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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0014 ? 11976 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.4366 ? 16224 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0413 ? 1800 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0037 ? 2076 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 8.7226 ? 4626 ? f_dihedral_angle_d ? ? # loop_ _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ordinal _refine_ls_restr_ncs.pdbx_refine_id _refine_ls_restr_ncs.dom_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_ens_id _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position _refine_ls_restr_ncs.weight_position _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_B_iso _refine_ls_restr_ncs.weight_B_iso _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type _refine_ls_restr_ncs.pdbx_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number _refine_ls_restr_ncs.pdbx_rms _refine_ls_restr_ncs.pdbx_weight _refine_ls_restr_ncs.ncs_model_details 1 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_1 6.1142014222e-12 ? ? ? 'NCS constraints' A A ? ? ? ? 2 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_1 1.22531352557e-11 ? ? ? 'NCS constraints' A A ? ? ? ? 3 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_2 9.75558678178e-11 ? ? ? 'NCS constraints' E J ? ? ? ? 4 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_2 7.84982508083e-12 ? ? ? 'NCS constraints' E J ? ? ? ? 5 'ELECTRON MICROSCOPY' d_2 ens_3 4.95923448009e-11 ? ? ? 'NCS constraints' C L ? ? ? ? 6 'ELECTRON MICROSCOPY' d_3 ens_3 7.81984572558e-12 ? ? ? 'NCS constraints' C L ? ? ? ? # loop_ _struct_ncs_oper.id _struct_ncs_oper.code _struct_ncs_oper.matrix[1][1] _struct_ncs_oper.matrix[1][2] _struct_ncs_oper.matrix[1][3] _struct_ncs_oper.matrix[2][1] _struct_ncs_oper.matrix[2][2] _struct_ncs_oper.matrix[2][3] _struct_ncs_oper.matrix[3][1] _struct_ncs_oper.matrix[3][2] _struct_ncs_oper.matrix[3][3] _struct_ncs_oper.vector[1] _struct_ncs_oper.vector[2] _struct_ncs_oper.vector[3] _struct_ncs_oper.details 1 given -0.50020532457 0.865906716332 -0.000438043155433 -0.865906795988 -0.500205378252 -1.51572122753e-05 -0.000232236274164 0.000371722826939 0.999999903944 104.699174342 390.277278303 -0.0221320769259 ? 2 given -0.499870953715 -0.866099781162 0.000445761401415 0.866099884293 -0.499870964991 9.37401121071e-05 0.000141634891299 0.000432931857428 0.999999896255 390.178077208 104.518697175 -0.0826001609525 ? 3 given -0.500205208528 -0.865906863263 -0.000231334407929 0.865906784039 -0.500205261801 0.000370705503703 -0.000436711127988 -1.48852094247e-05 0.999999904531 390.314659653 104.55920426 0.0736342076238 ? 4 given -0.499925253491 0.866068521119 0.000240101322882 -0.866068544328 -0.499925186183 -0.000291109653893 -0.000132088208886 -0.000353477270715 0.999999928803 104.512894256 390.30411537 0.0913844137364 ? 5 given -0.500204137107 0.865907402462 -0.000437700471687 -0.865907481332 -0.500204191756 -1.79790251058e-05 -0.000234507781599 0.000370014930277 0.999999904048 104.698839655 390.277713374 -0.0215409508968 ? 6 given -0.499870709635 -0.86609991994 0.00044981083709 0.86610002473 -0.499870721792 9.30450409996e-05 0.000144260965245 0.0004360916678 0.999999894506 390.177309668 104.518740102 -0.0833306230632 ? # loop_ _struct_ncs_dom.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom.id _struct_ncs_dom.details ens_1 d_1 ;chain "A" ; ens_1 d_2 ;chain "B" ; ens_1 d_3 ;chain "C" ; ens_2 d_1 ;chain "J" ; ens_2 d_2 ;chain "H" ; ens_2 d_3 ;chain "Q" ; ens_3 d_1 ;chain "L" ; ens_3 d_2 ;chain "K" ; ens_3 d_3 ;chain "P" ; # loop_ _struct_ncs_dom_lim.pdbx_ens_id _struct_ncs_dom_lim.dom_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.beg_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_label_alt_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code _struct_ncs_dom_lim.selection_details ens_1 d_1 1 A PHE 41 . A CYS 321 . A PHE 41 A CYS 321 ? ? ens_1 d_1 2 J NAG . . J NAG . . D NAG 1 D NAG 1 ? ? ens_1 d_1 3 J NAG . . J NAG . . D NAG 2 D NAG 2 ? ? ens_1 d_1 4 P NAG . . P NAG . . A NAG 601 A NAG 601 ? ? ens_1 d_1 5 K NAG . . K NAG . . E NAG 1 E NAG 1 ? ? ens_1 d_1 6 K NAG . . K NAG . . E NAG 2 E NAG 2 ? ? ens_1 d_1 7 K FUC . . K FUC . . E FUC 3 E FUC 3 ? ? ens_1 d_2 1 D PHE 41 . D CYS 321 . B PHE 41 B CYS 321 ? ? ens_1 d_2 2 L NAG . . L NAG . . F NAG 1 F NAG 1 ? ? ens_1 d_2 3 L NAG . . L NAG . . F NAG 2 F NAG 2 ? ? ens_1 d_2 4 Q NAG . . Q NAG . . B NAG 601 B NAG 601 ? ? ens_1 d_2 5 M NAG . . M NAG . . G NAG 1 G NAG 1 ? ? ens_1 d_2 6 M NAG . . M NAG . . G NAG 2 G NAG 2 ? ? ens_1 d_2 7 M FUC . . M FUC . . G FUC 3 G FUC 3 ? ? ens_1 d_3 1 G PHE 41 . G CYS 321 . C PHE 41 C CYS 321 ? ? ens_1 d_3 2 N NAG . . N NAG . . I NAG 1 I NAG 1 ? ? ens_1 d_3 3 N NAG . . N NAG . . I NAG 2 I NAG 2 ? ? ens_1 d_3 4 R NAG . . R NAG . . C NAG 601 C NAG 601 ? ? ens_1 d_3 5 O NAG . . O NAG . . M NAG 1 M NAG 1 ? ? ens_1 d_3 6 O NAG . . O NAG . . M NAG 2 M NAG 2 ? ? ens_1 d_3 7 O FUC . . O FUC . . M FUC 3 M FUC 3 ? ? ens_2 d_1 1 E VAL 2 . E VAL 130 . J VAL 2 J VAL 111 ? ? ens_2 d_2 1 B VAL 2 . B VAL 130 . H VAL 2 H VAL 111 ? ? ens_2 d_3 1 H VAL 2 . H VAL 130 . Q VAL 2 Q VAL 111 ? ? ens_3 d_1 1 C SER 2 . C VAL 110 . L SER 2 L VAL 106 ? ? ens_3 d_2 1 F SER 2 . F VAL 110 . K SER 2 K VAL 106 ? ? ens_3 d_3 1 I SER 2 . I VAL 110 . P SER 2 P VAL 106 ? ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details ens_1 ? ens_2 ? ens_3 ? # loop_ _struct_ncs_ens_gen.ens_id _struct_ncs_ens_gen.dom_id_1 _struct_ncs_ens_gen.dom_id_2 _struct_ncs_ens_gen.oper_id ens_1 d_2 d_1 1 ens_1 d_3 d_1 2 ens_2 d_2 d_1 3 ens_2 d_3 d_1 4 ens_3 d_2 d_1 5 ens_3 d_3 d_1 6 # _struct.entry_id 9NJ6 _struct.title 'Computationally optimized broadly reactive influenza B hemagglutinin BC2 bound by antibody #3978' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9NJ6 _struct_keywords.text 'influenza, antibody, cell entry, hemagglutination, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-Immune System complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/Immune System' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 1 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 5 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 4 ? O N N 5 ? P N N 6 ? Q N N 6 ? 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UNP P17504 THR 144 conflict 129 3 1 9NJ6 ARG A 136 ? UNP P17504 LYS 151 conflict 136 4 1 9NJ6 ILE A 137 ? UNP P17504 VAL 152 conflict 137 5 1 9NJ6 THR A 199 ? UNP P17504 ALA 214 conflict 199 6 1 9NJ6 LYS A 202 ? UNP P17504 VAL 217 conflict 202 7 1 9NJ6 THR A 235 ? UNP P17504 ALA 250 conflict 235 8 1 9NJ6 VAL A 262 ? UNP P17504 THR 277 conflict 262 9 1 9NJ6 ALA A 293 ? UNP P17504 ARG 308 conflict 293 10 1 9NJ6 SER A 524 ? UNP P17504 ? ? 'expression tag' 524 11 1 9NJ6 GLY A 525 ? UNP P17504 ? ? 'expression tag' 525 12 1 9NJ6 ARG A 526 ? UNP P17504 ? ? 'expression tag' 526 13 1 9NJ6 LEU A 527 ? UNP P17504 ? ? 'expression tag' 527 14 1 9NJ6 VAL A 528 ? UNP P17504 ? ? 'expression tag' 528 15 1 9NJ6 PRO A 529 ? UNP P17504 ? ? 'expression tag' 529 16 1 9NJ6 ARG A 530 ? UNP P17504 ? ? 'expression tag' 530 17 4 9NJ6 ARG B 88 ? UNP P17504 LYS 103 conflict 88 18 4 9NJ6 ASN B 116 ? UNP P17504 HIS 131 conflict 116 19 4 9NJ6 LYS B 129 ? UNP P17504 THR 144 conflict 129 20 4 9NJ6 ARG B 136 ? 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CYS B 94 ? 1_555 CYS B 143 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 21 CYS D 181 ? CYS D 275 ? CYS B 181 ? 1_555 CYS B 275 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 22 CYS D 295 ? CYS D 321 ? CYS B 295 ? 1_555 CYS B 321 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 23 CYS E 22 ? CYS E 96 ? CYS J 22 ? 1_555 CYS J 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 24 CYS E 104 ? CYS E 109 ? CYS J 100 ? 1_555 CYS J 100 E 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 25 CYS F 22 ? CYS F 90 ? CYS K 23 ? 1_555 CYS K 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 26 CYS G 54 ? CYS G 57 ? CYS C 54 ? 1_555 CYS C 57 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 27 CYS G 60 ? CYS G 72 ? CYS C 60 ? 1_555 CYS C 72 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 28 CYS G 94 ? CYS G 143 ? CYS C 94 ? 1_555 CYS C 143 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 29 CYS G 181 ? CYS G 275 ? CYS C 181 ? 1_555 CYS C 275 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 30 CYS G 295 ? CYS G 321 ? CYS C 295 ? 1_555 CYS C 321 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 31 CYS H 22 ? CYS H 96 ? CYS Q 22 ? 1_555 CYS Q 92 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 32 CYS H 104 ? CYS H 109 ? CYS Q 100 ? 1_555 CYS Q 100 E 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 33 CYS I 22 ? CYS I 90 ? CYS P 23 ? 1_555 CYS P 88 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLY 133 A . ? GLY 133 A PRO 134 A ? PRO 134 A 1 2.10 2 LEU 287 A . ? LEU 287 A PRO 288 A ? PRO 288 A 1 -1.11 3 GLY 133 D . ? GLY 133 B PRO 134 D ? PRO 134 B 1 2.10 4 LEU 287 D . ? LEU 287 B PRO 288 D ? PRO 288 B 1 -1.11 5 GLY 133 G . ? GLY 133 C PRO 134 G ? PRO 134 C 1 2.10 6 LEU 287 G . ? LEU 287 C PRO 288 G ? PRO 288 C 1 -1.11 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 5 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 6 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 2 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 6 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 4 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 4 ? AD8 ? 5 ? AD9 ? 5 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 3 ? 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ARG B 245 GLN B 253 AB9 1 SER D 140 ? PRO D 144 ? SER B 140 PRO B 144 AB9 2 ASN D 150 ? GLY D 151 ? ASN B 150 GLY B 151 AC1 1 LEU D 173 ? VAL D 177 ? LEU B 173 VAL B 177 AC1 2 GLY D 259 ? TYR D 263 ? GLY B 259 TYR B 263 AC1 3 LYS D 212 ? ALA D 217 ? LYS B 212 ALA B 217 AC1 4 VAL D 220 ? VAL D 225 ? VAL B 220 VAL B 225 AC2 1 CYS D 295 ? HIS D 297 ? CYS B 295 HIS B 297 AC2 2 ALA D 317 ? GLY D 319 ? ALA B 317 GLY B 319 AC3 1 GLN E 3 ? SER E 7 ? GLN J 3 SER J 7 AC3 2 SER E 17 ? SER E 25 ? SER J 17 SER J 25 AC3 3 VAL E 78 ? ASN E 84 A VAL J 77 ASN J 82 AC3 4 PHE E 68 ? ASP E 73 ? PHE J 67 ASP J 72 AC4 1 ILE E 58 ? TYR E 60 ? ILE J 57 TYR J 59 AC4 2 LEU E 45 ? ILE E 51 ? LEU J 45 ILE J 51 AC4 3 MET E 34 ? GLU E 39 ? MET J 34 GLU J 39 AC4 4 LEU E 93 ? ASP E 99 ? LEU J 89 ASP J 95 AC4 5 MET E 119 O TRP E 122 ? MET J 100 TRP J 103 AC5 1 ILE E 58 ? TYR E 60 ? ILE J 57 TYR J 59 AC5 2 LEU E 45 ? ILE E 51 ? LEU J 45 ILE J 51 AC5 3 MET E 34 ? GLU E 39 ? MET J 34 GLU J 39 AC5 4 LEU E 93 ? ASP E 99 ? LEU J 89 ASP J 95 AC5 5 THR E 126 ? THR E 127 ? THR J 107 THR J 108 AC6 1 SER F 9 ? SER F 11 ? SER K 9 SER K 12 AC6 2 THR F 106 ? THR F 109 ? THR K 102 THR K 105 AC6 3 ASP F 87 ? TYR F 89 ? ASP K 85 TYR K 87 AC6 4 TRP F 37 ? HIS F 40 ? TRP K 35 HIS K 38 AC6 5 LYS F 47 ? ILE F 50 ? LYS K 45 ILE K 48 AC7 1 VAL F 18 ? THR F 23 ? VAL K 19 THR K 24 AC7 2 SER F 72 ? ILE F 77 ? SER K 70 ILE K 75 AC7 3 PHE F 64 ? ALA F 66 ? PHE K 62 ALA K 64 AC8 1 SER F 92 ? ASP F 94 ? SER K 90 ASP K 92 AC8 2 GLY F 99 B VAL F 101 ? GLY K 95 VAL K 97 AC9 1 ASN G 43 ? LEU G 44 ? ASN C 43 LEU C 44 AC9 2 GLU G 292 ? ALA G 293 ? GLU C 292 ALA C 293 AD1 1 THR G 49 ? ARG G 50 ? THR C 49 ARG C 50 AD1 2 ALA G 81 ? LEU G 84 ? ALA C 81 LEU C 84 AD1 3 LYS G 281 ? LYS G 284 ? LYS C 281 LYS C 284 AD2 1 ASN G 116 ? LEU G 119 ? ASN C 116 LEU C 119 AD2 2 TRP G 274 ? SER G 277 ? TRP C 274 SER C 277 AD2 3 ASP G 186 ? SER G 195 ? ASP C 186 SER C 195 AD2 4 ILE G 267 ? PRO G 270 ? ILE C 267 PRO C 270 AD2 5 MET G 156 ? PRO G 161 ? 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