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EMDB EMD-49523 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-05-14 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-05-14 ? 3 FSC 1 0 2025-05-14 ? 4 'Half map' 1 0 2025-05-14 1 5 'Half map' 1 0 2025-05-14 2 6 Image 1 0 2025-05-14 ? 7 'Primary map' 1 0 2025-05-14 ? 8 'Structure model' 1 1 2025-06-04 ? 9 'Structure model' 1 2 2025-06-11 ? 10 'Structure model' 2 0 2025-08-13 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 FSC repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 Image repository 'Initial release' ? ? 7 7 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? 8 10 'Structure model' author 'Coordinate replacement' 'Model completeness' 'Missing bases in ncRNA were added and register was updated.' # 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_pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9NLV _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-03-03 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of hexameric SenDRT9 ncRNA complex in a pre-polymerization state' _pdbx_database_related.db_id EMD-49523 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _pdbx_contact_author.id _pdbx_contact_author.email _pdbx_contact_author.name_first _pdbx_contact_author.name_last _pdbx_contact_author.name_mi _pdbx_contact_author.role _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 2 bwiedenheft@gmail.com Blake Wiedenheft ? 'principal investigator/group leader' 0000-0001-9297-5304 3 shsternberg@gmail.com Samuel Sternberg H 'principal investigator/group leader' 0000-0001-8240-9114 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Burman, N.' 1 0000-0002-3732-3159 'Pandey, S.' 2 0009-0009-6057-574X 'Wiedenheft, B.' 3 0000-0001-9297-5304 'Sternberg, S.H.' 4 0000-0001-8240-9114 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 643 _citation.language ? _citation.page_first 1352 _citation.page_last 1362 _citation.title 'Protein-primed homopolymer synthesis by an antiviral reverse transcriptase.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-025-09179-5 _citation.pdbx_database_id_PubMed 40436039 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Tang, S.' 1 0000-0001-5492-9796 primary 'Zedaveinyte, R.' 2 0000-0002-0738-6976 primary 'Burman, N.' 3 0000-0002-3732-3159 primary 'Pandey, S.' 4 0000-0002-7531-1538 primary 'Ramirez, J.L.' 5 ? primary 'Kulber, L.M.' 6 0000-0001-5625-7372 primary 'Wiegand, T.' 7 0000-0002-0528-268X primary 'Wilkinson, R.A.' 8 0000-0001-8831-2081 primary 'Ma, Y.' 9 ? primary 'Zhang, D.J.' 10 0000-0002-6871-9842 primary 'Lampe, G.D.' 11 0000-0002-2873-2372 primary 'Berisa, M.' 12 0000-0001-7347-9823 primary 'Jovanovic, M.' 13 ? primary 'Wiedenheft, B.' 14 0000-0001-9297-5304 primary 'Sternberg, S.H.' 15 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GLU A 253 GLY A 272 1 ? 20 HELX_P HELX_P16 AB7 LYS A 316 ? ILE A 336 ? LYS A 316 ILE A 336 1 ? 21 HELX_P HELX_P17 AB8 GLN A 337 ? LYS A 341 ? GLN A 337 LYS A 341 5 ? 5 HELX_P HELX_P18 AB9 ASP A 355 ? TYR A 370 ? ASP A 355 TYR A 370 1 ? 16 HELX_P HELX_P19 AC1 SER A 374 ? SER A 383 ? SER A 374 SER A 383 1 ? 10 HELX_P HELX_P20 AC2 GLY A 393 ? TYR A 398 ? GLY A 393 TYR A 398 5 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 ASP A 403 ? TRP A 432 ? ASP A 403 TRP A 432 1 ? 30 HELX_P HELX_P22 AC4 ASP A 445 ? GLU A 447 ? ASP A 445 GLU A 447 5 ? 3 HELX_P HELX_P23 AC5 ASP A 448 ? SER A 454 ? ASP A 448 SER A 454 1 ? 7 HELX_P HELX_P24 AC6 SER A 468 ? GLY A 484 ? SER A 468 GLY A 484 1 ? 17 HELX_P HELX_P25 AC7 GLY A 484 ? MET A 489 ? GLY A 484 MET A 489 1 ? 6 HELX_P HELX_P26 AC8 LYS B 2 ? GLY B 41 ? LYS B 2 GLY B 41 1 ? 40 HELX_P HELX_P27 AC9 ASP B 42 ? ALA B 44 ? ASP B 42 ALA B 44 5 ? 3 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO B 52 ? SER B 56 ? PRO B 52 SER B 56 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP B 58 ? PHE B 61 ? ASP B 58 PHE B 61 5 ? 4 HELX_P HELX_P30 AD3 ASP B 62 ? ASN B 69 ? ASP B 62 ASN B 69 1 ? 8 HELX_P HELX_P31 AD4 ASN B 69 ? ASN B 83 ? ASN B 69 ASN B 83 1 ? 15 HELX_P HELX_P32 AD5 GLN B 110 ? ARG B 129 ? GLN B 110 ARG B 129 1 ? 20 HELX_P HELX_P33 AD6 HIS B 130 ? PHE B 132 ? HIS B 130 PHE B 132 5 ? 3 HELX_P HELX_P34 AD7 ASN B 144 ? ASN B 159 ? ASN B 144 ASN B 159 1 ? 16 HELX_P HELX_P35 AD8 PHE B 172 ? ILE B 176 ? PHE B 172 ILE B 176 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 SER B 177 ? ASN B 182 ? SER B 177 ASN B 182 1 ? 6 HELX_P HELX_P37 AE1 SER B 193 ? PHE B 203 ? SER B 193 PHE B 203 1 ? 11 HELX_P HELX_P38 AE2 ILE B 217 ? THR B 225 ? ILE B 217 THR B 225 1 ? 9 HELX_P HELX_P39 AE3 CYS B 226 ? GLY B 237 ? CYS B 226 GLY B 237 1 ? 12 HELX_P HELX_P40 AE4 GLU B 253 ? GLY B 272 ? GLU B 253 GLY B 272 1 ? 20 HELX_P HELX_P41 AE5 LYS B 316 ? ILE B 336 ? LYS B 316 ILE B 336 1 ? 21 HELX_P HELX_P42 AE6 GLN B 337 ? LYS B 341 ? GLN B 337 LYS B 341 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 ASP B 355 ? TYR B 370 ? ASP B 355 TYR B 370 1 ? 16 HELX_P HELX_P44 AE8 SER B 374 ? SER B 383 ? SER B 374 SER B 383 1 ? 10 HELX_P HELX_P45 AE9 GLY B 393 ? TYR B 398 ? GLY B 393 TYR B 398 5 ? 6 HELX_P HELX_P46 AF1 ASP B 403 ? TRP B 432 ? ASP B 403 TRP B 432 1 ? 30 HELX_P HELX_P47 AF2 ASP B 445 ? GLU B 447 ? ASP B 445 GLU B 447 5 ? 3 HELX_P HELX_P48 AF3 ASP B 448 ? SER B 454 ? ASP B 448 SER B 454 1 ? 7 HELX_P HELX_P49 AF4 SER B 468 ? GLY B 484 ? SER B 468 GLY B 484 1 ? 17 HELX_P HELX_P50 AF5 GLY B 484 ? MET B 489 ? GLY B 484 MET B 489 1 ? 6 HELX_P HELX_P51 AF6 LYS C 2 ? GLY C 41 ? LYS C 2 GLY C 41 1 ? 40 HELX_P HELX_P52 AF7 ASP C 42 ? ALA C 44 ? ASP C 42 ALA C 44 5 ? 3 HELX_P HELX_P53 AF8 PRO C 52 ? SER C 56 ? PRO C 52 SER C 56 5 ? 5 HELX_P HELX_P54 AF9 ASP C 58 ? PHE C 61 ? ASP C 58 PHE C 61 5 ? 4 HELX_P HELX_P55 AG1 ASP C 62 ? ASN C 69 ? ASP C 62 ASN C 69 1 ? 8 HELX_P HELX_P56 AG2 ASN C 69 ? ASN C 83 ? ASN C 69 ASN C 83 1 ? 15 HELX_P HELX_P57 AG3 GLN C 110 ? ARG C 129 ? 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N N 156 CYS OXT HXT sing N N 157 G OP3 P sing N N 158 G OP3 HOP3 sing N N 159 G P OP1 doub N N 160 G P OP2 sing N N 161 G P "O5'" sing N N 162 G OP2 HOP2 sing N N 163 G "O5'" "C5'" sing N N 164 G "C5'" "C4'" sing N N 165 G "C5'" "H5'" sing N N 166 G "C5'" "H5''" sing N N 167 G "C4'" "O4'" sing N N 168 G "C4'" "C3'" sing N N 169 G "C4'" "H4'" sing N N 170 G "O4'" "C1'" sing N N 171 G "C3'" "O3'" sing N N 172 G "C3'" "C2'" sing N N 173 G "C3'" "H3'" sing N N 174 G "O3'" "HO3'" sing N N 175 G "C2'" "O2'" sing N N 176 G "C2'" "C1'" sing N N 177 G "C2'" "H2'" sing N N 178 G "O2'" "HO2'" sing N N 179 G "C1'" N9 sing N N 180 G "C1'" "H1'" sing N N 181 G N9 C8 sing Y N 182 G N9 C4 sing Y N 183 G C8 N7 doub Y N 184 G C8 H8 sing N N 185 G N7 C5 sing Y N 186 G C5 C6 sing N N 187 G C5 C4 doub Y N 188 G C6 O6 doub N N 189 G C6 N1 sing N N 190 G N1 C2 sing N N 191 G N1 H1 sing N N 192 G C2 N2 sing N N 193 G C2 N3 doub N N 194 G N2 H21 sing N N 195 G N2 H22 sing N N 196 G N3 C4 sing N N 197 GLN N CA 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N N 241 GLY C OXT sing N N 242 GLY OXT HXT sing N N 243 HIS N CA sing N N 244 HIS N H sing N N 245 HIS N H2 sing N N 246 HIS CA C sing N N 247 HIS CA CB sing N N 248 HIS CA HA sing N N 249 HIS C O doub N N 250 HIS C OXT sing N N 251 HIS CB CG sing N N 252 HIS CB HB2 sing N N 253 HIS CB HB3 sing N N 254 HIS CG ND1 sing Y N 255 HIS CG CD2 doub Y N 256 HIS ND1 CE1 doub Y N 257 HIS ND1 HD1 sing N N 258 HIS CD2 NE2 sing Y N 259 HIS CD2 HD2 sing N N 260 HIS CE1 NE2 sing Y N 261 HIS CE1 HE1 sing N N 262 HIS NE2 HE2 sing N N 263 HIS OXT HXT sing N N 264 ILE N CA sing N N 265 ILE N H sing N N 266 ILE N H2 sing N N 267 ILE CA C sing N N 268 ILE CA CB sing N N 269 ILE CA HA sing N N 270 ILE C O doub N N 271 ILE C OXT sing N N 272 ILE CB CG1 sing N N 273 ILE CB CG2 sing N N 274 ILE CB HB sing N N 275 ILE CG1 CD1 sing N N 276 ILE CG1 HG12 sing N N 277 ILE CG1 HG13 sing N N 278 ILE CG2 HG21 sing N N 279 ILE CG2 HG22 sing N N 280 ILE CG2 HG23 sing N N 281 ILE CD1 HD11 sing N N 282 ILE CD1 HD12 sing N N 283 ILE CD1 HD13 sing N N 284 ILE OXT HXT sing N N 285 LEU N CA sing N N 286 LEU N H sing N N 287 LEU N H2 sing N N 288 LEU CA C sing N N 289 LEU CA CB sing N N 290 LEU CA HA sing N N 291 LEU C O doub N N 292 LEU C OXT sing N N 293 LEU CB CG sing N N 294 LEU CB HB2 sing N N 295 LEU CB HB3 sing N N 296 LEU CG CD1 sing N N 297 LEU CG CD2 sing N N 298 LEU CG HG sing N N 299 LEU CD1 HD11 sing N N 300 LEU CD1 HD12 sing N N 301 LEU CD1 HD13 sing N N 302 LEU CD2 HD21 sing N N 303 LEU CD2 HD22 sing N N 304 LEU CD2 HD23 sing N N 305 LEU OXT HXT sing N N 306 LYS N CA sing N N 307 LYS N H sing N N 308 LYS N H2 sing N N 309 LYS CA C sing N N 310 LYS CA CB sing N N 311 LYS CA HA sing N N 312 LYS C O doub N N 313 LYS C OXT sing N N 314 LYS CB CG sing N N 315 LYS CB HB2 sing N N 316 LYS CB HB3 sing N N 317 LYS CG CD sing N N 318 LYS CG HG2 sing N N 319 LYS CG HG3 sing N N 320 LYS CD CE sing N N 321 LYS CD HD2 sing N N 322 LYS CD HD3 sing N N 323 LYS CE NZ sing N N 324 LYS CE HE2 sing N N 325 LYS CE 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