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O SER i 206 AS2 3 4 N THR GA 209 ? N THR i 209 O ARG GA 218 ? O ARG i 218 AS2 4 5 N SER GA 227 ? N SER i 227 O SER GA 234 ? O SER i 234 AS3 1 2 N VAL HA 32 ? N VAL j 32 O GLN HA 41 ? O GLN j 41 AS4 1 2 N LEU HA 57 ? N LEU j 57 O ARG HA 106 ? O ARG j 106 AS5 1 2 N HIS HA 76 ? N HIS j 76 O PHE HA 89 ? O PHE j 89 AS6 1 2 O SER HA 154 ? O SER j 154 N GLN HA 146 ? N GLN j 146 AS6 2 3 N GLY HA 143 ? N GLY j 143 O SER HA 206 ? O SER j 206 AS6 3 4 N THR HA 209 ? N THR j 209 O ARG HA 218 ? O ARG j 218 AS6 4 5 N SER HA 227 ? N SER j 227 O SER HA 234 ? O SER j 234 AS7 1 2 N VAL IA 32 ? N VAL k 32 O GLN IA 41 ? O GLN k 41 AS8 1 2 N LEU IA 57 ? N LEU k 57 O ARG IA 106 ? O ARG k 106 AS9 1 2 N HIS IA 76 ? N HIS k 76 O PHE IA 89 ? O PHE k 89 AT1 1 2 O SER IA 154 ? O SER k 154 N GLN IA 146 ? N GLN k 146 AT1 2 3 N GLY IA 143 ? N GLY k 143 O SER IA 206 ? O SER k 206 AT1 3 4 N THR IA 209 ? N THR k 209 O ARG IA 218 ? O ARG k 218 AT1 4 5 N SER IA 227 ? N SER k 227 O SER IA 234 ? 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C Y N 341 TYR OH O N N 342 TYR OXT O N N 343 TYR H H N N 344 TYR H2 H N N 345 TYR HA H N N 346 TYR HB2 H N N 347 TYR HB3 H N N 348 TYR HD1 H N N 349 TYR HD2 H N N 350 TYR HE1 H N N 351 TYR HE2 H N N 352 TYR HH H N N 353 TYR HXT H N N 354 VAL N N N N 355 VAL CA C N S 356 VAL C C N N 357 VAL O O N N 358 VAL CB C N N 359 VAL CG1 C N N 360 VAL CG2 C N N 361 VAL OXT O N N 362 VAL H H N N 363 VAL H2 H N N 364 VAL HA H N N 365 VAL HB H N N 366 VAL HG11 H N N 367 VAL HG12 H N N 368 VAL HG13 H N N 369 VAL HG21 H N N 370 VAL HG22 H N N 371 VAL HG23 H N N 372 VAL HXT H N N 373 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal ALA N CA sing N N 1 ALA N H sing N N 2 ALA N H2 sing N N 3 ALA CA C sing N N 4 ALA CA CB sing N N 5 ALA CA HA sing N N 6 ALA C O doub N N 7 ALA C OXT sing N N 8 ALA CB HB1 sing N N 9 ALA CB HB2 sing N N 10 ALA CB HB3 sing N N 11 ALA OXT HXT sing N N 12 ARG N CA sing N N 13 ARG N H sing N N 14 ARG N H2 sing N N 15 ARG CA C sing N N 16 ARG CA CB sing N N 17 ARG CA HA sing N N 18 ARG C O doub N N 19 ARG C OXT sing N N 20 ARG CB CG sing N N 21 ARG CB HB2 sing N N 22 ARG CB HB3 sing N N 23 ARG CG CD sing N N 24 ARG CG HG2 sing N N 25 ARG CG HG3 sing N N 26 ARG CD NE sing N N 27 ARG CD HD2 sing N N 28 ARG CD HD3 sing N N 29 ARG NE CZ sing N N 30 ARG NE HE sing N N 31 ARG CZ NH1 sing N N 32 ARG CZ NH2 doub N N 33 ARG NH1 HH11 sing N N 34 ARG NH1 HH12 sing N N 35 ARG NH2 HH21 sing N N 36 ARG NH2 HH22 sing N N 37 ARG OXT HXT sing N N 38 ASN N CA sing N N 39 ASN N H sing N N 40 ASN N H2 sing N N 41 ASN CA C sing N N 42 ASN CA CB sing N N 43 ASN CA HA sing N N 44 ASN C O doub N N 45 ASN C OXT sing N N 46 ASN CB CG sing N N 47 ASN CB HB2 sing N N 48 ASN CB HB3 sing N N 49 ASN CG OD1 doub N N 50 ASN CG ND2 sing N N 51 ASN ND2 HD21 sing N N 52 ASN ND2 HD22 sing N N 53 ASN OXT HXT sing N N 54 ASP N CA sing N N 55 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C OXT sing N N 144 ILE CB CG1 sing N N 145 ILE CB CG2 sing N N 146 ILE CB HB sing N N 147 ILE CG1 CD1 sing N N 148 ILE CG1 HG12 sing N N 149 ILE CG1 HG13 sing N N 150 ILE CG2 HG21 sing N N 151 ILE CG2 HG22 sing N N 152 ILE CG2 HG23 sing N N 153 ILE CD1 HD11 sing N N 154 ILE CD1 HD12 sing N N 155 ILE CD1 HD13 sing N N 156 ILE OXT HXT sing N N 157 LEU N CA sing N N 158 LEU N H sing N N 159 LEU N H2 sing N N 160 LEU CA C sing N N 161 LEU CA CB sing N N 162 LEU CA HA sing N N 163 LEU C O doub N N 164 LEU C OXT sing N N 165 LEU CB CG sing N N 166 LEU CB HB2 sing N N 167 LEU CB HB3 sing N N 168 LEU CG CD1 sing N N 169 LEU CG CD2 sing N N 170 LEU CG HG sing N N 171 LEU CD1 HD11 sing N N 172 LEU CD1 HD12 sing N N 173 LEU CD1 HD13 sing N N 174 LEU CD2 HD21 sing N N 175 LEU CD2 HD22 sing N N 176 LEU CD2 HD23 sing N N 177 LEU OXT HXT sing N N 178 LYS N CA sing N N 179 LYS N H sing N N 180 LYS N H2 sing N N 181 LYS CA C sing N N 182 LYS CA CB sing N N 183 LYS CA HA sing N N 184 LYS C O doub N N 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PHE C OXT sing N N 229 PHE CB CG sing N N 230 PHE CB HB2 sing N N 231 PHE CB HB3 sing N N 232 PHE CG CD1 doub Y N 233 PHE CG CD2 sing Y N 234 PHE CD1 CE1 sing Y N 235 PHE CD1 HD1 sing N N 236 PHE CD2 CE2 doub Y N 237 PHE CD2 HD2 sing N N 238 PHE CE1 CZ doub Y N 239 PHE CE1 HE1 sing N N 240 PHE CE2 CZ sing Y N 241 PHE CE2 HE2 sing N N 242 PHE CZ HZ sing N N 243 PHE OXT HXT sing N N 244 PRO N CA sing N N 245 PRO N CD sing N N 246 PRO N H sing N N 247 PRO CA C sing N N 248 PRO CA CB sing N N 249 PRO CA HA sing N N 250 PRO C O doub N N 251 PRO C OXT sing N N 252 PRO CB CG sing N N 253 PRO CB HB2 sing N N 254 PRO CB HB3 sing N N 255 PRO CG CD sing N N 256 PRO CG HG2 sing N N 257 PRO CG HG3 sing N N 258 PRO CD HD2 sing N N 259 PRO CD HD3 sing N N 260 PRO OXT HXT sing N N 261 SER N CA sing N N 262 SER N H sing N N 263 SER N H2 sing N N 264 SER CA C sing N N 265 SER CA CB sing N N 266 SER CA HA sing N N 267 SER C O doub N N 268 SER C OXT sing N N 269 SER CB OG sing N N 270 SER CB HB2 sing N N 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TRP CZ2 HZ2 sing N N 314 TRP CZ3 CH2 sing Y N 315 TRP CZ3 HZ3 sing N N 316 TRP CH2 HH2 sing N N 317 TRP OXT HXT sing N N 318 TYR N CA sing N N 319 TYR N H sing N N 320 TYR N H2 sing N N 321 TYR CA C sing N N 322 TYR CA CB sing N N 323 TYR CA HA sing N N 324 TYR C O doub N N 325 TYR C OXT sing N N 326 TYR CB CG sing N N 327 TYR CB HB2 sing N N 328 TYR CB HB3 sing N N 329 TYR CG CD1 doub Y N 330 TYR CG CD2 sing Y N 331 TYR CD1 CE1 sing Y N 332 TYR CD1 HD1 sing N N 333 TYR CD2 CE2 doub Y N 334 TYR CD2 HD2 sing N N 335 TYR CE1 CZ doub Y N 336 TYR CE1 HE1 sing N N 337 TYR CE2 CZ sing Y N 338 TYR CE2 HE2 sing N N 339 TYR CZ OH sing N N 340 TYR OH HH sing N N 341 TYR OXT HXT sing N N 342 VAL N CA sing N N 343 VAL N H sing N N 344 VAL N H2 sing N N 345 VAL CA C sing N N 346 VAL CA CB sing N N 347 VAL CA HA sing N N 348 VAL C O doub N N 349 VAL C OXT sing N N 350 VAL CB CG1 sing N N 351 VAL CB CG2 sing N N 352 VAL CB HB sing N N 353 VAL CG1 HG11 sing N N 354 VAL CG1 HG12 sing N N 355 VAL CG1 HG13 sing N N 356 VAL CG2 HG21 sing N N 357 VAL CG2 HG22 sing N N 358 VAL CG2 HG23 sing N N 359 VAL OXT HXT sing N N 360 # _em_admin.current_status REL _em_admin.deposition_date 2025-04-15 _em_admin.deposition_site RCSB _em_admin.entry_id 9O7M _em_admin.last_update 2026-07-08 _em_admin.map_release_date 2026-07-08 _em_admin.title 'Cryo-EM Structure of YfdQ Reveals a Widespread Novel Family of Bacteriophage-Associated Proteins with Shell-Like Assemblies' # _em_ctf_correction.details ? _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag YES _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 1.059 # _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 2731619 _em_entity_assembly_naturalsource.organism Caudoviricetes _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.strain phiXacm4-11 _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? _em_entity_assembly_naturalsource.details ? # _em_image_processing.details ;Using CryoSPARC, patch motion correction and patch CTF estimation jobs were run before using a combination of Blob Picker and Template Picker in micrograph subsets to obtain a stack of 369,017 particles after extraction in 460-460 pixel boxes. Rounds of 2D classification were used to select the particles that contributed to the best resolved classes. The chosen 249,600 particles were used to reconstruct an ab Initio model using D18 symmetry inferred from the 2D classes (C1 did not produce shell-like models). Homogeneous refinement using this volume as input and maintaining the symmetry yielded an interpretable model at 3.85 A resolution. To assess possible heterogeneities, a 3D classification job was run (C1 symmetry, 10 classes), but no other shell configurations could be observed. A non-uniform refinement with applied D18 symmetry of the 237,960 particles from the largest class yielded the final 3.44 A resolution map. ; _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 # _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 44.89 _em_image_recording.details ;Data were acquired using a Titan Krios G3i cryo-electron microscope, 300 kV (Thermo Fisher Scientific), at the LNNano facility, CNPEM, Campinas, Brazil. The microscope was equipped with a 4k-4k CMOS camera, phase plate, spherical aberration corrector, and Falcon 3 detector without energy filter or a K3 detector with energy filter. For the native YfdQ dataset, data collection utilized the Falcon 3 detector in counting mode. ; _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.category _em_software.details _em_software.id _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id _em_software.name _em_software.version _em_software.reference_DOI 'PARTICLE SELECTION' ? 1 1 ? ? ? ? ? 'IMAGE ACQUISITION' ? 2 ? ? 1 EPU ? ? MASKING ? 3 ? ? ? ? ? ? 'CTF CORRECTION' ? 4 1 ? ? cryoSPARC ? ? 'LAYERLINE INDEXING' ? 5 ? ? ? ? ? ? 'DIFFRACTION INDEXING' ? 6 ? ? ? ? ? ? 'MODEL FITTING' ? 7 ? 1 ? 'UCSF ChimeraX' ? ? OTHER ? 8 ? ? ? ? ? ? 'MODEL REFINEMENT' ? 9 ? 1 ? Coot ? ? 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? 10 1 ? ? ? ? ? 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 11 1 ? ? ? ? ? CLASSIFICATION ? 12 1 ? ? ? ? ? RECONSTRUCTION ? 13 1 ? ? ? ? ? 'VOLUME SELECTION' ? 14 1 1 1 ? ? ? 'SERIES ALIGNMENT' ? 15 1 1 1 ? ? ? 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? 16 1 1 1 ? ? ? 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? 17 1 1 1 ? ? ? 'SYMMETRY DETERMINATION' ? 18 1 1 1 ? ? ? 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? 19 1 1 1 ? ? ? # _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details 'native particles produced during phiXacm4-11 infection' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.id 1 _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _em_virus_natural_host.entity_assembly_id 1 _em_virus_natural_host.id 1 _em_virus_natural_host.ncbi_tax_id 190486 _em_virus_natural_host.organism 'Xanthomonas citri pv. citri str. 306' _em_virus_natural_host.strain 306 # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)' Brazil 2017/15340-2 1 'Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)' Brazil 2022/08730-7 2 'Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)' Brazil '2017/17303-7, 2021/10577-0' 3 'Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)' Brazil '2023/13894-1, 2023/16089-2' 4 # _atom_sites.entry_id 9O7M _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.Cartn_transform_axes ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O S # loop_ #