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_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.824 ? 13708 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 23.225 ? 3037 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 1615 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.007 ? 1153 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9NZO _struct.title 'Structure of Al3Cas12f State I' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9NZO _struct_keywords.text 'CRISPR-Cas12, Endonuclease, Dimeric, Effector, sgRNA, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 9NZO 9NZO ? 1 ? 1 2 PDB 9NZO 9NZO ? 2 ? 1 3 PDB 9NZO 9NZO ? 3 ? 1 4 PDB 9NZO 9NZO ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9NZO B 1 ? 506 ? 9NZO 1 ? 506 ? 1 506 2 2 9NZO D 1 ? 50 ? 9NZO -12 ? 37 ? -12 37 3 3 9NZO E 1 ? 50 ? 9NZO -3 ? 46 ? -3 46 4 4 9NZO C 1 ? 154 ? 9NZO 1 ? 154 ? 1 154 5 1 9NZO A 1 ? 506 ? 9NZO 1 ? 506 ? 1 506 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 24 ? 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ASN A 467 LEU A 478 1 ? 12 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? D G 18 N1 ? ? ? 1_555 D U 35 O2 ? ? C G 18 C U 35 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? D G 18 O6 ? ? ? 1_555 D U 35 N3 ? ? C G 18 C U 35 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? D G 19 N1 ? ? ? 1_555 D C 34 N3 ? ? C G 19 C C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? D G 19 N2 ? ? ? 1_555 D C 34 O2 ? ? C G 19 C C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? D G 19 O6 ? ? ? 1_555 D C 34 N4 ? ? C G 19 C C 34 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? D G 20 N1 ? ? ? 1_555 D C 33 N3 ? ? C G 20 C C 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? D G 20 N2 ? ? ? 1_555 D C 33 O2 ? ? C G 20 C C 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? D G 20 O6 ? ? ? 1_555 D C 33 N4 ? ? C G 20 C C 33 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? D G 20 N2 ? ? ? 1_555 D A 103 N3 ? ? C G 20 C A 103 1_555 ? ? ? ? ? ? 'G-A MISPAIR' ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? D C 21 N3 ? ? ? 1_555 D G 32 N1 ? ? 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O LEU A 250 AA4 3 4 O LYS E 254 ? O LYS A 254 N ASP E 233 ? N ASP A 233 AA5 1 2 N GLN E 185 ? N GLN A 185 O GLU E 188 ? O GLU A 188 AA6 1 2 O ALA E 281 ? O ALA A 281 N GLY E 269 ? N GLY A 269 AA6 2 3 N VAL E 268 ? N VAL A 268 O ALA E 366 ? O ALA A 366 AA6 3 4 N ILE E 367 ? N ILE A 367 O ARG E 415 ? O ARG A 415 AA7 1 2 N LEU E 438 ? N LEU A 438 O THR E 442 ? 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N N 132 C N1 C2 sing N N 133 C N1 C6 sing N N 134 C C2 O2 doub N N 135 C C2 N3 sing N N 136 C N3 C4 doub N N 137 C C4 N4 sing N N 138 C C4 C5 sing N N 139 C N4 H41 sing N N 140 C N4 H42 sing N N 141 C C5 C6 doub N N 142 C C5 H5 sing N N 143 C C6 H6 sing N N 144 CYS N CA sing N N 145 CYS N H sing N N 146 CYS N H2 sing N N 147 CYS CA C sing N N 148 CYS CA CB sing N N 149 CYS CA HA sing N N 150 CYS C O doub N N 151 CYS C OXT sing N N 152 CYS CB SG sing N N 153 CYS CB HB2 sing N N 154 CYS CB HB3 sing N N 155 CYS SG HG sing N N 156 CYS OXT HXT sing N N 157 DA OP3 P sing N N 158 DA OP3 HOP3 sing N N 159 DA P OP1 doub N N 160 DA P OP2 sing N N 161 DA P "O5'" sing N N 162 DA OP2 HOP2 sing N N 163 DA "O5'" "C5'" sing N N 164 DA "C5'" "C4'" sing N N 165 DA "C5'" "H5'" sing N N 166 DA "C5'" "H5''" sing N N 167 DA "C4'" "O4'" sing N N 168 DA "C4'" "C3'" sing N N 169 DA "C4'" "H4'" sing N N 170 DA "O4'" "C1'" sing N N 171 DA "C3'" "O3'" sing N N 172 DA "C3'" "C2'" sing N N 173 DA "C3'" "H3'" sing N 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