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EMDB EMD-49056 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-04-23 ? 2 'Structure model' 2 0 2025-11-12 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'Structure model' author 'Coordinate replacement' 'Polymer geometry' ;The modelling of residues 76 and 77 in chain H (msDNA) were improved to better fit the density and engage in base-pairing interactions with A13 and A14, respectively. ; # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' Advisory 2 2 'Structure model' 'Atomic model' 3 2 'Structure model' 'Data collection' 4 2 'Structure model' 'Database references' 5 2 'Structure model' 'Derived calculations' 6 2 'Structure model' 'Polymer sequence' 7 2 'Structure model' 'Refinement description' 8 2 'Structure model' 'Source and taxonomy' 9 2 'Structure model' 'Structure summary' # 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_pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9N6C _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-02-05 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of the Retron IA Complex without the HNH Nuclease' _pdbx_database_related.db_id EMD-49056 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email bwiedenheft@gmail.com _pdbx_contact_author.name_first Blake _pdbx_contact_author.name_last Wiedenheft _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0001-9297-5304 # 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UK ? ? primary 'Nat Commun' ? ? 2041-1723 ? ? 16 ? 8459 8459 'Structural basis of antiphage defence by an ATPase-associated reverse transcriptase.' 2025 ? 10.1038/s41467-025-63285-6 41006229 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? 'Structural basis of antiphage defense by an ATPase-associated reverse transcriptase.' 2025 ? 10.1101/2025.03.26.645336 40196496 ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'George, J.T.' 1 0000-0001-9696-0564 primary 'Burman, N.' 2 0000-0002-3732-3159 primary 'Wilkinson, R.A.' 3 0000-0001-8831-2081 primary 'de Silva, S.' 4 0000-0002-9870-4449 primary 'McKelvey-Pham, Q.' 5 ? primary 'Buyukyoruk, M.' 6 ? primary 'Dale, A.' 7 ? primary 'Landman, H.' 8 ? primary 'Graham, A.B.' 9 0000-0002-6782-5248 primary 'DeLuca, S.Z.' 10 ? primary 'Wiedenheft, B.' 11 0000-0001-9297-5304 1 'George, J.T.' 12 0000-0001-9696-0564 1 'Burman, N.' 13 0000-0002-3732-3159 1 'Wilkinson, R.A.' 14 0000-0001-8831-2081 1 'de Silva, S.' 15 0000-0002-9870-4449 1 'McKelvey-Pham, Q.' 16 ? 1 'Buyukyoruk, M.' 17 0000-0003-1534-7202 1 'Dale, A.' 18 ? 1 'Landman, H.' 19 0009-0008-1666-8300 1 'Graham, A.' 20 0000-0002-6782-5248 1 'DeLuca, S.Z.' 21 0000-0003-0683-8413 1 'Wiedenheft, B.' 22 0000-0001-9297-5304 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'AAA family ATPase' 63393.953 4 ? 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UAGUGUAGGAACAUUGGUUCCAGCCGGGUGAUUAGCCAGGCUUAAAUUUAUUGUCCGGUUUAG I ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 5 _pdbx_entity_nonpoly.name "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ATP # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 TRP n 1 3 SER n 1 4 HIS n 1 5 PRO n 1 6 GLN n 1 7 PHE n 1 8 GLU n 1 9 LYS n 1 10 ILE n 1 11 ASN n 1 12 LYS n 1 13 MET n 1 14 ASN n 1 15 LEU n 1 16 GLU n 1 17 THR n 1 18 CYS n 1 19 TYR n 1 20 VAL n 1 21 ASP n 1 22 PHE n 1 23 LEU n 1 24 GLU n 1 25 LEU n 1 26 GLU n 1 27 SER n 1 28 HIS n 1 29 VAL n 1 30 ILE n 1 31 ASN n 1 32 GLU n 1 33 ASP n 1 34 TYR n 1 35 LEU n 1 36 LYS n 1 37 GLU n 1 38 SER n 1 39 VAL n 1 40 GLU n 1 41 LEU n 1 42 GLN n 1 43 LYS n 1 44 LEU n 1 45 ILE n 1 46 SER n 1 47 THR n 1 48 LEU n 1 49 ASN n 1 50 GLU n 1 51 SER n 1 52 LYS n 1 53 PHE n 1 54 HIS n 1 55 LEU n 1 56 ASN n 1 57 LYS n 1 58 ILE n 1 59 GLY n 1 60 ILE n 1 61 HIS n 1 62 ASP n 1 63 PHE n 1 64 LYS n 1 65 ARG n 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.582 ? 24841 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 19.596 ? 3673 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 3003 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 2729 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9N6C _struct.title 'Structure of the Retron IA Complex without the HNH Nuclease' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9N6C _struct_keywords.text 'Retron, IA, Immune, Transferase-DNA-RNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords Transferase/DNA/RNA # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 5 ? J N N 5 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0AAD2V6K7_ECOLX A0AAD2V6K7 ? 1 ;INKMNLETCYVDFLELESHVINEDYLKESVELQKLISTLNESKFHLNKIGIHDFKRIRELQISLEDDLTVFVGDNGFGKS TILDAIAIVLSWLRSNIEKESKPGTYIKSHEVNNSVDVEYASIDANIKLKDFNTSILITKAKEGAYYSRNNELLEVKKLA SIYRLVNKYVDNASLPLMAYYSIARSYIGGGVDRKRKNAKTKTVWSKFDVYDEIEFDRNDFTDFFQWLVFLHNRASQEKL SESQTTINALFSDIQSLKATLTQLSAIDNIDSTVIKGLELSLKEKLNYMKSLQSGEHKFNNAVSLYDSVINTILKFLPEF QWIKLVYGDDDYKIILKKGEVELDIQQLSQGEKTIFTLVGDLARRLILLNPNLSNPLLGYGIVLIDEIDLHLHPQWQQTI IERLTSTFPNVQFVITTHSPQVLSTVSSRSVRILQEVEVDGVNDLIVSHPDYQIKGVSNQDALLYGMRTDPIPSTKENGW LEEYKKLVELNRYSSDEALLLREKVIKHFGLDHPLVQECDDLISVLEFKNKINQHFSGSKDVK ; 2 2 UNP A0AAD2V6H6_ECOLX A0AAD2V6H6 ? 2 ;MQLTSKIISKFNYNRLAFQLLLNEAPKKYKVYYIPKRGAGFRVIAQPTKELKNVQRFIVSLLQPKLPVHHKAMAYEYKKS IKDNALLHKDNNYILKMDFQNFFNKIKPDIFFSKLENTGLKLDSFDENTLRNLLFWRPGKKRSTTLILSVGAPSSPFISN FVMYDFDKSLDDWCRNNGITYSRYADDITFSTNIKDILCRVPKVVKKMLSLHVPGLSINESKTIFTSMAHNRHVTGVTLT PQGNLSIGRDRKRMLFAKIHKYSLGLLSSEEINKTKGMIAFANYLEGDFLLRLQKKYGCELITKFLMEGNK ; 1 3 GB CP026641.1 1566436237 ? 3 ;TAAAGACAGCGAAAGACACAGATTTCTCCTTCGCATATCTGCCCCGGGCAGGGATGCGAAGGAGAAATCTGTGTCTTTCG CAACCCTAAACC ; 3059583 4 GB CP026641.1 1566436237 ? 4 UAGUGUAGGAACAUUGGUUCCAGCCGGGUGAUUAGCCAGGCUUAAAUUUAUUGUCCGGUUUAG 3059730 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9N6C A 10 ? 552 ? 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UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 0 38 4 9N6C LYS D 9 ? UNP A0AAD2V6K7 ? ? 'expression tag' 1 39 4 9N6C GLY D 164 ? UNP A0AAD2V6K7 GLU 156 conflict 156 40 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 14 ? 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AB7 ? 3 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? parallel AA5 2 3 ? parallel AA5 3 4 ? parallel AA5 4 5 ? parallel AA5 5 6 ? parallel AA5 6 7 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? parallel AA9 3 4 ? parallel AA9 4 5 ? parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? parallel AB3 3 4 ? parallel AB3 4 5 ? parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ILE A 66 ? 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LEU E 245 SER E 246 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 O LEU A 69 ? 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O SER E 246 # _pdbx_entry_details.entry_id 9N6C _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.has_protein_modification N # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 "O4'" H DG 15 ? ? 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N1 H DC 57 ? ? 110.23 108.30 1.93 0.30 N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 LYS A 56 ? ? 53.97 -105.98 2 1 LYS A 131 ? ? 56.44 -99.19 3 1 TYR A 170 ? ? -88.20 -74.38 4 1 ARG A 195 ? ? -121.05 -57.50 5 1 LYS A 196 ? ? 39.79 48.45 6 1 LYS A 299 ? ? 72.25 -6.30 7 1 PHE A 300 ? ? 53.26 -160.15 8 1 ASP A 330 ? ? 58.79 -139.20 9 1 ASP A 331 ? ? 41.26 -128.26 10 1 ASP A 332 ? ? -102.51 -60.03 11 1 ASN A 373 ? ? 71.15 -72.05 12 1 LEU A 374 ? ? -38.89 131.51 13 1 LYS B 56 ? ? 52.38 -112.33 14 1 LYS B 131 ? ? 57.65 -96.79 15 1 GLU B 144 ? ? -172.37 148.11 16 1 ARG B 150 ? ? 48.51 -114.34 17 1 ASN B 173 ? ? 37.61 48.80 18 1 ARG B 186 ? ? 48.46 -108.08 19 1 PHE B 209 ? ? -84.25 -73.67 20 1 ASP B 210 ? ? -147.27 -15.47 21 1 ARG B 219 ? ? -79.90 -167.67 22 1 SER B 242 ? ? 66.76 -122.91 23 1 SER B 266 ? ? -92.39 54.67 24 1 PHE B 300 ? ? 42.11 -105.61 25 1 PRO B 377 ? ? -69.27 2.15 26 1 GLN C -2 ? ? 61.33 66.45 27 1 LYS C 1 ? ? 52.20 -144.50 28 1 LYS C 56 ? ? 57.10 -131.99 29 1 LYS C 131 ? ? 55.20 -132.02 30 1 ARG C 219 ? ? 63.01 -97.59 31 1 SER C 242 ? ? 68.48 -135.55 32 1 THR C 274 ? ? 50.88 -106.29 33 1 HIS C 298 ? ? 58.61 -97.83 34 1 ASN C 302 ? ? 49.69 -115.76 35 1 ALA C 303 ? ? 56.58 -97.37 36 1 ASP C 390 ? ? -97.23 35.88 37 1 HIS C 450 ? ? -162.07 65.38 38 1 LYS D 56 ? ? 57.56 -133.08 39 1 LYS D 131 ? ? 56.59 -100.17 40 1 TYR D 188 ? ? 68.70 148.08 41 1 ILE D 189 ? ? 38.02 59.01 42 1 ASP D 213 ? ? 56.56 -98.75 43 1 GLU D 216 ? ? -79.71 -169.16 44 1 SER D 242 ? ? 58.82 -123.74 45 1 GLN D 245 ? ? 56.88 -131.06 46 1 LEU D 379 ? ? -141.43 18.68 47 1 ASP D 390 ? ? -96.27 37.58 48 1 ASN D 411 ? ? -92.34 49.54 49 1 SER E 149 ? ? 77.00 -177.62 50 1 ALA E 185 ? ? 57.69 -102.39 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9N6C _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria 'Cross-correlation coefficient' _em_3d_fitting.details ;Alphafold predicted structures of each individual subunit were first rigid body fit in ChimeraX using the fit in map command before initial relaxation using ISOLDE and final refinement in PHENIX RealSpaceRefinement. COOT was used for manual editing. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id . _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range . _em_3d_fitting_list.details 'The structure of each subunit was predicted individually in Alphafold before rigid body fitting in ChimeraX' _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name AlphaFold _em_3d_fitting_list.type 'in silico model' _em_3d_fitting_list.accession_code ? _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9N6C _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm 'FOURIER SPACE' _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ;Reported resolution from cryoSPARC's GSFSC estimation ; _em_3d_reconstruction.resolution 2.99 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 513948 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.name ;Retron IA surveillance complex with HNH nuclease bound in the "down" orientation ; _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4' # _em_imaging.entry_id 9N6C _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'FEI TALOS ARCTICA' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 45000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 50 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type C-flat-1.2/1.3 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9N6C _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 277.15 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ? # _em_experiment.entry_id 9N6C _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9N6C _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET -7 ? 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A GLU 491 67 1 Y 1 A GLU 484 ? A GLU 492 68 1 Y 1 A TYR 485 ? A TYR 493 69 1 Y 1 A LYS 486 ? A LYS 494 70 1 Y 1 A LYS 487 ? A LYS 495 71 1 Y 1 A LEU 488 ? A LEU 496 72 1 Y 1 A VAL 489 ? A VAL 497 73 1 Y 1 A GLU 490 ? A GLU 498 74 1 Y 1 A LEU 491 ? A LEU 499 75 1 Y 1 A ASN 492 ? A ASN 500 76 1 Y 1 A ARG 493 ? A ARG 501 77 1 Y 1 A TYR 494 ? A TYR 502 78 1 Y 1 A SER 495 ? A SER 503 79 1 Y 1 A SER 496 ? A SER 504 80 1 Y 1 A ASP 497 ? A ASP 505 81 1 Y 1 A GLU 498 ? A GLU 506 82 1 Y 1 A ALA 499 ? A ALA 507 83 1 Y 1 A LEU 500 ? A LEU 508 84 1 Y 1 A LEU 501 ? A LEU 509 85 1 Y 1 A LEU 502 ? A LEU 510 86 1 Y 1 A ARG 503 ? A ARG 511 87 1 Y 1 A GLU 504 ? A GLU 512 88 1 Y 1 A LYS 505 ? A LYS 513 89 1 Y 1 A VAL 506 ? A VAL 514 90 1 Y 1 A ILE 507 ? A ILE 515 91 1 Y 1 A LYS 508 ? A LYS 516 92 1 Y 1 A HIS 509 ? A HIS 517 93 1 Y 1 A PHE 510 ? A PHE 518 94 1 Y 1 A GLY 511 ? A GLY 519 95 1 Y 1 A LEU 512 ? A LEU 520 96 1 Y 1 A ASP 513 ? A ASP 521 97 1 Y 1 A HIS 514 ? A HIS 522 98 1 Y 1 A PRO 515 ? 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H 81 ? ? 1 1 F DC 10 1_555 F DC 79 1_555 -0.018 -4.070 0.835 6.346 -32.540 -104.719 2 H_DC10:DC79_H H 10 ? H 79 ? ? ? 1 F DA 12 1_555 F DT 78 1_555 -5.344 -1.210 2.429 -13.432 20.152 21.151 3 H_DA12:DT78_H H 12 ? H 78 ? ? ? 1 F DA 13 1_555 F DT 77 1_555 0.074 0.311 -0.141 -16.007 -1.773 -1.416 4 H_DA13:DT77_H H 13 ? H 77 ? 20 1 1 F DA 14 1_555 F DT 76 1_555 2.399 0.073 -0.093 -1.710 3.297 -0.542 5 H_DA14:DT76_H H 14 ? H 76 ? 20 1 1 F DG 15 1_555 F DC 75 1_555 -0.213 -0.099 -0.168 -2.804 1.802 1.680 6 H_DG15:DC75_H H 15 ? H 75 ? 19 1 1 F DA 16 1_555 F DT 74 1_555 0.142 -0.073 -0.010 -0.856 -7.474 -2.031 7 H_DA16:DT74_H H 16 ? H 74 ? 20 1 1 F DC 17 1_555 F DG 73 1_555 -1.446 0.261 -0.106 -1.102 -5.799 8.496 8 H_DC17:DG73_H H 17 ? H 73 ? 19 1 1 F DA 18 1_555 F DT 72 1_555 0.261 0.307 -0.190 -2.222 -3.129 -0.255 9 H_DA18:DT72_H H 18 ? H 72 ? 20 1 1 F DC 19 1_555 F DG 71 1_555 0.171 -0.178 0.161 0.921 -2.028 0.422 10 H_DC19:DG71_H H 19 ? 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I 137 ? ? 10 # loop_ _ndb_struct_na_base_pair_step.model_number _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_symmetry_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.shift _ndb_struct_na_base_pair_step.slide _ndb_struct_na_base_pair_step.rise _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt _ndb_struct_na_base_pair_step.roll _ndb_struct_na_base_pair_step.twist _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination _ndb_struct_na_base_pair_step.tip _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist _ndb_struct_na_base_pair_step.step_number _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_1 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.i_PDB_ins_code_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 _ndb_struct_na_base_pair_step.j_PDB_ins_code_2 1 F DG 9 1_555 F DC 81 1_555 F DC 10 1_555 F DC 79 1_555 1.800 -0.579 3.436 3.773 9.538 116.755 -0.443 -1.015 3.438 5.595 -2.213 117.037 1 HH_DG9DC10:DC79DC81_HH H 9 ? 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