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EMDB EMD-70280 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date _pdbx_audit_revision_history.part_number 1 'Structure model' 1 0 2026-01-28 ? 2 'EM metadata' 1 0 2026-01-28 ? 3 FSC 1 0 2026-01-28 ? 4 'Half map' 1 0 2026-01-28 1 5 'Half map' 1 0 2026-01-28 2 6 Image 1 0 2026-01-28 ? 7 Mask 1 0 2026-01-28 1 8 'Primary map' 1 0 2026-01-28 ? # loop_ _pdbx_audit_revision_details.ordinal _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_details.data_content_type _pdbx_audit_revision_details.provider _pdbx_audit_revision_details.type _pdbx_audit_revision_details.description _pdbx_audit_revision_details.details 1 1 'Structure model' repository 'Initial release' ? ? 2 2 'EM metadata' repository 'Initial release' ? ? 3 3 FSC repository 'Initial release' ? ? 4 4 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 5 5 'Half map' repository 'Initial release' ? ? 6 6 Image repository 'Initial release' ? ? 7 7 Mask repository 'Initial release' ? ? 8 8 'Primary map' repository 'Initial release' ? ? # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 9OAD _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2025-04-21 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'C1 reconstruction of the thermophilic bacteriophage P74-26 Portal and Portal Vertex' _pdbx_database_related.db_id EMD-70280 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_contact_author.id 2 _pdbx_contact_author.email brian.kelch@umassmed.edu _pdbx_contact_author.name_first Brian _pdbx_contact_author.name_last Kelch _pdbx_contact_author.name_mi A _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-1369-6989 # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Sedivy, E.L.' 1 ? 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_citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Sedivy, E.L.' 1 ? primary 'Agnello, E.' 2 ? primary 'Hobaugh, J.E.' 3 ? primary 'Ahsan, R.' 4 ? primary 'Song, K.' 5 ? primary 'Xu, C.' 6 ? primary 'Kelch, B.A.' 7 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Major head protein' 46680.754 20 ? ? ? ? 2 polymer nat 'P74-26 Head Decoration Protein' 16376.630 20 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Portal Vertex Protein' 8431.445 5 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Portal protein' 49731.172 12 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Adaptor (P74p90)' 14556.551 12 ? ? ? ? 6 polymer nat 'DNA (31-MER)' 9385.020 5 ? ? ? ? 7 polymer nat 'DNA (31-MER)' 9664.453 5 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code 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Aa,Ab,Ac,Ad,Ae,Af,Ag,Ah,Ai,Aj,Ak,Al,Am,An,Ao,Ap,Aq,Ar,As,At ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MDKIQLFRTIGRVQYWERVPRLHAYGVFALPFPMDPDVEWGNWFAGPHPKAFLVSVHPSGPKAGHVYPTDLSDPDSVANV IGMVLDGHDYEADHNVTVTLRAAVPIEYVQQGIEAPPLQPDPAVLNAAPQLKLKVIKGHYFFDYTR ; ;MDKIQLFRTIGRVQYWERVPRLHAYGVFALPFPMDPDVEWGNWFAGPHPKAFLVSVHPSGPKAGHVYPTDLSDPDSVANV IGMVLDGHDYEADHNVTVTLRAAVPIEYVQQGIEAPPLQPDPAVLNAAPQLKLKVIKGHYFFDYTR ; Ba,Bb,Bc,Bd,Be,Bf,Bg,Bh,Bi,Bj,Bk,Bl,Bm,Bn,Bo,Bp,Bq,Br,Bs,Bt ? 3 'polypeptide(L)' no no MRPRRYENPELEQDDLPQPRRKTAYRVYASRRDGKISAWFVVEADSAEEALQLVEQGVYGKGWVPVTAEVLTP MRPRRYENPELEQDDLPQPRRKTAYRVYASRRDGKISAWFVVEADSAEEALQLVEQGVYGKGWVPVTAEVLTP Ca,Cb,Cc,Cd,Ce ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MAKRGRKPKELVPGPGSIDPSDVPKLEGASVPVMSTSYDVVVDREFDELLQGKDGLLVYHKMLSDGTVKNALNYIFGRIR SAKWYVEPASTDPEDIAIAAFIHAQLGIDDASVGKYPFGRLFAIYENAYIYGMAAGEIVLTLGADGKLILDKIVPIHPFN IDEVLYDEEGGPKALKLSGEVKGGSQFVSGLEIPIWKTVVFLHNDDGSFTGQSALRAAVPHWLAKRALILLINHGLERFM IGVPTLTIPKSVRQGTKQWEAAKEIVKNFVQKPRHGIILPDDWKFDTVDLKSAMPDAIPYLTYHDAGIARALGIDFNTVQ LNMGVQAINIGEFVSLTQQTIISLQREFASAVNLYLIPKLVLPNWPSATRFPRLTFEMEERNDFSAAANLMGMLINAVKD SEDIPTELKALIDALPSKMRRALGVVDEVREAVRQPADSRYLYTRRRR ; ;MAKRGRKPKELVPGPGSIDPSDVPKLEGASVPVMSTSYDVVVDREFDELLQGKDGLLVYHKMLSDGTVKNALNYIFGRIR SAKWYVEPASTDPEDIAIAAFIHAQLGIDDASVGKYPFGRLFAIYENAYIYGMAAGEIVLTLGADGKLILDKIVPIHPFN IDEVLYDEEGGPKALKLSGEVKGGSQFVSGLEIPIWKTVVFLHNDDGSFTGQSALRAAVPHWLAKRALILLINHGLERFM IGVPTLTIPKSVRQGTKQWEAAKEIVKNFVQKPRHGIILPDDWKFDTVDLKSAMPDAIPYLTYHDAGIARALGIDFNTVQ LNMGVQAINIGEFVSLTQQTIISLQREFASAVNLYLIPKLVLPNWPSATRFPRLTFEMEERNDFSAAANLMGMLINAVKD SEDIPTELKALIDALPSKMRRALGVVDEVREAVRQPADSRYLYTRRRR ; Da,Db,Dc,Dd,De,Df,Dg,Dh,Di,Dj,Dk,Dl ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MLPEVSVDEVWYYMPAEVRRPEEVVREGQGGVSLAAFRHIKNGVLAEAASHLKANGVPEGLWNHELIRDYILMQIAARIL RRVRAYQELADSLFADSNIKLRAFLEGVAQVAPDVGTGDWVEDEAILPPF ; ;MLPEVSVDEVWYYMPAEVRRPEEVVREGQGGVSLAAFRHIKNGVLAEAASHLKANGVPEGLWNHELIRDYILMQIAARIL RRVRAYQELADSLFADSNIKLRAFLEGVAQVAPDVGTGDWVEDEAILPPF ; Ea,Eb,Ec,Ed,Ee,Ef,Eg,Eh,Ei,Ej,Ek,El ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) ; TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT Ja,Jc,Je,Jg,Ji ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) ; AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Jb,Jd,Jf,Jh,Jj ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ARG n 1 3 VAL n 1 4 PRO n 1 5 ILE n 1 6 ASN n 1 7 ILE n 1 8 ASN n 1 9 ASN n 1 10 ALA n 1 11 LEU n 1 12 ALA n 1 13 ARG n 1 14 VAL n 1 15 ARG n 1 16 ASP n 1 17 PRO n 1 18 LEU n 1 19 SER n 1 20 ILE n 1 21 GLY n 1 22 GLY n 1 23 LEU n 1 24 LYS n 1 25 PHE n 1 26 PRO n 1 27 THR n 1 28 THR n 1 29 LYS n 1 30 GLU n 1 31 ILE n 1 32 GLN n 1 33 GLU n 1 34 ALA n 1 35 VAL n 1 36 ALA n 1 37 ALA n 1 38 ILE n 1 39 ALA n 1 40 ASP n 1 41 LYS n 1 42 PHE n 1 43 ASN n 1 44 GLN n 1 45 GLU n 1 46 ASN n 1 47 ASP n 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VAL n 1 136 ILE n 1 137 ASN n 1 138 GLU n 1 139 GLN n 1 140 ILE n 1 141 ALA n 1 142 GLU n 1 143 SER n 1 144 LEU n 1 145 THR n 1 146 TRP n 1 147 LEU n 1 148 MET n 1 149 ALA n 1 150 ARG n 1 151 MET n 1 152 ARG n 1 153 ASN n 1 154 ARG n 1 155 ARG n 1 156 ARG n 1 157 TRP n 1 158 LEU n 1 159 THR n 1 160 TRP n 1 161 GLN n 1 162 VAL n 1 163 MET n 1 164 ARG n 1 165 THR n 1 166 GLY n 1 167 ARG n 1 168 ILE n 1 169 THR n 1 170 ILE n 1 171 GLN n 1 172 PRO n 1 173 ASN n 1 174 ASP n 1 175 PRO n 1 176 TYR n 1 177 ASN n 1 178 PRO n 1 179 ASN n 1 180 GLY n 1 181 LEU n 1 182 LYS n 1 183 TYR n 1 184 VAL n 1 185 ILE n 1 186 ASP n 1 187 TYR n 1 188 GLY n 1 189 VAL n 1 190 THR n 1 191 ASP n 1 192 ILE n 1 193 GLU n 1 194 LEU n 1 195 PRO n 1 196 LEU n 1 197 PRO n 1 198 GLN n 1 199 LYS n 1 200 PHE n 1 201 ASP n 1 202 ALA n 1 203 LYS n 1 204 ASP n 1 205 GLY n 1 206 ASN n 1 207 GLY n 1 208 ASN n 1 209 SER n 1 210 ALA n 1 211 VAL n 1 212 ASP n 1 213 PRO n 1 214 ILE n 1 215 GLN n 1 216 TYR n 1 217 PHE n 1 218 ARG 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? 1,2,3,4,5,6,7 2 1 NATURAL COMPLEX Neck ? ? ? 1,2 # _em_imaging.entry_id 9OAD _em_imaging.id 1 _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.microscope_model 'TFS KRIOS' _em_imaging.specimen_holder_type ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.details ? _em_imaging.date ? _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_defocus_max 1500 _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.objective_aperture ? _em_imaging.microscope_serial_number ? _em_imaging.microscope_version ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.method ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 400 _em_sample_support.grid_type 'EMS Lacey Carbon' _em_sample_support.details ? _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.citation_id ? # loop_ _em_virus_entity.id _em_virus_entity.virus_host_category _em_virus_entity.virus_type _em_virus_entity.virus_isolate _em_virus_entity.entity_assembly_id _em_virus_entity.enveloped _em_virus_entity.empty _em_virus_entity.details 1 ? 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A THR 104 67 1 Y 1 Aa TRP 105 ? A TRP 105 68 1 Y 1 Aa SER 106 ? A SER 106 69 1 Y 1 Aa PRO 107 ? A PRO 107 70 1 Y 1 Aa LEU 108 ? A LEU 108 71 1 Y 1 Aa ALA 109 ? A ALA 109 72 1 Y 1 Aa PHE 110 ? A PHE 110 73 1 Y 1 Aa LYS 111 ? A LYS 111 74 1 Y 1 Aa GLU 112 ? A GLU 112 75 1 Y 1 Aa SER 113 ? A SER 113 76 1 Y 1 Aa ARG 114 ? A ARG 114 77 1 Y 1 Aa VAL 115 ? A VAL 115 78 1 Y 1 Aa TRP 116 ? A TRP 116 79 1 Y 1 Aa ASP 117 ? A ASP 117 80 1 Y 1 Aa GLU 118 ? A GLU 118 81 1 Y 1 Aa LYS 119 ? A LYS 119 82 1 Y 1 Aa GLU 120 ? A GLU 120 83 1 Y 1 Aa ILE 121 ? A ILE 121 84 1 Y 1 Aa LEU 122 ? A LEU 122 85 1 Y 1 Aa TYR 123 ? A TYR 123 86 1 Y 1 Aa LEU 124 ? A LEU 124 87 1 Y 1 Aa GLY 125 ? A GLY 125 88 1 Y 1 Aa ARG 126 ? A ARG 126 89 1 Y 1 Aa LEU 127 ? A LEU 127 90 1 Y 1 Aa ALA 128 ? A ALA 128 91 1 Y 1 Aa ASP 129 ? A ASP 129 92 1 Y 1 Aa GLU 130 ? A GLU 130 93 1 Y 1 Aa VAL 131 ? A VAL 131 94 1 Y 1 Aa GLN 132 ? A GLN 132 95 1 Y 1 Aa ALA 133 ? A ALA 133 96 1 Y 1 Aa GLY 134 ? A GLY 134 97 1 Y 1 Aa VAL 135 ? 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A THR 165 128 1 Y 1 Aa GLY 166 ? A GLY 166 129 1 Y 1 Aa ARG 167 ? A ARG 167 130 1 Y 1 Aa ILE 168 ? A ILE 168 131 1 Y 1 Aa THR 169 ? A THR 169 132 1 Y 1 Aa ILE 170 ? A ILE 170 133 1 Y 1 Aa GLN 171 ? A GLN 171 134 1 Y 1 Aa PRO 172 ? A PRO 172 135 1 Y 1 Aa ASN 173 ? A ASN 173 136 1 Y 1 Aa ASP 174 ? A ASP 174 137 1 Y 1 Aa PRO 175 ? A PRO 175 138 1 Y 1 Aa TYR 176 ? A TYR 176 139 1 Y 1 Aa ASN 177 ? A ASN 177 140 1 Y 1 Aa PRO 178 ? A PRO 178 141 1 Y 1 Aa ASN 179 ? A ASN 179 142 1 Y 1 Aa GLY 180 ? A GLY 180 143 1 Y 1 Aa LEU 181 ? A LEU 181 144 1 Y 1 Aa LYS 182 ? A LYS 182 145 1 Y 1 Aa TYR 183 ? A TYR 183 146 1 Y 1 Aa VAL 184 ? A VAL 184 147 1 Y 1 Aa ILE 185 ? A ILE 185 148 1 Y 1 Aa ASP 186 ? A ASP 186 149 1 Y 1 Aa TYR 187 ? A TYR 187 150 1 Y 1 Aa GLY 188 ? A GLY 188 151 1 Y 1 Aa VAL 189 ? A VAL 189 152 1 Y 1 Aa THR 190 ? A THR 190 153 1 Y 1 Aa ASP 191 ? A ASP 191 154 1 Y 1 Aa ILE 192 ? A ILE 192 155 1 Y 1 Aa GLU 193 ? A GLU 193 156 1 Y 1 Aa LEU 194 ? A LEU 194 157 1 Y 1 Aa PRO 195 ? 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