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EMDB EMD-49676 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2025-07-23 ? 2 'EM metadata' 1 0 2025-07-23 ? 3 'Additional map' 1 0 2025-07-23 1 4 'Additional map' 1 0 2025-07-23 2 5 'Additional map' 1 0 2025-07-23 3 6 Image 1 0 2025-07-23 ? 7 'Primary map' 1 0 2025-07-23 ? 8 'Structure model' 1 1 2025-07-30 ? 9 'Structure model' 1 2 2025-08-20 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 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0000-0001-9641-7350 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Mol.Cell _citation.journal_id_ASTM MOCEFL _citation.journal_id_CSD 2168 _citation.journal_id_ISSN 1097-2765 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 85 _citation.language ? _citation.page_first 2869 _citation.page_last 2884.e6 _citation.title 'Structural mechanism of H3K27 demethylation and crosstalk with heterochromatin markers.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.molcel.2025.06.025 _citation.pdbx_database_id_PubMed 40683254 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lin, C.C.' 1 ? primary 'Zhao, Y.' 2 ? primary 'Foley, C.A.' 3 ? primary 'Hawkins, A.T.' 4 ? primary 'James, L.I.' 5 ? primary 'Frye, S.V.' 6 ? primary 'McGinty, R.K.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15231.801 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11263.231 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1' 13990.342 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-C/E/F/G/I' 13806.018 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA (185-MER)' 56831.191 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'DNA (185-MER)' 57400.559 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Lysine-specific demethylase 6B' 58169.383 1 1.14.11.68 ? ? ? 8 non-polymer syn 'FE (III) ION' 55.845 1 ? ? ? ? 9 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 1 ? ? ? ? 10 non-polymer syn N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine 217.262 1 ? ? ? ? # loop_ 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no ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKT VTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIP RHLQLAIRNDEELNKLLGKVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRL AHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC) 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_pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 8 'FE (III) ION' FE 9 'ZINC ION' ZN 10 N-heptanoyl-N-hydroxy-beta-alanine OH0 # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ALA n 1 2 ARG n 1 3 THR n 1 4 LYS n 1 5 GLN n 1 6 THR n 1 7 ALA n 1 8 ARG n 1 9 LYS n 1 10 SER n 1 11 THR n 1 12 GLY n 1 13 GLY n 1 14 LYS n 1 15 ALA n 1 16 PRO n 1 17 ARG n 1 18 LYS n 1 19 GLN n 1 20 LEU n 1 21 ALA n 1 22 THR n 1 23 LYS n 1 24 ALA n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 CYS n 1 28 SER n 1 29 ALA n 1 30 PRO n 1 31 ALA n 1 32 THR n 1 33 GLY n 1 34 GLY n 1 35 VAL n 1 36 LYS n 1 37 LYS n 1 38 PRO n 1 39 HIS n 1 40 ARG n 1 41 TYR n 1 42 ARG n 1 43 PRO n 1 44 GLY n 1 45 THR n 1 46 VAL n 1 47 ALA n 1 48 LEU n 1 49 ARG n 1 50 GLU n 1 51 ILE n 1 52 ARG n 1 53 ARG n 1 54 TYR n 1 55 GLN n 1 56 LYS n 1 57 SER n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 LEU n 1 61 LEU n 1 62 ILE n 1 63 ARG n 1 64 LYS n 1 65 LEU n 1 66 PRO n 1 67 PHE n 1 68 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2 22 LEU n 2 23 ARG n 2 24 ASP n 2 25 ASN n 2 26 ILE n 2 27 GLN n 2 28 GLY n 2 29 ILE n 2 30 THR n 2 31 LYS n 2 32 PRO n 2 33 ALA n 2 34 ILE n 2 35 ARG n 2 36 ARG n 2 37 LEU n 2 38 ALA n 2 39 ARG n 2 40 ARG n 2 41 GLY n 2 42 GLY n 2 43 VAL n 2 44 LYS n 2 45 ARG n 2 46 ILE n 2 47 SER n 2 48 GLY n 2 49 LEU n 2 50 ILE n 2 51 TYR n 2 52 GLU n 2 53 GLU n 2 54 THR n 2 55 ARG n 2 56 GLY n 2 57 VAL n 2 58 LEU n 2 59 LYS n 2 60 VAL n 2 61 PHE n 2 62 LEU n 2 63 GLU n 2 64 ASN n 2 65 VAL n 2 66 ILE n 2 67 ARG n 2 68 ASP n 2 69 ALA n 2 70 VAL n 2 71 THR n 2 72 TYR n 2 73 THR n 2 74 GLU n 2 75 HIS n 2 76 ALA n 2 77 LYS n 2 78 ARG n 2 79 LYS n 2 80 THR n 2 81 VAL n 2 82 THR n 2 83 ALA n 2 84 MET n 2 85 ASP n 2 86 VAL n 2 87 VAL n 2 88 TYR n 2 89 ALA n 2 90 LEU n 2 91 LYS n 2 92 ARG n 2 93 GLN n 2 94 GLY n 2 95 ARG n 2 96 THR n 2 97 LEU n 2 98 TYR n 2 99 GLY n 2 100 PHE n 2 101 GLY n 2 102 GLY n 3 1 SER n 3 2 GLY n 3 3 ARG n 3 4 GLY n 3 5 LYS n 3 6 GLN n 3 7 GLY n 3 8 GLY n 3 9 LYS n 3 10 ALA n 3 11 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'expression tag' 1129 6 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 11-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 11 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 44 ? 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O LEU K 1597 # _pdbx_entry_details.entry_id 9NQU _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ALA A 114 ? ? -88.45 32.66 2 1 LYS C 74 ? ? 70.74 36.17 3 1 LYS C 99 ? ? -99.29 35.67 4 1 LYS E 18 ? ? 33.38 59.88 5 1 GLN E 19 ? ? -145.99 23.75 6 1 GLU E 133 ? ? -92.06 51.94 7 1 ASN G 38 ? ? 60.78 60.90 8 1 PRO K 1160 ? ? -74.32 49.64 9 1 SER K 1163 ? ? -161.20 108.27 10 1 ASN K 1180 ? ? -149.11 55.05 11 1 SER K 1251 ? ? 43.02 -122.40 12 1 GLN K 1287 ? ? 44.90 22.57 13 1 LEU K 1290 ? ? 60.14 62.30 14 1 HIS K 1322 ? ? 173.76 163.01 15 1 GLN K 1341 ? ? -56.49 -70.40 16 1 ASN K 1392 ? ? 78.72 -0.35 17 1 ASN K 1393 ? ? 72.21 31.33 18 1 PRO K 1403 ? ? -68.92 6.07 19 1 TRP K 1435 ? ? -171.68 140.74 20 1 GLN K 1454 ? ? -137.85 -159.58 21 1 LEU K 1486 ? ? -57.81 -7.38 22 1 ASN K 1505 ? ? 47.61 16.26 23 1 THR K 1522 ? ? -140.58 45.74 24 1 LYS K 1558 ? ? 48.68 71.46 25 1 ARG K 1564 ? ? 60.11 67.38 26 1 ASP K 1577 ? ? 84.98 -17.45 27 1 ASN K 1582 ? ? 58.95 -95.48 28 1 ASN K 1590 ? ? 50.71 -137.04 29 1 ASN K 1594 ? ? 61.94 61.81 30 1 SER K 1608 ? ? -172.81 -164.97 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9NQU _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 9NQU _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.16 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 43458 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX 'KDM6B-nucleosome complex stabilized by H3K27C-UNC8015 covalent conjugate' ? ? ? '1, 2, 3, 4, 5, 6, 7' 2 1 RECOMBINANT COMPLEX 'histones of nucleosome' ? ? ? '1, 2, 3, 4' 3 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Widom601 sequence with 20 bp linker DNA at both ends.' ? ? ? 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J 21 ? 1 I DC 72 1_555 J DG 114 1_555 I DC 73 1_555 J DG 113 1_555 -0.543 -0.675 3.220 -0.397 10.123 30.637 -2.938 0.910 2.864 18.534 0.728 32.231 72 II_DC-21DC-20:DG20DG21_JJ I -21 ? J 21 ? I -20 ? J 20 ? 1 I DC 73 1_555 J DG 113 1_555 I DG 74 1_555 J DC 112 1_555 -0.344 0.168 3.340 4.384 7.667 29.878 -1.183 1.496 3.202 14.477 -8.278 31.128 73 II_DC-20DG-19:DC19DG20_JJ I -20 ? J 20 ? I -19 ? J 19 ? 1 I DG 74 1_555 J DC 112 1_555 I DC 75 1_555 J DG 111 1_555 0.175 -0.713 3.419 -1.008 2.829 27.491 -2.202 -0.620 3.322 5.930 2.113 27.651 74 II_DG-19DC-18:DG18DC19_JJ I -19 ? J 19 ? I -18 ? J 18 ? 1 I DC 75 1_555 J DG 111 1_555 I DT 76 1_555 J DA 110 1_555 -0.149 0.160 3.321 1.087 5.004 37.924 -0.396 0.367 3.309 7.657 -1.663 38.255 75 II_DC-18DT-17:DA17DG18_JJ I -18 ? J 18 ? I -17 ? J 17 ? 1 I DT 76 1_555 J DA 110 1_555 I DT 77 1_555 J DA 109 1_555 1.357 0.860 3.421 4.041 -3.819 37.554 1.836 -1.543 3.442 -5.893 -6.235 37.949 76 II_DT-17DT-16:DA16DA17_JJ I -17 ? J 17 ? I -16 ? 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J 11 ? 1 I DG 82 1_555 J DC 104 1_555 I DC 83 1_555 J DG 103 1_555 0.118 -0.371 3.298 -3.934 4.802 34.875 -1.316 -0.772 3.189 7.935 6.500 35.407 82 II_DG-11DC-10:DG10DC11_JJ I -11 ? J 11 ? I -10 ? J 10 ? 1 I DC 83 1_555 J DG 103 1_555 I DA 84 1_555 J DT 102 1_555 -0.514 0.116 3.131 -1.112 5.903 31.916 -0.791 0.732 3.118 10.618 2.000 32.462 83 II_DC-10DA-9:DT9DG10_JJ I -10 ? J 10 ? I -9 ? J 9 ? 1 I DA 84 1_555 J DT 102 1_555 I DC 85 1_555 J DG 101 1_555 0.108 -0.644 3.451 2.928 3.749 32.845 -1.787 0.325 3.356 6.586 -5.144 33.179 84 II_DA-9DC-8:DG8DT9_JJ I -9 ? J 9 ? I -8 ? J 8 ? 1 I DC 85 1_555 J DG 101 1_555 I DG 86 1_555 J DC 100 1_555 0.648 0.317 3.217 0.944 1.744 33.460 0.267 -0.971 3.246 3.026 -1.639 33.517 85 II_DC-8DG-7:DC7DG8_JJ I -8 ? J 8 ? I -7 ? J 7 ? 1 I DG 86 1_555 J DC 100 1_555 I DT 87 1_555 J DA 99 1_555 0.065 0.907 3.633 2.903 -2.508 39.386 1.664 0.280 3.567 -3.711 -4.295 39.565 86 II_DG-7DT-6:DA6DC7_JJ I -7 ? J 7 ? I -6 ? 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