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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.489 ? 53872 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 11.399 ? 15321 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 5997 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 7092 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 9M3Z _struct.title 'Arabidopsis thaliana CDC48A-NPL4-UFD1B (AtCNU) complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9M3Z _struct_keywords.text 'p97/VCP/CDC48, AAA+ ATPase, Ubiquitin-proteasome, Unfoldase, PLANT PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PLANT PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 1 ? F N N 1 ? G N N 2 ? H N N 3 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 3 ? O N N 4 ? P N N 5 ? Q N N 3 ? R N N 4 ? S N N 5 ? T N N 3 ? U N N 4 ? V N N 5 ? W N N 3 ? X N N 4 ? Y N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP CD48A_ARATH P54609 ? 1 ;MSTPAESSDSKSKKDFSTAILERKKSPNRLVVDEAINDDNSVVSLHPATMEKLQLFRGDTILIKGKKRKDTVCIALADET CEEPKIRMNKVVRSNLRVRLGDVISVHQCPDVKYGKRVHILPVDDTVEGVTGNLFDAYLKPYFLEAYRPVRKGDLFLVRG GMRSVEFKVIETDPAEYCVVAPDTEIFCEGEPVKREDEERLDDVGYDDVGGVRKQMAQIRELVELPLRHPQLFKSIGVKP PKGILLYGPPGSGKTLIARAVANETGAFFFCINGPEIMSKLAGESESNLRKAFEEAEKNAPSIIFIDEIDSIAPKREKTN GEVERRIVSQLLTLMDGLKSRAHVIVMGATNRPNSIDPALRRFGRFDREIDIGVPDEIGRLEVLRIHTKNMKLAEDVDLE RISKDTHGYVGADLAALCTEAALQCIREKMDVIDLEDDSIDAEILNSMAVTNEHFHTALGNSNPSALRETVVEVPNVSWN DIGGLENVKRELQETVQYPVEHPEKFEKFGMSPSKGVLFYGPPGCGKTLLAKAIANECQANFISVKGPELLTMWFGESEA NVREIFDKARQSAPCVLFFDELDSIATQRGGGSGGDGGGAADRVLNQLLTEMDGMNAKKTVFIIGATNRPDIIDSALLRP GRLDQLIYIPLPDEDSRLNIFKAALRKSPIAKDVDIGALAKYTQGFSGADITEICQRACKYAIRENIEKDIEKEKRRSEN PEAMEEDGVDEVSEIKAAHFEESMKYARRSVSDADIRKYQAFAQTLQQSRGFGSEFRFENSAGSGATTGVADPFATSAAA AGDDDDLYN ; 1 2 UNP NPL42_ARATH O82264 ? 2 ;MMMLRIRSRDGLERVTAEGAHITVSQLKTLIADQLQIPLHKQTLSTNRDLLLAKTPADLLAFTDLTDPNLPLSSLNLGHG SMLYLAYDGERSIPGAPPVTPAGSFGRKMTVDDLIARQMRVTRQETSHCDSVSFDRDAANAFQHYVNESLAFAVKRGGFM YGTVTEEGQVEVDFIYEPPQQGTEANLILMRDADEEKRVDAIAMGLGMRRVGFIFNQTVVQDKTEYTLSNAEVLQAAELH AESELKEWVTAVVKLEVNEDGGADVHFEAFQMSDMCIRLFKEEWFETEIMPDDDPKLSKMKKEVVVGVKDLKEVDNDFFL VLVRILDHQGPLSSTFPIENRSSRATMRALKTHLDRAKSLPLVKKMSDFHLLLFVAQFLDVSSDVPALAECVRLQSPVPE GYALLIESMANTC ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9M3Z A 6 ? 814 ? 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'expression tag' 0 35 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 THR A 23 ? 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F ANP 901 ? 1_555 99.7 ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 178 A . ? ASP 173 A PRO 179 A ? PRO 174 A 1 6.95 2 ALA 305 A . ? ALA 300 A PRO 306 A ? PRO 301 A 1 -0.50 3 ALA 578 A . ? ALA 573 A PRO 579 A ? PRO 574 A 1 -2.20 4 ASP 178 B . ? ASP 173 B PRO 179 B ? PRO 174 B 1 7.60 5 ALA 305 B . ? ALA 300 B PRO 306 B ? PRO 301 B 1 -2.31 6 ALA 578 B . ? ALA 573 B PRO 579 B ? PRO 574 B 1 0.32 7 ASP 178 C . ? ASP 173 C PRO 179 C ? PRO 174 C 1 4.14 8 ALA 305 C . ? ALA 300 C PRO 306 C ? PRO 301 C 1 0.26 9 ALA 578 C . ? ALA 573 C PRO 579 C ? PRO 574 C 1 -2.71 10 ASP 178 D . ? ASP 173 D PRO 179 D ? PRO 174 D 1 2.61 11 ALA 305 D . ? ALA 300 D PRO 306 D ? PRO 301 D 1 0.84 12 ALA 578 D . ? ALA 573 D PRO 579 D ? PRO 574 D 1 -3.53 13 ASP 178 E . ? ASP 173 E PRO 179 E ? PRO 174 E 1 -0.18 14 ALA 305 E . ? ALA 300 E PRO 306 E ? PRO 301 E 1 0.97 15 ALA 578 E . ? ALA 573 E PRO 579 E ? PRO 574 E 1 -3.89 16 ASP 178 F . ? ASP 173 F PRO 179 F ? PRO 174 F 1 1.96 17 ALA 305 F . ? ALA 300 F PRO 306 F ? PRO 301 F 1 -1.16 18 ALA 578 F . ? ALA 573 F PRO 579 F ? PRO 574 F 1 -0.90 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 7 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 7 ? AC1 ? 3 ? 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AE1 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? parallel AA6 3 4 ? parallel AA6 4 5 ? parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? parallel AB2 3 4 ? parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? parallel AB3 3 4 ? parallel AB3 4 5 ? parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB4 5 6 ? anti-parallel AB4 6 7 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? parallel AB7 3 4 ? parallel AB7 4 5 ? parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? parallel AB8 3 4 ? parallel AB8 4 5 ? parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AB9 5 6 ? anti-parallel AB9 6 7 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? parallel AC4 1 2 ? parallel AC4 2 3 ? parallel AC4 3 4 ? parallel AC4 4 5 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? parallel AC8 3 4 ? parallel AC8 4 5 ? parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? parallel AC9 3 4 ? parallel AC9 4 5 ? parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? parallel AD4 3 4 ? parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? parallel AD5 3 4 ? parallel AD5 4 5 ? parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? parallel AD8 4 5 ? anti-parallel AD8 5 6 ? anti-parallel AD8 6 7 ? parallel AD8 7 8 ? parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ARG A 34 ? GLU A 39 ? ARG A 29 GLU A 34 AA1 2 LYS A 90 ? MET A 93 ? LYS A 85 MET A 88 AA1 3 VAL A 47 ? LEU A 50 ? VAL A 42 LEU A 45 AA1 4 ASP A 75 ? ALA A 82 ? ASP A 70 ALA A 77 AA1 5 ASP A 64 ? LYS A 69 ? ASP A 59 LYS A 64 AA1 6 VAL A 108 ? GLN A 113 ? VAL A 103 GLN A 108 AA1 7 ARG A 34 ? GLU A 39 ? ARG A 29 GLU A 34 AA2 1 HIS A 124 ? PRO A 127 ? HIS A 119 PRO A 122 AA2 2 VAL A 170 ? GLU A 176 ? VAL A 165 GLU A 171 AA2 3 LEU A 160 ? VAL A 163 ? LEU A 155 VAL A 158 AA3 1 ARG A 153 ? ARG A 156 ? ARG A 148 ARG A 151 AA3 2 TYR A 182 ? VAL A 185 ? TYR A 177 VAL A 180 AA4 1 PHE A 273 ? PHE A 274 ? PHE A 268 PHE A 269 AA4 2 SER A 307 ? ASP A 312 ? SER A 302 ASP A 307 AA4 3 ILE A 277 ? ASN A 278 ? ILE A 272 ASN A 273 AA5 1 PHE A 273 ? PHE A 274 ? PHE A 268 PHE A 269 AA5 2 SER A 307 ? ASP A 312 ? SER A 302 ASP A 307 AA5 3 VAL A 349 ? MET A 352 ? VAL A 344 MET A 347 AA5 4 GLY A 248 ? TYR A 252 ? GLY A 243 TYR A 247 AA5 5 ARG A 373 ? ASP A 376 ? ARG A 368 ASP A 371 AA6 1 ILE A 548 ? LYS A 551 ? 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LYS G 108 MET G 109 AB3 1 ASN B 546 ? LYS B 551 ? ASN B 541 LYS B 546 AB3 2 CYS B 580 ? ASP B 585 ? CYS B 575 ASP B 580 AB3 3 PHE B 627 ? THR B 632 ? PHE B 622 THR B 627 AB3 4 VAL B 522 ? TYR B 525 ? VAL B 517 TYR B 520 AB3 5 GLN B 650 ? TYR B 653 ? GLN B 645 TYR B 648 AB4 1 ARG C 34 ? GLU C 39 ? ARG C 29 GLU C 34 AB4 2 LYS C 90 ? MET C 93 ? LYS C 85 MET C 88 AB4 3 VAL C 47 ? LEU C 50 ? VAL C 42 LEU C 45 AB4 4 ASP C 75 ? ALA C 82 ? ASP C 70 ALA C 77 AB4 5 ASP C 64 ? LYS C 69 ? ASP C 59 LYS C 64 AB4 6 VAL C 108 ? GLN C 113 ? VAL C 103 GLN C 108 AB4 7 ARG C 34 ? GLU C 39 ? ARG C 29 GLU C 34 AB5 1 HIS C 124 ? PRO C 127 ? HIS C 119 PRO C 122 AB5 2 SER C 169 ? GLU C 176 ? SER C 164 GLU C 171 AB5 3 LEU C 160 ? ARG C 164 ? LEU C 155 ARG C 159 AB6 1 PRO C 154 ? ARG C 156 ? PRO C 149 ARG C 151 AB6 2 TYR C 182 ? VAL C 184 ? TYR C 177 VAL C 179 AB7 1 PHE C 273 ? ILE C 277 ? PHE C 268 ILE C 272 AB7 2 SER C 307 ? ASP C 312 ? SER C 302 ASP C 307 AB7 3 VAL C 349 ? THR C 355 ? VAL C 344 THR C 350 AB7 4 ILE C 249 ? TYR C 252 ? ILE C 244 TYR C 247 AB7 5 ARG C 373 ? ASP C 376 ? ARG C 368 ASP C 371 AB8 1 SER C 549 ? VAL C 550 ? SER C 544 VAL C 545 AB8 2 CYS C 580 ? PHE C 584 ? CYS C 575 PHE C 579 AB8 3 VAL C 626 ? THR C 632 ? VAL C 621 THR C 627 AB8 4 VAL C 522 ? TYR C 525 ? VAL C 517 TYR C 520 AB8 5 GLN C 650 ? TYR C 653 ? GLN C 645 TYR C 648 AB9 1 LEU D 35 ? GLU D 39 ? LEU D 30 GLU D 34 AB9 2 LYS D 90 ? MET D 93 ? LYS D 85 MET D 88 AB9 3 VAL D 47 ? LEU D 50 ? VAL D 42 LEU D 45 AB9 4 ASP D 75 ? ALA D 82 ? ASP D 70 ALA D 77 AB9 5 ASP D 64 ? LYS D 69 ? ASP D 59 LYS D 64 AB9 6 VAL D 108 ? GLN D 113 ? VAL D 103 GLN D 108 AB9 7 LEU D 35 ? GLU D 39 ? LEU D 30 GLU D 34 AC1 1 ARG D 122 ? PRO D 127 ? ARG D 117 PRO D 122 AC1 2 VAL D 170 ? ASP D 178 ? VAL D 165 ASP D 173 AC1 3 LEU D 160 ? VAL D 163 ? LEU D 155 VAL D 158 AC2 1 PRO D 154 ? ARG D 156 ? PRO D 149 ARG D 151 AC2 2 TYR D 182 ? VAL D 184 ? TYR D 177 VAL D 179 AC3 1 GLY D 248 ? ILE D 249 ? 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