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'In-situ structures of the Legionella Dot/Icm T4SS identify the DotA-IcmX complex as the gatekeeper for effector translocation.' 2025 ? 10.1101/2025.06.23.660953 40666918 ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Yue, J.' 1 ? primary 'Heydari, S.' 2 ? primary 'Park, D.' 3 ? primary 'Chetrit, D.' 4 ? primary 'Tachiyama, S.' 5 0000-0003-2010-212X primary 'Guo, W.' 6 ? primary 'Botting, J.M.' 7 ? primary 'Wu, S.' 8 ? primary 'Roy, C.R.' 9 0000-0003-4490-440X primary 'Liu, J.' 10 0000-0003-3108-6735 1 'Yue, J.' 11 0000-0002-0815-0092 1 'Heydari, S.' 12 ? 1 'Park, D.' 13 ? 1 'Chetrit, D.' 14 ? 1 'Tachiyama, S.' 15 ? 1 'Guo, W.' 16 ? 1 'Botting, J.M.' 17 ? 1 'Wu, S.' 18 ? 1 'Roy, C.R.' 19 ? 1 'Liu, J.' 20 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.5141 ? 58194 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0418 ? 6660 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0038 ? 7506 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.1602 ? 5977 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 9NGV _struct.title 'In situ cryo-EM structure of periplasmic ring (PR) of the Legionella Dot/Icm T4SS machine.' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9NGV _struct_keywords.text 'Type IVB Dot/Icm Secretion Machine, PROTEIN TRANSPORT' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTEIN TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 1 ? I N N 2 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 7 ? O N N 1 ? P N N 2 ? Q N N 3 ? R N N 4 ? 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GLU Dt 105 TYR Dt 120 1 ? 16 HELX_P HELX_P70 AH7 ASN TC 123 ? ALA TC 143 ? ASN Dt 123 ALA Dt 143 1 ? 21 HELX_P HELX_P71 AH8 THR UC 2 ? ASN UC 15 ? THR Du 2 ASN Du 15 1 ? 14 HELX_P HELX_P72 AH9 SER VC 3 ? GLY VC 7 ? SER Dv 3 GLY Dv 7 5 ? 5 HELX_P HELX_P73 AI1 GLN ZC 792 ? GLN ZC 814 ? GLN Dz 792 GLN Dz 814 1 ? 23 HELX_P HELX_P74 AI2 GLU AD 105 ? TYR AD 120 ? GLU Ea 105 TYR Ea 120 1 ? 16 HELX_P HELX_P75 AI3 ASN AD 123 ? ALA AD 143 ? ASN Ea 123 ALA Ea 143 1 ? 21 HELX_P HELX_P76 AI4 THR BD 2 ? ASN BD 15 ? THR Eb 2 ASN Eb 15 1 ? 14 HELX_P HELX_P77 AI5 SER CD 3 ? GLY CD 7 ? SER Ec 3 GLY Ec 7 5 ? 5 HELX_P HELX_P78 AI6 GLN GD 792 ? GLN GD 814 ? GLN Eg 792 GLN Eg 814 1 ? 23 HELX_P HELX_P79 AI7 GLU HD 105 ? TYR HD 120 ? GLU Eh 105 TYR Eh 120 1 ? 16 HELX_P HELX_P80 AI8 ASN HD 123 ? ALA HD 143 ? ASN Eh 123 ALA Eh 143 1 ? 21 HELX_P HELX_P81 AI9 THR ID 2 ? ASN ID 15 ? THR Ei 2 ASN Ei 15 1 ? 14 HELX_P HELX_P82 AJ1 SER JD 3 ? GLY JD 7 ? SER Ej 3 GLY Ej 7 5 ? 5 HELX_P HELX_P83 AJ2 GLN ND 792 ? 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anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD6 4 5 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? parallel AD9 2 3 ? parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AE1 1 2 ? parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE3 3 4 ? 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parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF8 4 5 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG2 1 2 ? parallel AG2 2 3 ? parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG2 4 5 ? anti-parallel AG3 1 2 ? parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? anti-parallel AG3 4 5 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel AG6 1 2 ? parallel AG6 2 3 ? parallel AG6 3 4 ? anti-parallel AG6 4 5 ? anti-parallel AG7 1 2 ? parallel AG7 2 3 ? anti-parallel AG7 3 4 ? anti-parallel AG7 4 5 ? anti-parallel AG8 1 2 ? anti-parallel AG8 2 3 ? anti-parallel AG9 1 2 ? anti-parallel AG9 2 3 ? anti-parallel AG9 3 4 ? anti-parallel AH1 1 2 ? parallel AH1 2 3 ? parallel AH1 3 4 ? anti-parallel AH1 4 5 ? anti-parallel AH2 1 2 ? parallel AH2 2 3 ? anti-parallel AH2 3 4 ? anti-parallel AH2 4 5 ? anti-parallel AH3 1 2 ? anti-parallel AH3 2 3 ? 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LYS Cr 150 VAL Cr 158 AE4 2 ALA RB 247 ? VAL RB 256 ? ALA Cr 247 VAL Cr 256 AE4 3 VAL RB 176 ? LEU RB 182 ? VAL Cr 176 LEU Cr 182 AE4 4 THR RB 212 ? ALA RB 217 ? THR Cr 212 ALA Cr 217 AE4 5 PHE RB 202 ? GLN RB 205 ? PHE Cr 202 GLN Cr 205 AE5 1 VAL RB 168 ? LEU RB 171 ? VAL Cr 168 LEU Cr 171 AE5 2 VAL RB 237 ? PRO RB 243 ? VAL Cr 237 PRO Cr 243 AE5 3 GLY RB 224 ? LEU RB 230 ? GLY Cr 224 LEU Cr 230 AE5 4 ILE RB 191 ? LEU RB 196 ? ILE Cr 191 LEU Cr 196 AE5 5 VAL XB 819 ? GLU XB 822 ? VAL Cx 819 GLU Cx 822 AE6 1 TYR WB 211 ? VAL WB 215 ? TYR Cw 211 VAL Cw 215 AE6 2 ALA WB 220 ? ILE WB 223 ? ALA Cw 220 ILE Cw 223 AE6 3 THR WB 229 ? VAL WB 232 ? THR Cw 229 VAL Cw 232 AE7 1 LYS WB 237 ? ILE WB 238 ? LYS Cw 237 ILE Cw 238 AE7 2 GLY WB 242 ? ASP WB 248 ? GLY Cw 242 ASP Cw 248 AE7 3 ARG WB 253 ? THR WB 256 ? ARG Cw 253 THR Cw 256 AE7 4 VAL WB 261 ? LYS WB 263 ? VAL Cw 261 LYS Cw 263 AE8 1 LYS YB 150 ? PHE YB 157 ? LYS Cy 150 PHE Cy 157 AE8 2 ALA YB 247 ? ARG YB 255 ? 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SC TYR 717 19397 1 Y 1 Ds THR 718 ? SC THR 718 19398 1 Y 1 Ds SER 719 ? SC SER 719 19399 1 Y 1 Ds ALA 720 ? SC ALA 720 19400 1 Y 1 Ds GLU 721 ? SC GLU 721 19401 1 Y 1 Ds LEU 722 ? SC LEU 722 19402 1 Y 1 Ds ARG 723 ? SC ARG 723 19403 1 Y 1 Ds ASN 724 ? SC ASN 724 19404 1 Y 1 Ds ALA 725 ? SC ALA 725 19405 1 Y 1 Ds GLY 726 ? SC GLY 726 19406 1 Y 1 Ds PHE 727 ? SC PHE 727 19407 1 Y 1 Ds SER 728 ? SC SER 728 19408 1 Y 1 Ds PRO 729 ? SC PRO 729 19409 1 Y 1 Ds GLN 730 ? SC GLN 730 19410 1 Y 1 Ds GLU 731 ? SC GLU 731 19411 1 Y 1 Ds SER 732 ? SC SER 732 19412 1 Y 1 Ds ALA 733 ? SC ALA 733 19413 1 Y 1 Ds VAL 734 ? SC VAL 734 19414 1 Y 1 Ds ALA 735 ? SC ALA 735 19415 1 Y 1 Ds GLY 736 ? SC GLY 736 19416 1 Y 1 Ds LEU 737 ? SC LEU 737 19417 1 Y 1 Ds GLN 738 ? SC GLN 738 19418 1 Y 1 Ds GLY 739 ? SC GLY 739 19419 1 Y 1 Ds PRO 740 ? SC PRO 740 19420 1 Y 1 Ds ASP 741 ? SC ASP 741 19421 1 Y 1 Ds LEU 742 ? SC LEU 742 19422 1 Y 1 Ds GLN 743 ? SC GLN 743 19423 1 Y 1 Ds GLN 744 ? 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GD GLN 155 21677 1 Y 1 Eg GLY 156 ? GD GLY 156 21678 1 Y 1 Eg ALA 157 ? GD ALA 157 21679 1 Y 1 Eg GLN 158 ? GD GLN 158 21680 1 Y 1 Eg LEU 159 ? GD LEU 159 21681 1 Y 1 Eg THR 160 ? GD THR 160 21682 1 Y 1 Eg ASP 161 ? GD ASP 161 21683 1 Y 1 Eg LEU 162 ? GD LEU 162 21684 1 Y 1 Eg LYS 163 ? GD LYS 163 21685 1 Y 1 Eg ALA 164 ? GD ALA 164 21686 1 Y 1 Eg ALA 165 ? GD ALA 165 21687 1 Y 1 Eg CYS 166 ? GD CYS 166 21688 1 Y 1 Eg SER 167 ? GD SER 167 21689 1 Y 1 Eg CYS 168 ? GD CYS 168 21690 1 Y 1 Eg VAL 169 ? GD VAL 169 21691 1 Y 1 Eg GLN 170 ? GD GLN 170 21692 1 Y 1 Eg LEU 171 ? GD LEU 171 21693 1 Y 1 Eg LYS 172 ? GD LYS 172 21694 1 Y 1 Eg ASP 173 ? GD ASP 173 21695 1 Y 1 Eg SER 174 ? GD SER 174 21696 1 Y 1 Eg GLY 175 ? GD GLY 175 21697 1 Y 1 Eg TYR 176 ? GD TYR 176 21698 1 Y 1 Eg GLY 177 ? GD GLY 177 21699 1 Y 1 Eg LEU 178 ? GD LEU 178 21700 1 Y 1 Eg GLN 179 ? GD GLN 179 21701 1 Y 1 Eg GLU 180 ? GD GLU 180 21702 1 Y 1 Eg LEU 181 ? GD LEU 181 21703 1 Y 1 Eg GLU 182 ? 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GD ARG 209 21731 1 Y 1 Eg LEU 210 ? GD LEU 210 21732 1 Y 1 Eg ARG 211 ? GD ARG 211 21733 1 Y 1 Eg ASN 212 ? GD ASN 212 21734 1 Y 1 Eg CYS 213 ? GD CYS 213 21735 1 Y 1 Eg GLY 214 ? GD GLY 214 21736 1 Y 1 Eg PHE 215 ? GD PHE 215 21737 1 Y 1 Eg ASP 216 ? GD ASP 216 21738 1 Y 1 Eg ALA 217 ? GD ALA 217 21739 1 Y 1 Eg CYS 218 ? GD CYS 218 21740 1 Y 1 Eg GLU 219 ? GD GLU 219 21741 1 Y 1 Eg LEU 220 ? GD LEU 220 21742 1 Y 1 Eg ARG 221 ? GD ARG 221 21743 1 Y 1 Eg ASN 222 ? GD ASN 222 21744 1 Y 1 Eg ALA 223 ? GD ALA 223 21745 1 Y 1 Eg GLY 224 ? GD GLY 224 21746 1 Y 1 Eg PHE 225 ? GD PHE 225 21747 1 Y 1 Eg THR 226 ? GD THR 226 21748 1 Y 1 Eg ALA 227 ? GD ALA 227 21749 1 Y 1 Eg GLN 228 ? GD GLN 228 21750 1 Y 1 Eg GLU 229 ? GD GLU 229 21751 1 Y 1 Eg MET 230 ? GD MET 230 21752 1 Y 1 Eg LYS 231 ? GD LYS 231 21753 1 Y 1 Eg ASP 232 ? GD ASP 232 21754 1 Y 1 Eg GLY 233 ? GD GLY 233 21755 1 Y 1 Eg GLY 234 ? GD GLY 234 21756 1 Y 1 Eg PHE 235 ? GD PHE 235 21757 1 Y 1 Eg SER 236 ? GD SER 236 21758 1 Y 1 Eg ASP 237 ? GD ASP 237 21759 1 Y 1 Eg GLY 238 ? GD GLY 238 21760 1 Y 1 Eg GLU 239 ? GD GLU 239 21761 1 Y 1 Eg LEU 240 ? GD LEU 240 21762 1 Y 1 Eg LYS 241 ? GD LYS 241 21763 1 Y 1 Eg GLY 242 ? GD GLY 242 21764 1 Y 1 Eg ALA 243 ? GD ALA 243 21765 1 Y 1 Eg GLY 244 ? GD GLY 244 21766 1 Y 1 Eg PHE 245 ? GD PHE 245 21767 1 Y 1 Eg SER 246 ? GD SER 246 21768 1 Y 1 Eg ASP 247 ? GD ASP 247 21769 1 Y 1 Eg ALA 248 ? GD ALA 248 21770 1 Y 1 Eg GLU 249 ? GD GLU 249 21771 1 Y 1 Eg ILE 250 ? GD ILE 250 21772 1 Y 1 Eg ALA 251 ? GD ALA 251 21773 1 Y 1 Eg LYS 252 ? GD LYS 252 21774 1 Y 1 Eg ALA 253 ? GD ALA 253 21775 1 Y 1 Eg SER 254 ? GD SER 254 21776 1 Y 1 Eg GLY 255 ? GD GLY 255 21777 1 Y 1 Eg LEU 256 ? GD LEU 256 21778 1 Y 1 Eg PRO 257 ? GD PRO 257 21779 1 Y 1 Eg ASP 258 ? GD ASP 258 21780 1 Y 1 Eg GLY 259 ? GD GLY 259 21781 1 Y 1 Eg ILE 260 ? GD ILE 260 21782 1 Y 1 Eg THR 261 ? GD THR 261 21783 1 Y 1 Eg ALA 262 ? GD ALA 262 21784 1 Y 1 Eg ASP 263 ? 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GD LYS 290 21812 1 Y 1 Eg ILE 291 ? GD ILE 291 21813 1 Y 1 Eg SER 292 ? GD SER 292 21814 1 Y 1 Eg GLY 293 ? GD GLY 293 21815 1 Y 1 Eg CYS 294 ? GD CYS 294 21816 1 Y 1 Eg THR 295 ? GD THR 295 21817 1 Y 1 Eg ALA 296 ? GD ALA 296 21818 1 Y 1 Eg GLU 297 ? GD GLU 297 21819 1 Y 1 Eg GLN 298 ? GD GLN 298 21820 1 Y 1 Eg LEU 299 ? GD LEU 299 21821 1 Y 1 Eg LYS 300 ? GD LYS 300 21822 1 Y 1 Eg ALA 301 ? GD ALA 301 21823 1 Y 1 Eg ALA 302 ? GD ALA 302 21824 1 Y 1 Eg GLY 303 ? GD GLY 303 21825 1 Y 1 Eg TYR 304 ? GD TYR 304 21826 1 Y 1 Eg THR 305 ? GD THR 305 21827 1 Y 1 Eg ALA 306 ? GD ALA 306 21828 1 Y 1 Eg LYS 307 ? GD LYS 307 21829 1 Y 1 Eg GLU 308 ? GD GLU 308 21830 1 Y 1 Eg LEU 309 ? GD LEU 309 21831 1 Y 1 Eg LYS 310 ? GD LYS 310 21832 1 Y 1 Eg ASP 311 ? GD ASP 311 21833 1 Y 1 Eg ALA 312 ? GD ALA 312 21834 1 Y 1 Eg GLY 313 ? GD GLY 313 21835 1 Y 1 Eg PHE 314 ? GD PHE 314 21836 1 Y 1 Eg SER 315 ? GD SER 315 21837 1 Y 1 Eg ALA 316 ? GD ALA 316 21838 1 Y 1 Eg ALA 317 ? GD ALA 317 21839 1 Y 1 Eg ASP 318 ? GD ASP 318 21840 1 Y 1 Eg LEU 319 ? GD LEU 319 21841 1 Y 1 Eg ARG 320 ? GD ARG 320 21842 1 Y 1 Eg ARG 321 ? GD ARG 321 21843 1 Y 1 Eg ALA 322 ? GD ALA 322 21844 1 Y 1 Eg GLY 323 ? GD GLY 323 21845 1 Y 1 Eg PHE 324 ? GD PHE 324 21846 1 Y 1 Eg SER 325 ? GD SER 325 21847 1 Y 1 Eg ALA 326 ? GD ALA 326 21848 1 Y 1 Eg ALA 327 ? GD ALA 327 21849 1 Y 1 Eg GLU 328 ? GD GLU 328 21850 1 Y 1 Eg LEU 329 ? GD LEU 329 21851 1 Y 1 Eg LYS 330 ? GD LYS 330 21852 1 Y 1 Eg ASP 331 ? GD ASP 331 21853 1 Y 1 Eg ALA 332 ? GD ALA 332 21854 1 Y 1 Eg GLY 333 ? GD GLY 333 21855 1 Y 1 Eg PHE 334 ? GD PHE 334 21856 1 Y 1 Eg THR 335 ? GD THR 335 21857 1 Y 1 Eg ALA 336 ? GD ALA 336 21858 1 Y 1 Eg ARG 337 ? GD ARG 337 21859 1 Y 1 Eg ASP 338 ? GD ASP 338 21860 1 Y 1 Eg LEU 339 ? GD LEU 339 21861 1 Y 1 Eg LEU 340 ? GD LEU 340 21862 1 Y 1 Eg ASN 341 ? GD ASN 341 21863 1 Y 1 Eg ALA 342 ? GD ALA 342 21864 1 Y 1 Eg GLY 343 ? GD GLY 343 21865 1 Y 1 Eg PHE 344 ? 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GD ILE 398 21920 1 Y 1 Eg ARG 399 ? GD ARG 399 21921 1 Y 1 Eg GLN 400 ? GD GLN 400 21922 1 Y 1 Eg TYR 401 ? GD TYR 401 21923 1 Y 1 Eg ALA 402 ? GD ALA 402 21924 1 Y 1 Eg GLY 403 ? GD GLY 403 21925 1 Y 1 Eg CYS 404 ? GD CYS 404 21926 1 Y 1 Eg SER 405 ? GD SER 405 21927 1 Y 1 Eg ALA 406 ? GD ALA 406 21928 1 Y 1 Eg GLN 407 ? GD GLN 407 21929 1 Y 1 Eg ALA 408 ? GD ALA 408 21930 1 Y 1 Eg LEU 409 ? GD LEU 409 21931 1 Y 1 Eg LYS 410 ? GD LYS 410 21932 1 Y 1 Eg ALA 411 ? GD ALA 411 21933 1 Y 1 Eg ALA 412 ? GD ALA 412 21934 1 Y 1 Eg GLY 413 ? GD GLY 413 21935 1 Y 1 Eg PHE 414 ? GD PHE 414 21936 1 Y 1 Eg THR 415 ? GD THR 415 21937 1 Y 1 Eg ASP 416 ? GD ASP 416 21938 1 Y 1 Eg ALA 417 ? GD ALA 417 21939 1 Y 1 Eg ASP 418 ? GD ASP 418 21940 1 Y 1 Eg LEU 419 ? GD LEU 419 21941 1 Y 1 Eg ALA 420 ? GD ALA 420 21942 1 Y 1 Eg ASN 421 ? GD ASN 421 21943 1 Y 1 Eg ALA 422 ? GD ALA 422 21944 1 Y 1 Eg GLY 423 ? GD GLY 423 21945 1 Y 1 Eg PHE 424 ? GD PHE 424 21946 1 Y 1 Eg THR 425 ? 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