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B N N 2 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP TCDB_CLODI P18177 ? 1 ;MSLVNRKQLEKMANVRFRTQEDEYVAILDALEEYHNMSENTVVEKYLKLKDINSLTDIYIDTYKKSGRNKALKKFKEYLV TEVLELKNNNLTPVEKNLHFVWIGGQINDTAINYINQWKDVNSDYNVNVFYDSNAFLINTLKKTVVESAINDTLESFREN LNDPRFDYNKFFRKRMEIIYDKQKNFINYYKAQREENPELIIDDIVKTYLSNEYSKEIDELNTYIEESLNKITQNSGNDV RNFEEFKNGESFNLYEQELVERWNLAAASDILRISALKEIGGMYLDVDMLPGIQPDLFESIEKPSSVTVDFWEMTKLEAI MKYKEYIPEYTSEHFDMLDEEVQSSFESVLASKSDKSEIFSSLGDMEASPLEVKIAFNSKGIINQGLISVKDSYCSNLIV KQIENRYKILNNSLNPAISEDNDFNTTTNTFIDSIMAEANADNGRFMMELGKYLRVGFFPDVKTTINLSGPEAYAAAYQD LLMFKEGSMNIHLIEADLRNFEISKTNISQSTEQEMASLWSFDDARAKAQFEEYKRNYFEGSLGEDDNLDFSQNIVVDKE YLLEKISSLARSSERGYIHYIVQLQGDKISYEAACNLFAKTPYDSVLFQKNIEDSEIAYYYNPGDGEIQEIDKYKIPSII SDRPKIKLTFIGHGKDEFNTDIFAGFDVDSLSTEIEAAIDLAKEDISPKSIEINLLGCNMFSYSINVEETYPGKLLLKVK DKISELMPSISQDSIIVSANQYEVRINSEGRRELLDHSGEWINKEESIIKDISSKEYISFNPKENKITVKSKNLPELSTL LQEIRNNSNSSDIELEEKVMLTECEINVISNIDTQIVEERIEEAKNLTSDSINYIKDEFKLIESISDALCDLKQQNELED SHFISFEDISETDEGFSIRFINKETGESIFVETEKTIFSEYANHITEEISKIKGTIFDTVNGKLVKKVNLDTTHEVNTLN AAFFIQSLIEYNSSKESLSNLSVAMKVQVYAQLFSTGLNTITDAAKVVELVSTALDETIDLLPTLSEGLPIIATIIDGVS LGAAIKELSETSDPLLRQEIEAKIGIMAVNLTTATTAIITSSLGIASGFSILLVPLAGISAGIPSLVNNELVLRDKATKV VDYFKHVSLVETEGVFTLLDDKIMMPQDDLVISEIDFNNNSIVLGKCEIWRMEGGSGHTVTDDIDHFFSAPSITYREPHL SIYDVLEVQKEELDLSKDLMVLPNAPNRVFAWETGWTPGLRSLENDGTKLLDRIRDNYEGEFYWRYFAFIADALITTLKP RYEDTNIRINLDSNTRSFIVPIITTEYIREKLSYSFYGSGGTYALSLSQYNMGINIELSESDVWIIDVDNVVRDVTIESD KIKKGDLIEGILSTLSIEENKIILNSHEINFSGEVNGSNGFVSLTFSILEGINAIIEVDLLSKSYKLLISGELKILMLNS NHIQQKIDYIGFNSELQKNIPYSFVDSEGKENGFINGSTKEGLFVSELPDVVLISKVYMDDSKPSFGYYSNNLKDVKVIT KDNVNILTGYYLKDDIKISLSLTLQDEKTIKLNSVHLDESGVAEILKFMNRKGNTNTSDSLMSFLESMNIKSIFVNFLQS NIKFILDANFIISGTTSIGQFEFICDENDNIQPYFIKFNTLETNYTLYVGNRQNMIVEPNYDLDDSGDISSTVINFSQKY LYGIDSCVNKVVISPNIYTDEINITPVYETNNTYPEVIVLDANYINEKINVNINDLSIRYVWSNDGNDFILMSTSEENKV SQVKIRFVNVFKDKTLANKLSFNFSDKQDVPVSEIILSFTPSYYEDGLIGYDLGLVSLYNEKFYINNFGMMVSGLIYIND SLYYFKPPVNNLITGFVTVGDDKYYFNPINGGAASIGETIIDDKNYYFNQSGVLQTGVFSTEDGFKYFAPANTLDENLEG EAIDFTGKLIIDENIYYFDDNYRGAVEWKELDGEMHYFSPETGKAFKGLNQIGDYKYYFNSDGVMQKGFVSINDNKHYFD DSGVMKVGYTEIDGKHFYFAENGEMQIGVFNTEDGFKYFAHHNEDLGNEEGEEISYSGILNFNNKIYYFDDSFTAVVGWK DLEDGSKYYFDEDTAEAYIG ; 1 2 PDB 9NFU 9NFU ? 2 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9NFU A 3 ? 2102 ? 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'expression tag' 2116 23 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ASN A 7 ? 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C CYS 163 C CYS 225 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 CYS B 41 ? 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O THR A 649 AA5 5 6 N ILE A 648 ? N ILE A 646 O GLU A 694 ? O GLU A 692 AA5 6 7 N ILE A 693 ? N ILE A 691 O ILE A 738 ? O ILE A 736 AA5 7 8 N VAL A 739 ? N VAL A 737 O ILE A 780 ? O ILE A 778 AA5 8 9 N SER A 781 ? N SER A 779 O THR A 790 ? O THR A 788 AA6 1 2 N ARG A 747 ? N ARG A 745 O GLU A 755 ? O GLU A 753 AA6 2 3 N LEU A 756 ? N LEU A 754 O ILE A 764 ? O ILE A 762 AA7 1 2 N GLU A 889 ? N GLU A 887 O ARG A 901 ? O ARG A 899 AA7 2 3 N PHE A 902 ? N PHE A 900 O ILE A 911 ? O ILE A 909 AA8 1 2 N MET A 1069 ? N MET A 1067 O THR A 1522 ? O THR A 1519 AA8 2 3 N LYS A 1523 ? N LYS A 1520 O VAL A 1526 ? O VAL A 1523 AA8 3 4 N LEU A 1529 ? N LEU A 1526 O LEU A 1544 ? O LEU A 1541 AA8 4 5 N THR A 1545 ? N THR A 1542 O LYS A 1553 ? O LYS A 1550 AA8 5 6 N ILE A 1552 ? N ILE A 1549 O ILE A 1607 ? O ILE A 1604 AA9 1 2 N LYS A 1535 ? N LYS A 1532 O ILE A 1538 ? O ILE A 1535 AA9 2 3 N THR A 1545 ? N THR A 1542 O LYS A 1553 ? O LYS A 1550 AA9 3 4 N VAL A 1557 ? N VAL A 1554 O SER A 1615 ? O SER A 1612 AA9 4 5 N GLY A 1616 ? N GLY A 1613 O PHE A 1623 ? O PHE A 1620 AA9 5 6 N GLN A 1622 ? N GLN A 1619 O LYS A 1639 ? O LYS A 1636 AA9 6 7 N ILE A 1638 ? N ILE A 1635 O LEU A 1649 ? O LEU A 1646 AA9 7 8 N THR A 1648 ? N THR A 1645 O ILE A 1658 ? O ILE A 1655 AA9 8 9 N MET A 1657 ? N MET A 1654 O VAL A 1694 ? O VAL A 1691 AA9 9 10 N ILE A 1695 ? N ILE A 1692 O ILE A 1720 ? O ILE A 1717 AA9 10 11 N VAL A 1719 ? N VAL A 1716 O ARG A 1768 ? O ARG A 1765 AA9 11 12 O PHE A 1769 ? O PHE A 1766 N PHE A 1751 ? N PHE A 1748 AA9 12 13 O ILE A 1752 ? O ILE A 1749 N SER A 1745 ? N SER A 1742 AB1 1 2 N ASP A 1158 ? N ASP A 1155 O SER A 1163 ? O SER A 1160 AB2 1 2 N VAL A 1231 ? N VAL A 1228 O ARG A 1283 ? O ARG A 1280 AB3 1 2 N TYR A 1316 ? N TYR A 1313 O GLY A 1335 ? O GLY A 1332 AB4 1 2 N GLY A 1320 ? N GLY A 1317 O GLU A 1339 ? O GLU A 1336 AB5 1 2 N LEU A 1327 ? N LEU A 1324 O ILE A 1347 ? O ILE A 1344 AB5 2 3 N ILE A 1348 ? N ILE A 1345 O SER A 1405 ? O SER A 1402 AB5 3 4 N VAL A 1404 ? N VAL A 1401 O VAL A 1420 ? O VAL A 1417 AB5 4 5 N ASP A 1421 ? N ASP A 1418 O SER A 1426 ? O SER A 1423 AB6 1 2 N LEU A 1327 ? N LEU A 1324 O ILE A 1347 ? O ILE A 1344 AB6 2 3 N ILE A 1348 ? N ILE A 1345 O SER A 1405 ? O SER A 1402 AB6 3 4 N VAL A 1404 ? N VAL A 1401 O VAL A 1420 ? O VAL A 1417 AB6 4 5 N ASN A 1415 ? N ASN A 1412 O SER A 1432 ? O SER A 1429 AB7 1 2 N THR A 1358 ? N THR A 1355 O LYS A 1365 ? O LYS A 1362 AB8 1 2 N SER A 1378 ? N SER A 1375 O ILE A 1385 ? O ILE A 1382 AB8 2 3 N LEU A 1386 ? N LEU A 1383 O HIS A 1389 ? O HIS A 1386 AB9 1 2 N PHE A 1466 ? N PHE A 1463 O GLU A 1473 ? O GLU A 1470 AB9 2 3 N PHE A 1476 ? N PHE A 1473 O LEU A 1485 ? O LEU A 1482 AB9 3 4 N LEU A 1490 ? N LEU A 1487 O VAL A 1493 ? O VAL A 1490 AB9 4 5 N LYS A 1498 ? N LYS A 1495 O PHE A 1508 ? O PHE A 1505 AB9 5 6 N TYR A 1511 ? N TYR A 1508 O VAL A 1597 ? O VAL A 1594 AC1 1 2 N ILE A 1676 ? N ILE A 1673 O ASN A 1705 ? O ASN A 1702 AC1 2 3 N ILE A 1706 ? 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O VAL C 242 # _pdbx_entry_details.entry_id 9NFU _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # _pdbx_validate_rmsd_angle.id 1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 CG1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 A _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 ILE _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 1064 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 CB _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 A _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 ILE _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 1064 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 CG2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 A _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 ILE _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 1064 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 ? _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value 126.71 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value 111.40 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation 15.31 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation 2.20 _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag N # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 PHE A 17 ? ? 36.23 55.89 2 1 ASP A 167 ? ? -68.29 -178.01 3 1 PHE A 298 ? ? 59.89 13.78 4 1 PHE A 539 ? ? -93.36 52.28 5 1 GLU A 560 ? ? -166.10 -168.89 6 1 GLN A 609 ? ? -119.64 50.32 7 1 LYS A 633 ? ? 49.04 -139.98 8 1 MET A 700 ? ? -95.21 57.91 9 1 SER A 729 ? ? 78.03 -1.63 10 1 ASN A 949 ? ? 76.30 -9.11 11 1 LEU A 950 ? ? 42.46 -125.22 12 1 SER A 995 ? ? -172.12 -174.59 13 1 GLU A 1027 ? ? 57.23 16.03 14 1 SER A 1338 ? ? -96.05 58.79 15 1 ASP A 1348 ? ? 47.28 -134.24 16 1 ASP A 1359 ? ? 54.76 19.40 17 1 SER A 1385 ? ? 75.12 -3.70 18 1 ASP A 1521 ? ? 52.70 -122.57 19 1 ASN A 1608 ? ? 54.98 -120.72 20 1 THR A 1671 ? ? -140.35 30.98 21 1 LYS A 1758 ? ? -65.03 1.28 22 1 GLN A 1787 ? ? -172.54 143.66 23 1 SER A 1797 ? ? 76.47 -4.68 24 1 ASN A 1866 ? ? -49.34 108.56 25 1 ASN A 1888 ? ? -67.08 -179.73 26 1 TYR C 186 ? ? -90.01 -62.92 27 1 GLU C 243 ? ? -68.75 -179.85 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9NFU _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ;TcdB was built using the published 3.87 Angstrom crystal structure as a starting model (PDB: 6OQ5). The three bound VHH domains in the crystal structure were removed in PyMOL, and the structure was docked into density using Chimera. The initial model was refined in Coot before alignment with the design model in PyMOL, the scFv docked well in density. The entire model was refined with iterative rounds in Coot, Interactive Structure Optimization by Local Direct Exploration (ISOLDE) were performed at a simulated 25 Kelvin, and Phenix real-space refinement. The final model quality was analyzed using Molprobity. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol 'FLEXIBLE FIT' # loop_ _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 1 6OQ5 ? ? TcdB ? ? PDB 'experimental model' 6OQ5 1 2 1 . . . 'De Novo Design' ? ? 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