU K 220 ? LEU K 224 ? LEU I 220 LEU I 224 1 ? 5 HELX_P HELX_P46 46 PHE K 235 ? LYS K 237 ? PHE I 235 LYS I 237 1 ? 3 HELX_P HELX_P47 47 MET K 328 ? PHE K 332 ? MET I 328 PHE I 332 1 ? 5 HELX_P HELX_P48 48 GLU K 341 ? SER K 353 ? GLU I 341 SER I 353 1 ? 13 HELX_P HELX_P49 49 ALA K 360 ? GLN K 362 ? ALA I 360 GLN I 362 1 ? 3 HELX_P HELX_P50 50 MET L 3 ? ALA L 17 ? MET L 366 ALA L 380 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 69 SG ? ? ? 1_555 A CYS 318 SG ? ? A CYS 69 A CYS 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf2 disulf ? ? C CYS 69 SG ? ? ? 1_555 C CYS 318 SG ? ? B CYS 69 B CYS 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf3 disulf ? ? E CYS 69 SG ? ? ? 1_555 E CYS 318 SG ? ? C CYS 69 C CYS 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf4 disulf ? ? G CYS 69 SG ? ? ? 1_555 G CYS 318 SG ? ? G CYS 69 G CYS 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf5 disulf ? ? I CYS 69 SG ? ? ? 1_555 I CYS 318 SG ? ? H CYS 69 H CYS 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf6 disulf ? ? K CYS 69 SG ? ? ? 1_555 K CYS 318 SG ? ? I CYS 69 I CYS 318 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS A 69 ? CYS A 318 ? CYS A 69 ? 1_555 CYS A 318 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS C 69 ? CYS C 318 ? CYS B 69 ? 1_555 CYS B 318 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS E 69 ? CYS E 318 ? CYS C 69 ? 1_555 CYS C 318 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS G 69 ? CYS G 318 ? CYS G 69 ? 1_555 CYS G 318 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 5 CYS I 69 ? CYS I 318 ? CYS H 69 ? 1_555 CYS H 318 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 6 CYS K 69 ? CYS K 318 ? CYS I 69 ? 1_555 CYS I 318 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 207 A . ? ASP 207 A PRO 208 A ? PRO 208 A 1 -0.40 2 LEU 262 A . ? LEU 262 A PRO 263 A ? PRO 263 A 1 4.83 3 ASP 207 C . ? ASP 207 B PRO 208 C ? PRO 208 B 1 -2.09 4 LEU 262 C . ? LEU 262 B PRO 263 C ? PRO 263 B 1 3.61 5 ASP 207 E . ? ASP 207 C PRO 208 E ? PRO 208 C 1 -2.86 6 LEU 262 E . ? 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