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For the final model optimization, phenix.real_space_refine was used ; _em_3d_fitting.overall_b_value 50 _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol 'AB INITIO MODEL' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code Q9VGQ1 _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9MU6 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.66 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? 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CG2 HG23 sing N N 166 ILE CD1 HD11 sing N N 167 ILE CD1 HD12 sing N N 168 ILE CD1 HD13 sing N N 169 ILE OXT HXT sing N N 170 LEU N CA sing N N 171 LEU N H sing N N 172 LEU N H2 sing N N 173 LEU CA C sing N N 174 LEU CA CB sing N N 175 LEU CA HA sing N N 176 LEU C O doub N N 177 LEU C OXT sing N N 178 LEU CB CG sing N N 179 LEU CB HB2 sing N N 180 LEU CB HB3 sing N N 181 LEU CG CD1 sing N N 182 LEU CG CD2 sing N N 183 LEU CG HG sing N N 184 LEU CD1 HD11 sing N N 185 LEU CD1 HD12 sing N N 186 LEU CD1 HD13 sing N N 187 LEU CD2 HD21 sing N N 188 LEU CD2 HD22 sing N N 189 LEU CD2 HD23 sing N N 190 LEU OXT HXT sing N N 191 LYS N CA sing N N 192 LYS N H sing N N 193 LYS N H2 sing N N 194 LYS CA C sing N N 195 LYS CA CB sing N N 196 LYS CA HA sing N N 197 LYS C O doub N N 198 LYS C OXT sing N N 199 LYS CB CG sing N N 200 LYS CB HB2 sing N N 201 LYS CB HB3 sing N N 202 LYS CG CD sing N N 203 LYS CG HG2 sing N N 204 LYS CG HG3 sing N N 205 LYS CD CE sing N N 206 LYS CD HD2 sing N N 207 LYS CD 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CD2 HD2 sing N N 251 PHE CE1 CZ doub Y N 252 PHE CE1 HE1 sing N N 253 PHE CE2 CZ sing Y N 254 PHE CE2 HE2 sing N N 255 PHE CZ HZ sing N N 256 PHE OXT HXT sing N N 257 PRO N CA sing N N 258 PRO N CD sing N N 259 PRO N H sing N N 260 PRO CA C sing N N 261 PRO CA CB sing N N 262 PRO CA HA sing N N 263 PRO C O doub N N 264 PRO C OXT sing N N 265 PRO CB CG sing N N 266 PRO CB HB2 sing N N 267 PRO CB HB3 sing N N 268 PRO CG CD sing N N 269 PRO CG HG2 sing N N 270 PRO CG HG3 sing N N 271 PRO CD HD2 sing N N 272 PRO CD HD3 sing N N 273 PRO OXT HXT sing N N 274 SER N CA sing N N 275 SER N H sing N N 276 SER N H2 sing N N 277 SER CA C sing N N 278 SER CA CB sing N N 279 SER CA HA sing N N 280 SER C O doub N N 281 SER C OXT sing N N 282 SER CB OG sing N N 283 SER CB HB2 sing N N 284 SER CB HB3 sing N N 285 SER OG HG sing N N 286 SER OXT HXT sing N N 287 THR N CA sing N N 288 THR N H sing N N 289 THR N H2 sing N N 290 THR CA C sing N N 291 THR CA CB sing N N 292 THR CA HA sing N N 293 THR C O doub N N 294 THR C OXT sing N N 295 THR CB OG1 sing N N 296 THR CB CG2 sing N N 297 THR CB HB sing N N 298 THR OG1 HG1 sing N N 299 THR CG2 HG21 sing N N 300 THR CG2 HG22 sing N N 301 THR CG2 HG23 sing N N 302 THR OXT HXT sing N N 303 TYR N CA sing N N 304 TYR N H sing N N 305 TYR N H2 sing N N 306 TYR CA C sing N N 307 TYR CA CB sing N N 308 TYR CA HA sing N N 309 TYR C O doub N N 310 TYR C OXT sing N N 311 TYR CB CG sing N N 312 TYR CB HB2 sing N N 313 TYR CB HB3 sing N N 314 TYR CG CD1 doub Y N 315 TYR CG CD2 sing Y N 316 TYR CD1 CE1 sing Y N 317 TYR CD1 HD1 sing N N 318 TYR CD2 CE2 doub Y N 319 TYR CD2 HD2 sing N N 320 TYR CE1 CZ doub Y N 321 TYR CE1 HE1 sing N N 322 TYR CE2 CZ sing Y N 323 TYR CE2 HE2 sing N N 324 TYR CZ OH sing N N 325 TYR OH HH sing N N 326 TYR OXT HXT sing N N 327 VAL N CA sing N N 328 VAL N H sing N N 329 VAL N H2 sing N N 330 VAL CA C sing N N 331 VAL CA CB sing N N 332 VAL CA HA sing N N 333 VAL C O doub N N 334 VAL C OXT sing N N 335 VAL CB CG1 sing N N 336 VAL CB CG2 sing N N 337 VAL CB HB sing N N 338 VAL CG1 HG11 sing N N 339 VAL CG1 HG12 sing N N 340 VAL CG1 HG13 sing N N 341 VAL CG2 HG21 sing N N 342 VAL CG2 HG22 sing N N 343 VAL CG2 HG23 sing N N 344 VAL OXT HXT sing N N 345 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2025-01-13 _em_admin.deposition_site RCSB _em_admin.entry_id 9MU6 _em_admin.last_update 2025-02-19 _em_admin.map_release_date 2025-02-19 _em_admin.title 'Structure of native Drosophila melanogaster DLST' # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.id _em_buffer_component.name 1 150 mM NaCl 1 'Sodium chloride' 1 10 mM HEPES-HCl 2 HEPES 1 5 percent Glycerol 3 Glycerol 1 1 mM EDTA 4 EDTA 1 350 ug/mL FLAG 5 'FLAG peptide' # _em_ctf_correction.details ;'Patch CTF Estimation' in cryoSPARC ; _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units KILODALTONS/NANOMETER _em_entity_assembly_molwt.value 650 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 7227 _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Drosophila melanogaster' _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_image_processing.details ? _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50.65 _em_image_recording.details ;Although the data was collected, motion-corrected and CTF estimated using the pixel size of 0.944, all the subsequent data processing was performed using pixel size of 1.1538. This was achieved by extracting particles in box size 440x440 and Fourier-cropping it to box size 360x360 ; _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON IV (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 4 _em_image_recording.num_real_images 31103 # _em_particle_selection.details ;Initially, nearly 15 million particles were picked from micrographs. However, the number of particles cited here (70,106) is the starting number of particles after initial cleanup and 3D classification of the data. ; _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 70106 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? cryoSPARC 4.3.1 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU 3.4 MASKING ? 3 ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? cryoSPARC 4.3.1 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' 1.8 OTHER ? 8 ? ? ? ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 9 1 ? ? cryoSPARC 4.3.1 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? cryoSPARC 4.3.1 CLASSIFICATION ? 11 1 ? ? ? ? RECONSTRUCTION ? 12 1 ? ? cryoSPARC 4.3.1 'MODEL REFINEMENT' ? 13 ? 1 ? Coot 0.9.8.7 'MODEL REFINEMENT' ? 14 ? 1 ? PHENIX 1.21.5207 'VOLUME SELECTION' ? 15 1 1 1 ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 16 1 1 1 ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 17 1 1 1 ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 18 1 1 1 ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 19 1 1 1 ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 20 1 1 1 ? ? # _em_specimen.concentration 1.0 _em_specimen.details ;double FLAG-tagged Pol II subunit Rpb1 was used for purification of Pol II complexes. We aimed to purify Pol II in tandem with nucleosomes. DLST was co-purified with this sample ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM131860 1 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM047477 2 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United States' GM098399 3 # _pdbx_initial_refinement_model.id 1 _pdbx_initial_refinement_model.entity_id_list ? _pdbx_initial_refinement_model.type 'in silico model' _pdbx_initial_refinement_model.source_name AlphaFold _pdbx_initial_refinement_model.accession_code Q9VGQ1 _pdbx_initial_refinement_model.details ? # _atom_sites.entry_id 9MU6 _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ #