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_citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Elife _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2050-084X _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 14 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Mechanism of SK2 channel gating and its modulation by the bee toxin apamin and small molecules.' _citation.year 2025 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.7554/eLife.107733 _citation.pdbx_database_id_PubMed 41342453 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Cassell, S.J.' 1 0009-0003-3533-8482 primary 'Li, W.' 2 0009-0003-8743-4986 primary 'Krautwald, S.' 3 0009-0003-4090-2850 primary 'Khoshouei, M.' 4 0000-0002-6039-772X primary 'Lee, Y.T.' 5 ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.314 ? 17032 ? f_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 3.030 ? 1716 ? f_dihedral_angle_d ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.033 ? 2032 ? f_chiral_restr ? ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 2108 ? f_plane_restr ? ? ? # _struct.entry_id 9O51 _struct.title 'Cryo-EM structure of the human SK2-4 chimera/calmodulin channel complex in the Ca2+ free state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 9O51 _struct_keywords.text 'Ion channel, Calcium, Potassium, Calmodulin, TRANSPORT PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'TRANSPORT PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 2 ? G N N 2 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 3 ? K N N 4 ? L N N 4 ? M N N 4 ? N N N 4 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP KCNN4_HUMAN O15554 ? 1 MGGDLVLGLGALRR 1 2 UNP KCNN2_HUMAN Q9H2S1 ? 1 ;RRALFEKRKRLSDYALIFGMFGIVVMVIETELSWGAYDKASLYSLALKCLISLSTIILLGLIIVYHAREIQLFMVDNGAD DWRIAMTYERIFFICLEILVCAIHPIPGNYTFTWTARLAFSYAPSTTTADVDIILSIPMFLRLYLIARVMLLHSKLFTDA SSRSIGALNKINFNTRFVMKTLMTICPGTVLLVFSISLWIIAAWTVRACERYHDQQDVTSNFLGAMWLISITFLSIGYGD MVPNTYCGKGVCLLTGIMGAGCTALVVAVVARKLELTKAEKHVHNFMMD ; 124 3 UNP KCNN4_HUMAN O15554 ? 1 ;IQYTKEMKESAARVLQEAWMFYKHTRRKESHAARRHQRKLLAAINAFRQVRLKHRKLREQVNSMVDISKMHMILYDLQQN LSSSHRALEKQIDTLAGKLDALTELLSTALGPRQLPEPSQQSK ; 305 4 UNP CALM1_HUMAN P0DP23 ? 2 ;MADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDT DSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 9O51 A 1 ? 14 ? 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'expression tag' 544 36 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'not applicable' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 11 ? 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CYS A 261 ? CYS A 332 ? 1_555 CYS A 370 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 2 CYS B 223 ? CYS B 261 ? CYS B 332 ? 1_555 CYS B 370 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 3 CYS C 223 ? CYS C 261 ? CYS C 332 ? 1_555 CYS C 370 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 4 CYS D 223 ? CYS D 261 ? CYS D 332 ? 1_555 CYS D 370 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 THR A 125 ? ARG A 131 ? THR A 234 ARG A 240 AA1 2 PRO A 138 ? ASP A 144 ? PRO A 247 ASP A 253 AA2 1 THR B 125 ? ARG B 131 ? THR B 234 ARG B 240 AA2 2 PRO B 138 ? ASP B 144 ? PRO B 247 ASP B 253 AA3 1 THR C 125 ? ARG C 131 ? THR C 234 ARG C 240 AA3 2 PRO C 138 ? ASP C 144 ? PRO C 247 ASP C 253 AA4 1 THR D 125 ? ARG D 131 ? THR D 234 ARG D 240 AA4 2 PRO D 138 ? ASP D 144 ? PRO D 247 ASP D 253 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N TRP A 128 ? N TRP A 237 O THR A 141 ? O THR A 250 AA2 1 2 N TRP B 128 ? N TRP B 237 O THR B 141 ? O THR B 250 AA3 1 2 N TRP C 128 ? N TRP C 237 O THR C 141 ? O THR C 250 AA4 1 2 N TRP D 128 ? N TRP D 237 O THR D 141 ? O THR D 250 # _pdbx_entry_details.entry_id 9O51 _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 PHE A 243 ? ? 68.49 -1.31 2 1 PHE A 296 ? ? -91.89 58.86 3 1 VAL A 341 ? ? -97.06 -61.89 4 1 PHE B 243 ? ? 68.41 -1.32 5 1 PHE B 296 ? ? -91.93 58.89 6 1 VAL B 341 ? ? -97.07 -61.93 7 1 PHE C 243 ? ? 68.49 -1.35 8 1 PHE C 296 ? ? -91.92 58.85 9 1 VAL C 341 ? ? -97.00 -61.88 10 1 PHE D 243 ? ? 68.48 -1.30 11 1 PHE D 296 ? ? -91.91 58.87 12 1 VAL D 341 ? ? -97.10 -61.89 # _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.entry_id 9O51 _em_3d_fitting.method ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.ref_protocol ? # _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 9O48 _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.chain_id ? _em_3d_fitting_list.chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.source_name PDB _em_3d_fitting_list.type 'experimental model' _em_3d_fitting_list.accession_code 9O48 _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1 # _em_3d_reconstruction.entry_id 9O51 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.citation_id ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.resolution 3.4 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.num_particles 386845 _em_3d_reconstruction.euler_angles_details ? _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT # _em_buffer.id 1 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? _em_buffer.details '20 mM Tris pH 8, 150 mM KCl, 5 mM EGTA, 0.005% GDN, 0.0005% CHS' _em_buffer.pH 8 # loop_ _em_entity_assembly.id _em_entity_assembly.parent_id _em_entity_assembly.source _em_entity_assembly.type _em_entity_assembly.name _em_entity_assembly.details _em_entity_assembly.synonym _em_entity_assembly.oligomeric_details _em_entity_assembly.entity_id_list 1 0 RECOMBINANT COMPLEX 'Ternary complex of human SK2-4 chimera/calmodulin channel complex in the Ca2+-free state' ? ? ? 1,2 2 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Human SK2-4 chimeric channel' ? ? ? 1 3 1 RECOMBINANT COMPLEX 'Human calmodulin' ? ? ? 2 # _em_imaging.entry_id 9O51 _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 0.01 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_defocus_max 1600 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 75000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter 50.0 _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 200 _em_sample_support.grid_type UltrAuFoil _em_sample_support.details 'UltrAuFoil R 1.2/0.4 200 mesh grids were glow-discharged for 30 seconds at 0.38 mBar with 15 mA using Glocube system' _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.entry_id 9O51 _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.chamber_temperature 298 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.method ? _em_vitrification.time_resolved_state ? _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.details ;5 uL of sample was applied to grids at 4 degree temperature with 100% humidity. After 30 seconds, grids were blotted for 5 seconds with blot force 25 and plunged into liquid ethane. ; # _em_experiment.entry_id 9O51 _em_experiment.id 1 _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 9O51 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C4 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 110 ? A MET 1 2 1 Y 1 A GLY 111 ? A GLY 2 3 1 Y 1 A GLY 112 ? A GLY 3 4 1 Y 1 A ASP 113 ? A ASP 4 5 1 Y 1 A LEU 114 ? A LEU 5 6 1 Y 1 A VAL 115 ? A VAL 6 7 1 Y 1 A LEU 116 ? A LEU 7 8 1 Y 1 A GLY 117 ? A GLY 8 9 1 Y 1 A LEU 118 ? A LEU 9 10 1 Y 1 A GLY 119 ? A GLY 10 11 1 Y 1 A ASP 282 ? A ASP 173 12 1 Y 1 A ALA 283 ? A ALA 174 13 1 Y 1 A SER 284 ? A SER 175 14 1 Y 1 A SER 285 ? A SER 176 15 1 Y 1 A ARG 286 ? A ARG 177 16 1 Y 1 A SER 287 ? A SER 178 17 1 Y 1 A ILE 288 ? A ILE 179 18 1 Y 1 A GLY 289 ? A GLY 180 19 1 Y 1 A ALA 290 ? A ALA 181 20 1 Y 1 A LEU 291 ? A LEU 182 21 1 Y 1 A ASN 292 ? A ASN 183 22 1 Y 1 A LYS 293 ? A LYS 184 23 1 Y 1 A ILE 294 ? A ILE 185 24 1 Y 1 A MET 476 ? A MET 367 25 1 Y 1 A VAL 477 ? A VAL 368 26 1 Y 1 A ASP 478 ? A ASP 369 27 1 Y 1 A ILE 479 ? A ILE 370 28 1 Y 1 A SER 480 ? A SER 371 29 1 Y 1 A LYS 481 ? A LYS 372 30 1 Y 1 A MET 482 ? A MET 373 31 1 Y 1 A HIS 483 ? A HIS 374 32 1 Y 1 A MET 484 ? A MET 375 33 1 Y 1 A ILE 485 ? A ILE 376 34 1 Y 1 A LEU 486 ? A LEU 377 35 1 Y 1 A TYR 487 ? A TYR 378 36 1 Y 1 A ASP 488 ? A ASP 379 37 1 Y 1 A LEU 489 ? A LEU 380 38 1 Y 1 A GLN 490 ? A GLN 381 39 1 Y 1 A GLN 491 ? A GLN 382 40 1 Y 1 A ASN 492 ? A ASN 383 41 1 Y 1 A LEU 493 ? A LEU 384 42 1 Y 1 A SER 494 ? A SER 385 43 1 Y 1 A SER 495 ? A SER 386 44 1 Y 1 A SER 496 ? A SER 387 45 1 Y 1 A HIS 497 ? A HIS 388 46 1 Y 1 A ARG 498 ? A ARG 389 47 1 Y 1 A ALA 499 ? A ALA 390 48 1 Y 1 A LEU 500 ? A LEU 391 49 1 Y 1 A GLU 501 ? A GLU 392 50 1 Y 1 A LYS 502 ? A LYS 393 51 1 Y 1 A GLN 503 ? A GLN 394 52 1 Y 1 A ILE 504 ? A ILE 395 53 1 Y 1 A ASP 505 ? A ASP 396 54 1 Y 1 A THR 506 ? A THR 397 55 1 Y 1 A LEU 507 ? A LEU 398 56 1 Y 1 A ALA 508 ? A ALA 399 57 1 Y 1 A GLY 509 ? A GLY 400 58 1 Y 1 A LYS 510 ? A LYS 401 59 1 Y 1 A LEU 511 ? A LEU 402 60 1 Y 1 A ASP 512 ? A ASP 403 61 1 Y 1 A ALA 513 ? A ALA 404 62 1 Y 1 A LEU 514 ? A LEU 405 63 1 Y 1 A THR 515 ? A THR 406 64 1 Y 1 A GLU 516 ? A GLU 407 65 1 Y 1 A LEU 517 ? A LEU 408 66 1 Y 1 A LEU 518 ? 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