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EMDB EMD-49055 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-04-23 ? 2 'Structure model' 2 0 2025-11-12 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'Structure model' author 'Coordinate replacement' 'Polymer geometry' ;The modelling of residues 76 and 77 in chain H (msDNA) were improved to better fit the density and engage in proper base-pairing interactions with A13 and A14, respectively. ; # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' Advisory 2 2 'Structure model' 'Atomic model' 3 2 'Structure model' 'Data collection' 4 2 'Structure model' 'Database references' 5 2 'Structure model' 'Derived calculations' 6 2 'Structure model' 'Polymer sequence' 7 2 'Structure model' 'Refinement description' 8 2 'Structure model' 'Source and taxonomy' 9 2 'Structure model' 'Structure summary' # 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_pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9N6B _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-02-05 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details ;Structure of the retron IA complex with HNH nuclease in the "up" orientation ; _pdbx_database_related.db_id EMD-49055 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email bwiedenheft@gmail.com _pdbx_contact_author.name_first Blake _pdbx_contact_author.name_last Wiedenheft _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-9297-5304 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Burman, N.' 1 0000-0002-3732-3159 'Thomas-George, J.' 2 0000-0001-9696-0564 'Wilkinson, R.' 3 0000-0001-8831-2081 'Wiedenheft, B.' 4 0000-0001-9297-5304 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_patent _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? UK ? ? primary 'Nat Commun' ? ? 2041-1723 ? ? 16 ? 8459 8459 'Structural basis of antiphage defence by an ATPase-associated reverse transcriptase.' 2025 ? 10.1038/s41467-025-63285-6 41006229 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? 'Structural basis of antiphage defense by an ATPase-associated reverse transcriptase.' 2025 ? 10.1101/2025.03.26.645336 40196496 ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'George, J.T.' 1 0000-0001-9696-0564 primary 'Burman, N.' 2 0000-0002-3732-3159 primary 'Wilkinson, R.A.' 3 0000-0001-8831-2081 primary 'de Silva, S.' 4 0000-0002-9870-4449 primary 'McKelvey-Pham, Q.' 5 ? primary 'Buyukyoruk, M.' 6 ? primary 'Dale, A.' 7 ? primary 'Landman, H.' 8 ? primary 'Graham, A.B.' 9 0000-0002-6782-5248 primary 'DeLuca, S.Z.' 10 ? primary 'Wiedenheft, B.' 11 0000-0001-9297-5304 1 'George, J.T.' 12 0000-0001-9696-0564 1 'Burman, N.' 13 0000-0002-3732-3159 1 'Wilkinson, R.A.' 14 0000-0001-8831-2081 1 'de Silva, S.' 15 0000-0002-9870-4449 1 'McKelvey-Pham, Q.' 16 ? 1 'Buyukyoruk, M.' 17 0000-0003-1534-7202 1 'Dale, A.' 18 ? 1 'Landman, H.' 19 0009-0008-1666-8300 1 'Graham, A.' 20 0000-0002-6782-5248 1 'DeLuca, S.Z.' 21 0000-0003-0683-8413 1 'Wiedenheft, B.' 22 0000-0001-9297-5304 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'AAA family ATPase' 63393.953 4 ? ? ? ? 2 polymer man 'RNA-directed DNA polymerase' 36046.191 1 2.7.7.49 ? ? ? 3 polymer man 'TIGR02646 family protein' 26824.639 1 ? ? ? ? 4 polymer man 'Retron IA msDNA' 28334.156 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'Retron IA ncRNA' 20258.928 1 ? ? ? ? 6 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 3 ? ? ? ? 7 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MWSHPQFEKINKMNLETCYVDFLELESHVINEDYLKESVELQKLISTLNESKFHLNKIGIHDFKRIRELQISLEDDLTVF VGDNGFGKSTILDAIAIVLSWLRSNIEKESKPGTYIKSHEVNNSVDVEYASIDANIKLKDFNTSILITKAKEGAYYSRNN ELLGVKKLASIYRLVNKYVDNASLPLMAYYSIARSYIGGGVDRKRKNAKTKTVWSKFDVYDEIEFDRNDFTDFFQWLVFL HNRASQEKLSESQTTINALFSDIQSLKATLTQLSAIDNIDSTVIKGLELSLKEKLNYMKSLQSGEHKFNNAVSLYDSVIN TILKFLPEFQWIKLVYGDDDYKIILKKGEVELDIQQLSQGEKTIFTLVGDLARRLILLNPNLSNPLLGYGIVLIDEIDLH LHPQWQQTIIERLTSTFPNVQFVITTHSPQVLSTVSSRSVRILQEVEVDGVNDLIVSHPDYQIKGVSNQDALLYGMRTDP IPSTKENGWLEEYKKLVELNRYSSDEALLLREKVIKHFGLDHPLVQECDDLISVLEFKNKINQHFSGSKDVK ; ;MWSHPQFEKINKMNLETCYVDFLELESHVINEDYLKESVELQKLISTLNESKFHLNKIGIHDFKRIRELQISLEDDLTVF VGDNGFGKSTILDAIAIVLSWLRSNIEKESKPGTYIKSHEVNNSVDVEYASIDANIKLKDFNTSILITKAKEGAYYSRNN ELLGVKKLASIYRLVNKYVDNASLPLMAYYSIARSYIGGGVDRKRKNAKTKTVWSKFDVYDEIEFDRNDFTDFFQWLVFL HNRASQEKLSESQTTINALFSDIQSLKATLTQLSAIDNIDSTVIKGLELSLKEKLNYMKSLQSGEHKFNNAVSLYDSVIN TILKFLPEFQWIKLVYGDDDYKIILKKGEVELDIQQLSQGEKTIFTLVGDLARRLILLNPNLSNPLLGYGIVLIDEIDLH 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LTFEWSNLFGSCGEPQRCGFYKDKQKYNDDDLIKADRQNPDVFFHFLENGDVHIREGLNEKEHKMAEVTLRVFNLNPSSG GVKAERRRAIELSMTLIKELVGCASQLIESGCEIEDVRSMVFDEFKKNVKDRCFTTAIKHVFENRMP ; ;MKYLSRQMPGPSVLNKFDYRRDDWNSLSSNDKKEIWEEIIKMQGKLCAYCEKKIEHHKSGGKNKVERHIEHFYRKSYYKN LTFEWSNLFGSCGEPQRCGFYKDKQKYNDDDLIKADRQNPDVFFHFLENGDVHIREGLNEKEHKMAEVTLRVFNLNPSSG GVKAERRRAIELSMTLIKELVGCASQLIESGCEIEDVRSMVFDEFKKNVKDRCFTTAIKHVFENRMP ; F ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG) (DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DC) ; ;TAAAGACAGCGAAAGACACAGATTTCTCCTTCGCATATCTGCCCCGGGCAGGGATGCGAAGGAGAAATCTGTGTCTTTCG CAACCCTAAACC ; H ? 5 polyribonucleotide no no UAGUGUAGGAACAUUGGUUCCAGCCGGGUGAUUAGCCAGGCUUAAAUUUAUUGUCCGGUUUAG UAGUGUAGGAACAUUGGUUCCAGCCGGGUGAUUAGCCAGGCUUAAAUUUAUUGUCCGGUUUAG I ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 6 "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ATP 7 'ZINC ION' ZN # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 TRP n 1 3 SER n 1 4 HIS n 1 5 PRO n 1 6 GLN n 1 7 PHE n 1 8 GLU n 1 9 LYS n 1 10 ILE n 1 11 ASN n 1 12 LYS n 1 13 MET n 1 14 ASN n 1 15 LEU n 1 16 GLU n 1 17 THR n 1 18 CYS n 1 19 TYR n 1 20 VAL n 1 21 ASP n 1 22 PHE n 1 23 LEU n 1 24 GLU n 1 25 LEU n 1 26 GLU n 1 27 SER n 1 28 HIS n 1 29 VAL n 1 30 ILE n 1 31 ASN n 1 32 GLU n 1 33 ASP n 1 34 TYR n 1 35 LEU n 1 36 LYS n 1 37 GLU n 1 38 SER n 1 39 VAL n 1 40 GLU n 1 41 LEU n 1 42 GLN n 1 43 LYS n 1 44 LEU n 1 45 ILE n 1 46 SER n 1 47 THR n 1 48 LEU n 1 49 ASN n 1 50 GLU n 1 51 SER n 1 52 LYS n 1 53 PHE n 1 54 HIS n 1 55 LEU n 1 56 ASN n 1 57 LYS n 1 58 ILE n 1 59 GLY n 1 60 ILE n 1 61 HIS n 1 62 ASP n 1 63 PHE n 1 64 LYS n 1 65 ARG n 1 66 ILE n 1 67 ARG n 1 68 GLU n 1 69 LEU n 1 70 GLN n 1 71 ILE n 1 72 SER n 1 73 LEU n 1 74 GLU n 1 75 ASP n 1 76 ASP n 1 77 LEU n 1 78 THR n 1 79 VAL n 1 80 PHE n 1 81 VAL n 1 82 GLY n 1 83 ASP n 1 84 ASN n 1 85 GLY n 1 86 PHE n 1 87 GLY n 1 88 LYS n 1 89 SER n 1 90 THR n 1 91 ILE n 1 92 LEU n 1 93 ASP n 1 94 ALA n 1 95 ILE n 1 96 ALA n 1 97 ILE n 1 98 VAL n 1 99 LEU n 1 100 SER n 1 101 TRP n 1 102 LEU n 1 103 ARG n 1 104 SER n 1 105 ASN n 1 106 ILE n 1 107 GLU n 1 108 LYS n 1 109 GLU n 1 110 SER n 1 111 LYS n 1 112 PRO n 1 113 GLY n 1 114 THR n 1 115 TYR n 1 116 ILE n 1 117 LYS n 1 118 SER n 1 119 HIS n 1 120 GLU n 1 121 VAL n 1 122 ASN n 1 123 ASN n 1 124 SER n 1 125 VAL n 1 126 ASP n 1 127 VAL n 1 128 GLU n 1 129 TYR n 1 130 ALA n 1 131 SER n 1 132 ILE n 1 133 ASP n 1 134 ALA n 1 135 ASN n 1 136 ILE n 1 137 LYS n 1 138 LEU n 1 139 LYS n 1 140 ASP n 1 141 PHE n 1 142 ASN n 1 143 THR n 1 144 SER n 1 145 ILE n 1 146 LEU n 1 147 ILE n 1 148 THR n 1 149 LYS n 1 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F ASP 211 OD2 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 9N6B _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? _cell.pdbx_esd_method ? # _symmetry.entry_id 9N6B _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 9N6B _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 9N6B _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_Zscore _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 21117 ? f_bond_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.597 ? 29259 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.977 ? 4127 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 3490 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 3297 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9N6B _struct.title ;Structure of the retron IA complex with HNH nuclease in the "up" orientation ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9N6B _struct_keywords.text 'Retron, IA, Immune, Transferase-DNA-RNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords Transferase/DNA/RNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 6 ? J N N 6 ? K N N 6 ? L N N 7 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0AAD2V6K7_ECOLX A0AAD2V6K7 ? 1 ;INKMNLETCYVDFLELESHVINEDYLKESVELQKLISTLNESKFHLNKIGIHDFKRIRELQISLEDDLTVFVGDNGFGKS TILDAIAIVLSWLRSNIEKESKPGTYIKSHEVNNSVDVEYASIDANIKLKDFNTSILITKAKEGAYYSRNNELLEVKKLA SIYRLVNKYVDNASLPLMAYYSIARSYIGGGVDRKRKNAKTKTVWSKFDVYDEIEFDRNDFTDFFQWLVFLHNRASQEKL SESQTTINALFSDIQSLKATLTQLSAIDNIDSTVIKGLELSLKEKLNYMKSLQSGEHKFNNAVSLYDSVINTILKFLPEF QWIKLVYGDDDYKIILKKGEVELDIQQLSQGEKTIFTLVGDLARRLILLNPNLSNPLLGYGIVLIDEIDLHLHPQWQQTI IERLTSTFPNVQFVITTHSPQVLSTVSSRSVRILQEVEVDGVNDLIVSHPDYQIKGVSNQDALLYGMRTDPIPSTKENGW LEEYKKLVELNRYSSDEALLLREKVIKHFGLDHPLVQECDDLISVLEFKNKINQHFSGSKDVK ; 2 2 UNP A0AAD2V6H6_ECOLX A0AAD2V6H6 ? 2 ;MQLTSKIISKFNYNRLAFQLLLNEAPKKYKVYYIPKRGAGFRVIAQPTKELKNVQRFIVSLLQPKLPVHHKAMAYEYKKS IKDNALLHKDNNYILKMDFQNFFNKIKPDIFFSKLENTGLKLDSFDENTLRNLLFWRPGKKRSTTLILSVGAPSSPFISN FVMYDFDKSLDDWCRNNGITYSRYADDITFSTNIKDILCRVPKVVKKMLSLHVPGLSINESKTIFTSMAHNRHVTGVTLT PQGNLSIGRDRKRMLFAKIHKYSLGLLSSEEINKTKGMIAFANYLEGDFLLRLQKKYGCELITKFLMEGNK ; 1 3 UNP A0AAD2V7M6_ECOLX A0AAD2V7M6 ? 3 ;MKYLSRQMPGPSVLNKFDYRRDDWNSLSSNDKKEIWEEIIKMQGKLCAYCEKKIEHHKSGGKNKVERHIEHFYRKSYYKN LTFEWSNLFGSCGEPQRCGFYKDKQKYNDDDLIKADRQNPDVFFHFLENGDVHIREGLNEKEHKMAEVTLRVFNLNPSSG GVKAERRRAIELSMTLIKELVGCASQLIESGCEIEDVRSMVFDEFKKNVKDRCFTTAIKHVFENRMP ; 1 4 GB CP026641.1 1566436237 ? 4 ;TAAAGACAGCGAAAGACACAGATTTCTCCTTCGCATATCTGCCCCGGGCAGGGATGCGAAGGAGAAATCTGTGTCTTTCG CAACCCTAAACC ; 3059583 5 GB CP026641.1 1566436237 ? 5 UAGUGUAGGAACAUUGGUUCCAGCCGGGUGAUUAGCCAGGCUUAAAUUUAUUGUCCGGUUUAG 3059730 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9N6B A 10 ? 552 ? 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'expression tag' -5 3 1 9N6B HIS A 4 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -4 4 1 9N6B PRO A 5 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -3 5 1 9N6B GLN A 6 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -2 6 1 9N6B PHE A 7 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -1 7 1 9N6B GLU A 8 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 0 8 1 9N6B LYS A 9 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 1 9 1 9N6B GLY A 164 ? UNP A0AAD2V6K7 GLU 156 conflict 156 10 2 9N6B MET B 1 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -7 11 2 9N6B TRP B 2 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -6 12 2 9N6B SER B 3 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -5 13 2 9N6B HIS B 4 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -4 14 2 9N6B PRO B 5 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -3 15 2 9N6B GLN B 6 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -2 16 2 9N6B PHE B 7 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -1 17 2 9N6B GLU B 8 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 0 18 2 9N6B LYS B 9 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 1 19 2 9N6B GLY B 164 ? UNP A0AAD2V6K7 GLU 156 conflict 156 20 3 9N6B MET C 1 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -7 21 3 9N6B TRP C 2 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -6 22 3 9N6B SER C 3 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -5 23 3 9N6B HIS C 4 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -4 24 3 9N6B PRO C 5 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -3 25 3 9N6B GLN C 6 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -2 26 3 9N6B PHE C 7 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -1 27 3 9N6B GLU C 8 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 0 28 3 9N6B LYS C 9 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 1 29 3 9N6B GLY C 164 ? UNP A0AAD2V6K7 GLU 156 conflict 156 30 4 9N6B MET D 1 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -7 31 4 9N6B TRP D 2 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -6 32 4 9N6B SER D 3 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -5 33 4 9N6B HIS D 4 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -4 34 4 9N6B PRO D 5 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -3 35 4 9N6B GLN D 6 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -2 36 4 9N6B PHE D 7 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' -1 37 4 9N6B GLU D 8 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 0 38 4 9N6B LYS D 9 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 1 39 4 9N6B GLY D 164 ? UNP A0AAD2V6K7 GLU 156 conflict 156 40 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 14 ? 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VAL F 132 ILE F 134 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O ILE A 71 ? 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O VAL B 415 AA6 4 5 O ILE B 424 ? O ILE B 416 N THR B 78 ? N THR B 70 AA6 5 6 N VAL B 79 ? N VAL B 71 O ARG B 441 ? O ARG B 433 AA6 6 7 N VAL B 446 ? N VAL B 438 O ASP B 453 ? O ASP B 445 AA7 1 2 N VAL B 335 ? N VAL B 327 O LYS B 342 ? O LYS B 334 AA7 2 3 N LEU B 345 ? N LEU B 337 O LEU B 352 ? O LEU B 344 AA8 1 2 O LEU C 69 ? O LEU C 61 N ILE C 60 ? N ILE C 52 AA8 2 3 N ASN C 56 ? N ASN C 48 O ASN C 135 ? O ASN C 127 AA8 3 4 N LEU C 138 ? N LEU C 130 O PHE C 141 ? O PHE C 133 AA9 1 2 N LEU C 186 ? N LEU C 178 O ILE C 391 ? O ILE C 383 AA9 2 3 N GLY C 390 ? N GLY C 382 O GLN C 421 ? O GLN C 413 AA9 3 4 O THR C 426 ? O THR C 418 N PHE C 80 ? N PHE C 72 AA9 4 5 N VAL C 81 ? N VAL C 73 O LEU C 443 ? O LEU C 435 AA9 5 6 N VAL C 446 ? N VAL C 438 O ASP C 453 ? O ASP C 445 AB1 1 2 N VAL C 335 ? N VAL C 327 O LYS C 342 ? O LYS C 334 AB1 2 3 N LEU C 345 ? N LEU C 337 O LEU C 352 ? O LEU C 344 AB2 1 2 O ILE D 71 ? O ILE D 63 N ILE D 58 ? N ILE D 50 AB2 2 3 N GLY D 59 ? N GLY D 51 O ASP D 133 ? O ASP D 125 AB2 3 4 N ILE D 132 ? N ILE D 124 O ILE D 147 ? O ILE D 139 AB3 1 2 N TYR D 190 ? N TYR D 182 O LEU D 393 ? O LEU D 385 AB3 2 3 N VAL D 392 ? N VAL D 384 O GLN D 421 ? O GLN D 413 AB3 3 4 O ILE D 424 ? O ILE D 416 N PHE D 80 ? N PHE D 72 AB3 4 5 N VAL D 81 ? N VAL D 73 O ARG D 441 ? O ARG D 433 AB3 5 6 N VAL D 446 ? N VAL D 438 O ASP D 453 ? O ASP D 445 AB4 1 2 N GLY D 337 ? N GLY D 329 O ASP D 340 ? O ASP D 332 AB4 2 3 N LEU D 345 ? N LEU D 337 O LEU D 352 ? O LEU D 344 AB5 1 2 N TYR E 32 ? N TYR E 32 O ILE E 44 ? O ILE E 44 AB6 1 2 N THR E 180 ? N THR E 180 O SER E 191 ? O SER E 191 AB6 2 3 O ILE E 188 ? O ILE E 188 N MET E 97 ? N MET E 97 AB6 3 4 N ILE E 94 ? N ILE E 94 O THR E 226 ? O THR E 226 AB7 1 2 N VAL E 234 ? N VAL E 234 O VAL E 237 ? O VAL E 237 AB7 2 3 N THR E 238 ? N THR E 238 O SER E 246 ? O SER E 246 AB8 1 2 N HIS F 68 ? N HIS F 68 O SER F 91 ? O SER F 91 AB9 1 2 N HIS F 125 ? N HIS F 125 O HIS F 133 ? O HIS F 133 # _pdbx_entry_details.entry_id 9N6B _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CB F ASP 111 ? ? 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COOT was used for manual editing. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details 'The structure of each subunit was predicted individually in Alphafold before rigid body fitting in ChimeraX' _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9N6B _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;Reported resolution from cryoSPARC's GSFSC estimation ; _em_3d_reconstruction.resolution 3.09 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 356186 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name ;Retron IA surveillance complex with HNH nuclease bound in the "down" orientation ; _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3,4,5 # _em_imaging.entry_id 9N6B _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TALOS ARCTICA' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 45000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type C-flat-1.2/1.3 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9N6B _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9N6B _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9N6B _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -7 ? 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H 81 ? ? 1 1 G DC 10 1_555 G DC 79 1_555 0.477 -3.657 1.728 -4.081 -39.566 -95.588 2 H_DC10:DC79_H H 10 ? H 79 ? ? ? 1 G DA 13 1_555 G DT 77 1_555 -0.376 -0.356 -1.200 -30.953 -5.896 -4.224 3 H_DA13:DT77_H H 13 ? H 77 ? 20 1 1 G DA 14 1_555 G DT 76 1_555 1.769 0.031 -0.818 -10.447 10.840 3.349 4 H_DA14:DT76_H H 14 ? H 76 ? 20 1 1 G DG 15 1_555 G DC 75 1_555 0.624 -0.149 -0.500 1.687 12.073 1.161 5 H_DG15:DC75_H H 15 ? H 75 ? 19 1 1 G DA 16 1_555 G DT 74 1_555 -0.077 0.427 -0.980 -14.595 -10.065 -0.908 6 H_DA16:DT74_H H 16 ? H 74 ? 20 1 1 G DC 17 1_555 G DG 73 1_555 -1.374 0.204 -0.637 -5.929 -2.467 7.234 7 H_DC17:DG73_H H 17 ? H 73 ? 19 1 1 G DA 18 1_555 G DT 72 1_555 0.155 -0.110 -0.424 -0.620 -2.848 -0.513 8 H_DA18:DT72_H H 18 ? H 72 ? 20 1 1 G DC 19 1_555 G DG 71 1_555 0.176 -0.154 -0.251 4.836 0.304 0.635 9 H_DC19:DG71_H H 19 ? H 71 ? 19 1 1 G DA 20 1_555 G DT 70 1_555 0.014 -0.183 0.071 0.530 -6.128 4.373 10 H_DA20:DT70_H H 20 ? 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